genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83808637--83808675	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
83811305--83811343	12	3.2	12	81	0	51	64	28	2	5	1.28
83816146--83816177	17	1.9	17	93	6	57	15	9	25	50	1.74
83819598--83819674	34	2.2	34	84	6	93	35	7	10	46	1.67
83822983--83823027	20	2.2	21	88	4	65	35	0	6	57	1.25
83823017--83823044	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
83825023--83825204	46	4.0	46	89	1	249	39	14	24	21	1.91
83832780--83832821	23	1.9	22	85	9	59	4	14	2	78	1.01
83834795--83834838	22	2.0	22	95	0	79	22	22	15	38	1.92
83835027--83835093	27	2.5	27	90	2	100	35	17	7	38	1.78
83845590--83845638	21	2.4	20	80	12	55	53	8	0	38	1.31
83847242--83847589	40	8.6	40	84	8	454	25	29	22	22	1.99
83847242--83847589	83	4.3	80	90	3	536	25	29	22	22	1.99
83847242--83847589	163	2.1	163	97	0	662	25	29	22	22	1.99
83850861--83850897	17	2.2	17	100	0	74	40	5	18	35	1.74
83852261--83852364	31	3.4	31	70	10	95	42	3	3	50	1.39
83853341--83853442	52	2.0	52	98	0	195	40	21	7	30	1.82
83859167--83859210	23	2.0	22	86	4	61	61	4	0	34	1.16
83862398--83862475	19	4.1	20	74	14	83	32	6	21	39	1.79
83862398--83862451	20	2.8	20	86	8	67	29	5	25	38	1.79
83864145--83864207	32	2.0	32	93	0	108	26	6	6	60	1.45
83868168--83868313	50	2.9	50	96	0	274	38	29	14	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83868435--83868475	20	2.0	20	90	0	64	29	4	7	58	1.46
83873604--83873646	20	2.2	20	86	0	59	23	4	2	69	1.18
83875095--83875123	3	10.0	3	92	7	51	68	0	31	0	0.89
83875097--83875123	14	1.9	14	100	0	54	70	0	29	0	0.88
83875095--83875128	17	2.1	16	94	5	59	70	0	29	0	0.87
83876223--83876265	21	2.0	21	86	0	59	27	27	18	25	1.98
83883210--83883267	30	1.9	30	89	3	89	32	8	24	34	1.86
83887268--83887300	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
83888373--83888433	28	2.2	28	93	0	104	32	27	8	31	1.86
83888539--83888628	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
83888549--83888639	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
83888539--83888653	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
83889909--83890516	47	12.7	46	73	12	331	35	17	24	23	1.95
83890151--83890289	55	2.6	54	82	3	163	34	17	24	23	1.96
83889916--83890632	342	2.1	343	93	0	1229	35	17	23	23	1.95
83893820--83893844	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
83894430--83894454	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
83894461--83894528	32	2.3	28	82	10	82	45	1	1	51	1.19
83909028--83909138	47	2.4	47	80	6	127	36	21	15	27	1.93
83915447--83915551	46	2.2	49	84	6	135	25	23	14	36	1.93
83919545--83919654	47	2.3	47	80	6	125	36	20	15	27	1.93
83924193--83924236	23	2.0	21	83	12	54	45	0	9	45	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83927337--83927386	22	2.3	22	78	0	55	20	14	8	58	1.61
83927538--83927580	18	2.4	18	80	7	52	23	2	6	67	1.27
83928190--83928225	18	2.0	18	94	0	63	50	2	5	41	1.40
83934411--83934442	16	2.1	15	94	5	55	68	0	31	0	0.90
83934990--83935129	60	2.4	59	92	1	226	37	10	20	31	1.87
83935560--83935608	21	2.3	21	85	0	62	8	20	34	36	1.82
83936276--83936451	42	4.2	43	82	7	195	43	18	8	28	1.80
83936276--83936451	84	2.1	82	86	6	239	43	18	8	28	1.80
83938087--83938132	15	3.0	15	90	3	65	36	36	6	19	1.78
83938420--83938811	64	6.2	63	93	1	554	46	14	13	24	1.81
83938681--83938785	34	3.2	33	64	20	85	44	13	18	23	1.85
83938931--83939004	30	2.6	28	81	8	94	55	17	4	22	1.59
83938983--83939022	18	2.2	18	90	0	62	57	10	7	25	1.57
83939593--83939663	31	2.3	30	83	9	90	22	11	19	46	1.81
83939820--83939862	6	7.0	6	82	12	52	51	0	0	48	1.00
83939819--83939862	20	2.3	20	81	11	58	52	0	0	47	1.00
83947994--83948063	28	2.6	27	75	18	65	40	2	1	55	1.23
83967971--83968004	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
83971482--83971538	30	1.9	30	89	3	89	45	1	3	49	1.29
83974920--83975002	43	1.9	43	92	0	139	28	31	19	20	1.97
83974919--83975031	43	2.7	43	80	6	122	32	30	15	20	1.94
83982318--83982350	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83986250--83986369	58	2.1	57	81	7	136	27	20	7	45	1.78
83995216--83995443	39	5.8	39	88	0	312	25	31	19	24	1.98
84019434--84019468	10	3.5	10	100	0	70	68	8	0	22	1.16
84020074--84020163	43	2.1	43	100	0	180	40	11	16	32	1.84
84028067--84028216	40	3.8	39	78	9	126	25	30	21	23	1.99
84028067--84028216	79	1.9	80	80	6	180	25	30	21	23	1.99
84030902--84030937	19	1.9	19	88	5	56	55	0	5	38	1.23
84032964--84033141	40	4.4	40	79	12	141	25	23	26	24	2.00
84032964--84033141	80	2.2	81	84	6	220	25	23	26	24	2.00
84035547--84035577	15	2.1	15	93	0	53	25	12	16	45	1.83
84039883--84039916	17	2.0	17	88	0	50	11	23	41	23	1.87
84047075--84047382	171	1.8	171	92	2	521	33	15	5	45	1.71
84047367--84047398	15	2.1	15	100	0	64	43	18	0	37	1.51
84051411--84051641	40	5.6	40	78	8	221	26	16	22	34	1.95
84051412--84051615	42	4.8	43	80	5	206	25	15	22	35	1.94
84051411--84051644	81	2.8	81	82	6	263	26	16	23	34	1.95
84057554--84057596	21	2.2	18	84	12	50	13	2	18	65	1.38
84058022--84058090	30	2.3	30	92	0	111	20	5	8	65	1.41
84058032--84058093	30	2.1	30	100	0	124	19	6	6	67	1.35
84058411--84058447	19	1.9	19	94	0	65	56	2	10	29	1.47
84059778--84060042	45	5.9	45	91	3	335	20	20	15	43	1.88
84059782--84060043	90	2.9	90	92	3	422	20	20	15	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84059782--84060042	135	1.9	135	90	4	420	20	20	15	43	1.88
84063126--84063258	46	2.9	46	76	8	153	23	18	27	30	1.98
84065656--84065700	20	2.2	21	84	11	58	51	8	11	28	1.68
84068195--84068274	29	2.7	29	82	5	99	27	31	15	26	1.95
84070987--84071173	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
84071010--84071173	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
84071010--84071207	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
84078550--84078736	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
84078573--84078736	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
84078573--84078770	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
84080972--84081093	47	2.6	47	93	0	199	35	12	25	27	1.91
84081075--84081290	53	4.0	54	81	3	229	37	16	24	21	1.93
84087646--84087746	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
84087763--84087835	29	2.5	29	90	0	92	26	30	16	27	1.97
84096648--84096748	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
84096765--84096837	29	2.5	29	90	0	92	26	30	16	27	1.97
84103343--84105178	916	2.0	917	98	0	3539	28	22	15	33	1.95
84105642--84105742	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
84105759--84105831	29	2.5	29	90	0	92	26	30	16	27	1.97
84107958--84107985	13	2.2	13	100	0	56	21	21	10	46	1.81
84109711--84109818	43	2.5	42	78	8	112	27	18	23	30	1.98
84109737--84109824	43	2.1	42	85	6	115	26	19	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84117788--84117960	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
84117785--84117955	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
84118185--84118222	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
84122875--84122942	34	2.0	34	100	0	136	44	11	2	41	1.56
84123509--84123543	18	1.9	18	94	0	61	8	22	0	68	1.16
84123594--84123647	15	3.6	15	76	0	54	31	24	3	40	1.72
84136564--84136711	73	2.0	73	97	0	278	33	21	8	37	1.83
84138424--84138589	77	2.2	77	87	4	246	30	27	22	19	1.98
84138414--84138589	39	4.5	39	90	4	250	29	27	22	20	1.99
84138647--84138674	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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