genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34535830--34535874	22	2.0	22	95	0	81	35	8	2	53	1.45
34540869--34540908	20	2.0	20	100	0	80	20	10	35	35	1.86
34540986--34541018	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
34544645--34544679	16	2.2	16	100	0	70	42	0	0	57	0.99
34547537--34547573	18	2.1	18	90	5	58	40	13	13	32	1.84
34566264--34566311	23	2.3	19	79	13	51	58	2	12	27	1.46
34567957--34568100	39	3.7	39	89	0	225	21	20	27	29	1.98
34580610--34580782	46	3.7	46	76	14	185	23	20	26	30	1.99
34580607--34580777	93	1.8	93	92	2	290	23	20	26	29	1.99
34583443--34583626	43	4.3	43	83	0	206	34	20	13	31	1.91
34587621--34587701	23	3.3	23	70	26	76	44	11	23	20	1.84
34587606--34587703	51	1.9	51	97	0	187	44	11	22	21	1.83
34587624--34587702	24	3.2	24	67	22	72	46	11	21	20	1.81
34587624--34587706	25	3.3	25	67	26	75	46	12	20	20	1.82
34589837--34590090	49	5.2	49	71	12	177	27	21	15	35	1.93
34589964--34590114	49	3.0	50	81	11	143	25	23	15	35	1.94
34591793--34591862	35	2.0	35	97	0	131	22	11	10	55	1.65
34594188--34594248	21	2.9	21	83	11	56	50	18	14	16	1.78
34599407--34599508	29	3.5	29	98	0	195	27	29	14	28	1.95
34599347--34599508	58	2.8	59	84	3	186	25	30	16	26	1.97
34607607--34607776	46	3.7	46	76	14	188	29	27	20	22	1.98
34607612--34607782	93	1.8	93	92	2	290	29	28	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34621329--34621504	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
34621326--34621496	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
34629885--34629929	22	2.0	22	95	0	81	33	8	24	33	1.86
34638736--34638898	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
34638736--34638929	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
34640539--34640652	44	2.4	47	80	13	137	29	13	22	34	1.92
34640539--34640666	50	2.7	50	81	9	126	28	13	22	35	1.92
34641493--34641533	20	2.0	20	85	4	55	46	12	7	34	1.69
34642334--34642435	43	2.4	43	78	3	107	28	25	18	27	1.98
34644284--34644452	43	4.0	42	76	10	137	33	22	15	27	1.95
34649682--34649853	46	3.7	46	83	7	190	28	18	30	22	1.97
34649964--34650025	30	2.1	30	100	0	124	40	12	6	40	1.69
34652186--34652239	20	2.7	20	82	0	72	55	3	1	38	1.28
34652186--34652248	20	3.2	19	78	10	65	55	3	1	39	1.25
34652257--34652297	18	2.2	18	86	4	55	39	2	2	56	1.26
34656231--34656540	39	8.1	39	91	2	504	21	25	29	23	1.99
34656231--34656548	77	4.1	77	93	2	534	22	25	28	23	1.99
34664384--34664590	40	5.2	39	82	2	209	25	26	21	26	2.00
34664384--34664588	80	2.6	81	84	4	247	24	26	21	26	2.00
34669704--34669911	40	5.2	39	81	1	200	25	25	21	26	2.00
34669704--34669910	80	2.6	80	85	0	252	25	26	21	26	2.00
34686232--34686474	47	5.1	47	79	7	165	33	8	29	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34686261--34686334	23	3.1	25	63	31	61	31	13	32	22	1.93
34686348--34686532	48	3.8	48	88	5	291	35	6	27	31	1.82
34686349--34686532	98	1.9	96	91	4	298	35	6	27	30	1.82
34686343--34686548	48	4.2	50	81	12	264	33	7	27	31	1.84
34686688--34686802	59	1.9	59	98	0	221	20	20	31	26	1.98
34686747--34686845	37	2.7	37	90	0	162	22	18	29	30	1.97
34690790--34691059	40	6.8	40	90	0	369	25	22	26	25	2.00
34699642--34699682	20	2.0	20	85	4	55	46	12	7	34	1.69
34700508--34700627	43	2.8	43	82	3	143	32	25	16	25	1.96
34702438--34702608	43	4.0	43	76	7	168	33	23	14	28	1.94
34702440--34702599	87	1.9	85	82	5	205	33	24	15	27	1.95
34703084--34703154	29	2.4	30	75	15	69	29	22	1	46	1.60
34703090--34703154	28	2.3	29	81	7	71	29	23	1	46	1.61
34706469--34706500	13	2.5	13	100	0	64	31	25	25	18	1.98
34707871--34708033	46	3.5	46	81	9	163	30	17	28	24	1.97
34708157--34708219	30	2.1	30	96	0	117	41	11	6	41	1.66
34709207--34709247	22	1.9	22	90	5	66	9	39	29	21	1.86
34710390--34710452	20	3.2	19	78	10	65	55	4	1	38	1.31
34710390--34710452	19	3.2	20	78	8	67	55	4	1	38	1.31
34721573--34721703	29	4.5	29	85	1	165	28	16	30	25	1.96
34721691--34721791	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
34729502--34729632	29	4.5	29	87	1	174	29	16	29	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34729620--34729720	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
34737131--34737194	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
34737387--34737503	23	5.0	23	90	6	173	29	22	21	26	1.99
34737555--34737593	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
34737556--34737600	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
34744795--34744851	26	2.2	26	80	3	60	26	19	17	36	1.94
34749346--34749373	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
34750079--34750222	40	3.6	40	85	6	193	25	25	26	22	2.00
34758100--34758244	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
34768973--34769029	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
34780530--34780590	30	2.0	30	100	0	122	27	29	13	29	1.94
34781973--34782191	47	4.6	48	74	6	160	31	20	23	24	1.98
34788790--34789067	48	5.8	48	84	3	296	32	18	24	25	1.97
34788791--34789067	96	2.9	96	83	4	326	32	18	24	25	1.97
34788791--34789067	144	1.9	144	85	1	385	32	18	24	25	1.97
34788790--34789099	96	3.2	96	81	2	275	32	18	23	26	1.97
34788791--34789164	144	2.6	143	81	4	366	31	18	24	26	1.98
34794031--34794120	43	2.1	43	87	0	126	34	26	16	22	1.95
34801346--34801425	3	26.7	3	100	0	160	67	0	0	32	0.91
34804253--34804315	27	2.3	27	86	0	81	42	15	15	25	1.87
34807527--34807692	43	3.9	42	75	10	131	28	13	25	32	1.94
34816857--34816910	23	2.3	23	100	0	108	53	18	0	27	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34817730--34817759	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
34820951--34821419	49	9.2	49	77	14	414	31	7	30	30	1.85
34820951--34821471	98	5.2	98	78	14	522	31	7	31	30	1.85
34821139--34821182	22	2.0	22	100	0	88	40	0	22	36	1.54
34821090--34821231	71	2.0	71	94	0	248	33	5	29	31	1.81
34820992--34821329	169	2.0	169	97	0	631	31	7	30	31	1.84
34821041--34821280	120	2.0	120	96	0	444	31	6	30	31	1.83
34820951--34821376	218	2.0	216	96	1	782	30	7	30	31	1.85
34821161--34821471	49	6.5	49	92	1	454	31	8	31	29	1.86
34825416--34825556	25	5.6	26	73	5	87	34	26	17	21	1.96
34829509--34829620	27	4.1	27	77	7	102	39	22	22	16	1.92
34829509--34829620	54	2.1	54	83	3	136	39	22	22	16	1.92
34831050--34831123	24	3.1	24	94	0	121	21	41	5	31	1.76
34833359--34833401	12	3.6	12	83	0	50	44	13	6	34	1.72
34833353--34833391	18	2.2	18	95	0	69	48	10	5	35	1.59
34834745--34834788	20	2.2	20	87	0	61	31	22	31	13	1.93
34834838--34834907	22	3.2	22	81	4	79	41	18	20	20	1.91
34836376--34836402	11	2.5	11	100	0	54	37	7	22	33	1.82
34837855--34837938	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
34837908--34837988	26	3.2	26	61	22	64	24	16	28	30	1.96
34837800--34838039	49	4.8	49	88	2	327	24	17	27	29	1.98
34840178--34840229	25	2.1	25	89	3	79	23	19	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34840185--34840253	25	2.8	25	88	2	104	24	23	26	26	2.00
34840500--34840804	27	11.3	27	87	0	331	31	7	20	40	1.81
34840500--34840790	81	3.6	81	86	2	379	30	7	20	41	1.80
34840754--34841127	27	13.9	27	86	1	455	39	8	22	29	1.84
34841410--34841515	26	4.1	26	93	0	185	32	7	24	35	1.84
34846084--34846274	80	2.4	80	81	7	219	22	27	25	25	2.00
34846084--34846238	40	3.9	40	88	1	213	23	27	25	23	2.00
34847563--34847616	23	2.3	23	75	9	56	14	16	0	68	1.21
34854115--34854305	32	5.2	37	71	18	116	23	27	24	25	2.00
34854136--34854225	32	2.9	30	88	9	135	20	26	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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