genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37630491--37630522	16	2.0	16	100	0	64	25	18	12	43	1.85
37630902--37631079	40	4.5	40	79	6	175	25	23	26	24	2.00
37630903--37631079	79	2.2	80	81	4	205	25	23	26	23	2.00
37631022--37631105	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
37636383--37636485	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
37644380--37644482	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
37650733--37650802	28	2.5	28	90	0	113	37	10	24	28	1.88
37662856--37662880	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
37667937--37667983	25	1.9	25	86	4	69	36	23	14	25	1.93
37668031--37668086	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
37668020--37668086	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
37668135--37668374	24	10.0	24	91	2	340	29	21	20	28	1.98
37668131--37668374	95	2.6	95	88	4	341	29	21	20	28	1.98
37675675--37675713	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
37675763--37675896	24	5.6	24	94	0	241	29	21	21	26	1.99
37678195--37678302	49	2.2	49	98	0	207	31	7	28	32	1.85
37678281--37678322	20	2.1	20	100	0	84	28	0	30	40	1.57
37678232--37678371	69	2.0	69	100	0	280	30	5	30	33	1.81
37678195--37678535	118	2.9	118	90	6	570	31	7	29	31	1.84
37678301--37678408	49	2.2	49	98	0	207	31	7	31	29	1.85
37678339--37678477	69	2.0	69	97	0	260	33	5	32	28	1.81
37678388--37678428	20	2.0	20	100	0	82	39	0	36	24	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37678408--37678615	49	4.4	49	90	6	338	33	7	29	29	1.85
37678408--37678615	94	2.2	94	91	5	330	33	7	29	29	1.85
37678702--37678792	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
37680172--37680271	24	4.1	24	87	6	139	28	18	20	34	1.95
37680172--37680266	48	2.0	48	91	4	156	28	17	18	34	1.94
37680183--37680285	24	4.2	24	83	7	111	29	18	19	33	1.96
37683146--37683212	20	3.3	20	74	15	75	17	25	19	37	1.94
37683136--37683248	40	2.8	40	85	5	149	20	27	18	33	1.96
37683153--37683287	40	3.4	40	81	2	146	20	25	18	36	1.95
37683136--37683287	80	1.9	80	81	8	184	21	26	17	34	1.96
37684518--37684586	34	2.0	34	86	5	95	36	33	14	15	1.89
37686533--37686598	30	2.2	30	80	0	78	21	28	30	19	1.98
37691261--37691638	207	1.8	208	95	0	686	34	16	19	29	1.93
37692958--37693177	119	1.8	119	81	1	271	27	22	11	38	1.89
37697738--37697954	40	5.4	39	84	8	171	26	25	19	28	1.99
37697766--37697963	80	2.5	80	89	4	301	25	25	20	28	1.99
37697761--37697963	40	5.1	40	88	6	261	26	25	20	28	1.99
37705924--37706107	40	4.7	40	88	7	227	25	26	21	26	2.00
37712547--37712694	61	2.4	62	77	12	162	31	11	26	30	1.91
37717730--37717898	43	4.0	42	75	10	164	23	15	27	33	1.95
37719965--37720033	33	2.1	33	97	0	129	34	11	13	40	1.80
37727941--37728150	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37735802--37736051	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
37743209--37743291	38	2.2	38	97	0	157	31	9	12	46	1.73
37745416--37745570	39	3.9	39	86	0	193	21	21	32	24	1.98
37746080--37746233	39	3.9	39	87	1	229	25	30	20	24	1.98
37747009--37747076	25	2.7	25	90	2	100	29	25	22	23	1.99
37752072--37752113	22	1.9	22	85	9	59	78	0	7	14	0.95
37752123--37752158	14	2.5	14	86	4	54	77	2	0	19	0.88
37757911--37757946	14	2.5	15	86	9	56	58	11	5	25	1.54
37758826--37758975	64	2.3	64	82	4	194	26	22	28	22	1.99
37761730--37761936	40	5.2	40	77	4	157	26	25	21	27	1.99
37761730--37761935	80	2.6	81	82	3	229	25	25	21	27	1.99
37766851--37766913	27	2.3	27	89	5	92	41	34	4	19	1.72
37766816--37766913	27	3.5	27	78	14	85	40	33	5	20	1.74
37767978--37768031	15	3.6	14	80	14	56	46	3	0	50	1.19
37768136--37768169	17	1.9	18	88	5	52	29	20	0	50	1.49
37774098--37774144	23	2.0	23	88	8	69	40	38	10	10	1.75
37774159--37774221	27	2.3	27	89	5	92	41	34	4	19	1.72
37774145--37774221	27	3.0	25	82	16	86	40	33	3	22	1.72
37774776--37774821	15	3.2	14	82	17	51	17	6	2	73	1.14
37774771--37774828	19	3.1	18	76	18	55	15	6	3	74	1.17
37775281--37775334	15	3.6	14	79	16	56	46	5	0	48	1.25
37775437--37775472	17	2.1	18	89	5	56	30	19	0	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37786275--37786302	13	2.2	13	100	0	56	57	7	14	21	1.61
37789350--37789426	22	3.6	21	76	11	75	18	10	1	70	1.23
37797867--37797984	27	4.4	27	81	0	137	38	16	18	25	1.92
37797867--37797984	54	2.2	54	87	3	166	38	16	18	25	1.92
37798124--37798175	26	2.0	27	92	3	88	21	23	23	32	1.98
37798364--37798459	33	2.9	33	87	0	138	25	20	26	28	1.99
37799457--37799596	63	2.2	63	88	0	208	26	22	26	25	2.00
37799457--37799617	63	2.6	63	85	0	205	26	21	26	26	2.00
37801640--37801671	12	2.6	12	95	5	55	31	6	12	50	1.65
37803993--37804044	23	2.3	23	86	0	68	21	21	19	38	1.94
37804006--37804100	23	4.2	23	77	6	79	26	21	18	33	1.96
37804012--37804154	46	3.0	46	80	11	130	28	21	18	31	1.97
37804083--37804152	24	2.8	25	84	4	97	31	22	14	31	1.94
37806236--37806326	45	2.0	45	100	0	182	24	19	25	30	1.98
37812298--37812475	40	4.5	40	90	3	263	24	24	28	23	2.00
37818410--37818569	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
37818410--37818569	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
37819744--37819917	48	3.6	48	86	1	240	27	17	28	27	1.97
37819838--37819954	48	2.4	48	83	5	121	28	18	27	25	1.98
37824002--37824092	37	2.4	37	94	1	155	26	32	17	23	1.96
37824132--37824235	48	2.2	48	98	0	199	32	27	5	33	1.81
37824227--37824560	49	6.9	49	92	2	559	29	27	9	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37824227--37824560	96	3.5	96	95	0	578	29	27	9	34	1.88
37824227--37824560	145	2.3	146	92	3	566	29	27	9	34	1.88
37829734--37829810	39	2.0	38	87	5	109	62	7	1	28	1.31
37835126--37835167	21	2.0	21	86	4	59	16	2	2	78	0.96
37836121--37836159	19	2.1	19	100	0	78	30	5	5	58	1.41
37842775--37842983	47	4.7	45	78	15	188	30	20	27	22	1.98
37848773--37848810	19	2.1	19	85	5	51	39	0	15	44	1.47
37849246--37849469	67	3.3	67	91	1	360	30	16	31	21	1.95
37850616--37850648	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
37853120--37853425	140	2.2	136	82	10	352	23	28	21	26	1.99
37853120--37853425	47	6.6	46	72	14	207	23	28	21	26	1.99
37860677--37860944	47	5.7	46	72	11	195	22	28	21	27	1.99
37860676--37860942	94	2.9	93	77	9	301	22	28	20	28	1.99
37862668--37862773	41	2.6	40	86	4	149	15	37	23	23	1.93
37863817--37863960	46	3.1	45	75	11	130	24	29	18	27	1.98
37884668--37884889	46	4.7	46	75	12	184	27	18	29	23	1.98
37884670--37884889	94	2.3	94	82	7	252	27	19	29	23	1.98
37885886--37885920	14	2.5	14	100	0	70	22	22	42	11	1.85
37890124--37890166	21	2.0	21	95	0	77	48	6	16	27	1.71
37892922--37892957	18	2.0	18	88	0	54	66	0	0	33	0.92
37908851--37908907	26	2.2	26	80	3	60	28	19	19	33	1.96
37918547--37918681	40	3.4	40	87	4	186	24	21	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37926590--37926763	40	4.4	40	89	4	257	23	21	29	25	1.99
37926590--37926763	79	2.2	79	88	5	255	23	21	29	25	1.99
37928112--37928317	27	7.7	27	81	7	213	33	10	17	38	1.85
37928112--37928316	81	2.5	80	85	3	252	33	10	18	38	1.84
37929738--37929908	93	1.8	93	93	2	299	28	28	21	22	1.99
37929729--37929904	46	3.8	46	76	8	187	29	27	20	22	1.98
37932640--37932687	15	3.2	15	78	0	60	58	16	12	12	1.63
37935569--37935784	40	5.4	40	87	2	267	22	21	29	26	1.99
37947960--37947998	19	2.1	19	85	9	53	71	0	25	2	0.98
37950887--37950930	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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