genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78826361--78826396	18	1.9	19	94	5	65	16	0	13	69	1.19
78828000--78828040	22	1.9	21	85	14	57	43	26	0	29	1.55
78828062--78828089	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
78831233--78831257	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
78831347--78831371	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
78831371--78831395	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
78831509--78831544	5	6.8	5	87	12	54	58	0	0	41	0.98
78831509--78831544	16	2.2	16	90	9	56	58	0	0	41	0.98
78836276--78836419	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
78836277--78836459	78	2.3	79	89	1	269	24	22	29	22	1.99
78838304--78838392	42	2.1	42	89	4	135	21	23	35	19	1.95
78838319--78838392	21	3.5	20	71	10	58	21	22	35	20	1.96
78839056--78839104	25	2.0	24	84	4	62	73	10	4	12	1.22
78841713--78841809	28	3.5	28	97	1	178	44	26	10	18	1.82
78849757--78849853	28	3.5	28	94	1	169	44	25	10	19	1.82
78854731--78854760	14	2.1	14	100	0	60	6	13	0	80	0.91
78854769--78854833	5	13.2	5	96	3	123	60	0	0	40	0.97
78854947--78854999	15	3.4	15	78	5	61	52	0	1	45	1.11
78854953--78854997	5	8.8	5	81	13	56	57	0	2	40	1.11
78858043--78858067	13	1.9	13	100	0	50	20	16	0	64	1.30
78858059--78858159	51	2.0	52	82	7	127	25	21	8	43	1.82
78858060--78858165	50	2.1	51	81	8	119	26	21	8	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78862235--78862318	44	1.9	44	95	0	150	20	17	29	32	1.96
78870703--78870737	17	2.0	18	88	5	54	77	2	20	0	0.90
78872179--78872234	25	2.2	26	78	15	64	42	0	5	51	1.24
78874535--78874574	17	2.4	17	87	8	55	35	0	0	65	0.93
78877270--78877316	19	2.4	20	82	3	60	29	19	21	29	1.97
78880290--78880328	16	2.5	16	87	4	53	5	20	2	71	1.17
78880279--78880371	43	2.1	44	82	9	111	7	19	3	69	1.26
78883615--78883745	67	2.0	67	89	0	199	29	29	14	26	1.95
78885598--78885622	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
78886507--78886585	27	2.9	27	92	1	122	45	8	12	32	1.73
78887072--78887143	26	2.8	26	80	2	74	44	12	15	27	1.82
78898887--78898920	17	2.0	17	94	0	59	38	0	23	38	1.55
78902311--78902349	16	2.4	16	86	0	51	35	23	10	30	1.88
78913191--78913215	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
78913161--78913239	32	2.4	33	83	14	108	63	0	1	35	1.03
78922990--78923065	39	1.9	39	94	0	134	31	11	14	42	1.82
78925405--78925438	3	11.3	3	100	0	68	32	32	35	0	1.58
78929107--78929140	18	1.9	18	94	5	61	11	29	47	11	1.76
78930105--78930157	18	2.9	18	77	5	61	39	1	18	39	1.62
78937693--78937771	27	2.9	27	84	3	97	29	16	17	36	1.92
78937712--78938024	54	5.8	53	81	4	315	33	10	17	38	1.84
78937712--78938015	27	11.3	27	78	3	258	33	10	17	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78938340--78938403	28	2.3	28	83	0	74	28	37	15	18	1.92
78942796--78942828	6	5.5	6	100	0	66	84	0	0	15	0.61
78946121--78946296	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
78946118--78946289	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
78948207--78948323	45	2.6	45	78	7	123	31	29	16	22	1.95
78948816--78948851	3	12.0	3	87	0	54	30	0	5	63	1.17
78950674--78950698	8	3.1	8	100	0	50	52	24	24	0	1.48
78950944--78951004	26	2.3	26	82	2	68	29	26	13	31	1.93
78950959--78951011	26	2.1	25	89	3	79	28	22	16	32	1.96
78951306--78951350	20	2.3	20	84	3	56	28	17	24	28	1.97
78951371--78951515	61	2.4	61	82	8	161	26	20	26	26	1.99
78960401--78960457	29	2.0	29	100	0	114	42	21	3	33	1.70
78965439--78965483	24	2.0	22	86	8	63	55	0	17	26	1.42
78967882--78968154	46	5.9	45	84	3	294	40	14	23	21	1.90
78967880--78968154	92	3.0	93	83	2	338	40	14	22	21	1.90
78967890--78968154	93	2.9	92	82	2	316	40	15	22	21	1.90
78967880--78968142	139	1.9	138	84	2	357	41	14	22	21	1.89
78969988--78970209	40	5.6	40	90	1	306	23	22	27	26	2.00
78977262--78977427	35	4.6	35	84	8	208	33	24	10	31	1.89
78977257--78977427	75	2.4	72	85	7	231	33	23	10	31	1.89
78984738--78984904	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
78984733--78984904	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78987550--78987716	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
78995512--78995678	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
78997126--78997287	39	4.2	39	78	7	152	24	27	22	25	2.00
79000333--79000499	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
79007453--79007501	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
79008323--79008489	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
79014745--79014847	40	2.6	40	95	0	179	25	9	26	38	1.86
79014745--79014927	40	4.5	41	78	2	165	26	12	25	34	1.92
79017253--79017476	40	5.6	40	86	3	288	24	24	26	25	2.00
79017257--79017476	83	2.7	80	87	5	284	24	24	26	24	2.00
79017253--79017477	123	1.9	122	86	3	312	24	24	26	24	2.00
79020316--79020570	40	6.4	40	92	2	399	25	27	23	23	2.00
79026193--79026271	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
79034273--79034351	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
79037620--79037807	40	4.7	40	89	1	261	26	28	21	23	1.99
79037608--79037811	80	2.5	80	87	3	293	27	27	20	24	1.99
79045724--79045928	79	2.6	80	88	3	310	27	29	20	23	1.99
79045728--79045928	39	5.1	40	87	4	275	27	29	19	22	1.98
79051158--79051414	40	6.5	40	90	3	387	26	27	22	23	1.99
79059467--79059690	40	5.6	40	83	3	261	25	24	25	25	2.00
79063918--79064017	40	2.5	40	90	3	148	25	15	24	36	1.94
79063918--79064105	81	2.3	81	80	8	195	26	15	25	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79063925--79064100	41	4.3	41	75	8	121	25	15	25	32	1.96
79065554--79065746	100	1.9	100	100	0	386	29	30	17	22	1.97
79067007--79067173	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
79067994--79068039	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
79075019--79075184	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
79075035--79075184	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
79076006--79076051	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
79080961--79081112	36	4.2	36	81	9	177	22	23	28	26	1.99
79080963--79081097	70	1.9	72	83	8	179	22	24	28	25	1.99
79086514--79086657	40	3.6	40	79	5	150	27	24	27	20	1.99
79086551--79086680	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
79094594--79094723	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
79099077--79099133	23	2.5	23	80	5	62	22	8	3	64	1.37
79108546--79108601	15	3.7	15	80	4	60	42	0	0	57	0.99
79108837--79108872	17	2.1	17	94	5	63	52	0	0	47	1.00
79109407--79109470	32	2.0	33	82	14	80	39	1	10	48	1.48
79110152--79110192	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
79112526--79112616	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
79112656--79112855	48	4.2	48	91	0	328	30	27	7	35	1.83
79112847--79112951	47	2.2	48	94	3	185	29	27	7	35	1.85
79112927--79112970	20	2.3	18	85	14	70	36	22	0	40	1.54
79112932--79112971	20	2.0	20	100	0	80	35	20	0	45	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79112952--79113057	49	2.2	49	96	0	194	32	29	7	31	1.85
79112884--79113019	69	2.0	69	97	0	254	32	26	5	35	1.81
79116244--79116283	16	2.4	16	88	12	55	75	0	22	2	0.93
79124719--79124812	43	2.2	43	86	3	127	26	20	22	30	1.98
79125845--79126481	247	2.6	247	90	2	967	36	12	19	30	1.90
79127250--79127309	21	2.7	22	79	7	68	41	6	3	48	1.46
79127294--79127348	27	2.1	26	83	10	67	47	1	3	47	1.30
79131132--79131186	15	3.5	15	72	13	56	10	50	9	29	1.68
79131143--79131195	15	3.2	17	69	15	56	16	52	5	24	1.65
79131131--79131240	33	3.3	33	84	2	132	14	52	10	22	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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