genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14116944--14117029	16	5.4	15	76	14	66	32	5	2	59	1.34
14128986--14129478	119	4.1	119	94	0	851	32	17	19	30	1.95
14131459--14131496	16	2.4	16	91	4	60	31	2	2	63	1.22
14131506--14131594	28	3.1	28	74	18	85	31	7	2	58	1.39
14131459--14131547	31	2.8	30	77	15	92	33	4	1	60	1.24
14131992--14132016	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
14131966--14132097	65	2.0	66	88	7	198	27	0	13	58	1.41
14132030--14132221	98	2.1	91	84	9	246	26	1	16	55	1.51
14133833--14133905	13	6.1	11	73	16	56	30	4	1	64	1.20
14133861--14133913	21	2.5	22	85	8	67	33	1	1	62	1.17
14133986--14134063	31	2.5	30	79	8	77	26	5	0	67	1.11
14134106--14134130	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
14134194--14134257	19	3.5	19	69	16	55	29	0	4	65	1.13
14138074--14138110	15	2.5	16	87	12	53	21	24	10	43	1.84
14138074--14138123	15	3.5	15	79	15	52	22	24	12	42	1.87
14146105--14146805	205	3.4	205	88	2	1034	31	18	22	28	1.97
14148591--14148655	21	3.1	22	78	12	75	32	1	1	64	1.12
14148725--14148802	31	2.5	30	79	8	77	26	5	0	67	1.11
14148814--14148869	12	4.3	12	75	20	51	32	7	1	58	1.35
14150104--14150285	98	1.9	98	88	6	282	31	0	15	52	1.47
14150329--14150388	27	2.2	27	84	0	75	30	21	28	20	1.98
14151477--14151551	39	1.9	39	83	5	98	36	16	22	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14151608--14151883	116	2.4	115	80	3	313	26	20	20	32	1.97
14154573--14154701	50	2.5	51	90	5	199	36	16	21	25	1.94
14154677--14154856	31	5.8	31	92	0	279	27	20	26	25	1.99
14154883--14155003	46	2.6	46	88	2	163	28	14	26	29	1.95
14156874--14156902	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
14157619--14157684	31	2.1	31	88	0	96	16	9	21	53	1.71
14159629--14159734	55	2.0	52	92	5	176	24	1	20	52	1.56
14170683--14170712	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
14171992--14172237	131	1.9	130	85	4	343	26	19	19	34	1.95
14173158--14173219	31	2.0	31	100	0	124	29	3	3	64	1.25
14175337--14175576	132	1.8	132	88	0	372	36	21	17	24	1.94
14175878--14175939	3	20.7	3	100	0	124	66	0	0	33	0.92
14176575--14176658	3	28.3	3	97	2	161	67	0	0	32	0.91
14178894--14178961	20	3.5	20	65	17	52	30	2	2	63	1.24
14178901--14178990	19	4.8	18	71	26	62	30	2	4	63	1.26
14179115--14179193	31	2.6	30	80	7	88	46	7	5	40	1.54
14180545--14180586	6	7.2	6	86	5	59	30	0	0	69	0.89
14180603--14180682	40	2.0	39	82	2	97	25	2	10	62	1.39
14183364--14183677	131	2.4	131	76	6	321	36	17	19	27	1.94
14184675--14184705	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
14185094--14185151	25	2.4	24	80	5	62	65	12	10	12	1.47
14186378--14186419	15	2.9	15	82	13	52	14	0	14	71	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14186689--14187216	44	12.0	44	87	1	691	25	29	15	29	1.96
14200009--14200041	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
14200432--14200489	25	2.4	24	80	5	62	65	12	10	12	1.47
14201306--14201347	13	3.4	12	78	15	50	7	7	14	71	1.29
14201724--14201766	15	2.9	15	83	13	54	13	0	13	72	1.13
14201905--14201966	29	2.1	30	82	8	74	35	4	3	56	1.37
14202015--14202040	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14203160--14203200	12	3.4	12	81	18	50	24	0	9	65	1.22
14206781--14206831	21	2.4	23	75	18	56	54	15	11	17	1.70
14207426--14207458	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
14207726--14207764	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
14208799--14208832	6	5.8	6	96	3	61	88	0	0	11	0.52
14210736--14210770	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
14211055--14211145	19	4.9	19	89	8	143	36	14	9	39	1.79
14211071--14211153	36	2.3	35	88	10	107	37	13	12	37	1.82
14211493--14211692	45	4.5	45	86	1	249	25	28	14	31	1.95
14211706--14211919	75	2.8	78	92	5	355	25	23	20	30	1.98
14212000--14212277	73	3.7	78	87	6	392	26	25	16	32	1.96
14211706--14212422	356	2.0	360	92	4	1191	26	23	17	32	1.97
14218910--14218991	41	2.0	41	95	0	146	25	25	23	25	2.00
14220566--14220598	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
14220566--14220599	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14220892--14220965	19	3.9	19	94	3	132	36	14	10	37	1.82
14220885--14220965	37	2.2	38	89	8	132	35	16	9	38	1.81
14221084--14221124	21	2.0	21	85	0	55	9	2	14	73	1.19
14221716--14221754	19	2.1	19	100	0	78	43	0	5	51	1.24
14221817--14221915	19	5.0	19	72	20	62	61	0	3	35	1.11
14221828--14221905	19	3.8	20	75	17	70	62	0	2	34	1.09
14221766--14221909	51	2.9	49	74	17	125	61	0	4	33	1.17
14221852--14221910	24	2.4	25	78	13	70	64	0	3	32	1.10
14223540--14223982	44	10.1	44	87	2	570	27	26	14	31	1.95
14235680--14235737	15	3.7	16	73	17	50	50	3	3	43	1.36
14235826--14235864	19	2.1	19	100	0	78	43	0	5	51	1.24
14235927--14236025	19	5.0	19	72	20	62	61	0	3	35	1.11
14235938--14236015	19	3.8	20	75	17	70	62	0	2	34	1.09
14235876--14236019	51	2.9	49	74	17	125	61	0	4	33	1.17
14235962--14236020	24	2.4	25	78	13	70	64	0	3	32	1.10
14240201--14240260	3	20.0	3	96	0	111	68	0	31	0	0.90
14241913--14241960	15	3.5	15	67	21	50	37	0	41	20	1.53
14241911--14241962	26	2.0	26	100	0	104	38	0	38	23	1.55
14245485--14245522	20	1.9	20	94	0	67	71	0	7	21	1.11
14251901--14251929	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
14256180--14256205	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14264720--14264771	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14264848--14264931	3	28.7	3	71	17	52	71	1	2	25	1.05
14264848--14264932	24	3.5	24	76	7	82	71	1	2	24	1.04
14264894--14264929	12	3.0	12	100	0	72	66	0	0	33	0.92
14265138--14265175	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
14275140--14275165	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
14288359--14288477	59	2.0	59	95	0	211	20	19	25	35	1.96
14293183--14293260	39	2.0	39	97	0	147	43	17	14	24	1.86
14295192--14295267	29	2.5	31	80	18	81	38	3	3	53	1.38
14295570--14295607	20	1.9	20	94	0	67	28	0	21	50	1.49
14296843--14296938	3	32.0	3	100	0	192	66	0	0	33	0.92
14297442--14298510	531	2.0	533	90	3	1686	32	18	15	33	1.91
14298779--14298837	30	2.0	30	86	3	84	44	0	6	49	1.29
14299511--14299546	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
14311768--14311857	44	2.0	44	87	4	128	24	20	22	33	1.97
14311924--14312362	44	9.7	43	73	12	335	29	20	17	33	1.95
14311769--14312319	233	2.4	233	85	1	730	28	19	18	33	1.95
14313003--14313040	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
14316939--14317080	55	2.6	55	79	4	169	12	28	29	28	1.93
14326110--14326172	6	10.3	6	78	10	65	15	4	1	77	1.01
14327709--14327884	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
14327705--14327876	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
14331841--14331873	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14337945--14338003	23	2.6	23	91	0	100	13	37	32	16	1.88
14338348--14338398	25	2.0	25	96	0	93	23	19	13	43	1.87
14345749--14345906	43	3.7	43	83	5	169	30	25	16	27	1.97
14346389--14346454	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64
14368526--14368683	43	3.7	43	80	5	185	27	15	25	32	1.95
14371337--14371391	3	18.3	3	96	0	101	67	1	0	30	1.01
14372094--14372143	20	2.5	20	86	3	64	18	26	4	52	1.63
14372094--14372149	10	5.5	10	76	4	58	17	30	3	48	1.65
14372282--14372358	38	2.0	38	100	0	154	42	7	10	38	1.68
14378400--14378659	40	6.6	40	78	6	235	26	23	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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