genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60548850--60548948	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
60560131--60560229	28	3.5	28	84	4	110	28	15	26	30	1.96
60562381--60562613	116	2.0	116	95	0	421	36	15	10	38	1.81
60567302--60567454	40	3.8	39	83	3	162	18	30	19	31	1.96
60567339--60567444	20	5.3	20	72	13	83	18	35	18	26	1.95
60583306--60583390	34	2.5	34	80	3	91	23	25	25	24	2.00
60586773--60586874	28	3.5	29	80	6	109	28	27	15	28	1.96
60595149--60595377	78	2.9	78	79	3	237	44	10	12	31	1.76
60603973--60604329	48	7.4	48	86	2	389	26	17	29	26	1.97
60604003--60604336	144	2.3	144	86	1	445	25	17	29	27	1.97
60605599--60605645	19	2.5	19	82	0	58	21	23	40	14	1.90
60606094--60606267	67	2.7	66	79	8	203	27	13	7	52	1.66
60607523--60607582	30	2.0	30	84	9	79	31	13	0	55	1.39
60614099--60614276	46	3.9	45	78	4	185	29	28	19	22	1.98
60614107--60614278	93	1.8	93	88	0	263	29	29	19	22	1.98
60618746--60618976	80	2.9	80	99	0	453	29	16	2	50	1.59
60630500--60630654	39	3.9	40	91	0	224	21	20	32	25	1.98
60630500--60630654	79	2.0	79	87	2	222	21	20	32	25	1.98
60630510--60630692	79	2.3	78	80	8	192	23	21	31	24	1.98
60634085--60634219	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
60642104--60642238	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
60645862--60645934	29	2.6	29	91	2	112	26	15	30	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60650337--60650451	29	4.0	29	82	6	128	27	13	27	30	1.95
60654706--60654735	3	9.7	3	92	7	51	66	0	0	33	0.92
60671556--60671737	40	4.6	40	88	2	269	22	23	27	26	2.00
60680632--60680780	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
60680673--60680780	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60688723--60688871	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
60688764--60688871	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60688842--60688905	31	2.1	31	96	0	119	20	26	21	31	1.98
60696750--60696958	40	5.2	39	81	4	195	24	25	23	25	2.00
60696750--60696957	80	2.6	80	81	4	231	25	25	24	25	2.00
60700110--60700240	38	3.2	38	73	17	136	29	22	16	31	1.96
60700150--60700421	48	5.9	48	77	9	271	30	22	15	31	1.95
60700127--60700451	133	2.4	133	93	0	551	30	23	15	31	1.95
60700256--60700451	38	4.7	38	69	21	149	29	24	15	30	1.96
60700202--60700373	85	2.0	86	87	1	247	30	23	15	30	1.96
60703248--60703377	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
60705669--60705725	30	1.9	30	85	7	80	57	15	12	14	1.65
60705687--60705725	15	2.6	15	87	0	60	58	20	10	10	1.59
60708618--60708955	38	7.9	39	68	20	171	30	23	15	30	1.95
60708658--60708929	48	5.9	48	76	9	271	30	22	15	31	1.95
60708635--60708955	133	2.4	133	92	0	543	30	23	14	30	1.94
60715948--60716106	79	2.0	79	100	0	318	28	24	7	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60718235--60718286	10	5.1	10	84	11	52	34	0	5	59	1.21
60718234--60718277	22	2.0	22	90	0	70	38	0	4	56	1.20
60729786--60729870	39	2.2	39	89	2	125	27	31	18	22	1.97
60729750--60729870	40	3.0	40	82	1	127	26	31	20	21	1.98
60767440--60767528	27	3.3	27	85	3	117	38	15	15	30	1.89
60769142--60769228	28	3.1	28	98	1	167	41	16	10	32	1.82
60771229--60771258	15	2.0	15	93	0	51	13	6	16	63	1.50
60776667--60776760	29	3.2	29	95	0	161	27	28	14	28	1.96
60776629--60776760	58	2.3	58	82	2	158	26	31	15	25	1.96
60778552--60778681	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
60778568--60778719	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
60778568--60778717	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
60789210--60789247	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
60792708--60792803	24	4.0	24	89	6	142	29	21	20	28	1.98
60792729--60792801	23	3.1	23	96	2	128	30	20	20	28	1.98
60792853--60792891	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
60792854--60792898	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
60793406--60793433	8	3.5	8	100	0	56	14	21	21	42	1.88
60797815--60797872	28	2.1	28	90	0	89	22	25	5	46	1.72
60799245--60799316	31	2.4	29	84	11	85	33	11	25	30	1.90
60799268--60799330	31	2.0	31	87	6	92	36	11	20	31	1.88
60803453--60803604	40	3.8	40	76	6	130	23	25	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60808823--60808908	31	2.9	31	85	11	101	32	13	23	30	1.93
60808823--60808896	31	2.5	31	87	10	102	31	13	25	29	1.94
60811999--60812051	27	2.0	27	88	0	79	30	20	18	30	1.97
60812042--60812210	27	6.3	27	75	4	130	41	22	7	28	1.80
60812034--60812200	53	3.1	54	79	11	191	40	21	7	30	1.82
60812166--60812267	27	3.8	28	83	5	111	45	20	5	28	1.74
60812058--60812265	54	3.9	53	80	6	179	42	21	6	29	1.78
60812531--60812608	41	1.9	41	89	0	120	17	20	33	28	1.96
60814484--60814516	8	4.1	8	100	0	66	51	0	24	24	1.48
60814936--60815018	42	2.0	43	85	7	116	26	14	22	36	1.93
60814877--60815049	43	4.0	43	74	7	145	24	16	24	34	1.96
60831059--60831126	22	3.2	22	63	12	61	42	26	7	23	1.80
60831049--60831135	41	2.1	41	97	0	165	42	25	8	24	1.81
60831955--60832054	41	2.4	41	80	9	98	30	28	12	30	1.92
60837368--60837502	29	4.7	29	95	0	234	33	15	22	28	1.95
60845485--60845619	29	4.7	29	95	0	225	34	15	21	28	1.94
60854997--60855099	29	3.6	28	81	7	118	30	15	26	28	1.96
60863815--60864022	40	5.2	39	84	1	227	25	26	22	25	2.00
60863815--60864021	80	2.6	80	84	2	254	25	26	22	25	2.00
60871759--60871966	40	5.2	40	82	2	220	25	25	22	25	2.00
60892646--60892783	43	3.2	42	75	11	129	29	20	20	29	1.97
60893416--60893449	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60895782--60896060	48	5.9	47	70	10	178	25	27	20	26	1.99
60895789--60896065	96	2.9	95	79	7	289	25	27	19	27	1.99
60896224--60896263	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
60897909--60897977	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
60902796--60902936	48	2.9	48	69	10	126	26	23	19	30	1.98
60904019--60904044	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
60905161--60905207	18	2.6	18	75	0	58	48	12	12	25	1.77
60905524--60905840	27	11.8	27	85	2	415	42	18	13	25	1.87
60911833--60911899	27	2.5	27	85	0	98	37	17	23	20	1.94
60911833--60911911	27	2.9	26	83	7	95	37	20	21	20	1.94
60912056--60912429	27	13.9	27	84	0	426	25	20	18	35	1.96
60914040--60914577	272	2.0	272	94	0	950	36	27	12	23	1.90
60923851--60923909	30	2.0	30	83	6	75	44	8	11	35	1.72
60932761--60932935	40	4.4	40	84	3	212	25	21	26	26	2.00
60937928--60938144	78	2.7	80	87	6	300	28	26	19	26	1.99
60937928--60938151	40	5.7	40	87	5	287	27	26	20	25	1.99
60946044--60946229	40	4.7	40	89	5	261	26	27	21	24	1.99
60952352--60952532	40	4.6	40	87	2	249	24	23	25	25	2.00
60956015--60956117	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
60967713--60967896	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
60970500--60970540	15	2.7	16	88	11	68	51	14	19	14	1.77
60974028--60974218	50	3.8	50	80	1	213	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60977172--60977211	20	2.0	20	85	0	53	40	10	7	42	1.67
60980433--60980520	40	2.2	40	93	0	149	29	19	22	28	1.98
60980449--60980595	40	3.7	40	83	5	145	24	19	25	29	1.98
60982934--60982979	17	2.7	18	76	10	51	23	17	17	41	1.90
60991448--60991472	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
60993212--60993446	54	4.1	54	77	15	213	34	22	24	18	1.96
60993212--60993328	27	4.3	27	84	9	141	35	21	25	17	1.95
60993315--60993340	12	2.2	12	100	0	52	34	38	19	7	1.80
60993288--60993367	39	2.1	39	95	0	142	32	26	25	16	1.96
60993236--60993421	93	2.0	94	93	5	324	33	23	25	17	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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