genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67285820--67285919	51	2.0	51	86	7	141	31	28	18	23	1.97
67288099--67288420	46	7.0	46	86	0	412	40	14	23	21	1.90
67289167--67289212	22	2.1	22	87	0	65	47	10	4	36	1.58
67291710--67291879	64	2.6	64	85	3	171	27	26	24	21	2.00
67291759--67291879	64	1.9	65	92	1	208	27	24	25	22	2.00
67292909--67293007	43	2.3	43	82	6	112	30	22	16	31	1.95
67297202--67297496	50	5.9	50	82	3	346	25	18	26	29	1.98
67298970--67299174	110	1.9	110	93	0	356	32	20	12	35	1.89
67302361--67302552	79	2.4	81	84	6	241	24	28	22	24	2.00
67302361--67302552	40	4.8	39	79	8	190	24	28	22	24	2.00
67310437--67310628	79	2.4	81	84	6	241	24	28	22	24	2.00
67310437--67310628	40	4.8	39	79	8	190	24	28	22	24	2.00
67314094--67314194	27	3.7	27	76	10	89	40	18	9	30	1.83
67314124--67314199	27	2.8	27	82	4	91	39	22	10	27	1.87
67314191--67314401	27	7.8	27	85	4	257	27	22	9	40	1.84
67314191--67314401	81	2.6	81	85	4	293	27	22	9	40	1.84
67314380--67314547	54	3.1	54	84	3	212	39	22	8	30	1.83
67314389--67314632	27	9.0	27	78	5	170	38	19	9	32	1.84
67314670--67314753	27	3.1	27	89	3	125	30	21	26	21	1.98
67315945--67315993	20	2.5	20	93	0	80	34	10	22	32	1.88
67316044--67316226	22	8.1	23	86	11	231	28	21	22	26	1.99
67316044--67316226	46	4.0	46	84	14	222	28	21	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67316417--67316480	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
67319202--67319307	27	4.0	27	75	6	92	39	19	9	31	1.84
67319297--67319506	27	7.8	27	85	5	275	27	23	9	39	1.86
67319499--67319651	27	5.7	27	82	7	170	40	21	8	29	1.83
67319485--67319652	54	3.1	54	82	5	196	38	22	8	30	1.84
67319762--67319853	27	3.4	27	87	3	123	33	19	26	20	1.96
67321063--67321121	20	3.0	20	97	0	109	35	11	20	32	1.89
67321067--67321121	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
67321169--67321365	24	9.0	22	80	17	202	27	22	21	27	1.99
67321168--67321339	24	7.8	24	81	14	219	27	23	21	27	1.99
67321168--67321337	62	2.6	63	88	9	238	27	22	21	27	1.99
67321555--67321618	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
67329564--67329736	46	3.7	46	79	10	208	22	21	27	28	1.99
67329561--67329731	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
67332663--67332745	41	2.0	41	95	0	148	42	6	15	36	1.72
67332825--67332856	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
67332822--67332943	52	2.4	52	81	2	140	25	12	28	33	1.92
67334868--67334928	15	4.1	15	73	0	59	16	16	11	55	1.68
67337404--67337448	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
67340180--67340289	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
67342296--67342365	28	2.5	28	88	9	99	28	11	27	32	1.91
67343404--67343599	55	3.6	52	80	8	214	20	26	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67346340--67346371	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
67346482--67346616	50	2.7	49	80	3	146	26	16	25	31	1.96
67348648--67348748	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
67348677--67348748	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
67350834--67351066	50	4.6	50	78	3	162	26	17	25	30	1.97
67350881--67351130	50	5.0	50	76	4	216	26	18	24	30	1.98
67350885--67351066	101	1.8	101	87	0	274	27	19	24	28	1.99
67361017--67361170	81	1.9	80	85	4	211	48	5	7	38	1.55
67363311--67363345	16	2.3	15	90	5	52	77	0	17	5	0.96
67364904--67365018	29	4.0	29	88	4	99	25	22	15	36	1.94
67364916--67365018	29	3.5	29	94	2	179	23	24	15	36	1.93
67364915--67365048	59	2.2	60	88	1	198	24	25	14	35	1.94
67371966--67372080	29	4.0	29	88	4	99	25	22	15	36	1.94
67371978--67372080	29	3.5	29	94	2	179	23	24	15	36	1.93
67371977--67372110	59	2.2	60	88	1	198	24	25	14	35	1.94
67372596--67372640	25	1.9	24	86	13	67	6	15	0	77	0.96
67375548--67375677	29	4.5	30	86	9	171	32	13	25	28	1.94
67383057--67383223	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
67383073--67383223	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
67391035--67391201	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
67391051--67391201	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
67398605--67398699	45	2.1	45	98	0	181	31	26	5	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67405589--67405632	16	2.8	16	75	0	52	75	0	13	11	1.06
67407437--67407523	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
67407624--67407889	47	5.6	47	89	9	416	30	30	9	29	1.88
67407664--67407738	22	3.3	22	64	10	60	29	32	10	28	1.90
67407624--67407892	48	5.6	48	92	5	451	30	30	8	29	1.88
67410655--67410752	41	2.4	41	80	11	112	25	24	25	24	2.00
67411493--67411621	40	3.2	40	88	0	195	27	30	19	23	1.98
67411601--67411660	29	2.0	30	93	3	104	26	30	20	23	1.98
67413552--67413638	37	2.3	36	92	5	138	26	32	19	21	1.97
67413745--67414314	49	11.7	49	96	0	1025	30	31	9	28	1.89
67418994--67419054	27	2.3	27	97	2	115	34	11	16	37	1.85
67420670--67420725	28	2.0	28	96	0	103	28	19	14	37	1.91
67431500--67431867	47	7.7	49	91	5	576	32	7	30	29	1.86
67431500--67431867	96	3.9	96	92	2	591	32	7	30	29	1.86
67452866--67453055	40	4.8	40	83	5	260	26	27	22	23	1.99
67462788--67462819	10	3.2	10	95	0	55	84	0	15	0	0.63
67462788--67462822	14	2.5	14	85	0	52	82	0	17	0	0.66
67464058--67464238	40	4.6	40	82	8	201	24	20	27	26	1.99
67464058--67464232	79	2.2	80	82	8	214	25	21	28	25	1.99
67464088--67464271	79	2.3	77	78	10	183	27	20	26	26	1.99
67466023--67466064	20	2.3	19	84	15	54	26	26	9	38	1.87
67474651--67474750	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67475592--67475616	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
67483220--67483401	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
67483250--67483402	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
67496463--67496753	24	12.1	24	97	0	510	36	25	18	20	1.95
67499411--67499465	22	2.5	22	85	2	76	14	32	36	16	1.89
67499411--67499461	21	2.4	21	86	3	66	15	35	35	13	1.87
67500004--67500055	25	2.1	25	96	0	95	28	25	23	23	1.99
67507152--67507213	28	2.2	28	85	2	79	25	14	27	32	1.95
67511419--67511492	34	2.2	34	85	0	94	28	12	25	33	1.92
67512745--67512785	18	2.3	18	91	4	66	36	2	19	41	1.65
67515596--67515654	23	2.5	24	80	5	75	15	20	22	42	1.89
67515608--67515676	22	3.1	22	85	2	75	15	18	21	43	1.88
67521083--67521183	43	2.3	43	81	6	107	29	24	15	29	1.96
67529018--67529120	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
67532054--67532221	40	4.2	40	78	6	178	26	21	26	26	1.99
67545536--67545634	44	2.3	44	94	3	175	30	16	22	31	1.95
67545536--67545653	44	2.7	44	89	2	150	29	16	22	31	1.96
67548128--67548289	43	3.8	42	75	8	130	26	17	24	31	1.97
67549321--67549389	30	2.3	30	100	0	138	27	21	31	18	1.97
67551025--67551063	18	2.2	18	85	0	51	51	15	17	15	1.77
67551391--67551582	27	7.1	27	79	0	168	42	19	13	23	1.87
67553935--67554002	20	3.3	20	72	8	64	38	29	13	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67553933--67554017	42	2.0	42	95	0	152	40	27	12	20	1.89
67553944--67554014	20	3.5	20	71	7	70	38	28	14	19	1.91
67556851--67556898	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
67559568--67559668	28	3.5	29	86	6	125	30	26	13	28	1.94
67563981--67564208	40	5.7	40	91	3	361	25	26	22	25	2.00
67571920--67572145	40	5.7	40	89	7	345	25	26	22	25	2.00
67578544--67578610	20	3.3	20	87	0	98	34	11	20	32	1.90
67578660--67578754	23	4.1	23	95	0	172	27	20	21	31	1.97
67578969--67579032	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
67579937--67580039	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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