genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86651713--86651781	35	2.0	35	88	0	102	27	24	7	40	1.81
86656928--86656998	35	2.0	35	86	0	97	26	26	8	38	1.85
86657124--86657616	42	11.7	42	81	8	425	17	31	32	19	1.95
86657375--86657444	23	3.2	23	64	15	67	22	31	27	18	1.97
86657136--86657540	169	2.4	169	81	5	482	18	31	31	19	1.95
86657138--86657705	84	6.7	85	80	5	541	17	29	32	20	1.96
86657138--86657737	42	14.2	42	79	6	270	17	29	33	20	1.95
86665574--86665693	58	2.1	58	93	0	204	30	24	21	24	1.99
86675390--86675467	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
86679980--86680013	17	2.0	17	100	0	68	29	11	41	17	1.85
86680779--86680898	55	2.2	55	80	7	138	21	29	24	25	1.99
86685215--86685366	67	2.2	68	80	10	177	31	16	29	22	1.96
86694863--86694932	36	1.9	36	88	5	106	40	25	15	18	1.90
86697760--86697805	10	4.5	10	81	5	56	15	23	21	39	1.92
86697757--86697805	21	2.4	20	89	3	71	14	22	22	40	1.90
86698030--86698058	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
86700145--86700200	17	3.0	17	85	15	67	71	0	19	8	1.12
86704693--86704770	24	3.2	24	88	0	111	34	3	41	20	1.71
86706216--86706314	27	3.7	26	80	6	108	21	23	19	36	1.95
86706204--86706314	54	2.1	53	86	1	150	19	22	21	36	1.96
86707321--86707527	53	3.8	54	78	4	220	21	23	17	37	1.94
86718672--86718885	46	4.6	46	79	9	204	22	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86719223--86719280	30	1.9	30	92	0	98	34	22	8	34	1.85
86725459--86725510	27	2.0	26	84	3	68	34	25	15	25	1.95
86725536--86725563	11	2.5	11	100	0	56	53	17	0	28	1.44
86726438--86726474	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
86729674--86729945	46	5.9	45	76	8	185	26	20	30	22	1.98
86729674--86729885	92	2.3	90	82	4	228	26	20	31	22	1.98
86732681--86732717	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
86735512--86735587	27	2.8	27	89	0	107	31	17	14	36	1.90
86735552--86735873	27	12.0	27	80	4	294	31	9	18	39	1.84
86735509--86735844	54	6.2	54	76	5	254	31	11	17	38	1.86
86735527--86735872	81	4.3	80	81	2	379	31	10	18	39	1.85
86736151--86736258	28	3.9	28	82	3	137	24	33	16	25	1.96
86739711--86739737	9	3.0	9	100	0	54	22	33	0	44	1.53
86746016--86746109	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
86746012--86746146	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
86757060--86757189	49	2.6	48	77	9	138	23	26	20	29	1.99
86758924--86758986	28	2.3	28	91	2	101	26	15	17	39	1.90
86764259--86764403	40	3.7	40	83	2	168	24	22	29	23	1.99
86770953--86771097	40	3.7	40	80	2	150	24	22	28	24	1.99
86772702--86772735	18	1.9	18	88	5	52	17	41	23	17	1.90
86781644--86781845	40	5.1	40	76	9	157	24	24	27	24	2.00
86781643--86781794	78	1.9	78	84	5	198	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86784753--86784780	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
86788611--86788650	19	2.1	19	86	9	55	35	20	7	37	1.81
86794404--86794490	24	3.6	24	93	0	156	21	17	26	34	1.95
86794404--86794512	48	2.3	48	90	3	166	24	17	24	33	1.96
86796709--86796818	39	2.8	39	88	1	157	24	21	30	23	1.99
86799282--86799373	38	2.4	38	89	5	132	43	9	8	38	1.69
86805806--86805919	38	2.9	38	87	5	149	42	9	10	36	1.72
86810125--86810158	17	1.9	18	88	5	52	55	14	11	17	1.68
86815792--86815961	46	3.7	46	77	10	193	22	19	28	30	1.98
86815786--86815956	93	1.8	93	91	0	279	21	19	28	29	1.98
86816186--86816223	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
86821917--86821981	31	2.1	31	97	0	121	26	26	30	16	1.97
86822318--86822367	21	2.3	21	83	16	59	4	36	0	60	1.16
86822559--86822602	17	2.6	17	85	0	61	4	13	4	77	1.08
86824535--86824564	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
86829958--86830110	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
86829959--86830140	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
86837916--86838068	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
86837917--86838098	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
86846832--86846934	29	3.6	29	91	0	161	25	33	15	26	1.95
86846803--86846934	58	2.3	58	83	0	165	25	34	15	25	1.95
86855984--86856112	43	3.0	42	74	7	143	20	31	31	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86855984--86856151	85	2.0	86	86	3	241	19	29	32	19	1.96
86856007--86856151	43	3.4	42	73	12	134	18	27	33	20	1.96
86858211--86858322	39	2.9	39	85	5	163	22	19	30	27	1.98
86859408--86859515	52	2.1	52	94	1	191	32	6	21	39	1.79
86866230--86866380	39	3.9	39	90	0	221	21	19	29	29	1.98
86866230--86866410	78	2.3	78	83	3	195	21	20	28	28	1.98
86866367--86866449	39	2.1	39	82	4	96	20	24	28	26	1.99
86866639--86866668	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
86867393--86867866	43	11.1	43	79	6	486	19	29	33	17	1.95
86867393--86868186	85	9.5	86	74	11	603	20	29	31	18	1.96
86867392--86867865	213	2.2	212	81	7	561	19	29	33	17	1.95
86867891--86868256	43	8.6	43	70	8	156	22	29	29	18	1.97
86867728--86868029	158	1.9	157	81	6	360	20	31	29	17	1.96
86867576--86868209	328	1.9	328	83	3	803	20	29	31	18	1.97
86868007--86868173	43	3.9	42	81	7	176	19	28	33	17	1.95
86868273--86868439	43	3.9	43	84	4	212	18	32	29	19	1.96
86868278--86868463	43	4.3	43	81	8	130	18	32	28	19	1.96
86875232--86875361	40	3.2	40	74	8	131	25	23	26	23	2.00
86878482--86878603	58	2.1	59	84	4	158	24	16	22	36	1.94
86879057--86879412	186	1.9	183	82	5	448	31	25	23	19	1.98
86882065--86882285	40	5.6	40	83	2	250	25	23	26	24	2.00
86890106--86890325	40	5.6	40	82	3	241	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86890106--86890325	39	5.5	39	80	5	228	25	23	26	24	2.00
86890106--86890289	79	2.3	81	86	1	264	26	23	26	23	2.00
86897564--86897830	48	5.7	46	73	13	181	22	29	18	29	1.97
86900238--86900368	56	2.3	56	88	0	181	33	25	12	27	1.93
86904999--86905108	40	2.7	41	86	8	138	20	29	27	23	1.99
86911472--86911565	47	2.0	47	100	0	188	23	21	21	34	1.97
86922180--86922249	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
86930234--86930317	28	2.9	27	74	10	78	22	3	4	69	1.23
86936028--86936117	32	2.8	32	90	5	130	27	27	15	28	1.96
86942617--86942685	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
86954615--86954661	23	2.0	25	84	12	64	46	0	0	53	1.00
86956818--86956895	21	3.7	21	92	0	120	41	47	2	8	1.49
86957013--86957064	27	1.9	27	88	0	77	38	25	23	13	1.91
86965728--86965935	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
86965728--86965933	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
86971712--86971853	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
86971751--86971879	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
86980189--86980396	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
86980189--86980394	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
86983065--86983784	48	15.0	48	93	0	1190	35	6	27	31	1.82
86983818--86983951	37	3.6	37	97	0	250	24	17	32	25	1.97
86994646--86994744	27	3.7	27	73	10	89	41	22	19	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86997659--86997802	57	2.5	58	82	6	168	34	17	17	31	1.93
86998975--86999072	29	3.4	29	86	6	128	29	27	15	27	1.96
87019704--87019762	12	5.1	12	70	13	52	25	1	5	67	1.20
87019702--87019740	19	2.1	19	90	0	60	25	5	2	66	1.25
87019709--87019750	19	2.3	19	79	4	50	23	2	7	66	1.28
87027622--87027813	43	4.5	43	90	1	260	31	17	18	32	1.95
87034758--87034787	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
87039022--87039088	33	2.0	33	97	0	125	28	20	19	31	1.97
87043116--87043212	48	2.1	47	96	3	178	31	10	13	44	1.77
87043115--87043191	23	3.2	24	68	31	67	29	11	12	45	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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