genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.311.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92404398--92404463	27	2.3	30	82	10	84	36	4	3	56	1.35
92404401--92404464	29	2.3	27	81	8	74	35	4	3	56	1.36
92404453--92404490	19	2.0	20	89	5	60	21	5	0	73	1.02
92406173--92406219	23	2.0	24	91	4	78	61	2	0	36	1.08
92412701--92412777	36	2.1	37	95	2	138	33	5	14	46	1.66
92413368--92413646	141	2.0	141	85	2	382	34	13	20	31	1.91
92415507--92415555	17	2.8	18	78	6	55	44	6	18	30	1.74
92421942--92421979	6	6.3	6	100	0	76	18	0	0	81	0.69
92422575--92422654	28	2.9	29	81	7	85	30	18	16	35	1.93
92429546--92429597	23	2.2	23	93	3	86	42	7	13	36	1.73
92430337--92430361	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
92430906--92430956	5	10.0	5	83	12	50	52	0	1	45	1.12
92430908--92430959	17	2.9	17	80	5	50	51	0	3	44	1.19
92437439--92437490	20	2.9	17	83	13	52	42	1	0	55	1.10
92437482--92437538	29	2.0	29	86	13	82	29	3	1	64	1.20
92439568--92439625	23	2.5	23	94	0	107	46	41	3	8	1.51
92439884--92439924	10	4.3	10	81	12	50	31	24	0	43	1.54
92440127--92440176	15	3.3	15	82	0	73	50	12	2	36	1.51
92440313--92440348	10	3.6	10	96	0	63	13	30	11	44	1.79
92440475--92440521	15	2.9	15	79	14	58	6	29	8	55	1.55
92440698--92440752	21	2.5	22	72	16	60	65	5	0	29	1.15
92453740--92453781	19	2.2	20	86	4	59	61	4	0	33	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92454527--92454568	15	2.9	14	86	10	57	26	0	19	54	1.44
92454673--92454745	29	2.4	31	80	11	80	26	4	19	50	1.65
92456805--92456845	15	2.9	15	82	7	50	60	2	14	21	1.45
92458231--92458256	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
92458487--92458525	21	1.9	20	84	5	51	23	0	15	61	1.33
92460856--92460905	18	2.8	18	77	14	59	52	0	8	40	1.31
92461079--92461121	22	2.0	22	81	9	52	25	0	2	72	0.97
92463510--92463646	60	2.3	60	85	2	177	26	24	22	27	2.00
92463510--92463636	30	4.2	30	87	0	155	25	22	23	27	2.00
92466952--92466992	21	1.9	22	95	5	75	51	0	0	48	1.00
92467016--92467091	30	2.5	30	76	4	82	56	1	0	42	1.07
92467038--92467071	17	1.9	17	94	5	59	64	0	0	35	0.94
92467172--92467270	21	4.5	23	72	15	77	53	1	1	44	1.14
92470257--92470327	28	2.5	29	78	15	76	30	15	8	45	1.76
92474044--92474074	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
92483876--92483932	27	2.1	29	83	9	75	54	7	5	33	1.50
92485670--92485731	28	2.2	28	82	0	70	37	0	3	59	1.13
92485670--92485750	9	8.4	10	71	13	53	34	1	3	60	1.22
92502243--92502290	12	3.8	12	79	15	60	22	0	14	62	1.32
92502239--92502295	27	2.1	27	100	0	114	28	0	14	57	1.37
92513394--92513479	43	2.0	43	93	0	145	51	2	20	25	1.60
92514234--92514311	25	3.1	25	87	5	113	50	2	3	43	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92514519--92514577	24	2.6	23	79	12	68	44	5	18	32	1.72
92514636--92514663	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
92515569--92515632	18	3.6	18	89	0	101	35	18	15	29	1.92
92515569--92515660	18	5.1	18	81	5	96	33	15	15	35	1.89
92515639--92515721	18	4.6	18	69	11	62	36	4	19	39	1.73
92527791--92527884	49	1.9	49	86	4	136	44	7	23	24	1.79
92528727--92528790	32	2.0	32	96	0	119	48	15	7	28	1.73
92529060--92529176	51	2.3	51	92	0	189	28	20	13	37	1.91
92543470--92543502	15	2.3	15	94	5	59	66	3	6	24	1.28
92545384--92545533	10	14.9	9	71	19	77	34	0	4	60	1.23
92545373--92545470	32	3.1	31	75	13	94	34	1	5	59	1.26
92545373--92545480	22	5.3	20	76	18	84	35	0	4	59	1.25
92545454--92545487	16	2.1	17	88	5	52	32	0	5	61	1.20
92545417--92545491	29	2.6	28	75	6	78	33	0	5	61	1.19
92550562--92550638	28	2.9	27	81	7	79	57	0	2	40	1.13
92551222--92551249	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
92556585--92556685	48	2.1	48	81	3	114	43	28	8	18	1.80
92556726--92556765	21	2.0	21	90	5	64	27	5	27	40	1.77
92558030--92558074	22	2.1	22	84	8	58	62	0	2	35	1.08
92558090--92558150	21	2.8	21	77	5	59	63	1	3	31	1.20
92563461--92563492	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
92565774--92565995	46	4.8	46	84	9	308	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92565820--92565988	93	1.8	93	96	0	311	20	21	29	28	1.98
92572900--92573121	46	4.8	46	84	9	308	20	20	29	29	1.98
92572946--92573114	93	1.8	93	96	0	311	20	21	29	28	1.98
92577350--92577408	31	1.9	31	86	6	84	38	11	15	33	1.84
92578137--92578163	12	2.2	12	100	0	54	18	37	14	29	1.91
92580021--92580118	43	2.3	43	90	0	160	22	33	23	20	1.97
92580263--92580309	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
92584712--92584773	3	20.7	3	100	0	124	32	0	0	67	0.91
92585468--92585524	7	8.0	7	74	3	51	47	26	1	24	1.62
92585465--92585524	14	4.1	15	74	8	70	46	28	1	23	1.62
92585630--92585697	15	4.5	15	75	14	68	16	0	33	50	1.45
92585709--92585804	41	2.3	40	82	5	120	18	20	20	39	1.92
92585729--92585812	41	2.0	41	90	0	132	22	20	19	38	1.94
92589216--92589413	100	2.0	100	94	0	351	23	22	19	34	1.96
92589518--92589574	29	1.9	30	89	3	89	29	1	14	54	1.50
92589491--92589574	31	2.8	29	82	7	89	33	2	13	51	1.54
92589686--92589742	29	1.9	30	92	3	98	43	8	8	38	1.67
92589941--92590001	20	2.8	22	82	12	72	52	3	1	42	1.27
92589947--92590023	23	3.5	22	79	13	70	48	1	1	49	1.17
92604327--92604370	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
92604394--92604430	16	2.3	16	86	13	58	62	2	0	35	1.10
92604698--92604760	29	2.2	29	100	0	126	46	9	9	34	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92605164--92605205	18	2.3	18	88	8	59	47	4	0	47	1.23
92605772--92605863	40	2.3	41	77	5	98	38	3	4	54	1.37
92614067--92614103	16	2.3	16	90	0	56	56	16	8	18	1.64
92617134--92617215	19	4.3	19	79	0	83	20	24	21	32	1.98
92623160--92623240	10	8.8	9	70	17	51	41	4	0	53	1.22
92623153--92623229	28	2.8	27	71	13	66	38	6	0	54	1.26
92623707--92623746	19	2.1	19	85	0	53	25	17	5	52	1.64
92629811--92629837	9	3.0	9	100	0	54	33	33	0	33	1.58
92631746--92631823	38	2.0	39	87	5	113	37	1	7	53	1.38
92632984--92633057	31	2.4	30	77	6	85	35	13	9	41	1.77
92634237--92634275	20	1.9	20	84	5	51	35	12	10	41	1.77
92640750--92640783	17	1.9	18	88	5	52	5	20	8	64	1.43
92643869--92643908	16	2.4	17	83	12	55	80	7	10	2	1.00
92644022--92644064	9	4.7	9	83	16	61	55	11	0	32	1.36
92644904--92644957	23	2.3	23	96	0	99	46	16	3	33	1.65
92644904--92644967	23	2.8	23	90	4	85	46	15	3	34	1.62
92645714--92645764	15	3.3	15	79	12	50	49	13	0	37	1.43
92649921--92649988	13	5.2	13	69	0	55	36	23	2	36	1.70
92650071--92650418	183	1.9	183	86	2	493	20	22	14	42	1.88
92650317--92650388	21	3.2	21	66	21	56	26	23	9	40	1.85
92650071--92650435	46	8.0	46	89	2	450	21	22	13	42	1.88
92652485--92652543	11	5.2	11	80	8	64	62	1	0	35	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92655310--92655341	11	2.9	11	95	0	55	68	3	0	28	1.04
92657674--92657707	11	3.1	11	95	0	59	38	0	17	44	1.49
92660444--92660473	2	15.0	2	92	0	51	46	3	0	50	1.18
92661182--92661256	30	2.5	29	78	6	69	42	2	4	50	1.35
92662100--92662331	66	3.5	66	92	3	358	40	9	12	37	1.76
92663493--92663561	31	2.2	31	84	0	93	37	14	27	20	1.91
92673947--92674051	46	2.2	50	86	6	146	37	14	23	24	1.92
92680227--92680254	13	2.2	13	100	0	56	0	7	0	92	0.37
92689982--92690023	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
92691003--92691044	20	2.2	20	87	12	61	57	4	19	19	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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