genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70611918--70611942	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
70613269--70613325	13	3.9	15	80	17	57	5	21	3	70	1.22
70613268--70613313	17	2.9	16	81	15	51	4	23	4	67	1.27
70619684--70619710	10	2.7	10	100	0	54	77	7	0	14	0.97
70625355--70625518	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
70625355--70625552	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
70632933--70633096	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
70632933--70633130	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
70642038--70642119	30	2.7	30	81	9	87	10	21	2	64	1.37
70642070--70642125	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
70642095--70642119	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
70642189--70642245	5	11.0	5	75	20	55	1	17	3	77	1.00
70642189--70642245	16	3.7	14	82	15	60	1	17	3	77	1.00
70642189--70642256	21	3.2	21	76	15	61	1	17	4	76	1.03
70647404--70647449	10	4.5	10	81	5	56	15	23	21	39	1.92
70647401--70647449	21	2.4	20	89	3	71	14	22	22	40	1.90
70647674--70647698	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
70649152--70649247	30	3.2	30	74	1	95	27	26	16	30	1.97
70650963--70650992	12	2.5	12	94	0	51	76	6	3	13	1.11
70650963--70650994	11	2.8	12	95	4	57	71	6	3	18	1.20
70650985--70651023	17	2.4	16	83	8	51	74	2	7	15	1.15
70651941--70651997	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70651930--70651997	21	3.2	20	80	12	66	76	2	17	2	1.04
70651941--70651997	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
70651941--70651997	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
70652066--70652145	30	2.7	29	83	9	90	67	1	20	11	1.28
70652066--70652146	31	2.7	30	84	5	94	66	1	19	12	1.30
70654249--70654345	30	3.2	30	76	2	106	27	27	16	27	1.97
70662665--70662963	27	11.1	27	85	2	377	41	7	21	30	1.80
70662665--70662963	81	3.7	81	88	1	429	41	7	21	30	1.80
70662955--70663057	27	4.0	27	82	8	117	31	11	19	37	1.87
70664775--70664805	14	2.2	14	94	0	53	58	3	29	9	1.46
70668310--70668367	21	2.8	20	86	2	71	15	25	22	36	1.94
70671891--70671947	20	2.7	21	81	5	62	68	3	22	5	1.25
70673020--70673097	20	3.8	20	89	1	111	16	25	21	35	1.94
70673008--70673088	10	8.0	10	77	1	72	19	27	20	32	1.97
70675398--70675452	26	2.1	26	90	6	85	27	7	20	45	1.77
70677739--70677870	50	2.6	51	80	3	158	39	12	13	34	1.82
70677875--70677963	39	2.3	39	88	0	133	48	16	7	26	1.74
70683427--70683575	27	5.5	27	81	3	183	41	18	8	31	1.80
70683427--70683576	81	1.9	81	87	2	221	41	18	8	32	1.80
70683601--70683768	27	6.2	27	83	3	169	39	23	6	30	1.80
70683752--70684108	27	13.3	27	87	1	412	36	18	19	25	1.94
70684524--70684595	31	2.3	31	95	0	126	19	16	13	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70686561--70686653	26	3.5	27	80	11	120	40	17	9	32	1.82
70686666--70686727	27	2.3	27	97	0	115	33	24	6	35	1.81
70686679--70686846	27	6.2	27	83	2	167	38	23	7	30	1.82
70686830--70687212	27	14.3	27	85	2	466	36	18	19	25	1.95
70686776--70687212	54	8.1	53	84	4	414	36	18	18	26	1.94
70686776--70687211	81	5.4	80	79	7	343	36	18	18	26	1.94
70687612--70687691	31	2.5	31	85	2	115	21	17	12	48	1.80
70695534--70695564	11	2.7	12	95	5	55	9	6	6	77	1.12
70697274--70697300	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
70698645--70698669	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
70703716--70703812	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
70705619--70705748	71	1.9	70	82	7	158	21	30	16	31	1.96
70715679--70715717	18	2.3	17	86	8	53	74	5	7	12	1.20
70716622--70716685	5	12.6	5	74	21	53	79	0	15	4	0.89
70716632--70716683	15	3.2	16	86	8	70	80	0	15	3	0.85
70716752--70716836	30	2.8	30	78	8	75	63	1	22	12	1.36
70719072--70719168	30	3.2	30	70	8	81	28	28	14	27	1.95
70724226--70724325	43	2.3	43	83	11	116	22	29	23	26	1.99
70726446--70726642	38	5.1	38	84	4	243	31	23	21	22	1.98
70726446--70726642	78	2.6	76	82	6	261	31	23	21	22	1.98
70729870--70730080	93	2.3	93	88	0	305	30	27	18	24	1.97
70729855--70730080	46	4.8	48	69	15	161	30	26	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70731879--70731931	12	4.4	12	81	9	63	13	22	0	64	1.28
70731863--70731931	36	1.9	36	81	0	84	14	24	0	60	1.34
70731879--70731931	24	2.2	24	86	0	70	13	22	0	64	1.28
70733735--70733788	20	2.6	21	79	2	65	51	18	18	11	1.74
70735163--70735233	36	2.0	36	91	0	115	33	18	11	36	1.86
70735915--70735946	16	2.1	16	94	5	57	25	0	3	71	1.00
70737098--70737160	18	3.6	18	72	10	58	9	26	1	61	1.36
70737134--70737185	6	8.5	6	76	4	50	9	19	0	71	1.13
70737134--70737178	18	2.4	19	85	3	56	8	20	0	71	1.12
70740456--70740637	49	3.7	49	87	2	256	30	25	17	26	1.97
70740550--70740631	26	3.3	26	65	22	75	31	26	14	26	1.95
70742034--70742075	19	2.2	19	86	0	57	57	16	2	23	1.51
70743107--70743160	10	4.9	11	80	14	58	22	7	7	62	1.46
70749535--70749646	27	4.2	26	84	7	134	37	22	24	16	1.93
70749535--70749646	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
70754834--70754930	30	3.2	30	76	5	99	28	16	25	28	1.97
70757171--70757227	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
70757171--70757227	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
70757169--70757238	20	3.3	20	73	18	63	4	18	1	75	1.04
70758138--70758203	23	2.8	24	84	6	91	19	4	6	69	1.27
70758136--70758203	12	5.8	12	86	8	77	20	4	5	69	1.28
70759872--70759968	30	3.2	30	75	5	90	28	16	24	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70762999--70763028	11	2.9	10	90	9	51	56	10	10	23	1.62
70764087--70764198	27	4.2	26	83	7	125	37	21	24	16	1.94
70764087--70764198	54	2.1	54	84	3	145	37	21	24	16	1.94
70770402--70770428	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
70787218--70787458	38	6.3	38	87	0	329	33	23	20	22	1.97
70787241--70787459	114	1.9	114	93	0	375	32	23	21	22	1.98
70791635--70791698	30	2.2	29	94	2	110	35	23	15	25	1.94
70797649--70797819	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
70797641--70797816	46	3.8	46	80	12	216	28	29	21	20	1.98
70802089--70802232	27	5.3	27	88	0	207	27	23	8	40	1.83
70802224--70802366	27	5.3	26	73	13	94	37	21	11	28	1.89
70802264--70802465	54	3.7	54	76	6	192	42	18	7	30	1.79
70802264--70802470	27	7.6	27	73	9	134	42	20	7	29	1.80
70802504--70802568	27	2.4	27	82	5	78	35	16	24	23	1.95
70803272--70803358	20	4.3	20	92	2	140	40	10	18	31	1.84
70803408--70803526	25	4.8	26	80	9	142	28	23	21	26	1.99
70803420--70803511	48	1.9	47	95	2	166	30	23	20	25	1.99
70803420--70803486	22	2.8	23	80	8	73	31	22	20	25	1.98
70803744--70803849	31	3.4	31	92	0	176	31	16	25	26	1.97
70806969--70807002	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
70808379--70808489	28	3.9	28	78	4	116	26	14	33	26	1.94
70808379--70808487	56	1.9	57	85	5	150	26	14	33	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70808792--70809038	27	9.2	27	83	4	277	40	20	8	30	1.81
70808784--70809036	53	4.7	53	80	8	239	41	20	7	30	1.81
70808783--70809038	80	3.2	79	83	3	264	41	19	8	30	1.81
70808784--70809069	54	5.3	53	78	7	210	40	19	8	31	1.81
70808792--70809069	80	3.5	80	81	3	238	40	20	8	30	1.82
70817992--70818022	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
70818019--70818063	21	2.2	20	92	4	72	31	15	17	35	1.92
70818019--70818063	10	4.4	10	91	5	72	31	15	17	35	1.92
70821730--70821756	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
70822129--70822173	22	2.0	22	95	0	81	20	0	37	42	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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