genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81754344--81754410	32	2.1	33	82	2	82	58	0	1	40	1.07
81754822--81754870	15	3.3	15	73	21	50	65	4	2	28	1.22
81765831--81765982	76	2.0	76	100	0	304	35	19	11	32	1.88
81766275--81766325	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
81770654--81770806	67	2.3	65	85	6	191	32	16	29	21	1.96
81774393--81774447	7	7.9	7	80	8	58	9	0	43	47	1.35
81774389--81774447	21	2.8	21	89	0	82	8	0	42	49	1.33
81774490--81774521	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
81775661--81775897	37	6.5	37	86	1	316	14	48	12	24	1.79
81775661--81775897	109	2.2	110	88	1	341	14	48	12	24	1.79
81775783--81775844	19	3.3	19	67	13	56	16	48	9	25	1.76
81776267--81776323	28	2.0	28	100	0	114	24	14	7	54	1.64
81778214--81778322	27	4.1	27	78	13	136	50	13	0	35	1.42
81778257--81778417	9	18.1	9	68	13	84	45	18	1	34	1.58
81778280--81778400	36	3.4	36	91	2	192	46	17	1	34	1.58
81778214--81778367	79	1.9	79	84	5	204	48	15	0	35	1.50
81781820--81782125	48	6.6	48	88	8	420	32	27	6	34	1.82
81781841--81782111	134	2.0	135	92	1	454	33	26	5	34	1.79
81792531--81792559	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
81793309--81793492	43	4.3	42	76	4	145	29	18	21	30	1.97
81793547--81793684	42	3.3	42	78	3	134	26	18	19	34	1.95
81793580--81793692	42	2.7	41	84	2	145	25	17	17	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81793678--81793761	34	2.4	35	90	4	134	29	14	16	39	1.88
81793688--81793761	34	2.2	34	97	0	139	32	14	13	39	1.86
81799242--81799270	12	2.4	12	100	0	58	27	31	34	6	1.83
81800212--81800241	5	6.0	5	92	0	51	16	0	3	80	0.85
81801950--81802091	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
81801989--81802117	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
81809877--81810043	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
81813132--81813351	113	1.9	113	90	0	350	33	22	21	23	1.98
81819780--81819856	27	2.8	26	73	11	66	41	44	1	12	1.51
81819899--81819923	13	1.9	13	100	0	50	48	52	0	0	1.00
81823314--81823356	5	8.0	5	80	14	50	20	0	2	76	0.89
81823323--81823362	18	2.2	18	91	8	64	27	0	0	72	0.85
81828553--81828601	23	2.1	23	100	0	98	48	12	18	20	1.79
81828561--81828599	11	3.5	11	79	6	51	51	12	17	17	1.76
81828713--81828760	23	2.1	23	100	0	96	45	8	16	29	1.76
81834854--81834932	37	2.1	37	90	0	122	48	7	7	36	1.60
81834854--81834931	19	4.2	18	73	14	61	48	7	7	35	1.61
81835023--81835061	18	2.2	17	90	4	60	43	12	0	43	1.42
81838822--81838881	30	2.0	30	100	0	120	56	13	16	13	1.67
81840792--81840849	21	2.8	20	76	7	62	51	17	1	29	1.55
81840798--81840850	20	2.6	21	84	3	72	49	16	1	32	1.57
81841178--81841282	52	2.0	53	94	1	185	40	16	16	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81841424--81841621	99	2.0	99	95	0	360	37	16	12	33	1.86
81842815--81842851	18	1.9	19	89	10	58	75	0	0	24	0.80
81845195--81845294	50	2.0	50	100	0	200	38	22	18	22	1.94
81854808--81854868	17	3.7	16	74	22	54	27	19	1	50	1.57
81854806--81854868	33	1.9	33	87	6	92	28	20	1	49	1.58
81854806--81854862	6	10.4	5	76	16	51	26	21	1	50	1.58
81855067--81855114	5	9.4	5	93	2	78	79	2	0	18	0.84
81855868--81855912	18	2.6	17	89	6	72	51	2	0	46	1.13
81855873--81855912	18	2.3	18	95	4	73	50	2	0	47	1.14
81861836--81861954	6	19.3	6	66	17	57	48	11	18	21	1.79
81861850--81861932	31	2.7	31	80	0	94	48	10	19	21	1.79
81861890--81861954	25	2.6	25	82	0	85	47	12	18	21	1.81
81861857--81861954	31	3.4	29	71	16	78	47	11	19	21	1.80
81862772--81863108	27	13.0	27	77	10	260	25	21	16	36	1.94
81862773--81863108	54	6.5	54	76	10	331	25	21	16	36	1.94
81862878--81863074	99	2.0	99	93	0	340	24	22	15	37	1.93
81862851--81863101	126	2.0	126	90	0	394	25	22	15	36	1.94
81863137--81863438	27	11.3	27	77	5	247	31	9	19	39	1.83
81863139--81863438	53	5.6	53	80	4	266	31	9	19	40	1.83
81863155--81863438	80	3.6	79	79	5	286	30	9	19	39	1.84
81863379--81863446	26	2.5	26	77	17	68	29	10	22	38	1.87
81865056--81865117	17	3.8	16	78	16	56	29	20	0	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81866108--81866152	18	2.6	17	89	6	72	51	2	0	46	1.13
81866113--81866152	18	2.3	18	95	4	73	50	2	0	47	1.14
81868751--81868797	24	2.0	24	95	4	87	61	17	4	17	1.49
81871522--81871559	16	2.3	17	90	4	60	18	13	0	68	1.21
81877785--81877867	18	4.6	17	71	23	55	46	2	1	49	1.22
81879511--81879568	30	1.9	30	89	0	89	20	31	31	17	1.96
81883760--81883789	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
81884480--81884585	28	3.7	27	73	21	81	26	17	28	27	1.98
81892047--81892155	27	4.0	27	77	8	114	37	22	22	17	1.94
81896160--81896501	47	7.3	47	91	0	549	33	8	29	27	1.87
81896160--81896497	94	3.6	94	95	0	604	33	8	29	27	1.87
81898448--81898560	38	3.0	38	82	2	120	30	15	28	25	1.96
81898471--81898590	38	3.2	38	79	4	109	25	14	30	30	1.94
81898621--81898848	40	5.7	40	92	0	357	21	22	28	26	1.99
81899017--81899072	25	2.2	25	81	6	69	30	12	26	30	1.93
81899056--81899209	28	5.5	28	67	11	118	22	20	28	29	1.98
81899054--81899236	56	3.3	56	97	0	348	20	19	31	28	1.97
81899083--81899236	28	5.5	28	66	6	114	20	19	32	27	1.97
81900206--81900279	24	3.1	24	92	3	114	20	41	6	31	1.78
81901298--81901348	17	2.9	17	94	2	84	41	5	23	29	1.78
81901337--81901372	18	2.0	18	100	0	72	50	11	27	11	1.72
81904444--81904527	26	3.2	26	93	0	141	35	5	23	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81908037--81908365	72	4.6	72	87	3	450	52	14	7	25	1.67
81908780--81908825	18	2.4	19	85	14	67	36	17	8	36	1.81
81908790--81908824	18	1.9	18	100	0	70	42	11	11	34	1.77
81910346--81910409	31	2.1	31	88	8	96	28	4	9	57	1.50
81911708--81911761	22	2.5	22	81	0	63	50	5	24	20	1.69
81914877--81914932	24	2.3	24	90	0	94	37	10	21	30	1.87
81914943--81915024	23	3.6	23	81	1	94	48	30	13	7	1.69
81917334--81917409	40	1.9	40	86	10	111	36	1	2	59	1.20
81917338--81917409	10	7.3	9	74	14	54	34	1	2	61	1.19
81927032--81927072	19	2.2	19	90	0	64	53	7	0	39	1.29
81932464--81932502	17	2.3	17	86	8	53	64	0	0	35	0.94
81935130--81935180	21	2.5	21	77	20	54	54	3	5	35	1.43
81937158--81937260	29	3.6	28	81	7	118	30	15	26	28	1.96
81944424--81944482	29	2.0	29	100	0	118	35	6	20	37	1.79
81945212--81945313	29	3.6	29	84	6	120	30	15	25	28	1.96
81946747--81946776	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
81947029--81947082	25	2.2	26	83	10	76	64	0	11	24	1.25
81947030--81947100	31	2.3	31	80	0	79	61	0	11	26	1.29
81948484--81948649	83	2.0	84	91	1	271	25	22	20	31	1.98
81948484--81948649	42	4.0	42	92	1	271	25	22	20	31	1.98
81959195--81959344	41	3.7	41	80	1	194	30	27	22	20	1.98
81961220--81961262	14	3.1	14	93	0	68	23	34	30	11	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81962604--81962645	21	2.0	21	100	0	84	23	14	28	33	1.94
81973919--81974047	47	2.7	48	84	1	179	24	14	29	31	1.95
81980681--81980764	40	2.1	40	86	2	116	42	22	16	17	1.88
81983949--81983989	21	2.0	21	85	9	57	41	0	4	53	1.22
81984703--81984768	31	2.1	31	88	0	96	16	10	19	53	1.72
81987906--81988076	42	4.0	42	82	6	193	25	17	25	31	1.97
81987911--81988075	84	2.0	84	87	2	242	26	17	25	30	1.97
81988141--81988207	32	2.1	32	91	0	107	35	5	28	29	1.81
81988920--81989085	60	2.7	60	79	10	169	28	24	19	27	1.98
81994098--81994175	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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