genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  284  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85084524--85084554	9	3.4	9	95	0	53	45	25	6	22	1.76
85095952--85096162	46	4.6	46	77	10	157	21	29	20	27	1.98
85095899--85096174	94	2.9	90	75	10	252	22	29	20	27	1.98
85095900--85096177	46	5.9	47	71	16	132	23	29	20	27	1.98
85100545--85100663	6	19.8	6	99	0	193	71	0	11	16	1.14
85100545--85100684	6	23.7	6	93	2	86	70	0	10	18	1.15
85100569--85100684	24	5.0	22	92	2	106	68	0	12	18	1.21
85102257--85102290	3	11.3	3	100	0	68	67	32	0	0	0.91
85102289--85102372	3	28.0	3	100	0	168	66	0	0	33	0.92
85102775--85102806	13	2.5	13	100	0	64	31	40	15	12	1.85
85107219--85107251	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
85108519--85108655	50	2.7	50	90	0	211	27	19	24	28	1.99
85117278--85117376	28	3.5	28	87	4	119	29	27	14	29	1.95
85125207--85125295	40	2.2	40	86	4	126	23	22	26	26	2.00
85126769--85126867	28	3.5	28	87	4	119	29	27	14	29	1.95
85132249--85132302	12	4.7	12	86	6	67	72	3	5	18	1.20
85132271--85132310	13	3.1	13	86	13	64	65	0	7	27	1.20
85145779--85145928	39	3.8	39	96	0	246	24	32	20	22	1.98
85145749--85145928	78	2.3	78	89	0	261	22	32	22	22	1.98
85150497--85150633	50	2.7	50	90	0	211	27	19	24	28	1.99
85155496--85155551	29	1.9	29	96	0	103	44	19	14	21	1.86
85158470--85158607	3	48.0	3	74	11	119	2	28	2	66	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85158508--85158604	8	12.1	8	71	21	62	1	28	2	68	1.08
85159976--85160023	24	2.0	24	92	4	80	52	2	16	29	1.56
85162812--85162866	18	3.1	18	77	12	60	72	0	9	18	1.10
85162842--85162918	35	2.3	34	76	13	79	70	1	20	7	1.20
85165321--85165487	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
85165321--85165487	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
85166312--85166357	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
85173329--85173495	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
85173329--85173495	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
85174320--85174365	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
85176006--85176062	22	2.6	22	85	0	69	24	28	28	19	1.98
85181462--85181538	35	2.3	34	76	13	79	70	1	20	7	1.20
85182392--85182429	6	6.3	6	93	0	67	21	15	15	47	1.82
85182848--85182907	29	2.1	29	96	0	111	35	21	20	23	1.96
85183748--85183789	20	2.1	20	86	8	59	64	2	0	33	1.07
85183884--85183924	18	2.3	18	87	4	57	60	4	12	21	1.50
85184186--85184220	17	2.1	17	89	10	54	68	5	0	25	1.11
85184214--85184266	17	3.2	17	82	15	67	64	0	7	28	1.21
85184230--85184268	15	2.7	15	92	4	62	64	0	5	30	1.15
85184304--85184343	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
85185873--85186030	44	3.6	42	76	10	131	28	18	19	32	1.96
85186255--85186362	30	3.6	30	76	3	94	28	25	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85188018--85188056	11	3.6	11	86	3	53	76	10	2	10	1.10
85188983--85189039	5	11.0	5	77	17	55	77	3	17	1	1.00
85188983--85189039	16	3.7	14	80	17	60	77	3	17	1	1.00
85189087--85189118	12	2.7	12	100	0	64	46	12	15	25	1.81
85189111--85189154	18	2.4	18	80	0	52	68	2	13	15	1.31
85189180--85189218	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
85191306--85191408	30	3.4	30	72	4	82	28	26	13	32	1.94
85192835--85193761	45	20.8	44	67	13	398	28	19	17	33	1.95
85192885--85193756	179	4.9	179	85	2	1120	29	19	17	33	1.95
85192926--85193756	359	2.3	358	89	1	1288	29	19	17	33	1.95
85193794--85193910	44	2.7	44	81	2	128	26	23	18	30	1.98
85200076--85200122	21	2.2	21	84	0	58	74	6	4	14	1.17
85207474--85207535	31	2.0	31	93	0	106	54	6	16	22	1.64
85209122--85209176	18	3.0	18	80	19	69	76	1	16	5	1.06
85210331--85210432	29	3.5	29	83	2	125	25	16	33	24	1.96
85210420--85210518	28	3.4	28	86	6	110	30	13	26	30	1.94
85218934--85219011	6	12.8	6	76	15	54	67	1	5	25	1.18
85218957--85219010	17	3.1	17	84	12	58	68	1	3	25	1.16
85219065--85219132	3	22.0	3	79	5	73	58	2	5	32	1.37
85220811--85220866	22	2.5	22	85	5	69	26	30	25	17	1.97
85222366--85222456	45	2.0	45	97	0	173	32	19	6	40	1.78
85222895--85222932	20	2.0	18	90	10	58	18	0	7	73	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85222899--85222940	20	2.2	20	86	4	59	16	0	11	71	1.14
85226611--85226740	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
85234642--85234771	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
85240696--85240736	21	2.0	21	90	0	64	36	21	12	29	1.90
85254931--85255140	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
85263066--85263275	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
85273451--85273664	109	2.0	109	100	0	428	34	5	10	50	1.58
85277302--85277343	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
85279652--85279711	16	3.6	17	76	15	54	55	0	5	40	1.22
85282358--85282615	10	27.1	9	67	17	78	36	2	3	56	1.32
85284439--85284491	26	2.0	26	82	7	63	39	20	13	26	1.89
85286663--85286789	46	2.8	45	83	9	150	19	21	31	27	1.97
85288822--85288852	12	2.6	12	94	0	53	9	22	51	16	1.73
85293675--85293739	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
85296886--85296932	9	5.2	9	100	0	94	10	0	10	78	0.96
85297170--85297200	13	2.4	13	100	0	62	64	0	16	19	1.29
85309212--85309268	27	2.1	27	86	0	78	49	1	10	38	1.48
85309708--85309767	31	1.9	32	86	3	86	56	8	3	31	1.45
85310440--85310470	10	3.1	10	95	0	53	38	0	12	48	1.42
85311896--85311948	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
85313434--85313483	26	1.9	26	100	0	100	38	26	4	32	1.75
85314208--85314253	24	1.9	24	86	8	67	21	6	0	71	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85314208--85314251	13	3.9	11	83	13	54	20	6	0	72	1.07
85314676--85314705	14	2.1	14	100	0	60	33	0	13	53	1.40
85316076--85316128	26	2.0	26	100	0	106	37	9	7	45	1.65
85317501--85317526	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
85322300--85322365	25	2.6	24	75	15	62	65	9	3	22	1.36
85324317--85324482	86	1.9	86	92	0	278	24	21	16	37	1.93
85325206--85325490	135	2.1	137	96	1	529	31	25	18	24	1.98
85327266--85327375	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
85332239--85332281	12	3.6	12	100	0	86	13	51	25	9	1.71
85333519--85333804	136	2.1	137	95	0	511	32	24	18	24	1.97
85335583--85335692	26	4.2	26	90	0	166	37	22	5	34	1.78
85340963--85341039	30	2.6	30	77	8	77	55	5	12	25	1.58
85342433--85342464	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
85342633--85342675	14	2.9	14	83	16	52	41	4	9	44	1.57
85345415--85345449	18	1.9	18	88	11	54	51	5	2	40	1.40
85345440--85345477	18	2.2	18	95	4	69	52	0	0	47	1.00
85345440--85345509	18	3.8	18	78	12	63	54	0	0	45	0.99
85345790--85345829	21	1.9	21	89	0	62	52	12	15	20	1.74
85346742--85346925	92	2.0	92	91	2	298	25	22	13	39	1.90
85352230--85352260	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
85355273--85355325	21	2.6	19	75	13	61	52	9	5	32	1.57
85355391--85355447	22	2.8	21	85	15	75	63	0	7	29	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85356482--85356539	17	3.6	17	71	21	61	62	0	1	36	1.06
85356801--85356842	18	2.3	19	80	12	52	61	4	4	28	1.36
85356812--85356860	18	2.9	17	84	6	55	61	2	4	32	1.26
85356848--85356950	32	3.3	32	73	13	124	53	0	10	35	1.36
85356835--85356980	61	2.5	61	95	4	264	54	0	9	35	1.33
85356829--85357000	20	8.6	19	73	19	129	55	0	8	35	1.34
85358662--85358710	3	17.0	3	87	8	75	67	0	0	32	0.91
85360620--85360654	14	2.5	14	95	0	61	65	5	8	20	1.40
85360637--85360848	75	2.8	74	80	7	219	37	22	15	25	1.93
85360639--85361262	76	8.0	75	73	12	373	34	20	16	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328