genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27723109--27723161	26	2.0	26	96	0	97	28	28	28	15	1.96
27725507--27725614	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
27731456--27731563	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
27741825--27741867	22	2.0	22	85	0	59	48	18	16	16	1.81
27743486--27743600	42	2.8	41	81	6	115	16	23	18	41	1.89
27743524--27743613	41	2.2	42	83	2	110	17	23	18	40	1.92
27746734--27746763	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
27750880--27750922	19	2.3	18	80	11	50	65	0	30	4	1.13
27753716--27753755	21	1.9	21	85	10	55	70	0	30	0	0.88
27754482--27754507	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27755795--27755844	24	2.1	24	100	0	100	46	16	26	12	1.81
27757758--27757811	23	2.3	23	87	0	72	44	31	12	11	1.78
27757785--27757913	39	3.3	39	82	2	143	36	29	17	17	1.92
27770653--27770679	13	2.1	13	100	0	54	37	18	14	29	1.91
27771230--27771279	13	3.2	16	75	18	61	52	0	0	48	1.00
27771292--27771355	34	2.0	34	84	9	89	50	0	4	45	1.22
27773132--27773183	27	2.0	26	85	7	70	25	0	9	65	1.23
27773130--27773177	22	2.3	22	85	7	64	27	0	8	64	1.22
27784381--27784410	16	1.9	16	93	6	53	76	0	0	23	0.78
27784666--27784698	16	2.0	17	88	5	50	48	12	9	30	1.71
27789055--27789109	16	3.7	15	70	15	51	47	0	1	50	1.11
27789035--27789111	30	2.5	31	81	14	88	46	0	2	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27789274--27789313	15	2.7	16	81	14	50	52	0	5	42	1.23
27792943--27792975	6	5.8	6	96	3	52	18	0	0	81	0.68
27792938--27792975	12	3.5	11	89	7	51	15	0	2	81	0.80
27800622--27800662	14	3.0	13	86	10	55	80	0	4	14	0.87
27800622--27800667	22	2.1	22	84	11	60	78	0	4	17	0.91
27800632--27800665	6	5.3	6	86	13	50	82	0	0	17	0.67
27801392--27801420	12	2.4	12	100	0	58	20	17	48	13	1.81
27801964--27801997	17	2.1	16	88	5	50	26	0	0	73	0.83
27808939--27808970	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
27811444--27811529	15	6.0	14	76	14	61	26	8	0	65	1.21
27811451--27811484	14	2.3	15	90	5	52	26	5	0	67	1.13
27811451--27811509	29	2.0	29	81	12	68	27	8	0	64	1.22
27811461--27811529	20	3.6	20	77	15	74	26	7	0	66	1.17
27811477--27811521	15	2.9	15	90	9	65	26	6	0	66	1.16
27811477--27811531	17	3.4	16	82	14	60	27	7	0	65	1.19
27811461--27811540	20	4.2	20	78	12	62	28	7	0	63	1.21
27811651--27811712	25	2.5	24	75	17	63	33	9	1	54	1.43
27814332--27814367	18	2.0	18	94	0	63	44	13	22	19	1.86
27814564--27814607	23	2.0	22	82	13	54	31	13	18	36	1.90
27814954--27815011	19	2.9	19	75	14	64	39	8	12	39	1.73
27817807--27817873	25	2.7	25	79	4	73	26	17	19	35	1.94
27820751--27820783	12	2.8	12	90	0	57	24	45	18	12	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27826351--27826397	23	2.1	21	81	14	51	42	8	8	40	1.66
27834173--27834339	34	4.6	35	82	10	176	32	10	23	33	1.89
27834271--27834341	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92
27835649--27835784	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
27837259--27837311	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
27837559--27837845	137	2.1	137	98	0	556	24	19	25	31	1.98
27838714--27838743	11	2.9	10	90	9	51	23	10	10	56	1.62
27841531--27841666	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
27843450--27843735	137	2.1	136	94	0	500	24	19	24	31	1.98
27846322--27846395	33	2.2	33	76	9	78	27	24	16	32	1.96
27849526--27849683	85	1.9	85	82	0	199	39	18	6	34	1.78
27852234--27852278	21	2.1	21	88	8	65	22	35	17	24	1.95
27857610--27857657	24	2.0	24	100	0	96	33	25	8	33	1.86
27862686--27862738	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
27864208--27864262	25	2.2	26	96	3	103	36	25	7	30	1.83
27869398--27869564	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
27874377--27874432	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
27879394--27879595	38	5.3	38	87	2	278	21	21	26	31	1.98
27879412--27879595	78	2.4	76	87	1	260	20	22	27	29	1.98
27879588--27879699	43	2.6	43	92	0	188	11	25	32	31	1.91
27884459--27884539	37	2.2	37	93	0	135	24	32	22	20	1.98
27890629--27890799	43	4.0	43	80	7	161	26	29	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27892679--27892708	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
27894352--27894428	29	2.6	29	82	13	95	68	2	5	23	1.22
27894847--27895112	89	3.0	89	88	3	401	33	9	21	35	1.86
27909263--27909327	19	3.4	18	70	14	58	76	1	16	4	1.02
27909262--27909325	21	3.1	21	66	20	55	75	1	18	4	1.06
27909299--27909323	13	1.9	13	100	0	50	80	0	16	4	0.87
27910370--27910412	19	2.3	19	91	0	68	25	23	11	39	1.88
27912249--27912292	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
27913763--27913870	26	4.2	26	92	2	164	36	23	7	33	1.83
27917821--27917873	27	2.0	27	85	7	72	33	20	24	20	1.97
27917873--27917969	27	3.6	27	84	12	137	31	23	25	18	1.97
27919560--27919665	25	4.2	26	91	3	171	36	22	7	33	1.83
27919560--27919665	51	2.1	51	92	3	178	36	22	7	33	1.83
27923654--27923697	18	2.2	20	76	19	56	31	25	27	15	1.96
27923663--27923697	18	1.9	18	100	0	70	28	28	31	11	1.92
27923679--27923773	27	3.5	27	83	11	131	30	24	25	20	1.98
27923678--27923784	54	2.0	51	92	5	178	33	22	23	20	1.97
27925335--27925442	26	4.2	26	86	4	155	37	21	7	34	1.81
27925335--27925442	52	2.1	52	91	0	171	37	21	7	34	1.81
27934520--27934630	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
27941774--27941884	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
27943022--27943323	42	7.0	42	73	12	218	30	24	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27943022--27943219	85	2.3	85	86	1	272	31	24	16	27	1.96
27943304--27943408	48	2.2	48	82	5	122	26	23	16	33	1.96
27945535--27945585	24	2.1	24	96	0	93	23	13	13	49	1.78
27946734--27946806	28	2.6	29	82	2	94	49	24	5	20	1.70
27946947--27946985	17	2.3	17	86	8	53	33	20	0	46	1.51
27946944--27947000	23	2.5	24	80	8	66	38	19	0	42	1.51
27948257--27948290	17	2.0	17	88	11	52	61	5	0	32	1.20
27954503--27954586	28	3.0	28	87	1	114	45	29	3	21	1.69
27954489--27954559	28	2.9	23	75	18	70	46	30	4	18	1.68
27954726--27954769	23	1.9	23	90	0	70	31	18	2	47	1.61
27955698--27955749	8	6.5	8	78	8	52	63	1	3	30	1.23
27955702--27955749	16	3.1	15	87	6	60	62	2	4	31	1.26
27955863--27955922	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
27955904--27955970	25	2.9	23	78	10	73	56	7	5	29	1.51
27955987--27956075	25	3.6	25	80	5	85	52	4	6	35	1.48
27956071--27956118	15	3.2	14	77	13	51	60	0	4	35	1.16
27956407--27956445	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
27956621--27956681	30	2.0	30	93	0	104	19	6	49	24	1.72
27957335--27957653	88	3.6	88	78	9	303	36	19	15	28	1.92
27957317--27957632	175	1.8	174	82	6	415	34	20	16	28	1.94
27957562--27958166	77	8.0	76	80	12	595	32	21	17	28	1.96
27957570--27958189	151	4.1	150	81	11	717	33	20	16	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27957902--27958273	155	2.3	158	82	8	447	35	18	16	29	1.93
27958281--27958584	77	4.0	75	84	6	366	32	21	16	29	1.95
27958776--27958812	14	2.8	13	88	8	56	67	5	10	16	1.38
27958596--27958884	100	2.9	100	86	4	379	39	18	17	24	1.91
27958792--27958959	73	2.3	74	87	1	239	35	20	17	27	1.95
27965121--27965172	8	6.5	8	78	8	52	63	1	3	30	1.23
27965125--27965172	16	3.1	15	87	6	60	62	2	4	31	1.26
27965326--27965392	25	2.9	23	78	10	73	56	7	5	29	1.51
27965409--27965542	25	5.6	25	72	13	102	55	2	5	35	1.40
27965491--27965542	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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