genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.134.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  134  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38976637--38976684	25	1.9	25	87	8	71	37	10	18	33	1.85
38978219--38978329	40	2.8	41	82	6	131	25	31	20	22	1.98
38986158--38986345	39	4.8	39	88	0	223	23	30	21	23	1.99
38986194--38986346	39	3.9	39	92	0	243	23	31	20	24	1.98
38986163--38986345	78	2.3	79	88	1	260	22	30	22	24	1.99
38991551--38991872	96	3.4	95	84	4	373	23	27	20	27	1.99
38991551--38991882	48	6.9	48	74	8	255	24	28	19	27	1.99
38999303--38999534	48	4.9	47	78	10	204	26	26	19	28	1.99
38999348--38999524	96	1.8	96	86	0	255	25	27	19	28	1.99
39005964--39006183	40	5.5	40	85	3	246	23	25	24	26	2.00
39011258--39011394	56	2.4	56	92	0	229	31	24	16	27	1.96
39014268--39014311	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
39021245--39021269	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
39023188--39023301	37	3.1	37	91	3	169	26	28	17	27	1.98
39023437--39024208	48	15.9	48	93	2	1283	31	27	6	35	1.81
39030490--39030562	34	2.1	34	87	5	103	27	23	21	27	1.99
39036107--39036144	17	2.2	17	100	0	76	15	5	10	68	1.36
39056109--39056148	19	2.0	20	90	4	64	40	0	15	45	1.46
39057593--39057648	11	5.2	11	71	4	51	35	17	16	30	1.92
39063138--39063299	39	4.2	39	90	2	254	22	20	32	24	1.98
39063155--39063334	39	4.6	40	86	2	145	22	22	32	22	1.98
39063155--39063357	79	2.6	77	84	3	212	23	21	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39070870--39071032	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
39070887--39071100	78	2.7	78	84	4	225	23	21	31	22	1.98
39074986--39075137	29	5.3	29	91	3	238	29	30	13	25	1.94
39074986--39075137	57	2.7	58	88	4	238	29	30	13	25	1.94
39075195--39075228	18	1.9	18	88	5	52	20	44	20	14	1.87
39075347--39075389	16	2.7	16	85	0	50	11	18	16	53	1.72
39079535--39079659	29	4.3	29	90	1	198	29	30	14	25	1.95
39092136--39092186	6	8.5	6	97	0	93	15	1	0	82	0.76
39092136--39092209	18	4.0	18	89	3	67	18	2	2	75	1.04
39095101--39095127	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
39096829--39097056	47	4.8	48	78	10	215	23	28	19	27	1.98
39107420--39107453	14	2.5	13	81	9	50	67	8	2	20	1.31
39109289--39109476	40	4.7	40	81	6	211	26	22	26	25	2.00
39109289--39109492	80	2.5	80	85	4	243	25	22	26	25	2.00
39109323--39109492	40	4.2	40	86	1	225	24	22	27	25	2.00
39110990--39111042	13	4.1	13	87	0	70	20	35	26	16	1.94
39110990--39111042	26	2.0	26	88	0	79	20	35	26	16	1.94
39112096--39112163	24	2.8	24	84	4	93	41	11	20	26	1.87
39112149--39112225	23	3.4	22	75	18	77	31	18	23	27	1.97
39112147--39112233	46	1.9	46	86	6	124	29	19	24	26	1.98
39112144--39112233	23	4.0	22	69	11	65	32	18	23	25	1.97
39113681--39113708	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39122743--39122846	24	4.4	24	76	10	90	35	18	19	26	1.95
39122767--39122859	45	2.0	46	84	10	120	37	17	20	24	1.93
39136322--39136381	17	3.5	17	72	17	52	28	30	8	33	1.86
39136778--39136874	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
39142241--39142279	20	2.0	20	100	0	78	20	35	28	15	1.93
39149925--39149976	17	3.4	17	70	25	60	36	0	9	53	1.34
39149917--39149989	29	2.2	33	72	25	82	38	0	8	53	1.31
39149926--39149994	29	2.4	29	95	0	120	39	0	7	53	1.29
39149934--39149983	14	3.5	14	70	24	50	42	0	8	50	1.32
39166490--39166543	22	2.5	22	100	0	108	35	24	20	20	1.96
39177693--39177902	44	4.8	44	81	11	213	25	20	30	23	1.99
39178389--39178421	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
39179166--39179238	25	3.0	23	78	11	67	67	1	27	4	1.17
39179204--39179246	20	2.2	20	83	8	52	67	0	27	4	1.10
39179340--39179395	27	2.0	28	83	16	73	26	0	3	69	1.04
39179366--39179452	33	2.6	33	77	13	81	32	4	1	62	1.23
39190679--39190902	40	5.7	40	87	5	287	26	26	22	25	2.00
39190707--39190902	39	4.9	39	88	5	270	26	27	21	24	2.00
39190679--39190902	118	1.9	120	85	7	314	26	26	22	25	2.00
39199422--39199490	28	2.5	28	88	2	104	43	24	10	21	1.83
39203881--39203912	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
39211371--39211443	29	2.5	29	90	0	110	26	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39213043--39213233	47	4.0	48	89	5	282	26	21	22	29	1.99
39213044--39213232	24	8.0	24	89	5	269	26	21	22	29	1.99
39213291--39213367	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
39213287--39213369	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
39213287--39213358	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
39213406--39213453	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
39214694--39215274	27	21.6	27	85	5	721	40	9	22	27	1.85
39218108--39218171	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
39218362--39218480	47	2.5	47	90	5	177	26	21	21	29	1.99
39218363--39218481	24	5.0	24	88	5	170	26	21	21	29	1.99
39218539--39218615	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
39218535--39218617	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
39218535--39218606	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
39218654--39218701	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
39219937--39220516	27	21.6	27	85	5	712	40	9	22	27	1.84
39219937--39220514	134	4.3	136	87	4	743	41	9	22	27	1.84
39223353--39223416	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
39223608--39223773	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
39223607--39223773	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
39223608--39223773	71	2.3	71	91	3	262	26	21	22	28	1.99
39223832--39223908	9	7.9	9	70	16	55	35	19	10	35	1.86
39223828--39223910	20	4.2	20	93	0	148	32	18	13	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39223828--39223899	11	7.1	11	67	17	57	31	18	13	36	1.90
39225230--39225813	27	21.7	27	85	5	590	40	9	22	28	1.84
39225232--39225813	54	10.8	54	86	2	708	40	9	22	28	1.84
39226497--39226560	23	2.8	23	90	0	101	28	20	15	35	1.93
39226826--39226919	18	5.0	18	74	13	82	32	9	20	37	1.85
39226784--39226920	19	7.2	19	69	14	86	35	9	18	35	1.84
39226789--39226920	57	2.3	57	92	1	210	34	9	19	36	1.84
39240817--39240859	19	2.3	18	84	4	50	23	37	27	11	1.89
39256700--39256736	10	3.8	10	89	3	58	75	0	8	16	1.02
39259968--39260029	28	2.1	29	85	8	81	62	1	9	25	1.35
39267621--39267645	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
39268020--39268065	21	2.2	21	92	0	74	8	21	30	39	1.84
39275847--39275915	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
39277636--39277721	45	1.9	45	81	9	104	53	6	4	34	1.49
39280100--39280275	46	3.8	46	79	12	216	21	20	28	29	1.98
39280097--39280267	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
39284655--39284714	28	2.1	28	96	0	111	36	3	23	36	1.71
39293631--39293798	39	4.2	40	89	3	218	25	19	29	25	1.99
39293642--39293806	79	2.1	79	83	6	192	26	20	28	25	1.99
39295780--39295859	31	2.5	31	87	2	115	51	16	16	16	1.77
39295996--39296097	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
39296256--39296320	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39296737--39297517	27	29.0	27	86	4	972	26	19	19	35	1.95
39297509--39297579	27	2.6	27	88	0	106	29	8	21	40	1.82
39299208--39299391	50	3.7	50	84	2	235	28	26	18	26	1.98
39299208--39299391	101	1.8	99	88	2	278	28	26	18	26	1.98
39301498--39301562	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
39301498--39301566	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
39304553--39304683	50	2.6	49	81	4	147	29	29	17	23	1.97
39315208--39315236	12	2.4	12	100	0	58	41	17	0	41	1.49
39319804--39319889	45	1.9	45	85	0	118	37	25	13	23	1.92
39322117--39322189	27	2.6	28	89	2	112	26	15	27	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328