genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74607079--74607139	23	2.6	23	82	12	63	31	18	11	39	1.86
74609556--74609595	19	2.1	19	85	4	53	75	0	17	7	1.03
74615159--74615251	48	1.9	48	82	4	116	24	22	25	26	2.00
74615194--74615418	90	2.5	89	82	4	238	27	19	25	27	1.99
74616697--74616748	20	2.6	20	84	0	77	30	30	26	11	1.92
74618907--74619091	40	4.7	40	80	8	209	23	21	28	26	1.99
74618960--74619124	79	2.1	79	82	6	192	25	21	27	25	1.99
74625713--74625919	40	5.2	39	83	1	216	25	25	22	26	2.00
74625713--74625917	80	2.6	81	84	3	245	25	25	22	25	2.00
74628829--74628853	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
74630362--74630475	48	2.4	48	100	0	228	33	8	27	30	1.87
74630439--74630509	34	2.1	34	100	0	142	33	8	25	32	1.86
74630391--74630652	82	3.0	82	83	15	364	33	7	26	31	1.85
74630473--74630664	48	4.0	48	95	1	350	34	7	27	31	1.84
74630362--74630604	129	1.9	130	98	0	470	33	8	27	31	1.86
74630709--74630793	37	2.3	37	97	2	163	24	20	31	23	1.98
74632712--74632972	40	6.6	40	85	6	255	24	21	28	26	1.99
74635117--74635141	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
74636650--74636941	48	6.4	48	77	11	319	32	8	27	31	1.87
74636725--74637065	82	4.0	83	74	16	363	32	8	26	31	1.86
74636939--74637130	48	4.0	48	95	1	350	34	7	27	31	1.84
74636679--74637070	130	3.0	130	98	0	759	33	8	26	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74637175--74637260	37	2.3	37	97	0	163	25	19	31	23	1.98
74644433--74644480	20	2.4	20	100	0	96	12	35	35	16	1.87
74656416--74656641	47	4.7	47	74	13	171	25	29	18	26	1.98
74663122--74663191	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
74669817--74669886	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
74673824--74673915	44	2.2	40	86	7	130	38	27	11	22	1.89
74677219--74677329	43	2.6	42	79	10	127	29	14	27	28	1.95
74679718--74679951	56	4.2	56	93	0	405	27	12	25	34	1.92
74680611--74680670	31	1.9	32	86	3	86	15	11	25	48	1.78
74685402--74685608	24	8.6	24	96	0	333	35	25	18	20	1.95
74693135--74693341	24	8.6	24	96	0	342	36	25	17	20	1.95
74696933--74697233	39	7.7	39	88	1	419	29	29	21	19	1.97
74700739--74700905	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
74700755--74700905	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
74708756--74708906	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
74708756--74708906	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
74711473--74711601	50	2.5	51	88	1	179	30	28	17	24	1.97
74715850--74716062	56	3.8	56	86	2	293	35	23	13	27	1.92
74715850--74716061	112	1.9	112	90	1	336	35	23	13	27	1.92
74719616--74719798	40	4.6	40	80	10	214	26	28	21	24	1.99
74719618--74719798	79	2.3	80	83	7	226	25	28	21	24	1.99
74727713--74727896	40	4.7	40	82	7	216	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74727715--74727896	79	2.3	80	82	8	212	26	26	21	24	2.00
74733959--74734074	43	2.7	43	78	4	119	28	26	14	30	1.95
74745164--74745210	20	2.3	20	100	0	94	21	31	36	10	1.88
74747807--74747937	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
74755769--74755899	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
74759776--74759839	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
74760044--74760171	24	5.4	24	92	4	215	28	21	21	28	1.99
74760051--74760170	23	5.1	23	93	3	204	29	20	21	28	1.98
74760051--74760171	47	2.6	47	97	0	224	28	20	21	28	1.98
74760220--74760286	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
74760220--74760275	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
74760323--74760370	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74766490--74766553	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
74766742--74766907	24	7.0	24	91	4	257	27	21	22	28	1.99
74766742--74766907	71	2.3	71	92	3	271	27	21	22	28	1.99
74766742--74766907	47	3.5	48	90	4	257	27	21	22	28	1.99
74766955--74767001	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
74767038--74767085	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74771049--74771081	15	2.1	17	88	11	52	72	6	15	6	1.24
74782017--74782128	43	2.6	43	86	8	140	33	21	16	28	1.95
74789360--74789495	29	4.7	29	85	3	148	23	30	16	29	1.96
74789306--74789494	58	3.3	58	77	4	168	23	33	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74790139--74790436	143	2.1	143	99	0	587	38	29	10	21	1.86
74794801--74794898	40	2.5	40	85	5	128	26	24	27	21	1.99
74797614--74797731	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
74797582--74797745	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
74805190--74805307	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
74805158--74805321	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
74813195--74813292	40	2.5	40	85	5	128	26	24	27	21	1.99
74819004--74819049	24	2.0	23	83	12	58	28	34	0	36	1.58
74820874--74821040	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
74828878--74829044	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
74833037--74833100	26	2.4	27	86	7	94	34	28	7	29	1.85
74833201--74833290	27	3.2	28	77	13	96	18	23	25	32	1.97
74833201--74833315	55	2.1	56	80	8	128	18	23	23	34	1.96
74839793--74839856	27	2.3	28	91	2	103	32	28	7	31	1.85
74839960--74840049	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
74839970--74840060	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
74839960--74840074	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
74841103--74841136	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
74846559--74846623	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
74846727--74846816	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
74846737--74846827	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
74846727--74846841	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74847277--74847315	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
74847881--74847914	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
74854359--74854423	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
74854530--74854619	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
74854540--74854630	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
74854530--74854644	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
74855082--74855120	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
74857651--74857718	33	2.0	34	82	2	84	27	27	19	25	1.98
74857900--74857965	27	2.5	27	80	2	71	39	21	19	19	1.93
74858101--74858222	27	4.5	26	78	5	91	26	15	18	39	1.91
74861233--74861258	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
74861567--74861645	31	2.6	31	84	6	99	36	13	21	27	1.92
74864279--74864348	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
74872201--74872270	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
74874372--74874449	27	3.0	25	76	14	70	1	17	2	78	0.94
74874375--74874450	6	12.0	6	75	25	68	1	18	2	77	0.95
74874376--74874435	32	1.9	31	86	10	86	1	18	3	76	1.00
74878362--74878569	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
74878363--74878569	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
74886510--74886717	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
74886511--74886717	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
74891363--74891391	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74899282--74899430	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
74899323--74899430	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
74901298--74901330	16	2.1	16	94	0	57	39	12	21	27	1.88
74904774--74904875	29	3.5	29	95	0	186	29	14	29	26	1.95
74904774--74904935	29	5.6	29	84	2	107	26	16	32	25	1.96
74904770--74904896	58	2.2	59	85	4	179	29	14	30	25	1.95
74912749--74912849	29	3.5	29	95	1	186	28	14	29	26	1.95
74912749--74912909	29	5.6	29	84	3	107	26	16	32	25	1.96
74912745--74912870	58	2.2	59	85	5	179	28	15	30	25	1.95
74914644--74914713	27	2.5	28	95	2	124	27	12	27	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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