genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60993327--60993444	27	4.4	27	97	0	209	32	23	24	19	1.98
60993261--60993394	66	2.0	66	94	2	234	33	23	25	17	1.96
60993212--60993444	120	1.9	120	89	5	364	33	22	24	18	1.96
60995062--60995145	26	3.2	26	91	0	132	38	25	4	32	1.77
60999091--60999311	27	8.2	27	89	2	311	34	21	24	19	1.96
61000930--61001013	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
61004565--61005161	297	2.0	298	94	0	1045	31	13	23	31	1.93
61008715--61008884	41	4.2	40	72	18	143	28	27	21	22	1.99
61008773--61008864	42	2.2	41	86	5	123	27	26	20	26	1.99
61011009--61011067	27	2.3	25	82	5	64	22	23	20	33	1.97
61016292--61016343	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
61020069--61020235	40	4.2	40	81	5	178	23	28	23	24	2.00
61027982--61028148	40	4.2	40	80	6	169	23	27	23	24	2.00
61027998--61028107	39	2.8	40	87	8	154	21	29	26	22	1.99
61037494--61037643	39	3.8	39	94	0	246	24	30	20	24	1.99
61041196--61041356	29	5.6	29	81	1	171	25	32	16	24	1.96
61044943--61045105	29	5.6	29	87	1	193	28	26	15	29	1.96
61044944--61045105	58	2.8	57	83	3	216	29	25	15	29	1.96
61048810--61048919	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
61055720--61055821	29	3.5	29	87	0	132	27	24	16	31	1.96
61056163--61056209	24	2.0	22	84	8	58	74	0	17	8	1.05
61056899--61056926	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61057369--61057440	29	2.5	29	88	6	103	30	15	26	27	1.96
61063960--61064007	25	2.0	23	84	8	60	75	0	16	8	1.04
61064696--61064723	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
61065125--61065196	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
61069238--61069272	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
61075234--61075354	42	2.9	42	79	11	149	30	24	14	30	1.94
61077580--61077629	26	1.9	26	87	0	73	24	26	6	44	1.76
61081115--61081165	24	2.1	24	81	0	57	31	0	43	25	1.55
61082877--61083138	47	5.6	47	79	7	214	23	29	18	29	1.98
61082922--61083142	46	4.7	46	80	7	214	23	28	19	28	1.98
61085149--61085291	27	5.3	27	90	0	214	27	15	20	37	1.92
61085149--61085332	81	2.3	81	82	3	210	27	16	19	36	1.93
61085679--61085724	18	2.6	18	78	0	56	19	19	13	47	1.81
61085708--61085791	40	2.1	41	82	10	102	28	17	22	30	1.97
61096905--61096964	30	2.0	30	90	0	93	40	10	35	15	1.80
61100102--61100153	26	2.0	26	96	0	95	48	19	9	23	1.78
61101742--61101812	28	2.5	28	81	0	88	35	26	8	29	1.86
61113968--61114021	28	2.0	27	82	7	65	46	3	1	48	1.30
61115718--61115807	26	3.5	26	81	6	101	40	25	18	15	1.90
61115737--61115817	26	3.1	26	89	0	126	37	25	18	18	1.94
61120346--61120410	31	2.1	31	85	0	85	27	27	10	33	1.90
61122528--61122554	14	1.9	14	100	0	54	55	29	0	14	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61123235--61123376	59	2.4	59	89	1	212	38	40	11	9	1.74
61123746--61123802	27	2.1	27	90	0	87	19	40	24	15	1.90
61127227--61127410	67	2.8	64	76	8	176	29	16	29	23	1.96
61131620--61131667	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
61131715--61131770	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
61131704--61131770	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
61131819--61131970	24	6.4	23	91	3	223	28	21	21	28	1.98
61131819--61131970	47	3.2	46	87	5	223	28	21	21	28	1.98
61131819--61131970	71	2.1	71	93	1	259	28	21	21	28	1.98
61132177--61132237	31	2.0	31	93	0	104	32	16	26	24	1.96
61133296--61134016	376	1.9	378	96	0	1347	31	7	19	41	1.80
61134662--61134883	86	2.6	86	85	5	263	28	16	25	29	1.97
61134666--61134880	43	5.0	43	79	10	190	27	16	26	29	1.97
61137864--61137932	28	2.5	28	90	2	113	43	26	10	20	1.83
61142288--61142319	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
61142530--61142743	50	4.3	50	85	0	302	29	25	16	28	1.97
61144681--61144727	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
61147782--61147965	40	4.6	40	76	4	138	22	24	29	23	1.99
61155240--61155422	40	4.6	39	77	7	145	22	24	29	23	1.99
61155245--61155427	79	2.3	80	80	5	185	20	24	30	24	1.99
61157994--61158031	14	2.6	16	84	16	55	50	15	18	15	1.79
61163178--61163326	40	3.8	40	75	15	132	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61163214--61163342	40	3.2	40	79	4	154	23	23	28	24	1.99
61171176--61171326	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
61171213--61171342	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
61171175--61171342	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
61176545--61176674	38	3.4	38	82	2	161	34	26	20	19	1.96
61180259--61180427	58	2.9	58	93	0	286	28	29	20	21	1.98
61180266--61180424	29	5.5	29	70	12	112	28	28	20	22	1.98
61180581--61180757	42	4.2	43	95	1	304	31	35	22	10	1.89
61180581--61180757	85	2.1	85	93	2	302	31	35	22	10	1.89
61182301--61182457	38	4.0	39	82	5	149	31	24	21	22	1.98
61182292--61182421	38	3.4	38	82	2	161	34	26	20	19	1.96
61186314--61186358	22	2.0	22	95	0	81	15	22	15	46	1.83
61186316--61186365	22	2.2	22	89	3	73	18	22	12	48	1.80
61188840--61189036	54	3.7	53	75	7	173	19	23	18	38	1.93
61193287--61193376	40	2.2	40	82	7	121	23	23	28	24	1.99
61195781--61196627	47	18.1	47	93	0	1401	33	11	28	26	1.91
61196601--61196704	46	2.3	46	96	0	190	35	8	31	24	1.86
61203822--61203966	53	2.7	53	79	2	146	19	22	18	40	1.92
61208581--61208605	13	1.9	13	100	0	50	24	36	32	8	1.84
61211138--61211248	39	2.8	39	93	1	177	24	30	20	24	1.99
61219107--61219254	39	3.8	39	92	2	228	24	31	20	23	1.98
61222801--61222961	29	5.6	29	81	1	171	25	32	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61230201--61230231	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
61232935--61233087	40	3.8	40	81	4	164	23	22	28	25	2.00
61240017--61240226	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
61248152--61248361	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
61253208--61253361	40	3.8	40	81	6	159	23	24	27	24	2.00
61256627--61256720	29	3.2	29	96	0	170	26	28	15	28	1.96
61256589--61256720	58	2.3	58	84	2	167	25	33	15	25	1.95
61264553--61264577	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
61264678--61264771	29	3.2	29	96	0	170	26	28	15	28	1.96
61264640--61264771	58	2.3	58	84	2	167	25	33	15	25	1.95
61272581--61273114	265	2.0	265	91	0	854	23	17	25	33	1.96
61275562--61275730	52	3.3	50	84	8	209	27	29	15	27	1.96
61279812--61279962	47	3.2	47	84	0	194	35	9	27	26	1.88
61279847--61279996	47	3.2	47	83	1	140	35	11	29	24	1.90
61279970--61280075	46	2.2	48	80	10	126	33	5	29	31	1.81
61286410--61286468	29	2.1	28	87	3	82	28	16	22	32	1.96
61289360--61289392	7	4.7	7	100	0	66	0	12	45	42	1.41
61290863--61290946	29	3.0	28	89	3	132	26	17	27	28	1.98
61290861--61291034	28	6.1	28	76	6	147	25	14	29	29	1.95
61295124--61295268	43	3.4	44	76	14	124	27	26	20	24	1.99
61303723--61303792	36	1.9	36	97	0	131	22	14	24	38	1.91
61305231--61305268	16	2.3	17	82	17	53	52	10	2	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61310451--61310485	15	2.4	14	86	9	52	65	2	0	31	1.07
61310621--61310651	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
61311255--61311289	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
61312101--61312162	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
61312312--61312651	72	4.5	75	81	7	361	32	18	17	31	1.94
61312677--61312838	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97
61312507--61313164	165	4.0	165	89	4	906	33	20	18	27	1.96
61312832--61313004	73	2.3	77	84	7	228	32	20	19	27	1.97
61312144--61313004	404	2.1	389	80	9	926	33	19	17	29	1.95
61312984--61313018	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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