genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  74  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20351370--20351425	29	1.9	29	85	0	76	46	1	10	41	1.49
20351356--20351422	14	4.7	14	85	7	64	44	2	11	40	1.56
20351568--20351596	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
20351895--20351943	22	2.2	22	92	0	80	46	18	6	28	1.72
20351857--20351983	68	1.9	68	93	0	218	44	21	6	27	1.76
20353346--20353453	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
20359543--20359580	19	2.0	19	100	0	76	73	10	0	15	1.09
20365177--20365209	17	1.9	17	100	0	66	18	6	21	54	1.64
20375130--20375183	1	54.0	1	77	0	54	88	0	11	0	0.50
20375130--20375184	5	12.0	5	98	1	75	87	0	12	0	0.55
20375186--20375273	43	2.0	43	95	0	158	36	17	12	34	1.87
20376955--20377646	348	2.0	347	93	0	1177	30	18	20	30	1.96
20385589--20385622	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
20385588--20385622	17	2.1	17	89	5	54	88	2	8	0	0.61
20385728--20385757	12	2.5	12	100	0	60	10	43	0	46	1.37
20386068--20386131	31	2.1	31	100	0	128	18	32	42	6	1.76
20386216--20386290	39	1.9	39	83	5	98	33	6	5	54	1.49
20388282--20388317	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
20395192--20395396	70	2.9	69	84	3	277	25	18	23	32	1.97
20395551--20395585	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
20395265--20396050	164	4.8	164	93	2	1284	27	18	21	31	1.97
20395566--20395727	74	2.1	77	88	4	240	28	19	20	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20395732--20395890	73	2.1	74	86	7	216	27	20	21	30	1.98
20395265--20396050	329	2.4	327	91	3	1296	27	18	21	31	1.97
20395917--20396114	69	2.8	70	86	6	292	28	16	23	31	1.96
20396156--20396321	72	2.3	71	86	4	226	22	15	20	41	1.90
20396546--20396690	74	1.9	76	88	5	224	30	18	22	28	1.97
20396726--20397232	72	6.5	73	74	13	397	29	16	19	34	1.94
20396726--20397442	88	9.0	75	71	17	401	28	16	19	35	1.94
20396726--20397104	155	2.5	149	79	7	428	30	16	19	33	1.94
20397214--20397275	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
20396853--20397443	255	2.4	247	84	6	757	27	16	18	37	1.92
20398091--20398124	6	5.7	6	89	0	50	91	0	8	0	0.43
20398091--20398124	12	2.8	12	95	4	59	91	0	8	0	0.43
20398230--20398255	12	2.2	12	100	0	52	7	46	0	46	1.31
20398683--20398757	39	1.9	39	83	5	98	33	6	5	54	1.49
20403777--20403888	57	2.0	57	98	0	215	32	14	22	31	1.93
20410675--20410711	13	2.8	13	91	4	56	51	21	0	27	1.48
20411573--20411614	19	2.2	19	100	0	84	47	4	0	47	1.23
20412095--20412136	21	2.0	21	90	0	66	16	9	0	73	1.08
20412253--20412334	3	27.0	3	97	2	155	65	0	1	32	1.00
20414028--20414058	7	4.3	7	92	8	53	45	41	0	12	1.42
20414028--20414058	15	2.1	14	94	5	53	45	41	0	12	1.42
20415721--20415760	21	1.9	21	84	0	53	37	22	2	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20417108--20417157	25	2.0	25	100	0	100	48	8	16	28	1.74
20423484--20423580	27	3.6	27	80	5	115	20	22	20	36	1.96
20427807--20427848	20	2.1	20	100	0	84	40	9	14	35	1.78
20432579--20432859	48	5.8	48	81	2	303	29	16	27	27	1.97
20432584--20432859	96	2.9	96	88	1	381	29	17	27	26	1.97
20433147--20433214	33	2.1	33	97	0	127	22	20	8	48	1.77
20438555--20438612	28	2.1	28	100	0	116	39	13	13	32	1.85
20439559--20439635	30	2.6	30	87	6	104	22	35	22	20	1.96
20439583--20439647	30	2.2	30	86	5	87	23	32	18	26	1.97
20444490--20444572	41	2.0	41	100	0	166	33	16	16	32	1.92
20445164--20445196	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
20446031--20446055	13	1.9	13	100	0	50	8	44	32	16	1.76
20448156--20448270	43	2.7	43	87	2	151	33	25	15	25	1.95
20453278--20453317	6	6.5	6	94	5	71	35	30	0	35	1.58
20453274--20453319	13	3.6	13	94	5	76	34	32	0	32	1.58
20454238--20454282	23	2.1	21	88	12	65	26	2	15	55	1.52
20456888--20456931	15	2.9	15	86	0	61	52	0	4	43	1.22
20458927--20458960	16	2.1	16	88	0	50	35	0	0	64	0.94
20462191--20462263	20	3.8	20	71	18	73	30	0	24	45	1.54
20462570--20463073	126	4.0	126	90	1	748	33	18	20	26	1.96
20466560--20466602	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
20466962--20467014	25	2.1	25	92	0	88	37	26	20	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20468242--20468349	48	2.3	47	85	10	148	47	4	10	37	1.58
20468485--20468541	11	5.3	11	75	12	55	43	1	17	36	1.60
20468484--20468541	21	2.7	21	76	12	64	44	1	17	36	1.59
20469454--20469499	21	2.2	20	85	7	65	30	8	19	41	1.82
20471250--20471592	171	2.0	171	97	0	650	47	9	12	30	1.73
20471656--20471699	23	1.9	23	90	0	70	45	0	2	52	1.13
20476899--20476989	25	3.6	25	92	2	148	30	29	13	26	1.94
20476886--20476989	50	2.1	50	89	8	160	30	27	12	28	1.93
20480243--20480291	15	3.1	16	79	5	55	67	0	28	4	1.09
20487088--20487146	3	19.7	3	100	0	118	67	0	0	32	0.91
20488699--20488794	40	2.4	40	100	0	192	19	21	28	30	1.98
20492212--20492334	45	2.7	45	82	0	129	30	20	14	34	1.92
20495108--20495142	18	1.9	18	100	0	70	40	11	20	28	1.87
20499670--20499716	14	3.0	16	79	17	62	63	2	0	34	1.06
20499710--20499749	7	5.9	7	88	5	64	42	0	2	55	1.13
20504088--20504128	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
20507360--20507387	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
20510166--20510205	18	2.2	19	90	4	64	30	0	0	70	0.88
20510169--20510235	26	2.6	28	75	15	72	34	2	0	62	1.10
20510870--20511046	41	4.4	41	92	2	295	32	23	24	19	1.97
20510870--20511046	81	2.2	82	92	2	295	32	23	24	19	1.97
20511204--20511248	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20511219--20511315	49	2.0	46	88	5	140	27	4	27	40	1.75
20512071--20512129	27	2.3	24	81	18	66	71	0	5	23	1.06
20515419--20515465	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
20517489--20517584	15	6.4	15	78	4	88	33	20	21	23	1.97
20517489--20517703	30	7.2	30	68	6	114	31	18	21	28	1.97
20517631--20517694	15	4.3	15	79	0	74	29	14	23	32	1.94
20517637--20517703	15	4.5	15	82	0	71	31	16	20	31	1.95
20517719--20517833	34	3.4	34	92	3	189	32	17	16	33	1.92
20517911--20517962	15	3.5	15	71	5	52	21	21	34	23	1.97
20522292--20522342	23	2.2	24	82	6	61	11	9	1	76	1.10
20547970--20548009	20	2.0	20	85	9	55	52	2	22	22	1.59
20555248--20555287	21	1.9	21	100	0	80	15	15	15	55	1.71
20567267--20567318	27	1.9	27	84	7	70	44	5	7	42	1.57
20569783--20569807	9	2.8	9	100	0	50	92	0	0	8	0.40
20570678--20570712	17	2.1	17	100	0	70	42	5	22	28	1.76
20571246--20571335	44	2.0	44	100	0	180	28	24	8	37	1.86
20573078--20573136	10	5.9	10	80	7	75	66	1	10	22	1.31
20573770--20573815	1	46.0	1	82	0	56	0	8	0	91	0.43
20573838--20574021	99	1.9	99	85	0	260	33	26	14	26	1.94
20576582--20576661	7	11.3	7	86	10	92	67	0	1	31	0.99
20576582--20576661	26	2.8	29	75	12	94	67	0	1	31	0.99
20576590--20576683	33	2.8	34	84	7	113	70	0	1	28	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20576582--20576673	45	2.0	49	87	8	138	68	0	1	30	0.97
20576579--20576683	14	7.6	14	74	19	71	70	0	1	27	0.98
20591487--20591545	10	5.9	10	76	7	57	66	1	6	25	1.26
20591487--20591544	30	1.9	29	86	13	82	65	1	6	25	1.27
20592219--20592389	90	1.9	90	83	0	225	23	21	16	38	1.93
20594140--20594171	16	2.0	16	93	0	55	53	0	6	40	1.26
20595419--20595523	15	6.9	15	71	12	54	60	1	0	37	1.15
20595438--20595495	17	3.6	17	69	19	52	56	0	1	41	1.09
20595426--20595475	20	2.7	19	79	14	59	60	0	0	40	0.97
20601347--20601404	30	1.9	30	86	6	82	56	8	25	8	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328