genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25778629--25778655	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
25779905--25779946	18	2.2	20	80	16	54	71	0	2	26	0.98
25779906--25779947	19	2.2	19	83	8	50	73	0	2	23	0.94
25780069--25780148	29	2.7	30	81	14	94	16	11	2	70	1.27
25780070--25780148	31	2.6	31	86	6	99	16	11	2	69	1.28
25789919--25789966	23	2.1	23	100	0	96	29	12	8	50	1.69
25790790--25790828	16	2.5	15	80	8	51	35	0	0	64	0.94
25803626--25803662	7	5.6	7	93	3	51	24	2	16	56	1.53
25803596--25803695	33	3.2	32	63	25	79	25	13	16	46	1.82
25809431--25809464	17	2.1	17	88	5	52	79	0	5	14	0.91
25810599--25810632	17	1.9	18	94	5	61	38	2	0	58	1.13
25812279--25812337	22	2.7	22	82	15	77	45	18	20	15	1.85
25812273--25812348	22	3.3	23	73	15	68	44	17	19	18	1.87
25812284--25812372	22	3.9	23	77	14	76	42	17	19	20	1.89
25812321--25812376	25	2.2	25	90	0	85	44	17	14	23	1.85
25812674--25812710	5	7.4	5	93	0	65	21	0	0	78	0.75
25813512--25813678	5	33.0	5	84	10	180	56	1	0	41	1.09
25813510--25813682	31	6.1	30	75	21	160	55	1	0	42	1.10
25813512--25813678	41	4.1	41	79	14	172	56	1	0	41	1.09
25816141--25816179	18	2.2	18	85	0	51	15	33	30	20	1.94
25820698--25820808	33	3.4	33	77	2	89	32	3	43	20	1.69
25820918--25821069	51	3.0	51	88	1	207	31	9	23	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25826028--25826057	14	2.1	14	93	0	51	30	3	0	66	1.07
25827785--25827829	23	2.0	23	91	4	74	26	15	17	40	1.90
25828163--25828199	16	2.3	16	90	0	56	29	2	24	43	1.68
25828616--25828654	20	2.0	20	90	10	62	51	12	5	30	1.62
25828616--25828669	20	2.7	20	83	11	58	50	12	7	29	1.68
25832110--25832140	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
25832175--25832446	143	1.9	140	84	2	355	42	8	13	35	1.75
25832675--25832721	17	2.9	15	80	20	58	29	0	0	70	0.88
25840779--25840815	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
25844014--25844230	46	4.7	45	77	11	183	25	18	30	24	1.98
25847042--25847078	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
25847518--25847566	22	2.2	22	100	0	98	32	16	28	22	1.95
25850877--25850917	3	13.7	3	94	0	55	26	34	0	39	1.57
25850972--25851066	45	2.1	45	98	0	181	20	18	16	44	1.87
25850981--25851076	45	2.1	45	92	0	156	21	19	15	42	1.88
25853507--25853534	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
25853740--25853778	15	2.5	15	83	4	51	58	2	5	33	1.33
25859363--25859492	47	2.8	47	87	0	179	22	15	28	33	1.94
25864700--25864823	59	2.1	59	96	0	230	33	4	8	53	1.53
25867559--25867664	26	4.2	26	91	2	171	36	22	7	33	1.83
25874771--25874878	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
25881056--25881080	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25881101--25881187	3	29.0	3	100	0	174	66	0	0	33	0.92
25885070--25885094	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
25889051--25889162	15	7.5	15	74	4	73	45	17	3	33	1.66
25889077--25889162	5	17.2	5	78	4	66	43	18	3	34	1.67
25889072--25889168	20	5.1	20	69	12	60	41	19	5	34	1.74
25889071--25889162	25	3.5	25	76	13	94	43	18	4	33	1.70
25889051--25889158	55	2.0	55	92	0	180	46	17	3	32	1.66
25889051--25889153	30	3.6	29	75	12	106	45	17	3	33	1.67
25892887--25893023	27	5.1	25	76	16	114	17	32	19	30	1.95
25892878--25893022	54	2.7	54	80	7	161	19	30	19	31	1.96
25893442--25893487	15	3.4	15	72	27	57	34	28	0	36	1.58
25893439--25893491	25	2.1	25	100	0	106	37	28	0	33	1.58
25896079--25896117	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
25896261--25896303	21	2.0	22	90	4	70	30	0	25	44	1.55
25896303--25896340	14	2.6	15	84	16	53	18	0	26	55	1.43
25896266--25896323	29	2.0	29	82	0	71	25	0	27	46	1.53
25896349--25896417	35	2.0	35	91	5	113	17	2	37	42	1.64
25896343--25896470	35	3.6	35	76	7	100	17	1	37	42	1.59
25896406--25896476	7	10.1	7	78	4	72	18	0	38	43	1.50
25897084--25897187	43	2.7	36	73	18	100	33	31	3	30	1.76
25897092--25897182	43	2.1	43	89	0	137	35	31	4	28	1.77
25898760--25899530	158	4.8	159	91	4	1239	31	9	7	51	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25898760--25899535	320	2.4	318	91	4	1274	31	9	6	51	1.60
25899498--25899552	15	3.7	15	82	4	76	47	0	0	52	1.00
25899496--25899559	29	2.2	29	100	0	128	46	0	0	53	1.00
25899335--25899709	191	2.0	191	96	1	689	33	9	6	50	1.59
25899724--25899777	27	2.0	27	92	0	90	50	11	0	38	1.38
25899764--25899799	9	4.0	9	88	0	54	44	22	0	33	1.53
25901813--25902095	18	15.3	18	71	12	171	36	15	12	35	1.85
25901800--25902095	36	8.0	36	72	11	206	37	15	12	35	1.84
25901813--25902095	54	5.1	55	74	11	211	36	15	12	35	1.85
25902206--25902313	47	2.3	47	88	0	162	41	22	20	15	1.90
25903948--25903997	21	2.3	22	79	3	57	6	16	2	76	1.08
25903997--25904040	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
25904117--25904179	31	2.0	32	84	9	85	46	4	1	47	1.33
25909030--25909074	21	2.1	21	88	8	65	42	17	40	0	1.50
25909584--25909697	43	2.7	43	84	1	149	28	19	23	28	1.98
25913048--25913081	16	2.1	16	88	5	50	38	0	0	61	0.96
25913643--25913698	26	2.2	26	100	0	112	42	7	16	33	1.75
25915092--25915145	27	2.0	27	96	0	99	27	3	12	55	1.54
25919894--25919929	18	2.0	18	94	0	63	61	0	8	30	1.26
25924047--25924093	18	2.6	18	82	0	58	12	42	8	36	1.74
25930738--25930793	28	2.0	28	96	0	103	35	16	17	30	1.92
25933737--25933899	82	2.0	83	92	1	274	36	15	21	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25937399--25937425	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
25938568--25938616	21	2.4	21	83	6	57	36	2	4	57	1.30
25938606--25938644	11	3.5	11	89	0	60	25	2	0	71	0.98
25940783--25940916	23	5.6	25	72	14	86	17	26	24	31	1.97
25940799--25940916	48	2.5	48	76	10	127	16	27	24	32	1.96
25940799--25940915	23	5.0	23	75	12	121	16	27	24	31	1.96
25942516--25942799	18	15.4	18	72	10	171	38	14	11	35	1.83
25942609--25942811	72	2.8	72	78	8	218	36	12	12	37	1.82
25944797--25944829	5	6.6	5	100	0	66	60	0	0	39	0.97
25944922--25944974	21	2.5	22	78	9	65	58	3	0	37	1.16
25949577--25949620	22	2.0	22	95	0	79	27	18	20	34	1.96
25953796--25953828	17	2.0	17	88	5	50	33	9	0	57	1.30
25954165--25954369	46	4.5	45	87	3	266	21	20	11	46	1.82
25958239--25958283	22	2.0	22	83	8	56	4	22	0	73	1.01
25963999--25964324	165	2.0	160	84	6	424	39	13	12	34	1.83
25967097--25967127	15	2.1	15	93	0	53	64	3	19	12	1.41
25980486--25980510	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
25985209--25985259	24	2.1	24	88	0	75	47	1	11	39	1.52
25989165--25989212	21	2.3	21	92	0	78	2	56	20	20	1.53
25994506--25994576	9	7.6	9	76	9	70	30	1	19	47	1.58
25994757--25995724	241	4.0	241	97	0	1812	33	14	17	34	1.90
25994757--25995724	481	2.0	482	97	0	1812	33	14	17	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25995857--25995906	23	2.2	23	96	0	91	36	18	12	34	1.87
25996309--25996339	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
25997447--25997475	6	5.0	6	91	8	51	82	0	0	17	0.66
25999765--25999894	7	18.6	7	72	10	63	45	36	0	16	1.54
25999864--25999902	14	2.7	15	84	4	53	48	30	0	20	1.50
26000108--26000188	7	11.6	7	77	4	65	45	35	2	16	1.60
26000554--26000617	14	4.5	13	77	13	56	45	32	1	20	1.61
26000590--26000624	15	2.3	15	90	0	52	42	37	0	20	1.52
26006781--26006832	10	5.1	10	83	2	59	23	5	1	69	1.20
26010521--26010626	5	20.6	5	74	12	81	22	3	0	72	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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