genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76889619--76889758	69	2.0	69	98	0	271	23	21	15	39	1.92
76889950--76890044	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
76889950--76890043	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
76890095--76890154	20	3.0	20	85	0	93	30	20	13	36	1.90
76890197--76890244	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
76896791--76897014	118	1.9	114	82	12	256	41	4	6	47	1.50
76897554--76897629	3	25.0	3	97	2	143	32	0	0	67	0.91
76897667--76897720	25	2.2	24	83	9	65	33	5	3	57	1.40
76904766--76904803	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
76907551--76907575	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
76909410--76909451	22	1.9	22	85	9	59	42	2	40	14	1.58
76911787--76911860	37	2.0	37	97	0	139	20	18	5	55	1.62
76914120--76914158	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
76916103--76916214	27	4.1	27	80	7	120	16	23	22	38	1.93
76916103--76916214	54	2.1	54	84	3	145	16	23	22	38	1.93
76917256--76917289	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
76923914--76924019	27	3.9	27	85	7	135	16	24	22	36	1.94
76923914--76924023	54	2.0	54	87	3	159	15	24	21	38	1.92
76929700--76929743	23	1.9	23	95	0	79	34	6	9	50	1.61
76932700--76932851	40	3.8	38	72	10	117	27	21	26	25	1.99
76932707--76932892	80	2.3	80	85	5	234	26	22	26	24	2.00
76932747--76932898	40	3.8	40	81	5	164	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76932745--76932918	80	2.2	80	81	6	201	26	21	27	25	1.99
76932745--76932918	40	4.4	39	77	9	154	26	21	27	25	1.99
76940648--76940810	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
76940648--76940840	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
76947299--76947483	40	4.7	40	76	4	158	27	22	25	24	2.00
76947299--76947483	80	2.3	79	85	4	230	27	22	25	24	2.00
76947346--76947489	40	3.6	40	82	3	164	27	22	26	23	1.99
76947337--76947509	80	2.2	80	81	5	199	27	21	26	24	1.99
76947336--76947509	40	4.4	38	76	10	145	27	21	26	25	1.99
76950258--76950364	26	4.2	26	93	1	180	32	7	23	36	1.83
76952091--76952139	22	2.3	21	82	10	55	16	4	48	30	1.64
76953758--76953816	2	30.0	2	81	10	68	44	1	3	50	1.28
76957842--76957890	21	2.3	21	92	0	80	20	20	34	24	1.96
76958601--76958698	18	5.5	18	86	4	137	40	10	12	36	1.77
76958592--76958686	35	2.7	35	95	1	163	38	9	13	37	1.78
76959181--76959242	17	3.7	17	70	24	51	35	1	0	62	1.05
76961169--76961229	20	3.0	20	80	0	77	44	14	27	13	1.83
76961153--76961229	40	1.9	40	83	0	100	42	18	25	12	1.86
76962212--76962348	69	2.0	69	95	0	247	33	5	4	56	1.41
76962292--76962947	336	2.0	336	90	0	1035	38	16	6	37	1.76
76967819--76968026	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
76967820--76968026	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76969753--76969826	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
76974364--76974571	40	5.2	39	85	1	236	25	26	22	25	2.00
76974364--76974571	80	2.6	80	85	1	265	25	26	22	25	2.00
76982496--76982702	40	5.2	39	84	2	227	25	26	21	26	2.00
76982496--76982702	79	2.6	80	84	2	256	25	26	21	26	2.00
76989222--76989295	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
77006409--77006513	44	2.4	43	84	4	122	28	18	26	26	1.98
77010158--77010190	17	1.9	17	88	11	50	36	15	0	48	1.45
77010352--77010531	57	3.1	57	88	4	265	28	18	6	46	1.74
77012367--77012464	37	2.7	37	82	1	108	36	18	18	26	1.94
77012468--77012665	40	4.9	40	84	0	234	27	24	16	32	1.96
77017022--77017059	19	2.0	19	94	0	67	39	10	2	47	1.52
77018405--77018557	74	2.1	75	86	1	209	28	20	13	36	1.91
77024034--77024136	29	3.6	28	80	5	109	27	26	16	30	1.97
77029699--77029753	28	1.9	29	82	10	69	34	0	7	58	1.26
77030120--77030208	7	12.3	7	74	7	52	22	1	43	32	1.61
77030120--77030183	29	2.2	29	88	0	92	21	1	39	37	1.63
77030292--77030324	14	2.3	15	89	5	50	15	0	45	39	1.46
77030285--77030324	21	1.9	21	89	0	62	15	0	42	42	1.46
77030791--77030898	26	4.2	26	91	0	180	33	6	24	36	1.81
77033698--77033765	26	2.6	27	88	4	95	42	7	4	45	1.52
77037439--77037466	10	2.8	10	100	0	56	46	0	21	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77037486--77038282	244	3.3	244	97	0	1497	34	18	13	33	1.90
77042323--77042364	13	3.1	13	86	10	57	71	2	21	4	1.16
77042478--77042515	12	3.2	12	88	0	58	57	2	26	13	1.49
77045496--77045545	26	1.9	26	88	8	75	16	26	16	42	1.88
77048703--77048736	17	1.9	18	94	5	61	64	0	0	35	0.94
77052395--77052574	87	2.1	87	96	2	335	51	3	11	33	1.55
77052592--77052733	3	45.7	3	74	8	88	60	3	7	28	1.40
77057379--77057476	34	2.7	35	84	12	119	29	25	18	26	1.98
77057399--77057476	34	2.3	34	88	2	120	32	23	17	26	1.97
77066072--77066117	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
77068118--77068280	24	6.8	24	95	0	290	34	26	18	20	1.95
77075310--77075448	24	5.8	24	94	0	242	34	26	18	20	1.96
77075288--77075449	48	3.4	46	89	4	207	33	25	18	22	1.97
77080671--77080838	40	4.2	40	83	2	187	25	26	22	26	2.00
77089704--77089734	13	2.3	14	94	5	55	48	6	0	45	1.28
77090499--77090530	5	6.6	5	92	7	57	37	0	0	62	0.95
77093603--77093640	10	3.8	10	83	13	51	65	2	7	23	1.32
77099814--77099847	17	2.0	17	94	0	59	38	17	14	29	1.90
77105810--77105987	40	4.5	40	86	6	213	25	28	23	23	2.00
77113841--77114018	40	4.5	40	86	6	213	24	29	23	22	1.99
77117126--77117292	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
77125121--77125288	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77125137--77125286	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
77129554--77129653	34	3.3	34	64	32	89	59	14	5	22	1.54
77129541--77129655	57	2.0	57	96	0	212	59	13	5	21	1.55
77131822--77131896	38	2.0	38	94	0	132	56	4	10	29	1.52
77142074--77142209	67	2.0	67	97	0	254	48	10	8	33	1.67
77143385--77143449	24	2.5	26	83	13	82	23	3	4	69	1.21
77143417--77143453	20	1.9	20	94	5	67	27	0	5	67	1.12
77144511--77144554	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
77148614--77148780	46	3.6	46	81	6	185	27	19	29	23	1.98
77148803--77148925	49	2.5	49	80	5	142	27	19	27	25	1.99
77151089--77151121	8	4.0	8	96	4	57	0	15	0	84	0.61
77155884--77156020	69	2.0	69	92	0	229	29	29	12	28	1.93
77159917--77159984	34	2.0	34	100	0	136	50	8	11	29	1.69
77173278--77173422	37	3.9	37	93	0	245	24	33	18	23	1.97
77173467--77174378	48	19.0	48	92	0	1482	30	27	6	35	1.82
77175112--77175139	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
77193821--77193957	50	2.7	49	78	7	116	42	13	13	29	1.84
77193839--77193957	50	2.4	51	86	1	168	39	14	14	31	1.86
77195891--77195955	28	2.4	27	84	5	94	72	3	9	15	1.23
77196850--77196896	17	2.5	19	86	13	71	76	0	19	4	0.95
77196852--77196917	20	3.5	19	80	13	75	74	3	16	6	1.15
77196909--77196960	23	2.4	22	84	12	63	73	3	21	1	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77199942--77199987	20	2.3	20	84	0	56	13	26	19	41	1.88
77199954--77199987	10	3.4	10	95	0	59	11	23	20	44	1.84
77202018--77202272	39	6.5	40	90	4	351	25	27	22	25	2.00
77202051--77202276	40	5.7	40	91	4	361	25	26	22	25	2.00
77202018--77202269	79	3.2	79	88	4	359	25	26	21	25	2.00
77206490--77206700	46	4.5	46	75	16	191	29	19	28	21	1.98
77206532--77206739	46	4.5	46	79	13	178	29	20	26	23	1.99
77208565--77208598	12	3.1	11	88	12	52	17	11	5	64	1.45
77212053--77212228	46	3.8	46	71	16	157	21	19	27	31	1.98
77216171--77216344	46	3.8	46	74	10	165	22	20	27	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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