genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8763290--8763328	21	1.9	20	94	5	69	56	5	12	25	1.57
8767765--8767847	39	2.1	40	84	8	107	54	3	2	39	1.31
8772327--8772371	23	1.9	24	90	4	74	46	37	0	15	1.46
8773761--8775310	389	4.0	389	95	0	2740	33	15	19	31	1.93
8777871--8777925	24	2.3	24	83	0	74	36	30	1	30	1.68
8778068--8778106	19	2.1	19	95	0	69	38	23	0	38	1.55
8782680--8782736	19	3.0	20	73	14	59	66	1	1	29	1.12
8782707--8782759	18	2.8	19	74	5	63	67	3	0	28	1.07
8782674--8782759	38	2.4	35	84	9	102	65	3	1	30	1.17
8782967--8783044	16	4.8	17	74	17	67	32	1	2	64	1.15
8794256--8794379	61	2.0	61	100	0	248	24	8	22	45	1.79
8802479--8802526	12	4.0	12	83	0	60	35	8	35	20	1.83
8803220--8803255	18	1.9	19	88	5	56	47	5	19	27	1.72
8805585--8805637	20	2.7	20	85	8	65	58	3	1	35	1.27
8805596--8805651	19	2.9	19	82	10	62	57	5	1	35	1.32
8807264--8807375	25	4.5	25	87	2	145	29	23	20	26	1.99
8811001--8811105	39	2.6	39	83	3	129	34	18	2	44	1.64
8811083--8811113	14	2.2	14	94	0	53	25	9	0	64	1.24
8814014--8814046	9	3.7	9	95	0	57	39	12	18	30	1.87
8814014--8814059	9	5.0	9	89	2	56	39	15	15	30	1.88
8814422--8814469	24	2.0	24	95	0	87	27	45	4	22	1.70
8824404--8824474	24	2.9	25	91	2	117	29	22	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8826906--8826943	19	2.0	20	84	5	51	28	2	18	50	1.61
8828404--8828495	36	2.7	32	76	15	80	47	4	0	47	1.21
8828601--8828645	15	2.9	15	80	3	54	6	11	2	80	0.99
8828728--8828798	25	2.7	27	72	14	69	33	2	2	60	1.26
8830335--8830379	18	2.5	19	76	16	51	20	6	6	66	1.38
8830427--8830473	23	2.1	23	84	11	62	34	2	2	61	1.20
8831332--8831382	26	2.0	26	82	14	63	58	0	19	21	1.39
8832984--8833389	132	3.1	132	81	5	430	34	19	19	26	1.96
8839223--8839278	3	18.3	3	96	3	103	66	0	0	33	0.92
8839688--8839730	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
8841664--8841720	16	3.4	16	78	9	60	29	1	3	64	1.20
8842596--8842691	28	3.4	28	84	5	122	50	7	15	27	1.70
8842656--8843156	126	4.0	126	95	0	885	37	17	17	27	1.92
8844917--8845221	46	6.6	46	90	0	396	20	22	14	42	1.88
8848484--8848516	13	2.5	13	95	0	57	36	6	27	30	1.81
8850448--8850506	30	2.0	30	86	6	84	13	13	40	32	1.84
8850451--8850527	30	2.6	30	75	8	75	16	15	36	31	1.91
8851968--8852020	24	2.2	23	83	12	63	67	3	0	28	1.07
8857025--8857063	6	6.5	6	93	0	69	82	2	0	15	0.79
8857012--8857063	18	3.2	17	89	10	74	82	1	0	15	0.75
8859537--8859569	13	2.5	13	100	0	66	0	30	39	30	1.57
8863796--8863882	42	2.1	42	100	0	174	44	16	16	22	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8864273--8864310	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8866103--8866145	2	21.0	2	95	4	77	48	0	2	48	1.14
8868038--8868078	2	20.0	2	95	5	73	48	0	2	48	1.14
8868153--8868215	32	2.0	30	82	11	74	47	1	7	42	1.42
8868153--8868215	31	2.0	31	82	11	76	47	1	7	42	1.42
8869120--8869155	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8870212--8870503	132	2.2	131	80	9	319	34	20	19	25	1.96
8870248--8870566	131	2.4	132	77	10	321	35	16	19	28	1.94
8870490--8870780	133	2.2	132	82	4	338	31	18	21	28	1.97
8870544--8870785	133	1.8	133	88	1	369	31	18	21	28	1.97
8877272--8877304	14	2.3	15	85	15	52	51	6	3	39	1.42
8885452--8885569	59	2.0	59	90	3	184	44	10	5	40	1.60
8886309--8886335	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8887907--8887977	31	2.3	30	90	4	106	23	2	9	63	1.39
8888889--8889123	90	2.6	90	81	6	249	26	19	15	38	1.91
8890380--8890423	23	2.0	23	86	4	63	45	6	15	31	1.73
8895104--8895135	14	2.4	13	90	10	55	25	0	0	75	0.81
8897270--8897399	46	2.8	46	92	1	206	40	12	25	22	1.89
8897327--8897461	63	2.2	63	93	1	227	40	12	25	22	1.89
8897373--8897407	17	2.1	17	100	0	70	42	11	28	17	1.83
8897390--8897651	46	5.7	46	84	1	303	41	15	22	20	1.89
8897281--8897507	109	2.1	109	95	0	411	40	13	24	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8897390--8897651	137	1.9	137	86	0	371	41	15	22	20	1.89
8897390--8897669	91	3.1	88	80	8	301	42	15	21	20	1.88
8897932--8897964	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
8901444--8901511	2	34.5	2	91	2	111	45	0	0	54	0.99
8903463--8903513	20	2.6	19	85	14	68	62	1	0	35	1.06
8903711--8903741	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
8904284--8904336	27	1.9	28	84	3	72	52	0	47	0	1.00
8904288--8904332	22	2.0	23	91	4	74	51	0	48	0	1.00
8904428--8904468	16	2.4	16	88	8	55	21	0	0	78	0.76
8904818--8904889	23	3.2	23	92	2	110	8	5	54	31	1.54
8904988--8905055	33	2.0	34	86	8	95	8	2	45	42	1.50
8904985--8905053	16	4.3	16	74	20	56	10	2	43	43	1.53
8905652--8905676	13	1.9	13	100	0	50	64	4	16	16	1.44
8905818--8906028	59	3.5	59	67	8	181	36	24	15	24	1.94
8905792--8906108	123	2.6	123	95	0	564	41	18	14	25	1.89
8906121--8906534	71	5.7	71	84	6	499	30	20	17	31	1.95
8906121--8906534	146	2.8	146	91	3	640	30	20	17	31	1.95
8918985--8919021	2	19.5	2	83	10	51	51	0	2	45	1.15
8918953--8919014	21	2.9	21	74	13	63	51	3	4	40	1.39
8919005--8919084	20	4.0	19	73	13	72	60	1	2	36	1.18
8919281--8919311	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
8929852--8929888	2	19.5	2	83	10	51	51	0	2	45	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8929820--8929881	21	2.9	21	74	13	63	51	3	4	40	1.39
8929899--8929949	20	2.6	19	82	17	61	60	1	0	37	1.08
8929864--8929945	20	4.2	19	68	18	60	57	1	3	37	1.24
8930864--8930904	16	2.4	16	88	8	55	21	0	0	78	0.76
8931254--8931324	23	3.2	23	92	6	110	9	4	52	33	1.54
8931424--8931491	33	2.0	34	86	8	95	8	2	45	42	1.50
8931421--8931489	16	4.3	16	74	20	56	10	2	43	43	1.53
8934847--8934903	28	2.0	28	96	0	105	47	7	19	26	1.74
8934979--8935027	20	2.5	20	82	0	53	53	6	8	32	1.55
8935781--8935812	15	2.2	15	94	5	57	25	0	3	71	1.00
8941633--8941701	34	2.0	34	100	0	138	49	5	5	39	1.51
8942733--8942763	14	2.3	14	94	5	55	77	0	6	16	0.97
8947469--8947518	26	1.9	26	87	0	73	32	2	12	54	1.49
8962466--8962527	30	2.1	29	82	8	72	24	8	22	45	1.79
8964013--8964069	29	2.0	29	89	6	89	40	0	5	54	1.23
8964014--8964082	29	2.4	28	79	13	77	40	0	4	55	1.20
8982047--8982110	31	2.1	31	93	0	110	31	21	6	40	1.78
8986261--8986303	11	3.8	12	75	12	54	34	0	0	65	0.93
8986255--8986306	20	2.6	19	84	6	59	30	1	0	67	1.02
8986263--8986306	20	2.0	21	87	12	63	31	0	0	68	0.90
8986771--8986827	21	2.7	20	74	17	53	61	7	5	26	1.43
8991981--8992017	18	2.1	18	89	0	56	27	32	21	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8996450--8996490	21	1.9	22	90	5	66	41	0	0	58	0.98
8998868--8998930	30	2.1	31	90	3	101	46	3	25	25	1.68
9007214--9007243	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
9012875--9012925	15	3.5	15	71	15	52	31	15	5	47	1.70
9016448--9016486	21	1.9	20	89	5	60	25	12	7	53	1.65
9022798--9022884	29	3.0	29	96	0	156	26	34	9	29	1.87
9022894--9022922	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
9024599--9024719	58	2.0	60	88	3	183	20	9	10	59	1.58
9031903--9032063	84	1.9	84	81	7	193	26	19	14	39	1.90
9037142--9037178	18	2.1	18	90	10	58	83	2	5	8	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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