genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66262946--66263025	27	3.0	26	88	3	106	35	20	23	21	1.96
66263206--66263270	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
66263697--66264161	27	17.3	27	85	2	517	25	18	20	35	1.95
66264166--66264363	27	7.3	27	84	2	227	40	8	22	28	1.83
66264182--66264363	81	2.2	81	89	1	267	40	7	22	29	1.82
66264209--66264392	81	2.3	81	85	0	251	39	9	20	29	1.85
66264417--66264613	27	7.3	27	82	4	211	29	7	20	42	1.79
66264415--66264613	80	2.5	81	82	6	235	30	7	20	42	1.79
66264498--66264633	54	2.5	55	84	3	159	35	6	18	39	1.77
66265799--66266195	27	14.6	27	85	4	469	35	16	20	26	1.94
66265799--66265864	33	2.0	34	96	3	125	36	16	18	28	1.93
66265833--66266195	54	6.8	54	87	2	518	35	16	20	26	1.94
66265833--66266195	134	2.7	134	86	3	498	35	16	20	26	1.94
66265836--66266211	107	3.5	107	86	4	499	35	16	21	26	1.94
66266548--66266599	22	2.4	22	80	0	59	21	23	21	34	1.97
66269302--66269507	47	4.6	47	77	13	225	32	14	22	30	1.94
66269400--66269547	38	3.7	38	74	18	136	30	14	27	28	1.95
66269344--66269550	85	2.4	85	93	0	351	30	14	24	30	1.94
66269481--66269557	38	2.0	38	92	0	127	29	15	25	28	1.96
66273952--66273999	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
66274130--66274206	25	3.1	24	79	5	73	32	20	19	27	1.97
66274419--66274502	31	2.7	31	88	1	125	30	16	27	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66278476--66278701	109	2.1	109	100	0	452	46	22	13	17	1.84
66278837--66278932	43	2.3	43	88	1	140	48	12	21	16	1.79
66284144--66284306	24	6.8	24	95	0	272	19	19	26	34	1.96
66284144--66284328	48	3.9	48	89	4	239	21	18	25	33	1.97
66291950--66292112	24	6.8	24	95	0	272	19	19	26	34	1.96
66291950--66292134	48	3.9	48	89	4	239	21	18	25	33	1.97
66297545--66297574	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
66297501--66297617	55	2.1	55	93	0	207	53	11	23	11	1.69
66299520--66299712	80	2.4	80	81	2	208	23	26	23	26	2.00
66299534--66299713	40	4.5	40	79	4	184	24	26	23	25	2.00
66300420--66300449	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
66305712--66305765	26	2.0	26	85	3	72	66	0	3	29	1.09
66305737--66305786	20	2.5	20	81	12	66	62	0	2	36	1.07
66306050--66306088	16	2.5	15	84	12	51	15	5	0	79	0.90
66306083--66306130	25	1.9	25	83	8	62	37	0	0	62	0.95
66312400--66312469	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
66312924--66312949	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
66314859--66314938	29	2.8	28	83	7	108	27	33	15	23	1.94
66314859--66314938	28	2.8	28	83	7	99	27	33	15	23	1.94
66320950--66320995	22	2.0	21	84	16	56	56	0	6	36	1.25
66335646--66335676	12	2.6	12	94	0	53	58	12	12	16	1.64
66335824--66335930	27	4.0	27	82	4	128	34	19	24	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66336132--66336489	27	13.3	27	86	0	448	24	20	18	36	1.95
66338441--66338521	42	1.9	43	89	2	128	23	8	23	44	1.81
66340405--66340551	47	3.1	47	93	1	249	30	12	12	44	1.80
66340822--66340853	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
66342480--66342687	40	5.2	40	82	2	220	25	25	22	26	2.00
66344631--66344791	45	3.6	45	84	8	188	24	22	26	26	2.00
66345333--66345365	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
66352943--66352979	16	2.4	16	86	8	51	48	0	8	43	1.32
66352991--66353015	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
66355140--66355234	25	3.8	25	92	0	154	27	25	22	25	2.00
66355139--66355261	25	5.0	24	84	8	92	28	24	21	25	1.99
66355139--66355259	50	2.4	50	80	9	140	28	24	22	24	2.00
66363512--66363556	17	2.5	19	86	10	60	15	22	37	24	1.93
66366539--66366719	40	4.6	40	90	2	278	27	25	22	24	2.00
66370810--66370975	40	4.2	40	88	3	237	28	27	20	22	1.99
66378747--66378912	40	4.2	40	95	0	280	27	27	22	22	1.99
66384929--66385096	40	4.2	40	81	1	176	25	26	22	25	2.00
66398941--66399098	40	4.0	40	89	1	237	27	23	21	27	1.99
66398941--66399098	79	2.0	80	89	1	246	27	23	21	27	1.99
66406663--66406842	40	4.5	40	85	5	222	26	25	22	26	2.00
66406658--66406842	80	2.3	80	87	3	257	26	24	22	27	2.00
66411864--66412031	40	4.2	38	76	8	140	27	27	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66414103--66414142	19	2.1	19	86	9	55	42	12	20	25	1.86
66418959--66419006	9	5.3	9	82	0	60	60	8	2	29	1.37
66418959--66419010	18	2.9	18	80	11	70	59	7	3	28	1.43
66421574--66421786	100	2.1	100	93	1	365	25	32	15	26	1.95
66440019--66440170	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
66440019--66440170	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
66449152--66449183	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
66450531--66450632	29	3.6	29	86	1	134	25	14	30	29	1.95
66450531--66450645	57	2.0	56	84	3	149	26	13	29	30	1.94
66452185--66452271	34	2.5	34	79	7	95	31	17	27	24	1.97
66454142--66454387	49	4.9	50	81	2	289	25	17	26	30	1.97
66457415--66457440	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
66459580--66459615	18	2.0	18	100	0	72	33	11	16	38	1.84
66474383--66474559	43	4.1	43	83	4	232	25	14	27	32	1.95
66474383--66474559	85	2.1	86	89	3	268	25	14	27	32	1.95
66478380--66478511	29	4.6	29	80	5	115	23	33	15	27	1.95
66480547--66480644	28	3.5	28	71	15	85	29	34	13	22	1.92
66480549--66480670	56	2.2	56	92	0	199	28	32	13	24	1.94
66480571--66480672	28	3.6	28	73	19	104	28	30	14	26	1.95
66484070--66484229	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
66484070--66484229	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
66492111--66492270	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66492111--66492270	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
66499587--66499688	28	3.6	28	72	15	102	27	29	15	27	1.96
66499565--66499686	56	2.2	56	92	0	199	27	31	14	25	1.95
66506577--66506610	15	2.3	15	89	0	50	47	20	23	8	1.78
66506819--66506904	28	3.0	28	81	3	100	29	12	29	29	1.93
66511815--66512032	40	5.5	40	89	2	298	24	28	24	22	2.00
66514332--66514440	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
66514586--66514771	100	1.9	96	91	6	302	30	26	6	36	1.83
66514586--66514772	48	3.8	48	90	5	295	31	26	6	35	1.83
66514742--66514888	47	3.1	47	86	0	195	27	29	10	32	1.90
66516432--66516459	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
66517407--66517841	217	2.0	217	89	1	658	34	22	13	30	1.92
66522256--66522476	40	5.6	41	78	11	221	25	24	26	23	2.00
66530376--66530596	40	5.6	41	76	11	203	24	23	27	23	2.00
66530376--66530560	80	2.3	81	84	6	225	24	24	28	23	2.00
66532493--66532659	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
66532493--66532659	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
66533484--66533529	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
66538654--66538857	40	5.1	40	91	3	295	25	28	23	22	1.99
66538870--66538913	18	2.4	19	80	3	54	40	18	4	36	1.71
66540587--66540722	49	2.7	50	81	3	166	23	18	27	30	1.98
66543724--66543749	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66544045--66544113	31	2.2	31	89	0	102	17	30	31	20	1.95
66544043--66544121	31	2.6	31	86	4	99	16	26	34	22	1.95
66544421--66544487	30	2.3	30	94	2	118	23	29	25	20	1.99
66549850--66549982	49	2.7	49	92	2	212	28	10	30	30	1.90
66550085--66550162	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
66553948--66554075	36	3.4	37	91	4	204	27	32	17	23	1.96
66554114--66554216	48	2.1	48	98	0	197	33	28	5	33	1.81
66554208--66554482	49	5.7	49	92	3	459	28	27	9	34	1.87
66554208--66554482	96	2.9	96	96	0	505	28	27	9	34	1.87
66555849--66555999	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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