genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73234819--73234859	2	22.0	2	85	14	61	46	0	0	53	1.00
73235617--73235642	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
73235961--73235990	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
73243609--73243654	2	23.5	2	91	4	76	54	0	0	45	0.99
73247459--73247518	31	1.9	31	86	0	84	25	21	35	18	1.96
73251513--73251537	11	2.3	11	100	0	50	28	20	28	24	1.99
73255736--73255813	39	2.0	39	97	0	147	37	15	14	33	1.87
73258922--73258960	20	2.0	19	85	14	53	41	10	23	25	1.86
73259553--73259594	18	2.3	18	100	0	84	19	28	38	14	1.90
73260688--73260712	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
73263568--73263620	25	2.2	24	78	12	65	18	5	11	64	1.46
73265365--73265518	42	3.7	42	85	4	204	29	18	25	26	1.98
73265365--73265518	85	1.8	83	86	5	220	29	18	25	26	1.98
73265692--73265721	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
73270247--73270306	29	2.1	29	87	6	88	31	11	28	28	1.92
73270261--73270391	28	4.6	29	81	6	115	30	14	31	23	1.94
73270287--73270391	30	3.6	30	83	10	130	28	15	31	24	1.95
73274506--73274548	16	2.7	16	92	0	68	51	13	20	13	1.76
73274764--73274819	28	2.0	29	92	3	96	26	16	32	25	1.96
73278174--73278276	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
73285971--73286073	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
73290827--73290923	42	2.3	42	87	1	133	30	16	24	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73291154--73291183	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
73292627--73292726	45	2.4	42	83	8	114	48	1	5	46	1.31
73294136--73294216	28	3.0	28	77	12	87	38	19	25	16	1.92
73295511--73295686	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
73295507--73295678	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
73298633--73298711	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
73298624--73298710	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
73301083--73301258	46	3.8	46	81	10	223	21	21	28	28	1.98
73301079--73301250	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
73310159--73310212	26	2.1	26	100	0	108	25	25	0	48	1.52
73310164--73310218	26	2.1	26	89	3	83	29	23	0	47	1.52
73323355--73323457	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
73328548--73328597	15	3.1	16	78	21	52	20	4	2	74	1.08
73334898--73334922	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
73335989--73336017	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
73336816--73336927	44	2.6	42	78	12	120	32	26	18	22	1.97
73337193--73337232	20	2.0	20	95	0	71	57	7	0	35	1.27
73346170--73346337	75	2.2	75	84	2	212	35	18	14	30	1.91
73353911--73354187	47	5.8	47	88	3	374	32	8	29	28	1.87
73353911--73354187	147	1.9	141	86	5	394	32	8	29	28	1.87
73356698--73357014	40	7.9	40	90	2	440	23	21	28	26	1.99
73360446--73360724	47	5.8	47	87	5	360	33	7	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73366756--73366945	75	2.5	74	82	3	220	30	21	15	33	1.94
73370256--73370293	20	1.9	20	100	0	76	26	18	18	36	1.94
73374825--73374863	21	2.0	20	85	14	55	76	0	15	7	0.99
73376177--73376279	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
73378008--73378051	19	2.3	19	84	4	52	59	2	2	36	1.23
73379200--73379250	25	2.0	25	92	0	84	33	19	5	41	1.76
73384976--73385051	22	3.3	22	66	28	59	23	27	13	35	1.92
73385213--73385287	24	3.2	24	62	24	59	26	32	13	28	1.94
73384973--73385312	47	7.2	47	93	0	509	26	27	11	34	1.91
73388721--73389007	40	7.0	42	91	2	419	25	28	21	24	1.99
73388735--73389005	82	3.3	82	96	1	483	24	29	22	23	1.99
73390374--73390464	46	2.0	46	84	0	119	26	31	7	34	1.85
73390481--73390556	22	3.3	22	66	28	59	23	27	13	35	1.92
73390695--73390768	23	3.2	23	62	24	55	31	29	10	28	1.91
73390718--73390792	24	3.2	24	62	24	59	26	32	13	28	1.94
73390478--73390817	47	7.2	47	92	0	491	25	27	12	34	1.91
73393030--73393246	40	5.5	40	82	5	228	23	28	23	24	1.99
73401191--73401390	40	5.1	39	86	7	255	25	30	23	22	1.99
73401191--73401390	79	2.5	79	87	7	273	25	30	23	22	1.99
73405620--73405915	148	2.0	148	91	0	475	36	20	14	29	1.92
73407869--73408021	43	3.5	44	81	3	168	26	15	24	33	1.95
73412907--73412963	27	2.2	25	81	6	69	33	8	14	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73415094--73415221	39	3.2	40	85	3	170	20	21	27	30	1.98
73419152--73419211	18	3.3	18	77	9	68	43	6	36	13	1.70
73419130--73419211	36	2.3	36	82	4	112	42	7	35	14	1.74
73421026--73421446	48	8.8	48	76	2	405	28	27	16	27	1.97
73421028--73421446	96	4.4	96	87	1	579	28	27	16	27	1.97
73425233--73425343	56	2.0	55	89	1	168	47	13	13	25	1.79
73436005--73436140	40	3.4	40	84	5	152	25	29	19	25	1.99
73440092--73440255	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
73440092--73440289	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
73447668--73447831	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
73447668--73447865	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
73454386--73454524	40	3.5	40	82	8	151	24	29	22	23	1.99
73459448--73459489	20	2.1	20	86	8	59	57	4	0	38	1.20
73459655--73459693	20	2.1	19	85	9	53	56	2	17	23	1.53
73461761--73461797	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
73463103--73463146	10	4.4	10	80	11	54	13	9	4	72	1.24
73463102--73463167	30	2.2	30	86	5	89	13	9	4	72	1.24
73463103--73463146	19	2.2	19	92	8	70	13	9	4	72	1.24
73465553--73465603	19	2.9	17	75	13	50	60	1	11	25	1.41
73465668--73465705	19	2.0	19	90	10	60	42	2	0	55	1.14
73465708--73465747	19	2.0	19	85	9	53	55	0	5	40	1.22
73467609--73467675	24	2.8	26	80	19	83	32	0	7	59	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73467614--73467683	22	3.1	22	76	19	72	31	0	7	61	1.23
73467648--73467690	15	2.9	14	80	10	50	34	0	4	60	1.17
73467962--73468006	20	2.3	20	85	11	58	42	0	0	57	0.98
73468046--73468070	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
73468603--73468653	19	2.6	19	84	9	59	64	3	5	25	1.33
73471253--73471301	22	2.1	23	85	7	64	18	2	8	71	1.21
73471309--73471345	17	2.2	17	95	0	65	32	0	0	67	0.91
73471290--73471345	8	7.2	8	80	11	55	30	0	1	67	1.01
73472520--73472778	128	2.0	128	98	0	500	37	10	13	38	1.80
73472907--73472947	2	20.0	2	95	5	73	48	2	0	48	1.14
73476575--73476659	41	2.1	41	100	0	170	38	9	27	24	1.86
73489968--73490080	43	2.7	43	81	4	122	32	23	17	26	1.97
73491363--73491517	42	3.7	42	86	3	213	29	25	16	29	1.96
73500186--73500259	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
73500127--73500259	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
73509688--73509848	29	5.6	29	93	0	259	26	32	14	26	1.95
73511748--73511808	30	2.0	30	83	0	77	39	9	9	40	1.72
73516749--73516889	40	3.5	40	93	2	232	25	27	23	23	2.00
73538649--73538675	12	2.2	12	100	0	54	7	22	44	25	1.79
73540820--73540979	39	4.1	39	98	0	302	23	31	25	20	1.98
73547556--73547681	39	3.1	39	88	10	198	23	32	25	19	1.97
73547556--73547669	44	2.7	44	92	6	184	21	33	27	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73551680--73552024	48	7.3	48	96	2	635	35	6	26	31	1.82
73551680--73552024	95	3.6	96	96	1	635	35	6	26	31	1.82
73551680--73552189	143	3.7	141	85	10	744	35	6	26	31	1.81
73552001--73552052	17	3.3	17	69	20	58	38	0	21	40	1.53
73551953--73552104	78	1.9	80	90	2	245	36	5	25	33	1.78
73551858--73552189	176	1.9	173	91	1	538	36	6	26	31	1.81
73551905--73552152	128	2.0	126	91	1	406	36	5	25	32	1.79
73552022--73552180	50	3.2	50	92	3	277	35	6	26	31	1.81
73552022--73552189	48	3.4	48	94	1	255	35	5	27	30	1.81
73552330--73552432	37	2.8	37	95	0	179	23	21	32	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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