genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.306.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91059724--91059779	24	2.3	24	90	0	94	12	35	25	26	1.91
91062086--91062115	15	2.0	15	100	0	60	40	26	0	33	1.57
91067399--91067457	17	3.5	17	70	25	54	64	0	1	33	1.04
91067955--91068100	17	8.3	18	88	6	219	37	15	11	35	1.83
91067954--91068092	35	4.0	35	94	2	228	36	14	12	36	1.83
91067955--91068100	53	2.8	53	92	4	233	37	15	11	35	1.83
91083769--91083809	18	2.3	18	86	0	55	51	12	14	21	1.75
91088940--91089096	78	2.0	78	100	0	314	17	10	21	50	1.76
91092705--91092786	25	3.3	25	80	0	110	30	19	21	28	1.98
91093786--91093814	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
91094941--91095073	45	3.0	44	76	7	119	24	17	24	33	1.96
91105853--91105884	9	3.6	9	91	0	55	28	0	15	56	1.40
91110662--91110705	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
91113022--91113163	46	3.0	46	92	2	221	37	8	23	30	1.85
91113029--91113164	48	2.9	47	92	2	211	36	8	25	29	1.86
91115969--91116111	71	2.0	71	98	0	277	31	28	13	25	1.94
91116597--91116760	40	4.1	39	81	4	159	25	27	21	25	2.00
91119800--91119834	5	7.0	5	93	0	61	57	0	2	40	1.14
91119997--91120036	20	2.0	21	90	5	64	15	10	0	75	1.05
91119997--91120036	13	2.9	14	88	7	64	15	10	0	75	1.05
91119997--91120036	7	5.9	7	91	5	64	15	10	0	75	1.05
91125370--91125407	14	2.7	14	76	15	51	18	7	0	73	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91125811--91125861	23	2.2	23	82	6	59	49	7	0	43	1.32
91125818--91125863	23	2.0	24	87	8	69	43	6	0	50	1.28
91125855--91125911	14	3.6	15	74	21	62	45	0	1	52	1.11
91125952--91125998	18	2.6	18	87	9	69	44	0	2	53	1.12
91125966--91126009	19	2.3	19	84	7	54	47	2	2	47	1.27
91125969--91126030	32	1.9	32	83	6	81	50	1	1	46	1.20
91127162--91127208	21	2.3	20	75	13	51	40	2	4	53	1.32
91129192--91129220	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
91129219--91129255	3	12.3	3	94	0	65	29	0	2	67	1.04
91129187--91129255	9	7.7	9	88	0	57	18	0	14	66	1.25
91136818--91136858	11	3.7	11	80	0	55	21	14	7	56	1.63
91136895--91136956	30	2.1	29	88	8	90	29	3	11	56	1.50
91137039--91137077	18	2.2	18	86	9	53	17	0	15	66	1.25
91137032--91137078	19	2.5	18	77	19	51	21	0	12	65	1.25
91137079--91137112	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
91137326--91137383	31	1.9	31	96	3	109	36	3	13	46	1.61
91138866--91139001	66	2.1	66	100	0	272	41	18	15	25	1.89
91140171--91140214	23	2.0	22	82	8	54	75	2	22	0	0.92
91143935--91143967	17	1.9	17	93	0	57	75	0	24	0	0.80
91143936--91143970	13	2.8	13	91	4	54	74	0	25	0	0.82
91144884--91145001	51	2.2	53	83	4	141	16	18	22	41	1.90
91144900--91145001	54	1.9	51	86	5	141	17	17	22	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91150119--91150158	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
91151456--91151563	38	2.8	39	87	4	155	18	21	27	32	1.97
91156415--91156439	11	2.3	11	100	0	50	32	0	8	60	1.26
91163027--91163122	25	3.8	25	77	2	86	18	26	17	37	1.93
91163127--91163174	25	1.9	25	86	0	69	27	29	14	29	1.95
91163573--91163657	42	2.0	42	90	0	134	36	15	8	40	1.77
91165954--91165997	21	2.0	22	83	12	56	13	9	0	77	0.99
91168703--91168962	9	27.4	9	69	16	116	63	3	1	31	1.21
91168749--91168865	28	4.3	27	77	15	91	63	3	0	32	1.17
91168703--91168962	19	13.7	19	67	17	96	63	3	1	31	1.21
91168901--91168962	30	2.1	30	87	6	90	64	1	3	30	1.19
91168844--91168953	49	2.3	47	78	13	109	63	0	2	32	1.15
91169493--91169540	17	2.8	18	84	9	64	29	2	0	68	1.01
91169502--91169539	9	4.6	9	81	18	55	28	0	0	71	0.87
91169665--91169762	46	2.1	47	98	1	189	41	2	14	41	1.57
91175528--91175555	5	5.6	5	100	0	56	64	0	0	35	0.94
91178610--91178663	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
91178649--91178697	3	17.3	3	76	19	52	28	2	0	69	1.00
91178653--91178691	11	3.5	11	92	0	69	28	2	0	69	1.02
91178649--91178690	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98
91180713--91180848	54	2.5	54	98	0	263	29	18	22	29	1.97
91180883--91181068	46	4.0	46	90	1	266	39	15	24	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91182061--91182320	134	1.9	134	82	0	322	38	13	11	37	1.80
91195848--91195917	3	23.0	3	97	2	131	32	0	0	67	0.91
91197217--91197249	7	4.7	7	96	0	57	60	0	0	39	0.97
91198556--91199173	132	4.7	132	76	7	506	34	17	20	27	1.95
91198606--91198935	133	2.5	131	81	6	353	33	21	19	25	1.97
91202028--91202603	132	4.4	132	89	2	852	27	23	19	29	1.98
91213759--91213811	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
91215280--91215386	26	4.2	26	91	2	180	35	24	7	32	1.83
91215280--91215386	51	2.1	52	94	1	189	35	24	7	32	1.83
91217240--91217536	133	2.2	133	81	6	318	36	19	18	25	1.94
91217475--91217800	132	2.5	132	78	6	315	34	16	19	29	1.94
91217556--91217843	132	2.2	133	83	3	350	34	15	17	32	1.92
91218499--91218527	14	2.1	14	100	0	58	37	6	13	41	1.72
91218980--91219010	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
91225210--91225239	14	2.1	14	93	6	51	63	0	0	36	0.95
91226757--91226818	9	6.1	10	78	12	56	56	29	0	14	1.39
91226757--91226801	19	2.4	19	85	7	56	57	28	0	13	1.36
91226784--91226815	12	2.8	12	90	9	50	53	34	0	12	1.39
91227758--91227800	20	2.2	20	84	16	54	69	2	2	25	1.12
91228184--91228208	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
91229493--91229552	26	2.4	25	77	20	63	40	5	5	50	1.46
91233701--91233742	20	2.1	20	100	0	84	66	0	9	23	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91243344--91243381	19	2.0	19	100	0	76	36	5	21	36	1.76
91244227--91244279	22	2.4	22	81	6	54	24	9	1	64	1.34
91248050--91248356	78	4.0	78	82	7	324	42	13	16	28	1.85
91252803--91252987	40	4.6	40	85	8	250	24	28	22	23	1.99
91252803--91252983	83	2.2	83	90	3	289	24	29	23	23	1.99
91255461--91255718	62	4.2	62	82	1	293	27	24	25	22	2.00
91255456--91255679	123	1.8	124	85	0	315	28	24	24	22	2.00
91258865--91258895	5	6.2	5	100	0	62	41	0	19	38	1.51
91260413--91260438	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
91262287--91262499	93	2.3	93	87	1	293	37	19	9	32	1.85
91262576--91262698	10	12.1	11	69	16	54	65	0	3	30	1.14
91262608--91262707	29	3.4	29	77	13	107	63	1	3	33	1.17
91262628--91262707	19	4.2	19	75	20	76	62	0	3	33	1.13
91262624--91262707	20	4.3	20	75	17	86	61	0	3	34	1.13
91262637--91262739	21	5.1	21	71	19	60	60	0	6	33	1.23
91262644--91262743	19	5.2	19	67	20	57	60	0	7	33	1.24
91262615--91262743	58	2.2	57	84	6	170	61	0	6	32	1.21
91262900--91262961	29	2.1	29	85	14	83	29	1	0	69	0.98
91262902--91262959	20	3.0	20	77	10	66	25	1	0	72	0.94
91262995--91263045	19	2.7	18	75	19	59	35	1	0	62	1.06
91262995--91263047	18	2.9	18	78	10	63	37	1	0	60	1.08
91263069--91263292	89	2.5	89	85	5	276	34	8	18	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91269091--91269117	14	1.9	14	100	0	54	37	7	25	29	1.83
91273304--91273387	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
91273308--91273401	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
91281109--91281234	59	2.1	60	91	1	200	38	13	20	27	1.90
91281966--91282008	22	2.0	22	90	0	68	27	11	11	48	1.74
91282607--91282645	12	3.5	12	86	13	57	61	7	5	25	1.44
91282693--91282722	15	2.0	15	100	0	60	73	0	13	13	1.10
91283853--91283882	15	2.0	15	93	0	51	16	0	20	63	1.31
91283630--91283862	6	38.7	6	81	5	256	19	13	12	54	1.69
91284121--91284250	62	2.1	61	89	1	197	26	6	19	47	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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