genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71553773--71553830	20	3.2	18	79	13	57	5	15	1	77	1.02
71560425--71560518	29	3.2	29	95	0	161	25	28	15	29	1.96
71560387--71560518	58	2.3	58	82	2	158	25	33	15	25	1.95
71562094--71562163	21	3.2	21	68	18	61	20	11	27	41	1.86
71564336--71564502	40	4.2	40	80	6	194	25	21	26	25	2.00
71566491--71566523	18	1.9	18	88	11	52	39	15	0	45	1.46
71569878--71569910	14	2.5	13	90	9	57	12	15	12	60	1.59
71584408--71584452	23	1.9	24	86	4	65	57	2	2	37	1.23
71585409--71585462	22	2.6	20	77	11	63	33	0	3	62	1.12
71585783--71585840	28	2.0	29	83	3	73	60	1	3	34	1.24
71586400--71586488	31	3.0	30	79	8	101	33	10	14	41	1.79
71586867--71586923	29	1.9	30	85	3	80	38	8	10	42	1.71
71586867--71586939	29	2.5	29	82	4	76	38	10	9	41	1.73
71596261--71596413	39	3.9	39	91	0	234	24	31	20	23	1.98
71596231--71596412	78	2.3	78	87	0	247	24	30	21	23	1.99
71598572--71598673	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
71606416--71606517	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
71611029--71611055	13	2.1	13	100	0	54	7	37	37	18	1.79
71612180--71612267	6	14.3	6	73	17	74	47	14	18	19	1.82
71612189--71612267	31	2.5	31	91	0	122	48	13	18	18	1.81
71612686--71612959	53	5.2	54	91	3	432	23	21	20	33	1.97
71612686--71612959	27	10.3	27	90	2	432	23	21	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71612950--71613128	27	6.7	27	84	5	179	29	8	21	40	1.83
71612978--71613155	54	3.3	54	81	4	198	29	8	20	41	1.81
71612978--71613160	27	6.8	27	85	3	154	30	8	20	40	1.81
71612978--71613155	81	2.2	81	84	6	218	29	8	20	41	1.81
71613149--71613344	27	7.3	27	91	0	284	40	8	21	29	1.83
71613359--71613443	27	3.2	25	77	12	80	30	8	21	40	1.82
71615418--71615505	6	14.3	6	73	17	74	47	14	18	19	1.82
71615427--71615505	31	2.5	31	91	0	122	48	13	18	18	1.81
71615925--71616198	27	10.2	27	90	1	417	24	21	20	33	1.97
71615953--71616233	133	2.1	133	87	4	395	25	19	19	34	1.96
71615933--71616252	160	2.0	160	84	4	423	26	20	19	34	1.96
71616220--71616345	27	4.7	27	89	3	166	30	9	19	40	1.84
71616220--71616370	54	2.8	53	84	4	187	29	8	20	41	1.82
71616220--71616397	81	2.2	81	83	6	209	30	8	19	41	1.81
71616391--71616586	27	7.3	27	90	0	275	40	8	20	30	1.83
71616391--71616588	54	3.7	54	91	2	308	40	8	20	30	1.82
71616601--71616685	27	3.2	25	77	12	80	30	8	21	40	1.82
71623112--71623313	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
71623111--71623262	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
71631194--71631395	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
71631193--71631344	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
71637251--71637646	133	3.0	132	90	1	594	27	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71643632--71643656	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
71644196--71644473	130	2.1	131	80	4	310	30	20	16	32	1.95
71644411--71644661	132	1.9	131	81	4	308	27	17	17	36	1.93
71649168--71649223	28	2.0	28	100	0	112	28	10	17	42	1.83
71649172--71649234	28	2.2	28	91	5	101	28	12	14	44	1.82
71656410--71656449	16	2.6	16	84	4	55	57	2	10	30	1.45
71660790--71660833	23	1.9	23	81	9	54	36	27	0	36	1.57
71667745--71667854	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
71670662--71670876	46	4.6	46	75	10	159	23	29	18	28	1.98
71675057--71675199	40	3.6	40	84	8	168	24	24	24	26	2.00
71676839--71676952	39	2.9	39	92	1	174	22	21	31	24	1.98
71684790--71684933	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
71684791--71684973	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
71685899--71685978	42	1.9	42	100	0	160	20	33	15	31	1.93
71689339--71689512	46	3.8	46	80	13	221	28	29	20	21	1.98
71689347--71689517	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
71694579--71694892	27	11.6	27	88	1	378	39	20	8	31	1.83
71694950--71695044	27	3.5	27	85	2	145	35	15	23	25	1.94
71694950--71695073	55	2.3	54	87	1	176	34	15	23	26	1.94
71695185--71695234	21	2.4	21	86	0	64	36	12	22	30	1.90
71695185--71695259	11	7.1	11	73	7	57	34	13	18	33	1.90
71695198--71695245	21	2.3	21	96	0	87	33	10	18	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71695198--71695258	21	2.9	21	90	0	77	32	13	16	37	1.87
71696724--71696774	22	2.3	23	83	10	70	31	19	23	25	1.98
71697260--71697542	27	10.6	27	79	8	184	31	9	19	39	1.84
71697240--71697541	53	5.6	54	81	3	252	31	9	19	39	1.83
71697238--71697445	107	1.9	108	83	2	267	31	8	20	39	1.82
71697264--71697541	80	3.5	80	81	4	301	31	9	19	39	1.84
71697451--71697628	54	3.3	54	78	10	152	30	16	17	34	1.93
71697538--71697641	54	1.9	54	88	0	154	29	23	16	30	1.96
71697538--71697616	27	2.9	27	96	0	149	26	24	17	31	1.97
71699620--71699834	53	4.0	54	79	4	231	36	21	11	30	1.88
71699619--71699862	27	9.2	27	77	7	189	37	20	11	30	1.88
71699625--71699858	53	4.4	53	77	8	217	38	18	11	31	1.86
71699620--71699862	80	3.0	80	77	10	248	37	20	11	30	1.89
71699653--71699862	106	2.0	107	83	4	273	37	20	10	30	1.87
71700229--71700288	22	2.7	22	78	0	66	16	21	23	38	1.93
71704659--71704828	39	4.4	39	88	0	250	32	18	23	25	1.97
71704684--71704865	78	2.3	78	85	5	235	30	18	24	26	1.98
71707655--71707685	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
71707652--71707691	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
71707940--71708121	55	3.3	56	79	11	191	20	24	17	36	1.94
71725563--71725734	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
71725587--71725770	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71729960--71730131	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
71729984--71730167	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
71734339--71734406	23	3.0	22	72	8	66	36	17	19	26	1.94
71734339--71734444	45	2.3	45	81	12	119	37	16	20	24	1.93
71739849--71739997	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
71739890--71739997	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71745905--71746022	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
71745873--71746036	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
71753451--71753568	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
71753419--71753582	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
71760949--71761110	71	2.3	69	97	2	306	34	17	28	19	1.95
71764011--71764217	27	7.7	27	77	6	129	29	10	20	39	1.85
71764064--71764617	27	20.7	27	78	7	461	30	9	21	39	1.84
71764064--71764617	107	5.2	108	81	2	591	30	9	21	39	1.84
71764934--71764997	28	2.3	28	83	5	76	28	32	17	21	1.96
71766598--71766622	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
71769864--71770043	77	2.3	80	85	5	242	24	22	28	24	2.00
71769865--71770046	40	4.6	39	83	9	219	24	22	28	24	1.99
71777009--71777233	40	5.7	40	84	7	264	24	22	27	25	2.00
71777009--71777231	79	2.8	78	80	11	247	25	22	26	25	2.00
71777016--71777256	79	3.0	78	78	12	242	26	21	26	26	1.99
71779571--71779630	29	2.0	30	87	3	86	33	23	1	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71785465--71785546	41	2.0	41	100	0	164	34	2	21	41	1.67
71786909--71786977	9	7.4	9	76	12	68	23	1	21	53	1.54
71786946--71786984	11	3.5	11	89	6	53	20	0	23	56	1.42
71791136--71791204	9	7.4	9	74	9	59	23	1	20	55	1.52
71797236--71797338	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
71805031--71805133	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
71812117--71812324	40	5.2	40	87	4	287	23	20	27	27	1.99
71814398--71814479	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
71822288--71822369	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
71830424--71830610	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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