genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32560906--32561031	50	2.5	50	80	5	130	38	14	25	21	1.91
32566569--32566645	39	2.0	39	97	0	145	22	7	35	35	1.83
32570099--32570185	41	2.1	41	95	0	156	34	12	17	35	1.87
32571117--32571159	22	2.0	22	86	9	61	25	4	37	32	1.77
32572641--32572696	14	3.6	16	69	16	55	23	7	1	67	1.24
32575353--32575544	49	3.9	49	86	1	249	25	17	28	28	1.98
32575349--32575533	99	1.9	99	94	0	325	25	16	29	28	1.97
32578470--32578533	14	4.4	15	77	16	64	9	12	14	64	1.50
32580659--32580846	50	3.9	49	82	10	210	25	18	28	27	1.98
32584354--32584417	14	4.4	15	77	16	64	9	12	14	64	1.50
32586543--32586735	49	3.9	48	85	3	260	24	18	29	28	1.98
32586539--32586723	99	1.9	99	94	2	327	24	17	29	28	1.97
32588989--32589044	13	4.5	13	79	20	75	48	12	0	39	1.41
32595511--32595569	29	2.0	29	96	0	109	22	18	16	42	1.89
32596229--32596278	21	2.5	20	83	3	55	78	0	2	20	0.86
32596228--32596297	26	2.6	26	77	4	77	74	0	4	21	0.99
32596229--32596282	5	10.6	5	80	4	63	77	0	1	20	0.86
32597099--32597173	23	3.3	23	88	0	114	48	10	1	40	1.46
32599054--32599642	292	2.0	292	97	0	1124	32	14	28	24	1.94
32608741--32608776	11	3.3	11	88	0	54	16	2	0	80	0.83
32608742--32608776	16	2.2	16	89	0	52	17	2	0	80	0.84
32629164--32629303	48	2.9	48	86	0	190	27	23	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32643607--32643657	25	2.0	25	92	0	84	27	13	17	41	1.87
32646105--32646260	43	3.6	44	81	6	167	29	27	18	24	1.98
32670736--32670894	43	3.7	43	73	10	137	30	26	17	25	1.97
32673038--32673100	30	2.1	30	90	0	99	34	12	20	31	1.90
32674067--32674132	33	2.0	33	96	0	123	50	16	9	24	1.74
32677209--32677345	48	2.9	48	86	0	202	36	26	18	18	1.94
32682303--32682497	48	4.1	48	86	0	273	35	30	16	16	1.92
32682305--32682495	96	2.0	96	90	2	303	36	30	17	15	1.91
32686231--32686319	30	3.0	30	79	0	115	28	15	22	33	1.95
32692193--32692248	25	2.2	25	80	0	67	39	17	3	39	1.67
32697124--32697176	6	8.7	6	78	2	52	35	18	15	30	1.92
32697993--32698048	26	2.1	27	87	9	89	51	14	16	17	1.76
32698000--32698051	26	2.0	26	100	0	104	46	15	15	23	1.83
32704400--32704466	33	2.0	34	91	2	109	46	28	2	22	1.66
32706134--32706289	42	3.7	42	80	5	145	32	23	15	29	1.95
32706134--32706289	84	1.9	84	84	2	215	32	23	15	29	1.95
32719862--32719951	37	2.4	37	90	1	144	25	33	16	24	1.96
32720047--32720376	49	6.7	49	95	0	507	29	30	9	30	1.89
32727628--32727795	56	3.0	56	100	0	336	30	30	14	25	1.95
32729537--32729626	46	2.0	46	90	0	144	61	10	4	24	1.46
32732309--32732516	40	5.2	40	81	2	222	25	21	26	26	1.99
32735638--32735735	30	3.3	30	72	4	90	27	26	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32736062--32736093	17	1.9	16	93	6	55	46	18	15	18	1.84
32737301--32737398	30	3.3	30	72	4	90	27	26	16	29	1.97
32737725--32737756	17	1.9	16	93	6	55	46	18	15	18	1.84
32738966--32739063	30	3.3	30	72	4	90	27	26	16	29	1.97
32740630--32740727	30	3.3	30	72	4	90	27	26	16	29	1.97
32745321--32745351	14	2.2	14	100	0	62	48	0	0	51	1.00
32745447--32745477	16	1.9	16	93	0	53	25	0	3	70	1.02
32745489--32745549	18	3.3	18	76	17	61	42	6	0	50	1.28
32750637--32750685	18	2.8	17	87	6	62	36	26	22	14	1.92
32751334--32751384	26	2.0	26	88	0	75	19	9	3	66	1.36
32753002--32753054	16	3.3	16	83	0	70	41	3	20	33	1.70
32752991--32753053	32	2.0	32	84	6	83	42	3	22	31	1.69
32753035--32753129	44	2.1	46	84	7	124	40	3	20	36	1.68
32756886--32756946	31	2.0	31	93	0	104	44	6	21	27	1.77
32761519--32761698	47	3.8	48	80	14	205	28	28	21	21	1.98
32761527--32761698	94	1.8	93	92	3	292	28	29	21	20	1.98
32765069--32765229	46	3.6	44	85	8	184	24	31	20	23	1.98
32765112--32765274	46	3.6	43	82	6	166	22	32	19	25	1.97
32767723--32767902	47	3.8	48	80	14	205	28	28	21	21	1.98
32767731--32767902	94	1.8	93	92	3	292	28	29	21	20	1.98
32770566--32770656	19	4.9	19	90	8	152	36	14	10	38	1.81
32770559--32770656	35	2.7	37	87	12	150	35	15	10	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32770879--32770987	42	2.5	41	81	14	130	32	30	12	24	1.93
32771733--32773122	23	60.7	23	75	9	1054	37	24	7	31	1.82
32771733--32773122	229	6.1	228	87	4	1410	37	24	7	31	1.82
32771731--32773123	206	6.8	202	84	7	1100	37	24	7	31	1.82
32775793--32775855	29	2.3	26	79	15	65	36	7	0	55	1.29
32776498--32776561	21	3.0	21	73	8	58	37	40	1	20	1.62
32776529--32776576	15	3.3	15	85	2	62	43	37	0	18	1.51
32776532--32776581	22	2.3	21	82	3	64	44	34	0	22	1.53
32776862--32776906	22	2.0	22	82	0	54	44	35	0	20	1.51
32777240--32777276	19	1.9	19	100	0	74	54	5	10	29	1.57
32777448--32777539	40	2.3	40	96	1	168	30	21	25	22	1.99
32777296--32777634	178	1.9	178	90	3	540	31	22	21	24	1.98
32777587--32777671	40	2.1	40	84	0	107	23	25	27	23	2.00
32777683--32777710	12	2.3	12	100	0	56	46	32	14	7	1.71
32778551--32778576	13	2.0	13	100	0	52	76	7	0	15	0.99
32778565--32778614	19	2.6	19	84	9	66	58	6	0	36	1.23
32779127--32779182	29	2.0	27	82	6	67	30	3	12	53	1.55
32779352--32779390	12	3.2	12	88	3	51	66	0	2	30	1.05
32780073--32780104	15	2.2	15	94	5	57	25	0	0	75	0.81
32807487--32807554	35	1.9	35	90	0	109	32	10	11	45	1.74
32812468--32812504	14	2.6	14	91	0	56	29	16	45	8	1.76
32814293--32814642	3	116.7	3	67	17	70	26	8	4	61	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32814389--32814436	20	2.4	20	78	0	60	25	6	0	68	1.12
32814400--32814464	26	2.5	26	77	2	60	26	6	1	66	1.24
32814676--32814729	22	2.5	21	79	5	63	31	9	0	59	1.29
32814928--32815194	125	2.1	125	82	6	310	30	14	18	36	1.90
32819986--32820045	16	3.8	16	77	6	59	83	6	6	3	0.90
32821902--32822009	26	4.2	26	93	0	189	31	7	25	35	1.84
32825418--32825649	118	1.9	118	84	3	304	45	10	16	27	1.80
32825880--32825921	22	1.9	22	85	9	59	64	7	0	28	1.20
32826033--32826077	22	2.1	22	87	4	65	57	0	4	37	1.19
32826141--32826209	13	5.3	13	72	16	54	66	1	8	23	1.27
32827496--32827686	44	4.3	45	72	5	120	31	17	24	26	1.97
32827467--32827772	133	2.3	133	78	3	294	31	20	21	26	1.98
32827758--32827816	29	2.0	29	100	0	118	44	13	20	22	1.86
32827882--32827978	44	2.2	44	81	0	113	26	22	24	25	2.00
32827581--32827980	206	1.9	206	88	1	604	30	21	23	25	1.99
32827817--32828097	88	3.2	88	70	9	214	29	20	23	26	1.99
32827815--32828142	177	1.9	177	82	5	421	30	20	22	26	1.98
32828129--32828324	45	4.4	45	75	5	116	29	18	21	30	1.97
32827905--32828512	44	13.7	45	70	8	359	30	19	21	28	1.98
32828117--32828379	134	2.0	133	81	5	307	29	19	21	29	1.97
32828167--32828514	89	3.9	87	73	11	249	29	20	21	28	1.98
32828531--32828570	20	2.0	20	100	0	80	45	15	5	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32829110--32829463	3	115.3	3	67	17	79	28	9	2	59	1.41
32829107--32829192	20	4.2	20	69	14	57	29	6	0	63	1.20
32829139--32829191	23	2.3	23	83	0	61	35	7	0	56	1.28
32832540--32832568	13	2.1	14	93	6	51	13	3	0	82	0.79
32836224--32836262	13	2.9	13	84	3	51	20	0	33	46	1.51
32837194--32837235	19	2.2	19	95	0	75	40	19	9	30	1.83
32853775--32853817	13	3.1	13	81	18	59	58	0	0	41	0.98
32853777--32853811	8	4.4	8	85	0	52	57	0	0	42	0.99
32854559--32854605	24	2.0	24	82	0	58	40	0	19	40	1.51
32867390--32867675	3	95.3	3	75	9	201	61	2	5	29	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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