genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57813896--57813948	26	2.0	26	96	0	97	1	28	0	69	0.99
57815568--57815715	43	3.5	41	81	12	156	32	25	17	24	1.97
57815568--57815715	44	3.5	42	81	10	158	32	25	17	24	1.97
57826535--57826590	27	2.1	27	93	0	94	28	12	21	37	1.90
57834469--57834533	23	2.9	23	78	17	66	36	1	1	60	1.16
57835642--57835672	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
57839972--57840178	55	3.8	54	82	4	220	22	24	15	37	1.93
57839995--57840178	55	3.4	54	83	5	237	21	24	17	36	1.95
57840157--57840278	47	2.6	47	94	0	190	25	22	13	37	1.92
57840418--57840501	44	1.9	44	85	4	116	27	25	11	35	1.91
57844327--57844387	30	2.0	30	93	0	104	27	27	21	22	1.99
57844533--57845108	288	2.0	288	98	0	1125	36	13	23	26	1.91
57847014--57847112	50	2.0	50	88	2	146	26	15	19	39	1.91
57848171--57848254	27	3.1	26	79	6	96	15	16	35	32	1.90
57848154--57848254	54	1.9	53	84	8	134	15	14	35	33	1.89
57857250--57857377	40	3.2	40	79	2	123	24	25	21	28	1.99
57867073--57867105	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
57874999--57875148	40	3.8	40	77	11	139	26	24	26	22	2.00
57875000--57875148	80	1.9	79	84	6	203	26	24	26	22	2.00
57874996--57875164	40	4.2	40	73	10	136	26	23	26	24	2.00
57874996--57875164	80	2.1	79	80	7	200	26	23	26	24	2.00
57877750--57877972	27	8.3	27	82	3	252	26	19	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57877754--57877945	54	3.6	54	89	0	278	25	21	18	34	1.96
57877751--57877970	81	2.7	81	86	4	284	26	20	18	34	1.96
57877751--57878072	54	6.0	54	76	11	180	27	16	19	36	1.93
57877930--57878217	27	10.7	27	80	3	303	30	9	20	39	1.84
57877819--57878218	81	4.9	81	80	8	284	30	13	19	37	1.89
57877931--57878218	81	3.6	79	84	4	342	30	9	20	39	1.84
57881932--57882203	47	5.8	48	77	9	233	23	29	19	28	1.98
57881931--57882200	94	2.9	91	77	13	264	22	29	19	28	1.98
57888569--57888732	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
57888569--57888766	71	2.8	70	90	3	240	20	28	17	33	1.95
57890164--57890373	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
57903944--57904080	40	3.5	39	84	6	154	24	24	29	21	1.99
57903894--57904041	77	1.9	79	83	5	194	25	22	29	22	1.99
57905562--57905752	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
57905602--57905752	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
57913601--57913791	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
57913641--57913791	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
57917665--57917766	28	3.6	28	86	0	141	36	8	23	31	1.86
57917660--57917766	56	1.9	56	90	0	169	35	8	24	31	1.85
57922131--57922184	14	3.9	14	78	9	58	22	1	3	72	1.10
57930561--57930916	49	7.5	49	72	16	193	23	28	19	27	1.99
57930603--57930916	92	3.3	93	77	13	245	23	28	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57930797--57930919	46	2.7	45	82	7	142	23	28	18	29	1.98
57933703--57933776	38	1.9	38	97	0	139	25	14	8	51	1.70
57935523--57935654	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
57939273--57939311	16	2.4	16	95	0	69	46	17	23	12	1.83
57939527--57939614	29	3.1	28	88	4	140	27	14	27	30	1.95
57943605--57943643	20	2.0	20	90	5	62	25	10	20	43	1.83
57945570--57945733	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
57945570--57945767	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
57953143--57953306	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
57953143--57953340	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
57958807--57958917	39	2.8	39	88	1	168	44	19	2	33	1.65
57958998--57959102	47	2.2	47	100	0	210	36	24	9	29	1.87
57965135--57965174	9	4.3	9	93	3	62	22	2	12	62	1.42
57966642--57966906	46	5.7	45	76	15	183	27	18	28	25	1.98
57973660--57973945	48	6.0	48	76	6	229	24	29	18	27	1.98
57973673--57973934	96	2.7	96	78	5	262	23	29	18	27	1.98
57975860--57975913	28	1.9	28	96	0	99	44	24	16	14	1.85
57977525--57977589	33	2.0	33	84	0	85	23	20	27	29	1.98
57992045--57992156	38	2.9	39	90	4	172	23	20	32	24	1.98
57992034--57992186	40	3.9	39	85	2	182	22	20	32	24	1.98
57997513--57997696	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
57997553--57997741	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58003198--58003351	39	3.9	39	86	0	191	22	21	31	24	1.98
58003198--58003351	79	1.9	79	85	2	211	22	21	31	24	1.98
58005292--58005332	16	2.4	17	88	8	57	56	7	7	29	1.54
58007673--58007697	13	1.9	13	100	0	50	16	8	28	48	1.74
58015180--58015228	25	2.0	25	87	0	71	36	20	10	32	1.86
58017627--58017832	49	4.4	49	86	10	313	29	9	32	28	1.89
58017681--58017811	40	3.0	40	82	18	181	28	9	33	29	1.88
58017632--58017811	89	2.0	89	95	0	324	29	9	32	28	1.88
58017934--58018018	37	2.3	37	91	0	134	25	21	32	20	1.97
58029623--58030050	53	7.9	54	82	5	501	22	25	17	35	1.95
58029638--58030041	55	7.5	53	82	6	490	21	25	18	34	1.96
58029638--58030041	108	3.7	108	94	0	709	21	25	18	34	1.96
58033512--58033690	90	2.0	90	96	0	331	43	20	7	28	1.80
58033932--58034042	43	2.6	43	79	2	116	35	26	15	23	1.94
58034388--58034491	43	2.4	43	83	3	120	34	27	14	23	1.93
58033707--58034616	456	2.0	456	96	0	1669	30	23	12	33	1.92
58047701--58047777	34	2.3	34	88	0	118	28	25	20	24	1.99
58050499--58050555	22	2.6	22	82	0	78	19	28	35	17	1.94
58053132--58053215	44	1.9	44	85	0	114	29	15	23	30	1.95
58054784--58054847	25	2.6	25	82	5	85	23	21	23	31	1.99
58057743--58058069	163	2.0	164	90	4	518	33	25	1	38	1.65
58057954--58057993	20	2.0	20	85	9	55	25	30	0	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58058398--58058435	19	2.0	19	94	0	67	28	10	28	31	1.90
58063730--58063775	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
58066505--58066571	34	2.0	34	82	5	82	34	20	22	22	1.97
58067907--58067987	39	2.1	39	100	0	162	25	32	11	30	1.91
58071269--58071329	30	2.1	30	84	3	79	52	9	4	32	1.56
58079181--58079390	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
58094980--58095069	46	2.0	46	88	0	135	33	22	12	32	1.91
58098665--58098697	13	2.4	14	85	10	50	54	9	15	21	1.68
58100682--58100771	45	2.0	45	97	0	171	43	20	7	28	1.79
58100755--58100814	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
58111727--58111845	39	3.1	39	91	1	186	26	20	23	29	1.99
58121046--58121186	40	3.5	40	93	1	221	23	28	23	24	2.00
58123135--58123254	39	3.1	39	89	2	188	27	20	23	28	1.99
58126547--58126754	26	7.9	26	82	5	213	30	19	22	27	1.98
58126553--58126728	51	3.4	52	84	4	212	30	19	21	28	1.97
58126551--58126701	77	1.9	79	89	5	236	30	18	21	29	1.97
58126579--58126769	51	3.7	53	80	4	147	32	20	21	24	1.97
58129040--58129215	46	3.8	45	79	10	194	20	20	29	29	1.98
58129036--58129207	93	1.8	93	91	0	281	20	20	30	28	1.98
58131323--58131454	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
58139204--58139277	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
58139261--58139336	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58139204--58139336	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
58143257--58143464	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
58143257--58143463	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
58151287--58151494	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
58151287--58151493	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
58154379--58154451	15	4.9	15	78	6	85	10	19	13	56	1.67
58154370--58154449	30	2.6	31	81	11	94	11	18	15	55	1.69
58156843--58157015	46	3.8	46	75	13	169	19	21	30	28	1.98
58161851--58162018	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
58163833--58163869	10	3.6	10	85	7	56	43	43	0	13	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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