genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54651957--54652055	42	2.4	42	77	6	119	24	28	27	20	1.99
54652825--54652849	13	1.9	13	100	0	50	68	8	0	24	1.16
54663766--54663986	40	5.6	40	90	1	320	24	22	25	27	2.00
54671772--54671830	11	5.5	11	76	6	59	62	3	0	33	1.12
54671772--54671830	21	2.8	21	70	12	57	62	3	0	33	1.12
54674522--54674791	24	11.1	24	95	1	441	20	18	24	36	1.95
54682603--54682821	24	9.2	24	96	0	386	20	17	24	36	1.94
54694446--54694479	17	2.0	17	94	0	59	20	17	8	52	1.71
54705445--54705526	41	2.0	41	100	0	164	26	14	24	34	1.94
54707342--54707486	27	5.4	27	88	1	184	34	16	22	26	1.95
54708198--54708263	33	2.0	32	85	2	87	19	22	19	37	1.94
54709611--54709678	18	3.8	18	78	3	84	51	13	16	19	1.76
54709611--54709698	35	2.5	36	86	1	115	51	11	15	21	1.75
54709632--54709696	18	3.7	18	83	2	69	50	9	16	23	1.74
54710021--54710196	81	2.2	80	85	3	237	42	17	14	26	1.87
54710021--54710196	27	6.6	27	84	3	205	42	17	14	26	1.87
54712879--54713047	93	1.8	93	85	2	241	31	25	19	23	1.98
54726182--54726247	17	3.8	17	78	4	78	46	18	18	16	1.84
54726182--54726268	18	4.9	18	80	1	70	48	16	17	18	1.82
54726582--54726792	54	3.9	52	78	7	183	43	17	13	26	1.85
54726631--54726765	27	5.1	27	84	8	154	44	17	12	25	1.84
54726670--54726794	27	4.6	28	87	2	141	41	15	12	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54726909--54726942	17	1.9	17	88	5	50	14	47	26	11	1.79
54729216--54730690	735	2.0	735	93	0	2515	39	21	18	19	1.92
54733056--54733173	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
54733024--54733187	71	2.3	71	98	0	319	35	17	28	19	1.94
54749058--54749241	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
54749098--54749286	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
54757153--54757336	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
54757193--54757381	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
54759629--54759692	30	2.1	30	88	0	92	37	6	23	32	1.80
54764638--54764737	35	2.9	35	83	7	123	26	24	30	20	1.98
54772662--54772845	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
54772702--54772890	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
54775905--54776053	66	2.2	65	82	9	167	33	16	28	20	1.95
54782394--54782426	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
54782712--54782985	46	6.0	46	89	0	352	21	23	14	40	1.90
54782916--54783441	273	1.9	273	93	0	908	29	25	15	29	1.96
54784826--54784917	47	2.0	47	97	0	175	20	29	8	41	1.82
54789240--54789362	39	3.2	39	88	0	183	22	19	33	24	1.97
54789257--54789398	39	3.6	39	85	0	122	21	22	33	22	1.98
54789240--54789393	78	2.0	79	84	1	202	22	21	32	23	1.98
54797155--54797307	39	3.9	39	92	0	243	23	20	31	24	1.98
54797156--54797338	39	4.6	39	89	0	240	23	22	30	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54802656--54802880	39	5.7	39	86	5	276	23	20	31	24	1.98
54807219--54807538	27	11.9	27	76	8	206	40	20	9	30	1.83
54807236--54807429	107	1.8	107	83	6	259	40	22	8	28	1.83
54807208--54807528	134	2.4	135	77	7	332	39	20	9	30	1.84
54807372--54807604	108	2.2	108	79	3	245	38	17	10	33	1.84
54807513--54807584	27	2.6	28	76	6	76	34	13	13	37	1.85
54808945--54809104	83	1.9	83	90	0	257	36	15	19	28	1.92
54811525--54811693	42	4.0	43	72	10	132	31	26	16	25	1.97
54815815--54815917	29	3.6	29	77	2	100	28	33	16	22	1.95
54823484--54823582	28	3.5	28	84	4	110	27	14	27	31	1.95
54826504--54826976	236	2.0	236	98	0	919	28	18	18	34	1.94
54828563--54828587	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
54830463--54830512	22	2.3	22	78	0	55	52	20	14	14	1.75
54830921--54831043	41	3.0	41	92	0	201	26	26	21	24	2.00
54831303--54831355	27	2.0	27	88	7	81	33	13	11	41	1.80
54831313--54831615	27	11.3	27	77	11	175	30	9	18	40	1.83
54831538--54831623	26	3.3	26	90	4	120	34	10	16	38	1.83
54833884--54833930	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
54833894--54833956	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
54840196--54840250	28	2.0	27	86	13	76	41	3	0	54	1.18
54846161--54846285	29	4.3	29	90	1	189	29	30	15	24	1.95
54846496--54846530	16	2.2	16	89	0	52	22	20	8	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54851532--54851703	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
54851524--54851699	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
54856367--54856424	27	2.1	28	87	3	82	27	18	13	39	1.89
54858177--54858347	46	3.8	46	73	16	167	28	29	20	22	1.98
54860244--54861376	567	2.0	566	94	0	2000	32	12	18	36	1.88
54862104--54862274	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
54862108--54862279	46	3.7	46	77	13	190	21	20	28	29	1.98
54862427--54862776	174	2.0	174	95	1	630	31	12	21	34	1.91
54864209--54864369	29	5.6	29	84	1	171	24	16	32	25	1.96
54867221--54867325	29	3.6	29	93	0	174	31	17	23	27	1.97
54875212--54875316	29	3.6	29	93	0	174	31	17	23	27	1.97
54878716--54878838	46	2.7	46	89	2	185	21	23	26	28	1.99
54883604--54883778	46	3.8	46	74	13	169	28	29	20	22	1.98
54883612--54883783	93	1.8	93	88	0	263	27	29	20	22	1.98
54885075--54885114	21	2.0	20	85	14	55	22	27	40	10	1.86
54886288--54886452	47	3.6	46	80	16	175	25	30	16	27	1.97
54893887--54894010	46	2.7	45	82	7	133	25	30	14	29	1.95
54896937--54897097	43	3.8	42	76	8	130	31	22	16	29	1.96
54900569--54900704	51	2.7	51	75	4	148	41	13	6	38	1.70
54903792--54904636	430	2.0	430	92	0	1413	33	11	20	34	1.88
54907125--54907265	44	3.3	43	76	11	101	24	19	24	31	1.98
54908998--54909107	37	3.0	37	93	2	177	26	30	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54909257--54909551	48	5.9	50	89	5	411	31	25	6	37	1.80
54909257--54909551	98	2.9	98	90	5	430	31	25	6	37	1.80
54920075--54920689	47	13.1	47	92	0	962	33	12	28	26	1.92
54920663--54920766	46	2.3	46	94	0	181	34	8	31	25	1.86
54923342--54923506	46	3.6	46	78	11	183	21	21	29	27	1.99
54923333--54923508	93	1.9	93	91	0	289	21	21	28	27	1.99
54924958--54925359	40	10.1	40	91	0	606	25	20	27	27	1.99
54929128--54929404	47	5.9	47	93	0	466	33	11	27	26	1.91
54929128--54929775	141	4.4	141	74	17	634	33	12	27	26	1.92
54929332--54929476	74	2.0	74	88	2	220	33	13	26	25	1.94
54929406--54929815	47	8.7	47	94	0	651	32	12	28	26	1.93
54929239--54929572	168	2.0	168	93	0	578	33	12	27	26	1.93
54929191--54929619	215	2.0	215	93	0	741	33	13	27	26	1.93
54929144--54929815	262	2.5	262	88	5	932	32	12	27	26	1.93
54929557--54929631	22	3.3	22	64	29	57	30	16	28	25	1.96
54929651--54929725	22	3.3	22	68	17	71	32	12	29	26	1.92
54929651--54929772	22	5.3	22	65	24	63	33	11	28	26	1.91
54929789--54929892	46	2.3	46	93	0	172	35	6	30	26	1.83
54933826--54933959	40	3.3	40	90	0	205	32	26	18	23	1.97
54940106--54940178	34	2.1	34	82	5	85	24	21	27	26	2.00
54940983--54941009	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
54941873--54942010	38	3.6	38	82	2	150	34	22	23	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54942957--54943047	46	2.0	46	95	0	164	32	23	9	34	1.88
54948413--54948542	40	3.2	40	74	8	131	23	26	23	25	2.00
54948429--54948580	40	3.8	40	76	6	139	22	25	23	28	1.99
54948431--54948578	80	1.9	80	83	8	194	22	25	23	28	1.99
54950579--54950829	27	9.6	27	81	7	252	43	18	7	29	1.79
54950605--54950692	46	1.9	46	86	6	126	50	18	5	26	1.69
54950579--54950719	72	1.9	73	92	1	239	46	18	6	28	1.73
54950650--54950890	81	3.0	81	81	8	226	40	19	9	31	1.83
54950650--54950884	27	8.7	28	84	4	202	40	20	8	30	1.83
54950866--54950940	27	2.8	26	75	4	78	36	24	9	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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