genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  248  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73843397--73843508	27	4.2	28	87	4	153	36	21	22	19	1.95
73843397--73843509	55	2.1	53	87	8	158	37	21	22	19	1.95
73843613--73843675	26	2.4	26	92	7	101	28	7	25	38	1.84
73856900--73856945	24	1.9	24	81	0	56	41	4	36	17	1.69
73858881--73858983	54	1.9	54	84	4	136	22	18	19	39	1.92
73858895--73858974	27	3.0	27	75	3	81	18	21	21	38	1.93
73858888--73858983	27	3.6	27	74	2	77	21	18	19	39	1.92
73858962--73859064	32	3.2	32	75	5	100	24	17	21	36	1.94
73861843--73861871	12	2.5	12	94	5	51	6	0	17	75	1.01
73863944--73864111	48	3.5	48	81	8	148	27	21	27	22	1.99
73865572--73865625	24	2.2	24	100	0	108	66	0	18	14	1.25
73867946--73868019	22	3.3	22	68	20	71	31	13	29	25	1.94
73867822--73868116	93	3.1	94	88	3	414	33	11	28	26	1.91
73867822--73868134	140	2.2	143	88	5	463	32	11	28	27	1.91
73868013--73868091	25	3.3	25	67	16	67	34	10	25	30	1.89
73867822--73868136	47	6.6	47	86	5	411	32	11	28	27	1.91
73868140--73868246	46	2.3	46	90	0	169	36	10	29	23	1.88
73868140--73868266	46	2.8	45	83	7	130	35	8	30	25	1.86
73869773--73870003	40	5.8	40	92	2	351	19	22	30	27	1.98
73869769--73870003	79	3.0	80	91	1	375	20	21	30	28	1.98
73873751--73873873	22	5.3	22	65	24	74	33	13	28	25	1.93
73873535--73873916	141	2.7	141	88	3	543	33	11	28	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73873535--73873876	47	7.2	47	91	3	533	33	11	28	26	1.91
73873900--73874026	46	2.8	46	90	0	191	35	9	30	24	1.87
73877742--73877913	46	3.7	45	75	12	152	26	20	29	23	1.99
73883505--73883696	40	4.8	39	80	5	154	24	23	28	23	2.00
73883505--73883689	79	2.3	82	83	7	229	24	23	27	24	2.00
73886242--73886336	46	2.0	47	95	2	174	38	8	23	29	1.84
73890581--73890687	29	3.7	29	81	5	117	22	30	16	29	1.96
73891326--73891624	144	2.1	143	98	0	571	38	28	10	22	1.87
73897780--73897815	18	2.0	18	100	0	72	33	22	11	33	1.89
73898529--73898662	29	4.7	29	85	5	155	23	31	15	29	1.96
73898475--73898663	58	3.3	58	77	5	179	24	33	16	25	1.96
73899306--73899604	144	2.1	143	98	0	571	39	29	10	21	1.86
73902302--73902363	29	2.1	29	100	0	124	27	9	27	35	1.88
73903904--73904112	53	3.9	53	76	6	197	37	18	23	19	1.94
73910523--73910611	44	2.0	44	95	4	162	39	13	22	24	1.90
73914082--73914277	54	3.6	54	73	9	175	36	17	23	21	1.95
73917006--73917204	77	2.6	76	87	1	281	19	19	28	32	1.96
73917006--73917210	39	5.3	39	86	1	270	19	20	28	32	1.96
73916973--73917210	39	6.2	38	83	3	221	19	21	29	30	1.97
73920809--73920937	40	3.2	40	83	4	143	35	27	14	22	1.93
73922595--73922693	28	3.5	28	74	15	96	27	16	28	28	1.97
73922595--73922715	56	2.2	56	89	3	181	24	15	31	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73922620--73922715	28	3.4	27	72	16	88	22	16	33	27	1.96
73923971--73924026	24	2.3	24	100	0	112	16	41	33	8	1.79
73929189--73929356	83	2.0	83	100	0	336	27	9	16	46	1.78
73930330--73930427	28	3.5	28	69	15	94	21	15	35	27	1.93
73931208--73931238	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
73931790--73931821	16	1.9	17	93	6	57	43	9	9	37	1.69
73934782--73935005	40	5.5	40	78	6	193	27	15	23	33	1.95
73937034--73937228	95	2.1	95	99	0	381	38	16	7	36	1.78
73939687--73939719	13	2.5	13	100	0	66	12	36	33	18	1.88
73944684--73944715	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
73948170--73948377	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
73948270--73948377	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
73956333--73956464	39	3.4	39	77	9	117	23	29	21	25	1.99
73956315--73956459	78	1.9	78	79	5	168	23	31	22	22	1.98
73958995--73959079	42	2.0	42	100	0	170	42	0	25	31	1.56
73963633--73963674	22	1.9	22	100	0	84	28	30	9	30	1.89
73966670--73966708	20	2.0	20	100	0	78	20	30	15	33	1.94
73972810--73972901	42	2.2	42	86	0	130	34	19	14	31	1.91
73973032--73973155	26	4.8	26	90	1	189	27	22	24	25	2.00
73973032--73973155	52	2.4	51	94	2	223	27	22	24	25	2.00
73973964--73974029	27	2.5	27	82	7	82	21	21	18	39	1.93
73974058--73974363	27	11.3	27	75	6	190	31	8	19	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73974090--73974363	107	2.5	108	76	8	272	31	8	18	41	1.80
73974315--73974435	54	2.2	54	82	0	143	43	8	14	33	1.76
73974341--73974436	27	3.6	27	88	0	138	45	8	15	30	1.75
73974421--73974483	27	2.3	27	78	8	74	26	9	22	41	1.84
73976935--73977031	26	3.8	26	94	1	160	25	23	23	26	2.00
73977844--73977918	27	2.8	28	75	15	77	20	21	21	37	1.95
73978022--73978260	27	8.9	27	78	5	216	28	6	22	43	1.78
73978022--73978253	81	2.9	81	87	3	317	27	6	22	43	1.77
73977936--73978268	27	12.3	27	75	5	215	30	8	20	40	1.81
73978247--73978349	27	3.8	27	92	0	134	41	10	19	28	1.84
73978301--73978363	27	2.3	27	86	0	63	34	9	20	34	1.85
73978232--73978360	54	2.4	54	74	0	132	37	10	20	31	1.86
73981174--73981243	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
73989031--73989100	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
73993816--73993983	40	4.2	40	81	1	167	23	26	23	26	2.00
73993832--73993983	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
73999666--73999846	40	4.5	40	80	7	197	24	25	23	25	2.00
73999666--73999844	80	2.2	81	86	3	245	24	26	24	25	2.00
74002477--74002508	16	2.1	15	94	5	55	0	21	0	78	0.76
74004604--74004742	40	3.5	40	81	4	140	26	23	26	23	2.00
74004551--74004702	79	1.9	80	82	9	195	25	21	27	25	1.99
74006538--74006667	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74010076--74010133	26	2.2	26	81	9	64	56	6	8	27	1.55
74011225--74011349	66	1.9	66	85	3	171	28	13	16	41	1.86
74014587--74014625	20	2.0	20	85	9	55	53	5	0	41	1.23
74015002--74015027	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
74015348--74015386	18	2.2	18	90	9	62	61	0	0	38	0.96
74020344--74020393	22	2.2	22	79	10	57	58	12	2	28	1.45
74024000--74024134	40	3.3	40	84	5	182	27	25	21	25	1.99
74043149--74043188	17	2.4	17	100	0	80	17	20	22	40	1.92
74051858--74051892	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
74053889--74053949	30	2.0	30	84	12	81	27	22	8	40	1.82
74058953--74059008	27	2.1	27	89	0	85	39	7	17	35	1.78
74062492--74062536	20	2.2	21	88	4	65	37	0	20	42	1.52
74064545--74064603	29	2.0	29	93	0	100	23	15	15	45	1.84
74067248--74067272	13	1.9	13	100	0	50	48	24	4	24	1.68
74068709--74068791	26	3.3	26	63	24	68	31	27	14	26	1.95
74068704--74068947	50	4.9	50	83	3	319	30	25	17	27	1.97
74068708--74068947	101	2.4	100	85	4	322	30	25	17	26	1.97
74069090--74069119	13	2.2	14	94	5	53	76	6	0	16	0.99
74069295--74069341	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
74071921--74071959	15	2.6	15	92	8	62	51	15	17	15	1.77
74075133--74075520	50	7.7	50	77	5	370	30	24	17	27	1.97
74075136--74075523	151	2.6	151	90	0	589	30	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74075133--74075523	101	3.9	100	77	5	405	30	24	17	27	1.97
74077959--74078130	46	3.7	46	83	6	188	23	27	19	30	1.98
74080619--74080689	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
74080673--74080796	27	4.6	27	83	2	160	42	19	7	30	1.78
74080657--74080768	54	2.1	53	81	8	136	40	22	6	31	1.79
74080673--74080796	54	2.3	54	91	0	194	42	19	7	30	1.78
74080779--74080840	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
74080673--74080822	54	2.8	54	84	4	151	42	18	9	30	1.82
74080673--74080825	81	1.9	81	85	5	211	41	18	9	30	1.82
74081456--74081552	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328