genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52087055--52087216	24	6.8	24	66	9	89	26	13	27	32	1.94
52087823--52087857	2	17.5	2	87	0	52	51	2	0	45	1.16
52090349--52090426	37	2.1	37	97	0	147	20	33	19	26	1.96
52090529--52090651	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
52096982--52097157	46	3.8	45	78	10	194	21	19	29	28	1.98
52096978--52097149	93	1.8	93	92	0	290	21	20	30	27	1.98
52100324--52100485	24	6.8	24	67	6	87	27	12	27	32	1.93
52102787--52102821	18	1.9	18	100	0	70	22	17	14	45	1.84
52103821--52103865	24	1.9	24	86	4	65	13	8	13	64	1.49
52115240--52115638	200	2.0	199	97	0	744	40	8	20	30	1.81
52117836--52117903	29	2.4	28	78	9	75	23	32	25	19	1.97
52131201--52131342	40	3.5	40	95	0	239	22	22	28	26	1.99
52131201--52131362	80	2.0	80	87	2	236	23	22	28	25	1.99
52138939--52139115	40	4.4	40	81	2	178	25	23	25	24	2.00
52138939--52139115	80	2.2	79	84	3	230	25	23	25	24	2.00
52139058--52139141	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
52138973--52139141	80	2.1	80	81	2	189	27	24	24	23	2.00
52146850--52147028	40	4.4	40	83	3	207	25	24	26	24	2.00
52146850--52147028	80	2.2	81	86	3	245	25	24	26	24	2.00
52146884--52147068	80	2.3	80	80	4	203	28	23	24	23	2.00
52146971--52147054	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
52152469--52152695	47	4.8	49	80	8	226	22	29	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52152467--52152745	46	6.0	47	75	9	209	24	29	18	27	1.98
52152469--52152732	140	1.9	141	84	7	358	23	28	18	28	1.98
52171565--52171669	40	2.6	40	84	3	140	24	21	28	24	1.99
52171610--52171716	40	2.7	40	86	2	135	27	22	28	21	1.99
52173622--52173724	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
52178046--52178150	39	2.7	39	93	1	183	21	29	21	26	1.99
52186023--52186165	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
52185983--52186164	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
52195231--52195335	40	2.6	40	83	3	131	25	22	27	23	2.00
52201889--52201940	26	2.0	26	88	7	79	48	15	0	36	1.45
52206997--52207165	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
52215032--52215200	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
52217294--52217356	26	2.4	26	84	7	74	34	25	9	30	1.88
52217465--52217568	27	3.8	28	84	2	97	24	21	17	37	1.94
52217460--52217573	55	2.1	52	80	9	122	21	21	18	38	1.93
52225457--52225683	77	2.9	77	92	3	368	22	31	20	25	1.98
52225457--52225684	39	5.9	39	87	5	329	22	31	20	25	1.98
52225457--52225684	116	2.0	116	88	5	345	22	31	20	25	1.98
52232781--52232954	90	1.9	90	94	0	303	27	24	17	30	1.97
52241823--52242127	40	7.6	40	94	2	524	27	27	22	22	1.99
52250999--52251097	28	3.5	29	83	6	114	30	25	15	29	1.95
52255057--52255220	71	2.3	71	96	0	301	19	28	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52255057--52255254	71	2.8	70	89	3	240	21	28	17	32	1.96
52258671--52258840	40	4.2	39	78	8	155	25	25	22	26	2.00
52258671--52258843	80	2.1	81	84	3	215	25	25	21	27	2.00
52258701--52258846	40	3.6	40	80	5	161	26	27	20	26	1.99
52262167--52262326	29	5.5	30	86	8	213	33	13	25	27	1.93
52270007--52270049	22	2.0	22	100	0	86	32	27	16	23	1.96
52271745--52271871	40	3.2	41	86	7	156	22	25	28	23	1.99
52275554--52275662	40	2.8	40	97	1	202	22	26	28	22	1.99
52283044--52283146	28	3.6	28	76	7	109	25	17	32	25	1.97
52287277--52287457	40	4.6	40	79	8	176	24	24	27	23	2.00
52287277--52287457	78	2.3	80	82	7	210	24	24	27	23	2.00
52297939--52298039	29	3.5	29	83	5	125	25	16	32	24	1.96
52298027--52298127	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
52305831--52305932	29	3.5	29	83	2	125	25	16	33	24	1.96
52305920--52306020	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
52308081--52308452	27	13.8	27	85	4	448	40	8	22	27	1.84
52308403--52308680	27	10.3	27	85	2	242	31	8	20	38	1.83
52308530--52308697	27	6.3	26	87	2	174	31	7	19	42	1.78
52318081--52318117	18	2.1	18	100	0	74	59	0	10	29	1.31
52321094--52321164	33	2.2	33	94	0	124	45	12	8	33	1.73
52323783--52323886	55	1.9	55	83	0	136	17	30	25	26	1.97
52331070--52331132	31	2.0	31	93	0	108	44	11	17	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52333450--52333488	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
52340732--52340900	46	3.7	46	76	10	173	24	21	26	28	1.99
52340725--52340895	93	1.8	93	89	0	270	23	22	26	27	2.00
52342890--52343029	27	5.2	27	71	13	110	39	18	11	30	1.86
52342969--52343056	27	3.3	26	74	15	81	42	18	10	29	1.83
52342884--52343058	54	3.3	55	80	7	207	38	20	10	31	1.86
52343036--52343364	27	12.2	27	84	3	358	30	23	6	39	1.81
52343868--52343940	31	2.4	31	83	0	92	20	17	12	49	1.79
52343903--52343964	25	2.5	25	89	2	99	19	22	11	46	1.81
52354784--52354936	39	3.9	39	92	0	243	24	20	31	23	1.98
52354785--52354967	39	4.6	39	88	0	240	24	22	30	22	1.99
52354791--52355005	78	2.7	79	81	5	177	25	22	30	22	1.99
52366109--52366257	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
52366150--52366257	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
52368609--52368668	30	2.0	30	83	0	75	26	25	8	40	1.84
52369679--52369716	14	3.1	12	88	11	51	71	0	13	15	1.16
52375667--52375839	46	3.8	45	80	13	208	30	28	19	21	1.98
52375675--52375846	93	1.8	93	93	0	299	29	28	19	22	1.98
52378694--52378753	19	3.2	18	81	9	50	73	5	16	5	1.19
52378691--52378741	19	2.6	19	81	3	57	76	5	13	3	1.11
52378721--52378754	17	1.9	18	88	5	52	73	0	20	5	1.04
52383710--52383869	87	1.8	87	89	2	250	28	14	30	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52383710--52383840	29	4.5	29	98	0	253	30	13	28	27	1.94
52383710--52383898	87	2.2	87	84	3	238	28	15	29	26	1.96
52391459--52391588	29	4.5	29	96	0	235	30	13	28	27	1.94
52393594--52393886	47	6.2	47	94	0	469	33	9	29	27	1.88
52393865--52393901	16	2.3	16	95	0	65	43	0	27	29	1.55
52396392--52396828	47	9.3	47	95	0	732	33	8	29	28	1.87
52396945--52397026	36	2.2	37	91	2	130	24	21	32	20	1.98
52405022--52405100	26	3.1	25	78	7	88	21	21	17	39	1.93
52405022--52405162	26	5.7	25	69	15	87	21	21	18	38	1.94
52409614--52409777	47	3.7	43	77	15	165	29	30	20	20	1.97
52409622--52409788	93	1.8	89	93	5	289	28	29	21	20	1.98
52409614--52409790	46	3.9	46	80	12	215	28	29	20	20	1.98
52412167--52412255	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
52412167--52412246	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
52412178--52412255	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
52415268--52415403	46	2.9	48	79	14	176	28	29	19	22	1.98
52422212--52422251	20	2.0	20	100	0	80	35	0	25	40	1.56
52434735--52434891	67	2.3	68	96	1	289	24	29	14	31	1.95
52438502--52438577	38	2.0	38	100	0	152	44	10	13	31	1.77
52444794--52444962	43	3.9	44	77	7	177	26	13	26	34	1.93
52445996--52446038	22	1.9	23	90	4	70	18	53	6	20	1.67
52449259--52449647	194	2.0	194	98	0	751	28	25	14	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52453841--52453918	34	2.3	34	84	4	95	29	21	23	25	1.99
52457212--52457271	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
52461432--52461555	62	2.0	62	100	0	248	35	19	17	27	1.94
52466140--52466200	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
52473280--52473305	13	2.0	13	100	0	52	61	7	7	23	1.49
52477885--52478122	39	6.1	39	91	2	280	23	31	20	24	1.98
52477889--52478125	78	3.0	78	88	2	323	22	31	20	25	1.98
52477929--52478124	39	5.0	39	92	3	304	21	31	19	27	1.98
52485939--52486023	37	2.2	39	93	4	147	22	30	18	28	1.97
52490469--52490550	29	2.8	29	98	0	155	29	14	30	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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