genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57458518--57458592	38	2.0	37	82	10	89	30	1	4	64	1.20
57458687--57458940	90	2.8	88	82	7	271	38	10	17	33	1.84
57458964--57458992	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
57460348--57460394	16	2.9	16	80	0	58	40	8	21	29	1.83
57460348--57460407	32	1.9	31	82	3	75	41	6	18	33	1.76
57460594--57460704	58	1.9	58	83	3	143	49	4	1	44	1.33
57465097--57465123	12	2.2	12	100	0	54	59	33	0	7	1.25
57469819--57470041	47	4.7	47	75	8	193	21	30	21	26	1.98
57469819--57470033	94	2.3	95	82	2	274	21	31	21	25	1.98
57471559--57471595	19	1.9	19	94	0	65	29	24	2	43	1.68
57477273--57477393	47	2.7	47	79	7	135	26	27	19	26	1.99
57480229--57480298	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
57480229--57480310	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
57489605--57489819	45	4.9	45	86	7	282	23	20	28	27	1.99
57499393--57499647	55	4.8	54	80	9	278	36	18	24	21	1.95
57499400--57499600	108	1.8	110	90	4	327	34	18	24	22	1.96
57502281--57502507	48	4.7	48	89	0	328	29	26	18	25	1.98
57502469--57502567	37	2.7	37	79	6	94	26	25	20	28	1.99
57504306--57504484	99	1.8	96	85	5	252	27	20	30	22	1.98
57508663--57508708	18	2.6	18	100	0	92	23	0	30	45	1.53
57513970--57514014	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
57521773--57522174	39	10.2	39	82	2	248	29	26	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57521827--57522154	40	8.3	40	84	2	369	28	28	21	21	1.99
57521827--57522154	119	2.8	119	85	2	471	28	28	21	21	1.99
57521764--57522172	119	3.5	118	81	4	446	29	26	21	22	1.99
57524296--57524461	27	6.2	26	84	6	197	36	22	24	17	1.95
57524296--57524461	54	3.1	54	90	1	244	36	22	24	17	1.95
57524296--57524461	81	2.0	81	85	4	219	36	22	24	17	1.95
57532048--57532213	27	6.2	26	84	6	188	36	21	24	18	1.95
57532048--57532213	54	3.1	54	88	1	235	36	21	24	18	1.95
57532048--57532213	81	2.0	81	83	4	210	36	21	24	18	1.95
57537981--57538148	45	3.6	44	77	17	162	36	14	22	25	1.93
57537960--57538138	95	1.9	95	87	6	265	36	15	22	26	1.93
57538107--57538224	31	3.8	31	87	4	166	27	18	28	25	1.98
57538324--57538422	49	2.0	49	92	5	166	27	14	27	31	1.95
57540958--57541011	15	3.7	15	75	20	51	7	12	18	61	1.54
57543620--57543748	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
57543724--57543872	31	4.8	31	88	3	219	28	18	26	26	1.98
57543971--57544101	49	2.8	48	87	8	184	29	13	27	29	1.94
57544032--57544129	42	2.3	42	92	3	162	30	14	27	27	1.95
57546288--57546357	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
57555232--57555415	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
57555272--57555460	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
57557428--57557462	17	2.1	16	94	5	61	42	20	5	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57561421--57561473	25	2.2	24	80	16	56	15	24	22	37	1.92
57565721--57565790	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
57572411--57572452	20	2.1	20	100	0	84	38	19	14	28	1.90
57573755--57573824	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
57580042--57580124	32	2.6	32	92	0	130	24	19	28	27	1.98
57580781--57580857	27	2.9	27	100	0	154	23	22	18	36	1.95
57582869--57582958	37	2.3	39	83	11	105	31	14	21	33	1.93
57586381--57586490	27	4.0	26	82	9	121	18	24	21	35	1.95
57586381--57586490	55	2.0	54	84	5	141	18	24	21	35	1.95
57593960--57594072	27	4.2	26	85	8	145	15	23	23	37	1.93
57593960--57594072	55	2.1	54	88	5	165	15	23	23	37	1.93
57595771--57595824	14	4.0	14	76	13	60	70	1	1	25	1.07
57599548--57599683	57	2.4	57	88	0	200	39	20	16	22	1.92
57600921--57600965	19	2.3	20	96	3	83	28	11	11	48	1.73
57603953--57603979	6	4.5	6	100	0	54	29	0	70	0	0.88
57615878--57616005	47	2.7	48	80	2	141	28	20	25	25	1.99
57615977--57616085	43	2.5	42	75	10	112	31	15	23	29	1.95
57617888--57617937	18	2.7	18	78	6	55	20	30	36	14	1.91
57626661--57626689	13	2.2	13	100	0	58	34	6	13	44	1.71
57628206--57628243	19	2.0	20	89	5	60	28	7	13	50	1.69
57633799--57633859	30	2.0	30	96	0	113	21	14	21	42	1.88
57636000--57636052	23	2.3	23	93	0	88	11	26	32	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57638261--57638416	47	3.3	47	89	1	222	32	8	30	28	1.86
57641270--57641364	47	2.0	47	100	0	190	32	8	29	29	1.87
57641356--57641599	48	5.1	48	92	0	371	34	8	27	29	1.86
57641648--57641733	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
57643630--57643861	40	5.8	40	93	1	367	25	20	27	26	1.99
57647180--57647546	40	9.2	40	90	0	547	25	20	27	26	1.99
57647706--57647757	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
57650262--57650417	47	3.3	47	90	1	231	32	8	30	28	1.87
57662933--57662993	32	1.9	32	93	0	104	36	21	11	31	1.89
57664031--57664079	26	1.9	25	83	4	62	36	4	12	46	1.60
57672882--57672906	10	2.5	10	100	0	50	44	12	32	12	1.78
57673782--57673822	6	7.0	6	83	10	50	17	4	0	78	0.93
57673786--57673822	17	2.2	17	90	9	58	16	5	0	78	0.93
57677768--57677940	46	3.8	45	83	6	204	21	17	27	32	1.96
57687341--57687471	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
57687340--57687471	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
57694105--57694267	71	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
57697859--57697897	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
57701452--57701492	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
57705019--57705092	31	2.4	31	95	0	130	16	35	31	17	1.92
57709408--57709565	40	4.0	40	87	4	196	26	26	20	25	1.99
57717161--57717262	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57720578--57720763	40	4.7	40	88	5	227	25	27	21	24	1.99
57738863--57738931	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
57740723--57740766	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
57743152--57743210	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
57745002--57745045	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
57746548--57746634	45	1.9	45	88	0	129	37	20	13	27	1.91
57752523--57752606	43	1.9	44	87	2	125	21	20	32	26	1.98
57752887--57753094	38	5.3	39	87	3	276	23	22	24	29	1.99
57752907--57753094	78	2.4	77	91	1	295	22	22	24	30	1.99
57752887--57753219	38	9.1	38	76	13	270	22	22	23	30	1.99
57753078--57753119	21	2.0	21	95	0	75	28	21	14	35	1.92
57753040--57753157	59	2.0	59	93	0	200	24	22	20	32	1.98
57753002--57753196	97	2.0	99	91	2	322	22	23	23	31	1.99
57752964--57753219	135	1.9	137	93	1	444	22	22	23	31	1.98
57754422--57754502	40	2.0	40	92	0	135	50	7	14	27	1.69
57758052--57758160	24	4.5	24	89	2	157	23	17	25	33	1.96
57766433--57766604	48	3.6	48	86	3	204	29	17	27	26	1.98
57770158--57770341	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
57770198--57770386	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
57778202--57778385	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
57778242--57778430	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
57780389--57780423	17	2.1	16	94	5	61	42	20	5	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57784375--57784427	25	2.2	24	80	16	56	15	24	22	37	1.92
57788643--57788742	28	3.5	28	84	5	121	30	28	15	27	1.96
57796995--57797176	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
57796995--57797176	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
57801939--57801987	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
57802810--57802976	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
57809949--57809997	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
57810819--57810985	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
57813718--57813897	89	2.0	89	95	0	324	39	17	15	27	1.90
57813900--57813946	13	3.6	13	77	11	51	2	29	0	68	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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