genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84139221--84139249	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
84147835--84147980	44	3.4	42	73	13	129	24	18	23	32	1.97
84147835--84147993	43	3.7	42	73	10	135	23	17	25	32	1.97
84151616--84151677	31	2.0	31	90	3	99	24	22	16	37	1.94
84151871--84152012	23	6.0	24	85	11	179	28	22	19	28	1.98
84151871--84152010	70	2.0	71	88	6	214	28	22	20	28	1.98
84152061--84152127	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
84152061--84152116	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
84159707--84159767	31	2.0	30	90	6	97	24	22	14	37	1.92
84159960--84160104	48	3.0	49	86	10	201	28	22	20	28	1.99
84159951--84160102	25	6.2	25	88	9	199	27	23	19	29	1.98
84160153--84160219	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
84169324--84169366	21	2.0	21	95	0	77	18	6	9	65	1.44
84176955--84177041	39	2.2	39	89	4	131	21	20	28	28	1.98
84179032--84179073	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
84179255--84179372	43	2.8	41	85	8	150	23	15	28	32	1.95
84186083--84186150	23	2.9	22	80	12	64	22	8	0	69	1.16
84190678--84190730	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
84199174--84199349	46	3.8	46	77	4	183	22	20	27	28	1.99
84199170--84199341	93	1.8	93	89	0	272	22	20	28	27	1.99
84208589--84208652	18	3.7	18	72	16	55	6	29	1	62	1.29
84211332--84211439	38	2.8	38	97	1	198	24	22	13	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84211355--84211456	31	3.1	31	88	9	132	24	21	14	39	1.91
84211648--84211742	24	3.9	24	87	9	131	27	25	21	26	1.99
84211801--84211857	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
84211789--84211859	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
84211794--84211848	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
84211896--84211943	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
84213105--84213182	27	2.9	27	79	7	86	19	19	21	39	1.92
84213223--84213274	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
84213283--84213437	81	1.9	81	85	2	213	30	10	20	38	1.86
84213313--84213438	54	2.3	54	90	2	191	30	9	20	39	1.84
84213231--84213506	27	10.1	27	79	5	162	33	9	19	37	1.84
84213231--84213452	81	2.7	80	75	6	205	31	9	20	39	1.84
84213303--84213560	81	3.2	81	77	0	219	34	9	22	33	1.86
84213431--84213722	27	10.8	27	86	3	356	38	7	25	28	1.83
84213431--84213722	81	3.6	81	89	2	410	38	7	25	28	1.83
84213731--84213817	27	3.2	26	77	6	93	32	10	18	39	1.84
84213746--84213826	27	3.0	27	81	5	92	33	9	18	38	1.84
84214732--84214902	87	2.0	87	96	0	315	36	28	11	23	1.89
84218421--84218463	18	2.5	17	77	7	50	16	25	41	16	1.88
84223162--84223239	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
84230983--84231060	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
84233095--84233167	29	2.5	29	88	4	103	26	16	32	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84240985--84241059	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
84246043--84246230	40	4.7	40	93	3	326	24	27	22	25	2.00
84246010--84246230	80	2.8	80	90	4	333	23	27	22	26	2.00
84254129--84254314	40	4.7	40	90	6	299	25	27	22	24	1.99
84254096--84254309	77	2.7	79	87	6	294	24	28	21	25	1.99
84256138--84256203	27	2.5	26	78	7	78	31	16	13	37	1.88
84264694--84264860	43	3.9	43	78	6	169	33	24	14	26	1.95
84272984--84273009	10	2.6	10	100	0	52	61	0	0	38	0.96
84282207--84282450	40	6.1	40	89	3	343	25	29	22	22	1.99
84288819--84288859	3	13.7	3	89	0	64	0	29	0	70	0.87
84290514--84290548	16	2.3	15	90	5	52	57	0	0	42	0.99
84293916--84293969	26	2.1	26	100	0	108	29	22	11	37	1.89
84294855--84294894	21	2.0	20	90	5	62	25	27	35	12	1.92
84296046--84296261	46	4.6	46	82	7	238	23	28	18	29	1.98
84296046--84296261	94	2.3	94	83	2	263	23	28	18	29	1.98
84301417--84301621	40	5.1	40	82	2	223	26	22	26	24	2.00
84308181--84308374	40	4.9	39	87	1	253	24	31	20	23	1.98
84310241--84310276	17	2.1	17	94	0	63	50	19	16	13	1.79
84314883--84315699	421	1.9	421	88	2	1230	28	20	16	34	1.94
84316625--84316786	39	4.2	39	91	2	263	24	32	20	22	1.98
84316625--84316775	77	1.9	79	94	2	270	23	31	21	23	1.98
84320026--84320069	22	2.0	23	86	4	63	54	2	2	40	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84323100--84323266	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
84327923--84328120	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
84327989--84328106	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
84327957--84328120	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
84335472--84335669	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
84335538--84335655	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
84335506--84335669	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
84340704--84340903	53	3.7	54	78	7	199	21	24	18	36	1.95
84340715--84340903	55	3.5	54	79	7	197	20	24	18	36	1.95
84341103--84341187	44	1.9	44	85	4	118	25	20	16	37	1.93
84348198--84348479	50	5.8	50	82	9	366	25	30	17	27	1.97
84348198--84348475	98	2.8	98	93	1	459	24	30	17	26	1.97
84351705--84351760	25	2.3	24	76	11	60	60	0	3	35	1.14
84351705--84351832	15	8.6	16	72	17	66	62	1	3	32	1.20
84351697--84351760	33	1.9	34	87	12	98	62	0	3	34	1.11
84351705--84351818	40	2.9	39	73	15	101	63	1	3	31	1.22
84351724--84351831	14	7.8	14	71	14	73	63	1	2	31	1.19
84351724--84351831	26	4.5	23	76	15	103	63	1	2	31	1.19
84351736--84351831	21	4.2	22	75	17	81	63	2	3	31	1.21
84351869--84351906	16	2.4	17	82	13	53	65	0	0	34	0.93
84351861--84351914	25	2.2	25	90	3	83	66	0	0	33	0.92
84353563--84353634	21	3.3	21	64	21	58	19	27	15	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84353457--84353786	44	7.5	44	84	5	416	27	25	14	31	1.95
84365755--84365820	29	2.3	28	78	19	73	63	0	3	33	1.10
84365755--84365885	32	3.9	33	72	18	96	64	0	3	32	1.14
84365782--84365886	14	7.8	14	70	15	78	64	0	2	31	1.14
84365777--84365862	26	3.3	26	78	15	97	61	1	3	33	1.20
84365831--84365883	19	2.8	19	82	5	63	69	0	1	28	0.99
84365917--84365969	24	2.2	24	86	6	72	67	0	0	32	0.91
84367811--84367966	39	4.1	40	80	8	171	25	21	26	25	2.00
84375868--84376029	40	4.1	40	77	10	161	25	21	25	27	1.99
84387312--84387462	68	2.3	64	80	7	160	29	15	27	26	1.96
84387452--84387649	50	4.0	50	81	2	220	27	18	25	28	1.98
84388734--84388768	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
84390395--84390563	93	1.8	93	89	0	266	29	27	21	21	1.99
84390386--84390561	46	3.8	46	78	10	178	30	27	20	21	1.98
84398791--84398891	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
84410789--84410975	40	4.7	40	82	0	203	27	22	25	24	2.00
84410789--84410996	40	5.2	40	76	6	154	26	23	25	24	2.00
84410829--84410996	80	2.1	80	82	2	203	26	23	27	22	2.00
84418462--84418648	40	4.7	40	82	0	203	27	22	25	24	2.00
84418462--84418669	40	5.2	40	76	6	154	26	23	25	24	2.00
84418502--84418669	80	2.1	80	82	2	203	26	23	27	22	2.00
84426155--84426339	40	4.6	40	78	2	147	29	22	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84426241--84426362	40	3.0	40	79	4	138	25	24	27	22	2.00
84429383--84429408	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
84429975--84430036	23	2.7	23	92	0	97	24	24	17	33	1.96
84437731--84437763	15	2.2	15	100	0	66	48	6	6	39	1.53
84447780--84447881	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
84468740--84468772	13	2.6	13	95	4	59	54	15	0	30	1.41
84471264--84471363	27	3.7	28	77	9	100	40	21	9	30	1.84
84471264--84471370	54	2.0	54	83	3	135	38	21	9	30	1.85
84471266--84471382	54	2.2	53	80	7	128	38	22	10	29	1.87
84471366--84471676	27	11.6	27	86	0	354	28	21	8	41	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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