genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  261  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77959554--77959613	12	5.2	12	82	7	54	18	3	1	76	1.00
77963211--77963322	27	4.2	26	82	7	125	37	23	23	16	1.93
77967777--77967886	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
77967777--77967926	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
77974903--77975102	39	5.0	39	90	5	283	25	20	32	22	1.98
77974905--77975115	82	2.6	78	88	5	305	23	19	32	23	1.98
77974905--77975141	39	5.9	39	88	4	240	23	21	32	22	1.98
77982898--77983093	39	5.0	39	92	0	293	27	20	30	21	1.98
77982900--77983132	39	5.9	39	89	0	232	25	21	30	21	1.98
77985658--77985740	30	2.7	31	85	3	116	22	25	19	32	1.97
77985954--77986005	25	2.1	25	89	3	79	26	21	19	32	1.97
77985948--77986006	24	2.4	23	83	10	73	25	23	20	30	1.98
77986053--77986101	11	4.7	11	80	12	59	32	18	12	36	1.88
77991370--77991443	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
77991427--77991502	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
77991370--77991502	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
77999241--77999314	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
77999298--77999373	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
77999241--77999373	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
78005311--78005372	31	2.0	31	87	6	90	38	14	17	29	1.89
78013224--78013406	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
78013203--78013406	40	5.1	40	81	8	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78021290--78021472	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
78021269--78021472	40	5.1	40	81	8	238	25	27	22	24	2.00
78025061--78025124	24	2.7	24	85	0	65	34	17	23	25	1.96
78035043--78035288	49	4.9	50	77	7	223	25	18	26	30	1.98
78035043--78035321	150	1.9	150	84	4	375	25	18	26	29	1.98
78039578--78039611	16	2.1	16	100	0	68	14	23	14	47	1.82
78047635--78047668	17	2.0	17	100	0	68	47	0	17	35	1.48
78048151--78048322	94	1.8	94	83	5	231	29	19	26	24	1.99
78048117--78048322	48	4.4	48	71	14	155	29	20	25	23	1.99
78048342--78048463	49	2.5	49	82	4	138	32	19	25	22	1.97
78053886--78053929	22	2.0	23	90	4	72	22	47	2	27	1.63
78054277--78054672	27	14.7	27	84	5	340	36	16	12	34	1.87
78054305--78054672	54	6.9	54	87	1	506	36	16	12	34	1.86
78054301--78054672	81	4.6	81	88	2	516	36	16	12	34	1.86
78059737--78059911	94	1.9	94	85	2	244	32	20	24	23	1.98
78067020--78067232	49	4.4	49	94	1	376	29	9	31	30	1.88
78067334--78067454	37	3.3	37	95	0	215	26	19	33	21	1.97
78069430--78069648	29	7.6	29	97	0	411	26	14	31	27	1.95
78072863--78073121	49	5.4	49	95	2	438	30	8	30	29	1.88
78073223--78073344	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
78075423--78075668	29	8.5	29	98	0	456	26	14	31	27	1.95
78077109--78077161	26	2.0	26	100	0	106	39	7	22	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78077178--78077290	37	3.1	37	94	0	199	28	18	30	22	1.97
78079298--78079361	19	3.3	19	73	16	60	40	20	6	32	1.77
78081462--78081569	45	2.4	45	80	0	117	34	29	12	23	1.92
78089058--78089169	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
78089058--78089169	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
78090586--78090656	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
78096901--78097005	27	3.9	27	79	9	115	37	20	22	20	1.95
78097422--78097451	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
78098405--78098475	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
78103968--78104070	25	4.1	26	77	9	106	41	4	21	32	1.74
78103968--78104097	13	10.2	13	72	12	90	41	4	20	33	1.73
78108635--78108925	24	12.1	24	97	0	528	20	17	25	36	1.94
78116700--78116990	24	12.1	24	97	0	528	20	17	25	36	1.94
78121602--78121921	55	5.9	53	74	14	267	34	16	25	23	1.95
78121610--78121920	110	2.8	110	94	1	520	34	17	25	22	1.96
78122173--78122197	8	3.1	8	100	0	50	40	0	36	24	1.55
78127096--78127236	70	2.0	70	100	0	282	26	17	19	36	1.93
78129849--78129959	3	35.7	3	68	22	61	34	2	0	63	1.09
78129905--78129959	11	4.6	11	77	16	56	34	0	0	65	0.93
78129914--78130000	19	4.4	20	68	21	58	35	3	0	60	1.13
78129888--78130003	62	1.9	62	83	13	152	33	3	0	62	1.12
78130187--78130237	15	3.3	15	71	15	50	29	0	7	62	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78130181--78130241	31	1.9	32	87	9	90	32	0	6	60	1.22
78130433--78130467	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
78130545--78130625	37	2.3	36	89	6	121	24	8	6	60	1.49
78136485--78136577	44	2.1	44	83	0	123	32	17	25	24	1.97
78136570--78137483	205	4.5	205	93	0	1526	30	18	21	28	1.97
78139106--78139215	3	35.7	3	70	21	68	34	2	0	62	1.09
78139113--78139283	33	5.6	30	68	18	84	33	4	0	61	1.19
78139162--78139272	11	9.9	11	73	12	75	34	3	0	62	1.13
78139105--78139270	42	4.1	41	78	14	166	34	4	0	61	1.15
78139105--78139257	60	2.5	59	81	14	163	34	3	0	62	1.12
78139201--78139270	23	3.2	23	80	15	103	34	5	0	60	1.21
78139211--78139278	21	3.2	20	67	20	50	30	5	1	61	1.28
78139823--78139900	36	2.2	36	88	9	124	25	11	6	56	1.58
78154748--78155038	38	6.9	38	71	17	186	31	24	13	29	1.94
78154755--78154959	85	2.4	85	95	0	374	32	24	13	29	1.93
78154793--78155004	47	4.7	47	78	10	244	32	23	13	30	1.93
78154878--78155006	48	2.7	48	87	1	188	32	24	13	30	1.93
78157747--78157940	50	3.9	49	76	8	169	30	23	18	26	1.98
78161989--78162110	42	2.9	41	77	2	127	27	25	18	28	1.98
78161993--78162152	84	1.9	84	84	0	212	28	25	16	29	1.97
78163146--78163174	14	2.1	14	100	0	58	24	20	6	48	1.74
78163846--78163936	30	2.9	30	80	6	92	28	6	19	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78169362--78169422	16	3.8	16	68	8	52	45	3	3	47	1.35
78171420--78171573	43	3.6	43	96	0	281	30	33	25	11	1.90
78171566--78171673	38	2.8	38	84	5	146	29	26	22	21	1.99
78174095--78174321	26	8.6	27	81	7	241	29	21	7	40	1.81
78174274--78174332	27	2.2	26	81	3	64	33	23	5	37	1.77
78174095--78174321	53	4.3	53	81	8	257	29	21	7	40	1.81
78175559--78175606	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
78175649--78175709	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
78175759--78175900	24	6.0	24	87	5	191	29	22	21	26	1.99
78175758--78175901	46	3.0	47	85	7	193	30	22	21	25	1.99
78175760--78175900	70	2.0	72	88	5	216	29	22	21	26	1.99
78176093--78176156	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
78178958--78179187	27	8.6	27	83	5	243	29	22	7	40	1.82
78178958--78179187	80	2.9	80	82	3	248	29	22	7	40	1.82
78179139--78179198	27	2.2	27	84	0	75	35	23	5	36	1.77
78180426--78180473	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
78180516--78180576	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
78180626--78180792	24	7.0	24	91	3	248	29	23	21	25	1.99
78180986--78181049	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
78184567--78184651	27	3.1	27	83	8	102	36	22	23	17	1.95
78185468--78185539	35	2.1	35	100	0	144	31	25	18	25	1.97
78186105--78186175	24	3.0	24	85	0	88	23	38	2	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78190183--78190245	30	2.1	30	87	0	90	23	1	14	60	1.43
78190367--78190397	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
78191097--78191157	19	3.3	19	90	2	97	22	0	4	72	1.04
78192532--78192559	8	3.5	8	100	0	56	10	0	0	89	0.49
78195041--78195079	5	7.4	5	97	2	60	76	0	0	23	0.78
78199503--78199535	5	6.4	5	96	3	57	78	0	0	21	0.75
78201375--78201465	46	2.0	46	86	0	128	29	29	7	32	1.85
78201481--78201686	96	2.2	93	90	2	322	24	27	12	35	1.92
78201481--78201686	47	4.4	47	92	3	324	24	27	12	35	1.92
78205540--78205624	29	3.0	29	76	8	93	30	27	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328