genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65060045--65060188	54	2.7	54	91	4	229	18	24	22	34	1.96
65060061--65060206	27	5.4	26	80	12	93	20	24	19	34	1.96
65060051--65060206	81	1.9	80	82	11	194	19	24	21	34	1.96
65061897--65062423	289	1.9	281	87	6	776	44	10	11	33	1.76
65073521--65073549	9	3.3	9	95	4	51	0	6	0	93	0.36
65073517--65073551	12	2.9	12	91	8	54	0	8	0	91	0.42
65073510--65073547	17	2.4	17	86	8	53	0	10	2	86	0.66
65082661--65082731	35	2.0	35	97	0	133	32	14	12	40	1.83
65093268--65093324	3	19.3	3	94	3	98	0	0	29	70	0.88
65097257--65097282	13	2.0	13	100	0	52	53	7	23	15	1.67
65102895--65102928	5	6.8	5	86	0	50	0	2	14	82	0.79
65102883--65102928	20	2.2	20	88	7	65	2	6	13	78	1.04
65107396--65107562	47	3.6	45	79	13	196	28	28	20	21	1.98
65107392--65107566	46	3.8	48	78	14	179	29	28	21	21	1.99
65107397--65107566	92	1.8	93	93	1	297	28	28	21	21	1.98
65107985--65108044	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
65115269--65115476	40	5.2	40	83	0	209	25	23	25	25	2.00
65115270--65115476	80	2.6	80	82	3	238	25	23	26	25	2.00
65118194--65118364	46	3.7	46	78	4	191	28	27	21	22	1.99
65118195--65118365	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.99
65118785--65118844	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
65119897--65120067	93	1.8	93	94	0	306	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65119892--65120064	46	3.7	46	80	10	217	30	27	20	21	1.98
65121351--65121455	55	1.9	55	88	3	158	20	33	21	24	1.97
65122540--65122603	29	2.4	25	79	20	85	40	21	9	28	1.84
65122549--65122610	29	2.1	29	100	0	124	41	16	9	32	1.80
65123969--65123993	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
65127495--65127543	25	2.0	25	91	0	80	14	24	30	30	1.94
65130931--65131172	50	4.8	50	79	5	240	29	26	18	25	1.98
65132991--65133054	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
65133079--65133168	41	2.2	42	85	2	119	40	22	10	27	1.86
65133308--65133572	24	11.2	24	87	3	385	26	21	23	29	1.99
65133308--65133573	71	3.7	71	88	2	408	26	21	23	28	1.99
65133308--65133571	47	5.6	47	90	2	404	26	21	23	28	1.99
65133618--65133688	20	3.5	20	92	0	115	30	21	11	36	1.88
65133623--65133677	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
65134717--65134780	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
65134831--65135049	54	4.0	54	78	2	197	33	10	17	38	1.84
65134838--65135117	27	10.3	27	77	5	152	36	9	18	36	1.83
65134819--65135063	81	3.0	79	69	11	181	33	9	18	37	1.84
65134831--65135077	54	4.5	54	77	4	192	34	9	18	37	1.84
65135041--65135253	54	3.9	54	82	3	257	41	8	22	28	1.82
65135014--65135246	81	2.9	81	83	3	209	41	9	20	29	1.83
65135041--65135253	27	7.9	27	83	5	232	41	8	22	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65135259--65135348	27	3.3	27	85	3	119	32	7	17	42	1.78
65135242--65135348	54	2.0	54	81	7	128	31	8	19	40	1.82
65135259--65135363	27	3.9	27	83	5	97	34	7	17	40	1.78
65142839--65142990	40	3.8	40	85	4	137	26	26	21	25	1.99
65142858--65143083	80	2.8	80	82	6	271	26	26	21	25	1.99
65142858--65143083	40	5.7	40	86	4	246	26	26	21	25	1.99
65151064--65151289	40	5.7	40	87	5	246	25	25	22	26	2.00
65154106--65154345	50	4.8	49	76	7	178	30	26	18	24	1.98
65157414--65157462	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
65158285--65158451	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
65165421--65165469	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
65166291--65166455	40	4.2	40	78	9	171	26	21	27	24	2.00
65173418--65173466	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
65174288--65174453	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
65176582--65176607	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
65178702--65178753	26	2.0	26	92	0	86	44	23	3	28	1.71
65182087--65182232	40	3.7	40	84	6	190	23	20	28	26	1.99
65188612--65188642	15	2.1	15	100	0	62	35	0	12	51	1.40
65189860--65189962	40	2.6	40	95	0	179	26	24	28	21	1.99
65189860--65190005	40	3.7	40	82	6	163	26	21	28	23	1.99
65196233--65196587	45	7.9	45	87	2	466	27	28	20	23	1.99
65204348--65204420	29	2.6	29	89	6	105	26	31	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65212127--65212202	29	2.6	30	87	8	104	27	31	17	23	1.97
65214341--65214416	29	2.6	29	85	0	98	27	26	18	27	1.98
65223034--65223076	15	2.9	14	80	13	50	18	13	16	51	1.77
65226974--65227033	30	2.0	30	83	0	75	40	6	23	30	1.80
65237212--65237362	42	3.6	42	83	5	196	31	15	23	29	1.96
65242049--65242219	31	5.5	31	87	0	243	31	23	16	28	1.96
65242426--65242507	24	3.4	24	88	8	105	25	23	21	29	1.99
65242538--65242568	16	1.9	16	93	0	53	29	16	25	29	1.96
65243313--65243396	27	3.1	26	91	3	123	21	25	22	30	1.98
65245664--65245834	31	5.5	31	91	0	270	30	24	16	28	1.96
65246054--65246122	24	2.8	25	86	6	97	26	21	24	27	1.99
65246927--65247010	27	3.1	26	86	6	114	22	25	21	30	1.98
65247051--65247353	27	11.2	27	77	7	163	30	7	20	41	1.80
65247331--65247461	27	4.9	27	83	3	156	39	8	22	29	1.83
65249774--65249944	31	5.5	31	91	0	270	28	24	18	28	1.98
65250156--65250232	25	3.2	24	85	3	93	25	22	20	31	1.98
65250263--65250293	16	1.9	16	93	0	53	29	16	25	29	1.96
65252653--65252835	40	4.6	39	77	7	145	22	24	29	23	1.99
65252658--65252840	79	2.3	80	80	5	185	20	24	30	24	1.99
65260746--65260850	40	2.7	40	86	1	131	26	24	28	20	1.99
65260746--65260927	39	4.6	39	76	8	136	22	24	29	23	1.99
65260751--65260897	79	1.9	79	81	5	181	21	24	30	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65262432--65262515	27	3.1	27	91	3	125	21	25	22	30	1.98
65262576--65262911	27	12.4	27	78	5	86	31	8	19	40	1.82
65262664--65262869	54	3.9	54	82	5	197	29	7	20	42	1.80
65262638--65262869	81	2.9	79	81	5	236	28	7	20	43	1.79
65262862--65262992	27	4.9	27	86	0	172	41	7	21	29	1.81
65262863--65263018	27	5.8	27	83	2	154	38	8	21	31	1.83
65262835--65262992	54	2.9	54	80	0	181	39	7	21	31	1.81
65264439--65264646	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
65264439--65264645	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
65268544--65268714	61	2.8	62	92	5	278	29	23	16	29	1.96
65268547--65268714	31	5.5	31	90	3	261	29	24	16	29	1.97
65268921--65268991	24	2.9	24	89	6	99	25	22	25	26	2.00
65269808--65269885	27	2.9	27	79	11	88	23	19	21	35	1.96
65269986--65270215	27	8.6	27	80	6	195	28	7	20	43	1.78
65270010--65270215	54	3.9	54	85	5	242	29	7	20	42	1.80
65269984--65270215	80	2.9	79	83	5	263	28	7	20	43	1.78
65269984--65270366	27	14.3	27	81	4	170	32	7	21	38	1.82
65269982--65270229	54	4.6	53	79	6	218	29	7	20	41	1.80
65270166--65270375	81	2.6	81	74	0	213	37	8	21	33	1.83
65272638--65272808	62	2.8	62	84	7	247	30	25	15	29	1.95
65272646--65272808	31	5.3	31	87	2	220	31	25	14	29	1.94
65273014--65273095	24	3.4	24	88	5	103	25	21	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65273903--65273985	27	3.1	27	87	5	107	19	25	22	32	1.97
65274110--65274342	27	8.7	27	81	3	229	28	9	21	41	1.83
65274135--65274342	80	2.6	81	84	2	258	28	9	21	40	1.84
65274024--65274356	27	12.3	27	78	5	217	30	9	21	38	1.86
65274334--65274464	27	4.9	27	86	0	163	41	6	21	29	1.79
65274308--65274464	54	2.9	54	80	0	143	39	7	21	31	1.80
65274336--65274502	81	2.1	81	80	0	181	39	7	20	32	1.81
65288963--65289133	93	1.8	93	92	2	290	29	28	19	21	1.98
65288958--65289130	46	3.7	46	75	13	183	30	27	19	21	1.98
65289551--65289610	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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