genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15755550--15755576	8	3.4	8	100	0	54	48	22	0	29	1.51
15756704--15756756	23	2.7	18	75	25	61	18	30	24	26	1.98
15756708--15756753	23	2.0	23	100	0	92	21	30	21	26	1.99
15757791--15757838	25	1.9	25	83	8	62	45	4	2	47	1.33
15757824--15757875	11	4.9	11	75	17	56	55	0	1	42	1.10
15761430--15761605	46	3.8	46	78	12	189	20	21	29	28	1.98
15761427--15761597	93	1.8	93	91	0	279	20	22	29	27	1.98
15762923--15763061	49	2.8	48	85	6	172	25	19	25	29	1.98
15762922--15763061	51	2.8	50	84	8	187	25	19	26	29	1.98
15764933--15764997	20	3.2	20	66	23	55	33	4	24	36	1.76
15764931--15765007	40	1.9	40	97	0	145	35	6	24	33	1.81
15766815--15766864	2	25.5	2	95	4	93	52	0	0	48	1.00
15768796--15769310	135	3.8	135	84	0	636	27	20	20	31	1.97
15777024--15777066	19	2.2	19	83	8	50	16	20	20	41	1.90
15781749--15781899	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
15789263--15789413	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
15791442--15791638	49	4.0	49	78	3	187	29	26	18	24	1.98
15791459--15791639	101	1.8	99	82	2	236	30	27	18	24	1.98
15793621--15793664	20	2.4	18	81	11	54	70	0	22	6	1.11
15798985--15799031	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
15801442--15801478	2	18.5	2	100	0	74	48	0	51	0	1.00
15802742--15802785	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15817804--15817859	23	2.4	23	85	8	69	44	0	1	53	1.11
15819424--15819475	5	10.4	5	100	0	104	38	0	21	40	1.53
15821178--15821227	20	2.5	20	78	12	59	66	0	2	32	1.03
15821282--15821307	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15824598--15824637	15	2.7	15	100	0	80	25	15	17	42	1.88
15828651--15828732	26	3.2	26	96	3	148	35	26	6	31	1.81
15829197--15829279	32	2.6	31	81	7	105	27	2	19	50	1.60
15832462--15832494	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
15837494--15837534	16	2.5	17	80	11	50	70	0	0	29	0.87
15839818--15839842	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
15839842--15839881	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
15840667--15840713	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
15841402--15841447	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
15841857--15842004	43	3.4	43	88	0	224	28	31	17	22	1.97
15842545--15842793	23	10.9	23	81	7	265	40	22	4	32	1.73
15842607--15842663	22	2.5	23	77	2	62	47	22	1	28	1.61
15846804--15846918	41	2.8	41	81	1	104	27	15	13	43	1.84
15846915--15846953	18	2.2	18	90	4	62	17	0	2	79	0.84
15847053--15847086	7	4.7	7	89	7	50	20	0	2	76	0.92
15847061--15847086	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
15847044--15847087	8	5.8	8	91	5	56	18	0	4	77	0.94
15847641--15847706	21	3.1	21	80	2	69	45	36	1	16	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15847828--15847875	14	3.4	14	76	2	51	43	29	0	27	1.55
15847932--15847963	11	2.9	11	95	0	55	37	40	0	21	1.54
15848175--15848232	31	1.9	31	82	10	75	29	6	3	60	1.39
15848356--15848656	115	2.6	115	88	4	412	29	20	21	27	1.98
15848473--15848809	155	2.2	154	91	2	561	29	20	22	27	1.98
15848588--15848695	40	2.7	40	88	1	164	27	20	24	27	1.99
15848633--15848884	114	2.2	115	91	2	418	32	19	19	28	1.96
15848396--15848882	269	1.8	270	91	1	816	31	20	20	27	1.98
15849084--15849336	131	1.9	130	90	5	404	28	18	16	35	1.93
15853329--15853490	26	6.2	26	91	1	254	35	24	6	33	1.80
15853329--15853490	78	2.1	78	95	0	288	35	24	6	33	1.80
15872036--15872068	13	2.4	14	90	5	50	54	3	0	42	1.15
15875350--15875397	25	1.9	25	83	8	62	56	2	0	41	1.11
15875361--15875435	17	4.4	17	73	14	55	57	0	1	41	1.07
15875391--15875443	20	2.7	20	82	11	65	50	0	3	45	1.19
15881778--15881949	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
15881770--15881945	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
15888971--15889009	12	3.3	12	85	3	53	35	23	12	28	1.91
15889488--15889664	87	2.0	87	95	2	320	42	10	10	36	1.74
15894705--15894880	46	3.8	46	76	15	182	21	21	28	28	1.98
15894701--15894872	93	1.8	93	92	0	290	20	22	29	27	1.99
15907175--15907288	42	2.7	42	89	4	167	28	26	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15907245--15907347	49	2.1	51	90	3	165	33	23	13	30	1.93
15907357--15907443	31	2.8	31	91	0	138	26	27	19	26	1.99
15907419--15907547	50	2.5	51	92	2	215	26	22	16	34	1.95
15916214--15916258	23	2.0	22	91	4	72	55	0	35	8	1.31
15921807--15921882	37	2.1	37	97	0	143	28	13	13	44	1.81
15923807--15923888	26	3.2	26	92	0	146	29	8	24	37	1.85
15925331--15925405	26	2.8	26	81	4	78	34	21	12	32	1.90
15925510--15925668	27	5.9	27	84	10	193	18	25	22	33	1.97
15925507--15925668	54	3.0	54	92	2	256	18	25	22	33	1.97
15925510--15925668	81	2.0	80	85	6	214	18	25	22	33	1.97
15928406--15928442	15	2.5	15	95	0	65	24	16	16	43	1.87
15933602--15933658	29	1.9	30	85	3	80	56	21	3	19	1.57
15941244--15941281	18	2.1	18	100	0	76	50	0	0	50	1.00
15941724--15941758	16	2.2	16	100	0	70	42	0	11	45	1.40
15945491--15945549	3	19.7	3	100	0	118	67	32	0	0	0.91
15945551--15945608	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
15945551--15945640	6	14.3	6	88	8	54	67	0	3	28	1.06
15945720--15945766	24	2.0	24	87	8	69	74	8	0	17	1.05
15945719--15945772	23	2.4	22	80	17	65	75	7	0	16	1.01
15945800--15945839	20	2.1	19	90	4	62	77	0	5	17	0.94
15951896--15951956	27	2.3	27	88	5	88	40	36	6	16	1.74
15952459--15952492	18	1.9	18	88	5	52	32	23	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15953250--15953285	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
15953388--15953441	3	17.7	3	80	3	54	61	3	0	35	1.14
15958012--15958041	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
15966332--15966374	21	2.0	21	95	0	77	58	2	4	34	1.32
15966993--15967032	18	2.2	18	86	0	53	15	5	12	67	1.38
15969102--15969415	151	2.1	147	84	8	415	42	2	10	44	1.52
15975040--15975079	20	2.0	20	90	0	62	17	32	32	17	1.93
15975041--15975087	20	2.3	20	85	0	58	17	31	29	21	1.96
15976944--15977370	48	8.9	48	75	4	367	27	29	18	25	1.98
15976944--15977358	96	4.3	96	89	1	566	26	29	18	25	1.98
15976944--15977370	144	3.0	145	78	4	434	27	29	18	25	1.98
15980473--15980566	40	2.4	39	85	3	118	14	11	36	37	1.83
15983312--15983478	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
15991302--15991468	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
15993680--15993782	37	2.8	37	75	0	107	33	26	14	26	1.95
15996619--15997045	48	8.9	48	77	4	403	26	29	18	25	1.98
15996619--15997033	96	4.3	96	90	1	575	25	29	19	25	1.98
15999437--15999509	35	2.1	35	84	5	94	28	23	23	24	1.99
16002075--16002109	13	2.7	13	95	0	61	51	5	5	37	1.50
16006661--16006762	43	2.4	43	85	3	116	29	16	22	31	1.96
16013732--16013828	40	2.3	42	85	7	126	28	29	13	27	1.94
16013732--16013867	40	3.3	40	77	13	116	28	25	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16015672--16015716	20	2.2	21	88	7	67	33	0	2	64	1.06
16015674--16015724	20	2.6	19	81	9	59	29	0	3	66	1.09
16016929--16016996	3	22.7	3	96	0	127	66	0	1	32	1.01
16016995--16017066	6	11.5	6	84	8	90	54	1	44	0	1.08
16016999--16017103	3	35.3	3	74	5	70	60	0	38	0	1.03
16016995--16017094	27	3.9	27	83	5	109	59	1	40	0	1.04
16017785--16017831	23	2.0	23	87	0	67	17	36	17	29	1.92
16020284--16020371	25	3.6	25	78	13	87	44	4	0	51	1.22
16020382--16020444	10	5.8	10	75	21	56	33	3	0	63	1.10
16020382--16020446	24	2.8	24	88	2	87	33	3	0	63	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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