genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72058640--72058756	20	5.9	20	72	2	92	40	18	27	13	1.89
72058636--72058753	39	3.0	38	74	4	119	39	17	27	15	1.90
72060356--72060468	61	1.9	58	90	5	181	50	6	2	40	1.41
72063177--72063320	46	3.1	45	74	21	129	28	29	20	22	1.98
72077259--72077286	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
72077843--72077912	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
72085163--72085198	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
72085753--72085822	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
72087545--72087595	15	3.4	15	73	10	50	45	23	9	21	1.82
72098087--72098257	94	1.8	94	85	2	245	22	26	21	28	1.99
72097951--72098260	140	2.2	138	82	10	355	22	28	20	27	1.99
72098599--72098656	30	1.9	30	89	0	89	29	25	12	32	1.92
72105527--72105832	48	6.6	45	73	13	203	22	29	19	28	1.98
72105527--72105832	94	3.3	92	79	8	282	22	29	19	28	1.98
72105525--72105834	140	2.2	139	83	8	364	22	29	20	27	1.98
72106174--72106231	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
72108845--72108998	42	3.6	42	85	3	211	31	14	22	31	1.94
72108844--72108998	85	1.8	84	87	4	231	30	14	22	31	1.94
72108840--72109017	85	2.1	82	80	9	214	29	14	23	33	1.93
72114869--72114984	50	2.3	50	93	0	196	28	22	20	28	1.99
72120228--72120273	14	3.3	14	84	0	56	15	2	30	52	1.55
72120444--72120496	21	2.6	21	81	3	72	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72120795--72120833	18	2.2	17	86	4	51	53	2	0	43	1.14
72130603--72130719	28	4.2	28	82	4	146	33	29	10	26	1.89
72130703--72130796	40	2.3	40	81	0	116	35	26	14	23	1.94
72134236--72134427	64	3.0	63	86	6	215	23	29	15	31	1.95
72134290--72134427	64	2.2	64	97	0	258	25	30	13	30	1.94
72138480--72138541	25	2.5	25	84	5	81	29	17	24	29	1.97
72141412--72141595	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
72141452--72141640	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
72148705--72148857	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
72148674--72148856	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
72156696--72156848	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
72156677--72156847	78	2.2	79	91	1	272	23	29	21	25	1.99
72162012--72162182	46	3.8	45	73	12	172	21	21	28	28	1.99
72162026--72162161	41	3.2	41	66	19	105	22	21	28	27	1.99
72163735--72163821	6	14.3	6	79	11	97	50	13	17	18	1.78
72164579--72164908	27	12.2	27	86	1	365	41	7	20	30	1.80
72164587--72165084	27	18.4	27	83	4	180	37	8	20	33	1.82
72164579--72164908	81	4.1	81	85	2	437	41	7	20	30	1.80
72164897--72165081	81	2.3	82	81	7	200	30	8	21	38	1.84
72165063--72165118	27	2.1	27	86	0	76	30	19	17	32	1.95
72164930--72165107	81	2.2	80	76	9	173	30	10	20	38	1.86
72168142--72168233	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72168381--72168450	25	2.8	26	93	4	117	22	24	27	25	2.00
72169349--72169427	27	3.0	26	78	9	61	34	8	16	40	1.80
72169440--72169533	27	3.5	25	78	8	80	27	6	20	45	1.75
72169565--72169656	27	3.4	27	87	0	139	39	5	26	29	1.78
72169565--72169670	27	3.9	27	83	0	122	36	5	24	33	1.79
72169555--72169683	54	2.4	53	81	8	152	35	6	24	32	1.82
72169636--72169695	27	2.2	27	82	5	68	30	6	20	43	1.77
72175323--72175431	55	2.0	55	90	0	173	28	9	33	29	1.88
72179666--72179833	48	3.6	47	77	3	185	30	18	26	25	1.98
72179665--72179980	49	6.7	49	70	9	165	28	18	26	25	1.98
72181876--72182001	57	2.2	57	84	4	164	46	7	20	26	1.76
72202045--72202070	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
72202820--72202976	28	5.5	28	72	12	97	29	29	17	22	1.97
72202848--72202976	29	4.5	29	78	12	124	31	29	17	22	1.96
72202848--72203008	57	2.8	57	91	0	241	29	29	18	22	1.97
72203016--72203249	40	5.9	40	92	1	382	26	27	23	22	1.99
72207417--72207562	48	3.0	48	93	0	247	30	27	5	36	1.80
72210877--72211137	40	6.5	40	90	0	405	24	29	22	23	1.99
72212628--72212821	48	4.0	48	95	0	343	29	27	6	35	1.83
72233733--72233896	40	4.1	39	81	4	168	25	28	21	24	1.99
72233733--72233896	80	2.0	80	84	2	213	25	28	21	24	1.99
72241737--72241900	40	4.1	39	81	4	168	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72241737--72241900	80	2.0	80	84	2	213	25	28	21	24	1.99
72248413--72248440	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
72261957--72262004	13	3.5	13	74	20	53	10	20	39	29	1.86
72261955--72262010	28	2.0	28	100	0	112	14	21	39	25	1.91
72265457--72265584	50	2.6	50	88	1	186	25	17	29	28	1.97
72270607--72270799	100	1.9	101	89	1	298	29	24	14	31	1.95
72270737--72270817	35	2.3	36	78	2	92	27	29	14	28	1.95
72287255--72287357	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
72295028--72295130	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
72302915--72303041	46	2.7	47	92	1	220	24	14	27	33	1.94
72312017--72312072	27	2.1	26	83	3	67	25	21	23	30	1.99
72312138--72312451	27	11.7	27	75	5	206	33	8	17	40	1.80
72312248--72312443	107	1.8	108	82	5	254	31	8	19	40	1.82
72312436--72312516	27	3.1	25	78	8	81	34	20	16	28	1.94
72320889--72320937	21	2.3	21	85	3	62	14	32	34	18	1.91
72324640--72324815	46	3.8	47	79	10	200	19	21	29	28	1.98
72324636--72324808	93	1.9	93	92	2	294	20	21	30	27	1.98
72326737--72326770	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
72333933--72333993	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
72341649--72341686	19	2.0	19	89	0	58	34	23	7	34	1.84
72342495--72342531	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
72342674--72342844	40	4.3	40	79	4	184	29	17	21	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72342889--72343038	40	3.8	40	84	0	192	28	22	21	27	1.99
72342695--72343059	194	1.9	193	85	1	507	30	20	20	29	1.97
72343598--72343658	14	4.3	14	70	4	50	13	0	31	55	1.38
72343645--72343700	23	2.6	21	83	13	69	19	0	37	42	1.52
72343627--72343700	22	3.4	22	80	12	64	18	0	35	45	1.50
72344090--72344123	17	2.0	17	100	0	68	64	11	5	17	1.45
72349584--72349713	27	4.8	27	89	0	179	29	21	8	40	1.82
72349557--72349755	54	3.7	54	81	2	186	32	23	8	36	1.85
72349556--72349938	27	14.3	27	79	5	150	36	21	8	33	1.83
72349556--72349755	81	2.5	81	75	0	193	32	23	8	36	1.85
72349701--72350020	53	5.9	53	77	4	248	40	20	7	30	1.81
72349706--72349938	80	2.9	78	79	7	220	41	21	7	29	1.80
72349706--72350023	27	11.8	27	77	6	241	40	20	8	30	1.81
72350927--72351020	25	3.8	25	85	1	127	25	24	23	26	2.00
72350927--72351033	25	4.4	24	82	5	117	28	22	23	26	1.99
72351239--72351379	31	4.5	31	92	0	228	28	17	24	29	1.97
72351403--72351496	25	3.8	25	85	1	127	25	24	23	26	2.00
72351403--72351509	25	4.4	24	82	5	117	28	22	23	26	1.99
72351678--72351849	31	5.5	31	96	0	299	27	17	25	29	1.97
72351873--72351966	25	3.8	25	85	1	127	25	24	23	26	2.00
72351873--72351979	25	4.4	24	82	5	117	28	22	23	26	1.99
72352185--72352325	31	4.5	31	94	0	228	29	17	24	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72352186--72352359	93	1.9	93	84	5	221	30	18	23	27	1.98
72354638--72354766	27	4.8	27	92	0	195	27	20	10	41	1.85
72354611--72354741	54	2.4	54	83	5	158	29	21	10	38	1.87
72354665--72354795	54	2.4	54	83	0	154	30	20	9	39	1.84
72354640--72354794	81	1.9	82	79	1	177	29	20	9	40	1.84
72354787--72354992	27	7.7	26	81	6	209	42	20	7	29	1.79
72354787--72354992	53	3.9	53	83	3	243	42	20	7	29	1.79
72354760--72354966	80	2.6	81	82	3	231	41	19	7	30	1.80
72355003--72355054	27	1.9	27	85	14	72	40	11	11	36	1.78
72355108--72355168	27	2.3	27	80	5	70	36	18	24	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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