genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28144000--28144032	14	2.4	14	94	0	57	45	0	9	45	1.35
28144098--28144153	25	2.2	25	81	6	69	30	0	3	66	1.09
28144087--28144142	3	18.3	3	78	10	60	32	1	1	64	1.14
28144434--28144559	3	42.7	3	67	7	53	31	9	0	58	1.30
28144426--28144471	22	2.1	22	84	8	58	28	10	0	60	1.30
28148431--28148472	17	2.6	16	82	17	52	23	28	14	33	1.94
28148431--28148460	8	3.6	8	91	8	51	23	26	13	36	1.92
28156487--28156641	44	3.5	44	72	10	136	37	21	21	19	1.94
28156528--28156700	44	4.0	43	72	8	125	37	20	19	22	1.94
28158369--28158427	3	19.3	3	76	10	57	32	3	1	62	1.21
28158721--28158846	3	42.7	3	67	7	53	31	9	0	58	1.30
28162782--28162893	56	2.0	56	96	0	206	35	14	18	31	1.91
28168070--28168120	20	2.6	19	79	11	50	76	0	11	11	1.02
28173374--28173482	49	2.2	49	80	6	123	22	18	33	26	1.97
28174027--28174087	25	2.4	25	80	0	68	37	8	16	37	1.78
28174897--28174926	12	2.5	12	94	0	51	43	0	6	50	1.28
28176583--28176781	51	3.9	51	89	3	276	29	23	14	32	1.94
28176805--28176921	24	4.4	27	75	16	111	28	22	12	36	1.91
28176805--28176929	52	2.4	53	87	1	189	28	21	12	36	1.91
28183770--28183830	25	2.4	25	83	0	77	39	8	14	37	1.76
28191726--28191762	17	2.4	16	86	13	51	67	16	0	16	1.23
28193585--28193666	40	2.0	40	97	0	155	56	8	14	20	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28193855--28193933	27	3.1	25	72	22	67	74	1	5	18	1.07
28193901--28193933	5	6.8	5	93	6	59	81	0	0	18	0.68
28193841--28193934	10	9.4	10	71	20	56	74	1	5	19	1.07
28201323--28201372	23	2.2	23	82	7	57	72	2	6	20	1.16
28208442--28208480	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
28209441--28209532	38	2.4	38	88	3	130	23	23	26	26	2.00
28209460--28209558	38	2.6	38	86	0	126	23	20	25	31	1.98
28209560--28209765	43	4.8	43	96	0	376	11	24	34	30	1.90
28215394--28215466	28	2.6	28	80	4	76	24	23	24	27	2.00
28230453--28230481	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
28230982--28231010	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
28233583--28233728	73	2.0	73	98	0	283	50	7	31	10	1.66
28235971--28236007	18	2.0	19	94	5	67	32	10	13	43	1.79
28238055--28238116	30	2.1	30	87	6	90	56	11	4	27	1.54
28245380--28245441	19	3.2	20	76	17	76	58	0	0	41	0.98
28252105--28252317	106	2.0	106	97	0	399	31	17	13	37	1.89
28257152--28257217	32	2.2	29	76	21	73	37	24	1	36	1.65
28258737--28258774	19	2.0	19	100	0	76	42	10	5	42	1.62
28262634--28262829	39	5.0	40	87	1	220	22	32	21	22	1.98
28262671--28262829	39	4.1	39	90	0	246	22	32	21	23	1.98
28273215--28273253	20	2.0	20	94	0	69	20	23	30	25	1.98
28275842--28275884	22	2.0	21	86	9	59	55	0	4	39	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28278645--28279237	161	3.7	161	92	1	974	38	19	13	28	1.90
28283539--28283636	33	2.9	35	73	19	91	50	0	3	46	1.17
28286419--28286528	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
28288309--28288595	137	2.1	137	97	0	538	24	18	25	31	1.98
28290866--28290924	6	9.8	6	85	7	84	37	16	13	32	1.88
28290866--28290924	18	3.3	18	88	9	93	37	16	13	32	1.88
28294420--28294600	78	2.3	79	80	11	221	24	29	22	23	1.99
28294468--28294620	39	3.9	39	94	0	252	26	30	21	22	1.99
28302167--28302315	39	3.8	39	90	0	226	24	29	21	24	1.99
28302139--28302311	78	2.2	78	83	2	213	26	28	21	23	1.99
28305335--28305420	43	2.0	43	84	8	113	26	29	19	24	1.99
28320106--28320221	27	4.3	26	81	7	108	39	21	8	30	1.83
28320096--28320220	54	2.3	54	81	6	139	40	20	8	30	1.82
28320213--28320290	27	2.9	26	81	7	66	41	20	8	29	1.83
28320186--28320256	36	2.0	36	83	10	92	42	23	8	25	1.82
28320159--28320283	63	2.0	63	82	6	155	41	21	9	27	1.84
28320132--28320308	90	2.0	90	81	2	212	41	19	9	29	1.82
28320222--28320368	55	2.7	54	82	1	168	41	15	10	32	1.81
28320222--28320373	27	5.6	27	81	7	146	40	15	11	33	1.82
28320633--28320755	41	3.0	41	86	4	185	24	20	27	27	1.99
28320912--28320961	22	2.3	22	86	6	66	22	28	22	28	1.99
28329084--28329113	13	2.3	13	94	0	51	20	16	20	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28330810--28330854	5	8.8	5	80	4	54	73	2	2	22	1.05
28330810--28330854	16	2.9	15	90	3	63	73	2	2	22	1.05
28332116--28332156	22	1.9	21	85	5	55	56	17	12	14	1.68
28332124--28332185	32	2.0	32	83	3	81	58	16	6	19	1.59
28332402--28332462	21	2.9	21	85	4	61	4	49	18	27	1.68
28332416--28332464	21	2.3	21	89	0	71	4	51	18	26	1.64
28332902--28332930	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
28333097--28333135	17	2.4	17	86	4	53	48	0	10	41	1.37
28334211--28334352	9	15.8	9	70	16	80	35	2	14	47	1.59
28334210--28334355	16	9.2	16	72	14	97	35	2	14	47	1.59
28334180--28334292	46	2.4	46	95	1	199	35	3	14	46	1.61
28334226--28334334	30	3.5	30	72	18	114	36	3	13	45	1.62
28334210--28334352	64	2.3	63	92	3	243	35	2	14	46	1.59
28337374--28337483	26	4.2	26	94	4	186	34	6	23	35	1.80
28339091--28339203	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
28339089--28339203	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
28343143--28343251	26	4.2	26	96	2	184	33	5	24	35	1.79
28343143--28343251	51	2.1	52	93	1	184	33	5	24	35	1.79
28344868--28344980	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
28344866--28344980	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
28348925--28349034	26	4.2	26	97	0	193	33	6	24	35	1.81
28350640--28350752	27	4.2	27	84	3	120	17	23	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28350638--28350761	54	2.3	54	83	2	160	17	25	22	34	1.96
28351697--28351762	25	2.6	25	80	0	87	33	12	42	12	1.79
28353770--28353814	18	2.4	18	88	3	63	51	2	40	6	1.41
28354054--28354108	22	2.5	22	80	11	60	32	1	1	63	1.15
28354455--28354544	14	6.4	14	78	8	67	38	43	0	17	1.50
28354455--28354516	21	2.9	21	87	2	79	37	45	0	17	1.49
28354494--28354554	28	2.1	29	82	14	74	42	40	0	16	1.48
28354535--28354595	14	4.3	14	79	4	59	50	24	0	24	1.49
28354539--28354590	22	2.4	22	87	3	70	48	28	0	23	1.51
28354535--28354587	14	3.7	14	85	5	61	50	24	0	24	1.49
28355549--28355652	40	2.6	40	85	1	145	20	21	20	38	1.94
28355973--28355998	7	3.7	7	100	0	52	42	0	11	46	1.40
28356428--28356464	10	3.5	11	89	10	60	0	21	0	78	0.75
28356427--28356464	14	2.8	14	96	4	69	0	21	0	78	0.74
28360099--28360124	13	2.0	13	100	0	52	76	7	7	7	1.15
28372731--28372780	24	2.1	24	100	0	100	40	22	8	30	1.82
28375796--28375835	21	1.9	21	89	0	62	22	20	30	27	1.98
28376941--28376989	24	2.0	24	92	0	80	22	16	28	32	1.95
28377100--28377168	30	2.3	30	87	7	95	23	7	20	49	1.73
28380090--28380128	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
28382068--28382098	6	5.2	6	92	0	53	19	0	45	35	1.51
28384533--28384584	26	2.0	26	82	14	63	71	3	19	5	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28384572--28384608	15	2.4	17	86	13	53	78	0	16	5	0.93
28388962--28389039	27	2.9	26	84	7	86	35	20	24	19	1.95
28390651--28390758	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
28395990--28396094	27	3.9	26	82	7	113	36	20	23	19	1.95
28397713--28397820	26	4.2	26	92	0	180	37	23	7	32	1.82
28398337--28398623	70	4.1	70	85	0	342	24	20	22	32	1.98
28398476--28398577	34	2.9	34	68	11	80	25	23	22	28	1.99
28398431--28398623	36	5.5	36	66	9	103	24	20	23	31	1.98
28414710--28414880	33	5.2	33	89	0	184	36	23	9	30	1.87
28414721--28414886	32	5.1	32	89	0	161	36	22	10	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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