genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59225107--59225277	94	1.8	92	85	7	238	22	27	21	29	1.99
59228424--59228448	10	2.5	10	100	0	50	16	0	28	56	1.41
59229247--59229374	64	2.0	64	80	3	141	29	28	17	24	1.98
59231922--59232035	43	2.7	43	84	2	131	32	25	14	27	1.95
59234362--59234395	12	2.8	12	90	0	50	55	17	8	17	1.66
59240982--59241137	51	3.1	50	89	3	242	32	15	23	29	1.95
59246807--59246879	29	2.5	29	84	0	92	21	34	16	27	1.95
59251812--59251968	51	3.1	50	91	1	251	31	15	23	29	1.95
59261156--59261199	21	2.1	21	83	4	54	65	15	6	11	1.44
59263523--59263580	30	2.0	29	90	10	91	29	15	24	31	1.95
59265744--59265897	43	3.6	43	94	1	283	29	33	25	10	1.89
59265890--59266012	38	3.2	38	83	4	131	28	26	21	22	1.99
59272764--59272957	40	4.8	40	79	6	187	26	24	25	22	2.00
59272765--59272939	80	2.2	81	82	5	212	25	25	25	23	2.00
59283517--59283596	40	2.0	40	100	0	160	32	22	7	37	1.82
59283595--59283632	19	2.0	20	89	5	60	0	34	0	65	0.93
59286635--59286716	42	2.0	42	85	0	110	26	21	28	23	1.99
59290210--59290245	15	2.4	15	95	0	63	22	22	19	36	1.95
59294912--59294955	19	2.2	20	88	4	63	47	2	13	36	1.56
59299245--59299330	43	2.0	42	93	2	145	39	12	13	33	1.83
59299310--59299346	16	2.3	16	95	0	65	54	13	5	27	1.61
59300270--59300364	46	2.1	46	97	0	181	45	26	12	15	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59302256--59302306	18	2.8	19	80	14	63	23	1	3	70	1.14
59303336--59303406	2	35.5	2	97	0	133	49	1	0	49	1.09
59306546--59306591	17	2.6	18	89	6	67	17	2	0	80	0.81
59306547--59306591	24	1.9	23	90	4	72	15	2	0	82	0.77
59306547--59306591	6	7.5	6	85	9	65	15	2	0	82	0.77
59308442--59308696	55	4.8	53	72	15	192	21	23	16	37	1.94
59316919--59317157	46	5.1	46	76	10	184	24	28	17	28	1.98
59316904--59317157	140	1.8	140	83	5	343	24	28	18	28	1.98
59326214--59326245	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
59326980--59327014	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
59329159--59329199	21	2.0	21	90	0	64	31	26	12	29	1.92
59331030--59331093	33	1.9	33	90	0	101	32	0	4	62	1.16
59331041--59331096	15	3.5	15	75	13	58	25	0	5	69	1.09
59332140--59332170	16	1.9	16	93	0	53	32	6	0	61	1.21
59358277--59358371	28	3.5	26	80	9	91	18	11	13	55	1.68
59359058--59359190	69	1.9	68	83	1	167	21	15	16	46	1.84
59364318--59364393	28	2.5	30	81	8	84	27	2	7	61	1.37
59364553--59364588	18	2.0	18	89	10	56	33	0	2	63	1.08
59377572--59377601	13	2.3	13	100	0	60	50	0	0	50	1.00
59388201--59388268	33	2.1	33	94	0	118	35	8	4	51	1.53
59389956--59390123	40	4.2	39	81	5	169	25	27	22	25	2.00
59389956--59390123	80	2.1	80	84	3	214	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59398264--59398431	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
59403345--59403411	25	2.7	24	77	9	64	58	5	1	34	1.32
59408840--59408888	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
59409745--59409875	40	3.3	39	78	2	136	25	21	27	25	1.99
59413669--59413780	40	2.8	40	82	8	138	23	24	28	24	2.00
59413669--59413820	80	1.9	80	81	7	186	23	23	27	26	2.00
59417616--59417796	48	3.8	48	87	0	254	24	19	24	30	1.98
59417653--59417822	48	3.8	42	74	14	126	26	18	24	30	1.98
59417749--59417839	42	2.2	42	86	4	121	26	17	25	30	1.97
59418970--59419012	15	2.8	15	92	3	68	25	4	23	46	1.71
59425422--59425467	23	2.0	24	82	4	58	0	21	19	58	1.39
59437881--59437918	13	2.9	13	88	0	58	21	36	18	23	1.95
59438872--59438980	37	2.9	37	91	0	164	27	32	17	22	1.97
59439122--59439410	48	6.0	48	95	0	497	29	28	6	35	1.81
59442873--59442913	16	2.7	15	85	10	57	41	7	0	51	1.30
59445818--59446021	25	8.3	25	76	7	175	22	27	17	31	1.97
59451861--59451897	15	2.4	16	86	8	51	29	2	0	67	1.04
59451902--59451931	13	2.2	14	94	5	53	26	3	6	63	1.35
59451980--59452119	15	9.3	15	66	17	51	33	4	2	59	1.32
59452020--59452060	22	1.9	21	85	5	55	34	4	2	58	1.32
59455040--59455121	29	2.9	27	82	14	87	56	1	1	41	1.15
59455069--59455144	39	1.9	39	89	0	116	55	2	3	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59455040--59455144	10	10.9	9	72	13	68	56	1	2	39	1.25
59456494--59456531	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
59465407--59465614	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
59465407--59465612	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
59468898--59469069	43	4.0	42	77	8	168	33	22	13	29	1.93
59468910--59469069	86	1.9	87	85	1	223	33	22	14	30	1.94
59471106--59471161	11	5.2	11	78	8	53	33	16	17	32	1.92
59471277--59471376	47	2.1	47	83	3	121	21	17	26	36	1.94
59473386--59473468	42	2.0	42	85	0	112	25	20	26	27	1.99
59477727--59477751	12	2.1	12	100	0	50	84	0	16	0	0.63
59496106--59496272	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
59496122--59496272	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
59497095--59497140	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
59526762--59526804	11	4.1	11	82	11	63	37	0	25	37	1.56
59526759--59526802	20	2.2	20	95	0	79	36	0	27	36	1.57
59526779--59526898	48	2.5	48	93	0	213	35	5	28	30	1.81
59526727--59527016	116	2.5	116	93	2	492	35	5	27	30	1.81
59526827--59526960	68	2.0	68	96	0	250	35	5	28	30	1.79
59526875--59526918	20	2.2	20	95	0	79	36	0	27	36	1.57
59526896--59527200	48	6.3	48	93	3	495	35	6	27	30	1.82
59526896--59527200	98	3.1	96	90	4	495	35	6	27	30	1.82
59527347--59527491	37	3.9	37	94	0	245	24	19	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59538965--59539441	27	17.7	27	75	6	180	36	22	8	32	1.84
59539072--59539172	28	3.6	28	86	4	125	40	21	8	28	1.83
59540244--59540330	20	4.3	20	92	2	140	40	10	18	31	1.84
59540380--59540515	52	2.7	51	92	5	215	28	20	23	27	1.99
59540380--59540515	26	5.3	26	86	3	181	28	20	23	27	1.99
59540648--59540739	42	2.2	42	88	0	130	30	13	20	35	1.91
59540763--59540841	31	2.5	31	97	0	149	29	18	26	25	1.98
59543521--59543621	29	3.5	29	95	0	175	26	31	17	23	1.97
59545817--59545872	27	2.1	27	89	0	85	17	33	19	28	1.95
59548104--59548209	29	3.7	29	92	0	158	28	28	16	27	1.97
59550626--59550687	30	2.1	30	96	0	115	33	14	20	30	1.93
59553846--59554070	48	4.8	47	68	13	142	26	17	24	31	1.97
59555911--59556056	45	3.2	45	97	0	265	30	27	19	22	1.98
59558179--59558321	40	3.6	40	84	5	191	22	21	28	27	1.99
59559681--59559810	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
59559697--59559847	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
59559681--59559847	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
59566196--59566264	33	2.1	33	100	0	138	44	20	8	26	1.80
59569086--59569293	40	5.2	40	81	2	222	27	25	21	25	1.99
59572575--59572782	40	5.2	40	82	5	242	25	20	26	27	1.99
59581633--59581792	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
59581633--59581792	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59589684--59589872	29	6.5	29	90	5	265	26	25	14	33	1.94
59589684--59589872	59	3.2	59	90	4	269	26	25	14	33	1.94
59592142--59592294	56	2.8	56	80	5	170	18	16	33	32	1.93
59593821--59593870	19	2.5	21	80	6	59	14	26	38	22	1.91
59598658--59598795	20	7.0	20	82	3	145	43	16	26	13	1.85
59598665--59598795	39	3.3	39	86	1	163	42	16	26	14	1.86
59598658--59598795	59	2.3	59	88	2	197	43	16	26	13	1.85
59613553--59613614	31	2.0	31	100	0	124	22	6	29	41	1.78
59613555--59613622	31	2.2	31	92	5	111	23	8	30	36	1.85
59614335--59614410	39	1.9	39	91	0	125	26	11	31	30	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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