genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22381833--22381940	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
22388177--22388209	14	2.4	14	100	0	66	30	21	15	33	1.94
22392953--22392982	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
22395580--22395728	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
22395621--22395728	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
22406258--22406301	20	2.4	18	88	11	63	0	34	0	65	0.93
22407700--22407973	46	6.0	46	91	2	381	21	23	14	40	1.91
22411512--22411571	13	4.7	13	74	12	61	33	3	23	40	1.71
22411509--22411571	26	2.5	26	80	12	85	31	4	23	39	1.76
22415190--22415235	23	2.0	23	100	0	92	56	13	4	26	1.55
22417478--22417653	46	3.8	45	81	7	219	20	22	29	27	1.98
22417474--22417645	93	1.8	93	94	0	308	20	22	30	26	1.98
22419301--22419347	25	2.0	24	84	12	62	12	21	0	65	1.25
22421977--22422022	20	2.3	20	85	7	58	58	10	15	15	1.63
22423176--22423240	27	2.4	27	80	7	78	16	29	41	12	1.85
22423335--22423381	3	16.0	3	78	12	53	65	0	34	0	0.93
22423335--22423381	16	3.0	16	79	14	62	65	0	34	0	0.93
22423335--22423381	11	4.0	12	81	13	53	65	0	34	0	0.93
22423335--22423382	25	2.0	24	87	4	69	66	0	33	0	0.92
22425086--22425236	40	3.8	40	80	7	173	24	27	23	24	2.00
22425090--22425276	80	2.3	80	82	9	229	24	26	22	26	2.00
22426400--22426483	16	5.1	16	75	4	60	69	3	5	21	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22426518--22427196	149	4.6	147	86	7	902	57	8	6	26	1.53
22428360--22428494	43	3.2	43	76	10	134	26	22	20	29	1.99
22435630--22435744	42	2.7	41	80	12	126	27	26	20	26	1.99
22438114--22438293	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
22445334--22445504	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
22452610--22452714	40	2.6	39	89	3	147	27	22	27	21	1.99
22452566--22452736	40	4.3	39	75	10	132	28	22	25	23	1.99
22457651--22457713	21	3.0	21	83	0	81	49	9	17	23	1.76
22466667--22466828	29	5.6	29	77	3	146	22	25	11	40	1.87
22466628--22466830	58	3.5	58	72	6	176	22	22	13	40	1.89
22466687--22466856	87	2.0	87	84	2	225	22	24	12	40	1.88
22472570--22473396	414	2.0	413	89	1	1280	28	13	22	34	1.93
22475899--22475932	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
22482838--22482869	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22493730--22493874	73	2.0	73	97	0	272	34	13	14	37	1.85
22500963--22501020	30	1.9	30	86	6	82	18	36	31	13	1.90
22509708--22509790	23	3.9	23	78	13	97	39	22	19	18	1.92
22510703--22510733	9	3.6	9	95	4	55	0	9	12	77	0.99
22510709--22510767	31	1.9	31	85	0	82	8	8	8	74	1.22
22510987--22511052	3	22.0	3	100	0	132	66	0	0	33	0.92
22511174--22511216	20	2.1	22	83	12	56	48	2	2	46	1.27
22515690--22515782	46	2.0	46	100	0	186	36	13	15	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22523579--22523738	42	3.7	42	73	8	126	33	24	16	25	1.96
22523580--22523746	43	3.9	44	73	9	132	34	24	16	24	1.96
22524645--22524679	17	2.1	17	94	0	61	45	2	14	37	1.59
22529385--22529813	50	8.6	50	76	7	345	26	17	24	30	1.98
22529435--22529810	147	2.5	148	85	2	495	26	18	25	29	1.98
22530024--22530055	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
22533281--22533340	15	4.1	14	80	8	66	15	16	11	56	1.67
22536300--22536694	50	7.8	50	77	5	339	24	18	26	30	1.98
22536300--22536532	101	2.3	102	81	2	263	24	18	26	30	1.98
22536506--22536690	101	1.8	101	95	0	334	24	17	27	31	1.97
22536346--22536694	151	2.3	151	85	1	448	24	18	26	30	1.98
22536457--22536702	101	2.4	101	82	7	320	24	17	27	30	1.97
22536894--22536925	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
22537249--22537605	180	2.0	180	89	3	549	37	8	20	33	1.83
22541307--22541405	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
22548991--22549089	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
22550520--22550776	40	6.5	40	88	2	342	25	28	22	22	1.99
22552675--22552806	29	4.6	29	83	1	158	25	31	16	25	1.96
22560144--22560275	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
22567011--22567166	4	39.0	4	100	0	312	25	0	25	50	1.50
22581951--22582282	49	6.7	49	80	3	376	29	28	17	24	1.98
22581951--22582280	100	3.3	100	89	1	448	29	27	17	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22592932--22593045	44	2.7	41	74	11	104	34	28	16	21	1.95
22595386--22595491	46	2.3	45	87	4	151	26	21	18	33	1.97
22595386--22595517	23	5.8	23	70	12	94	25	21	18	34	1.96
22601659--22601686	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
22609289--22609513	49	4.5	49	89	2	324	29	28	17	24	1.98
22609276--22609513	99	2.4	100	87	2	336	28	27	18	25	1.98
22613374--22613411	4	9.8	4	88	11	53	23	0	0	76	0.79
22615078--22615119	20	2.1	20	86	0	57	19	2	0	78	0.86
22615097--22615134	6	6.5	6	87	6	60	13	2	0	84	0.73
22615075--22615125	17	2.9	17	85	2	57	19	1	0	78	0.85
22615089--22615140	11	4.7	11	80	19	56	15	1	0	82	0.75
22625800--22625824	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22629106--22629179	29	2.6	29	97	0	139	24	14	32	28	1.95
22629162--22629276	24	4.8	24	95	0	203	20	17	26	35	1.95
22629162--22629298	72	1.9	72	87	3	204	23	17	24	34	1.96
22632985--22633036	24	2.2	24	83	13	63	17	17	36	28	1.92
22634905--22635242	24	14.1	24	96	0	606	21	17	25	36	1.94
22641168--22641339	24	7.2	24	95	1	301	20	16	25	37	1.94
22649085--22649423	24	14.1	24	96	0	606	21	17	25	36	1.94
22652913--22653036	23	5.4	23	76	1	124	24	22	20	32	1.98
22652909--22653037	45	2.8	44	87	3	168	24	21	20	33	1.97
22654885--22654985	42	2.4	43	78	5	107	35	23	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22656062--22656156	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
22656348--22656490	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
22656348--22656489	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
22656347--22656490	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
22656541--22656600	20	3.0	20	92	0	102	33	21	8	36	1.84
22656643--22656690	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22660649--22660759	23	4.9	23	71	5	100	26	23	19	30	1.98
22660649--22660759	46	2.4	45	85	4	152	26	23	19	30	1.98
22675656--22675785	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
22675672--22675823	40	3.8	40	77	6	139	23	26	23	27	2.00
22680113--22680144	16	1.9	17	93	6	57	34	15	6	43	1.72
22681946--22682001	27	2.1	27	100	0	112	42	3	19	33	1.69
22684780--22684809	14	2.1	14	93	0	51	50	16	0	33	1.46
22685135--22685291	45	3.6	44	74	10	153	30	25	17	26	1.97
22692532--22692669	40	3.5	40	94	3	226	23	28	23	23	1.99
22704034--22704255	124	1.8	122	83	3	293	31	11	23	32	1.90
22704214--22704364	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
22704251--22704380	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
22704213--22704380	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
22716380--22716469	31	3.1	28	71	20	76	56	3	6	33	1.42
22716397--22716465	31	2.1	31	86	7	93	57	2	7	31	1.40
22717922--22717962	21	1.9	22	85	5	57	29	2	4	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22721474--22721548	29	2.6	29	85	12	84	48	13	10	28	1.75
22721500--22721568	29	2.3	29	85	9	86	49	11	15	23	1.77
22729333--22729385	25	2.1	25	96	0	97	32	1	11	54	1.47
22731550--22731578	14	2.1	14	100	0	58	24	6	0	68	1.13
22738684--22738727	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
22747746--22747794	21	2.3	21	83	13	57	46	0	4	48	1.20
22749403--22749789	199	1.9	200	93	0	659	35	13	17	34	1.88
22750645--22750687	20	2.2	20	84	8	54	67	2	2	27	1.15
22750663--22750711	25	2.0	25	84	8	64	67	4	2	26	1.19
22750991--22751155	89	1.9	89	79	2	188	37	18	9	35	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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