genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88946886--88946923	16	2.4	16	91	4	60	42	15	0	42	1.47
88955701--88955737	12	3.1	12	84	0	56	21	24	21	32	1.98
88957801--88957851	23	2.3	22	80	12	59	33	1	0	64	1.05
88961012--88961045	16	2.2	15	89	5	50	29	5	2	61	1.34
88964584--88964666	42	2.0	42	90	0	130	31	19	16	32	1.94
88966884--88967049	40	4.2	40	82	3	176	25	27	21	25	1.99
88966900--88967009	39	2.8	39	86	4	141	25	30	22	21	1.99
88966900--88967048	79	1.9	78	83	6	194	24	28	22	24	1.99
88980822--88980888	30	2.2	31	84	5	84	58	4	0	37	1.19
88980822--88980924	29	3.5	30	77	5	93	54	3	0	40	1.25
88983530--88983567	18	2.1	18	90	0	58	39	5	7	47	1.55
88983535--88983575	10	4.3	10	81	12	50	36	7	7	48	1.59
88983699--88983732	16	2.1	17	88	5	52	44	8	0	47	1.34
88983818--88983871	5	10.8	5	100	0	108	40	0	18	40	1.51
88984299--88984356	24	2.5	23	85	2	80	22	18	17	41	1.90
88989277--88989418	9	15.4	9	71	10	99	64	2	2	30	1.20
88989332--88989418	37	2.3	38	88	4	122	65	2	2	29	1.17
88989292--88989408	19	6.3	19	68	12	73	61	2	2	33	1.23
88989599--88989775	9	19.0	9	67	18	60	31	5	1	62	1.26
88994020--88994045	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
88996599--88996652	26	2.1	26	100	0	108	31	7	14	46	1.73
88996822--88996870	21	2.6	19	79	17	57	34	2	0	63	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88998887--89002438	710	5.0	710	99	0	7032	34	23	16	25	1.95
89005076--89005112	18	2.1	18	89	0	56	35	8	16	40	1.78
89008715--89008765	21	2.4	21	96	0	93	23	17	15	43	1.88
89010500--89010605	53	2.0	53	100	0	212	49	13	3	33	1.60
89010517--89010605	30	3.2	30	63	21	84	51	10	4	33	1.56
89010846--89010891	23	2.0	23	100	0	92	47	17	8	26	1.76
89011642--89011668	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
89014517--89015610	518	2.1	518	90	2	1741	30	21	14	34	1.93
89022600--89022651	22	2.6	19	75	16	50	26	3	3	65	1.27
89024279--89024305	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
89026392--89026419	13	2.2	13	100	0	56	14	0	28	57	1.38
89041477--89041783	48	6.5	49	70	12	162	34	17	21	25	1.95
89041597--89041778	48	3.8	48	75	9	176	37	18	20	23	1.94
89041810--89041846	18	2.1	18	100	0	74	40	16	10	32	1.83
89042577--89042624	21	2.3	21	100	0	96	20	20	25	33	1.97
89046192--89046238	14	3.6	14	72	21	57	25	17	10	46	1.79
89047035--89047218	43	4.3	43	82	1	244	29	26	17	26	1.98
89047025--89047220	85	2.3	86	85	2	259	30	24	17	27	1.97
89047229--89047276	24	2.0	24	84	8	62	39	0	2	58	1.10
89047541--89047574	17	1.9	18	94	5	61	23	29	11	35	1.90
89051493--89051541	22	2.3	21	82	10	55	32	42	2	22	1.65
89051597--89051677	21	3.6	22	76	14	94	43	25	1	29	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89051581--89051671	46	2.0	46	93	4	157	41	25	2	30	1.67
89051694--89051743	25	2.0	25	100	0	100	44	8	4	44	1.52
89051872--89052119	40	6.1	41	84	5	299	17	21	22	37	1.94
89051879--89052119	81	3.0	81	89	3	342	17	22	23	36	1.94
89051872--89052111	121	2.0	121	85	6	326	17	22	22	36	1.95
89053496--89053560	22	3.0	22	93	0	103	20	9	18	52	1.72
89057400--89057442	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
89070289--89070325	17	2.2	17	95	0	65	51	27	0	21	1.48
89070301--89070374	23	3.3	23	81	5	80	51	31	0	17	1.46
89070321--89070374	22	2.4	23	81	3	65	50	31	0	18	1.48
89075337--89075376	21	1.9	21	84	0	53	37	30	5	27	1.78
89076665--89076740	14	5.0	15	69	19	50	47	0	1	51	1.09
89076800--89076852	13	3.9	13	75	15	54	54	0	0	45	0.99
89076758--89076883	16	8.1	16	67	18	70	51	0	1	46	1.16
89076799--89076874	29	2.6	29	95	2	134	53	1	0	44	1.08
89076805--89076894	29	3.1	29	84	12	114	55	1	1	42	1.14
89076914--89076957	22	2.0	22	82	8	54	40	0	2	56	1.11
89080621--89080669	22	2.2	23	88	3	73	32	4	4	59	1.35
89095554--89095622	33	2.1	33	86	5	95	27	0	5	66	1.14
89098574--89098747	60	2.9	60	78	6	167	39	25	11	23	1.88
89102284--89102312	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
89103648--89103692	18	2.7	16	80	12	54	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89103648--89103692	17	2.6	17	83	10	56	53	0	0	46	1.00
89104311--89104361	26	2.0	25	81	14	59	60	3	0	35	1.15
89104459--89104488	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
89116488--89116658	93	1.8	93	94	2	308	28	29	21	20	1.98
89116480--89116660	46	3.9	46	81	11	226	28	29	20	20	1.98
89124637--89124690	24	2.2	24	96	0	99	31	22	12	33	1.92
89127856--89127984	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
89132987--89133020	17	2.0	17	100	0	68	58	11	5	23	1.55
89133122--89133204	5	16.6	5	93	5	123	60	15	0	24	1.35
89133485--89133620	26	5.2	26	91	0	227	33	2	23	40	1.70
89136818--89136848	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
89141670--89141805	26	5.2	26	91	0	227	33	2	23	40	1.70
89145010--89145052	12	3.6	12	100	0	86	9	25	51	13	1.71
89149873--89150008	26	5.2	26	91	0	227	33	2	23	40	1.70
89167160--89167193	13	2.6	13	95	0	59	8	29	32	29	1.87
89175498--89175538	16	2.7	16	85	7	59	36	0	2	60	1.10
89180634--89180660	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
89184758--89184838	38	2.1	38	97	0	153	43	6	12	38	1.67
89188126--89188195	26	2.7	26	86	2	95	27	27	11	34	1.91
89197304--89197348	18	2.5	18	96	0	81	55	26	0	17	1.42
89201113--89201191	40	2.0	40	89	0	122	12	15	35	36	1.85
89203135--89203164	15	1.9	16	93	6	53	50	6	23	20	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89209413--89209440	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
89209766--89209875	56	1.9	57	94	1	195	32	26	15	25	1.95
89218505--89218629	62	2.0	62	100	0	250	27	22	14	36	1.93
89220610--89220653	22	2.0	22	95	0	79	22	4	11	61	1.48
89223177--89223245	20	3.3	20	72	20	70	47	0	0	52	1.00
89223833--89223886	20	2.7	20	91	5	83	12	31	35	20	1.90
89225983--89226027	23	1.9	24	95	4	83	35	33	4	26	1.77
89226045--89226094	3	17.0	3	88	12	77	66	0	2	32	1.03
89227808--89227876	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
89227863--89227893	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
89230547--89230677	3	43.0	3	68	13	54	31	5	3	59	1.38
89230533--89230629	27	3.9	24	74	18	74	26	4	3	65	1.25
89230557--89230649	24	3.7	24	77	20	84	29	5	3	62	1.33
89230925--89231062	27	5.4	27	73	17	100	34	5	4	56	1.41
89230946--89231075	24	5.3	24	74	10	102	36	3	3	56	1.33
89231013--89231050	11	3.5	11	85	0	58	36	0	5	57	1.21
89231017--89231091	13	6.2	12	76	17	59	33	0	5	61	1.19
89230944--89231086	49	3.0	48	78	13	127	34	2	5	56	1.37
89231025--89231096	36	2.0	35	86	10	101	36	0	4	59	1.17
89231023--89231096	38	2.0	36	89	5	112	36	0	4	59	1.16
89231450--89231513	32	2.0	32	82	11	78	31	7	6	54	1.54
89233023--89233059	16	2.2	17	90	9	58	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89233164--89233201	20	1.9	20	89	10	60	55	15	10	18	1.68
89234058--89234100	23	1.9	23	85	4	61	53	4	9	32	1.53
89234095--89234178	31	2.7	31	75	10	75	53	0	0	46	1.00
89238780--89238871	46	2.0	46	100	0	184	32	17	15	34	1.91
89248345--89248425	25	3.2	25	92	5	135	22	24	3	49	1.66
89248345--89248425	26	3.1	26	91	7	137	22	24	3	49	1.66
89249168--89249239	36	2.0	36	94	0	126	41	11	27	19	1.85
89251171--89251374	66	3.1	67	87	2	295	44	16	22	16	1.86
89255311--89255342	2	16.0	2	93	0	55	46	0	53	0	1.00
89257578--89257612	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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