genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59973356--59973488	29	4.6	29	92	0	212	31	15	23	29	1.95
59977494--59977626	29	4.6	29	92	0	212	29	23	15	31	1.95
59979150--59979201	27	1.9	27	88	0	77	34	21	23	21	1.97
59979154--59979233	27	3.0	26	77	8	72	35	18	23	22	1.96
59979382--59979515	27	5.0	27	84	3	171	26	19	19	35	1.95
59983236--59983342	53	2.0	53	87	0	151	22	21	27	28	1.99
59985364--59985443	20	4.0	20	80	0	88	12	22	18	46	1.83
59985466--59985513	20	2.4	20	82	0	60	20	27	20	31	1.98
59990673--59990715	23	1.9	23	85	4	61	48	20	0	30	1.50
59994923--59995024	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
60002768--60002869	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
60006232--60006318	20	4.3	20	81	5	95	19	28	12	39	1.88
60007473--60007512	20	2.0	20	95	0	71	27	15	25	32	1.95
60008537--60008573	17	2.2	18	85	9	51	48	32	0	18	1.49
60016235--60016294	31	1.9	31	100	0	120	36	10	26	26	1.88
60017458--60017772	50	6.5	50	79	7	294	24	29	18	27	1.98
60020632--60020700	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
60025190--60025226	12	3.1	12	96	0	65	24	27	27	21	1.99
60027660--60027743	44	1.9	44	97	0	159	41	29	10	17	1.84
60030074--60030301	40	5.7	40	92	3	379	25	27	22	24	2.00
60030041--60030297	80	3.2	80	91	3	396	24	27	22	24	2.00
60036844--60036970	40	3.2	40	70	12	104	25	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60039009--60039083	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
60039067--60039140	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
60046880--60046954	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
60046938--60047011	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
60055271--60055370	29	3.4	29	100	0	200	30	15	28	27	1.96
60055271--60055430	29	5.5	30	87	5	188	27	16	30	25	1.96
60063188--60063288	29	3.4	29	97	2	193	30	14	27	26	1.95
60063188--60063348	29	5.5	29	86	4	114	27	16	30	25	1.96
60070422--60070487	28	2.3	29	94	2	116	27	16	28	27	1.97
60077520--60077568	25	2.0	25	95	0	89	40	4	22	32	1.73
60081191--60081290	46	2.2	46	87	7	141	19	28	7	46	1.75
60084828--60084857	15	1.9	16	93	6	53	56	3	6	33	1.42
60084889--60084930	22	2.1	19	86	13	57	52	0	0	47	1.00
60090613--60090774	29	5.6	29	93	0	270	29	22	15	32	1.95
60094229--60094306	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
60101916--60101993	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
60104126--60104309	78	2.3	79	92	4	309	23	23	28	25	2.00
60104123--60104309	40	4.7	40	92	5	317	24	22	27	25	2.00
60112197--60112452	40	6.5	40	90	3	369	25	22	26	25	2.00
60117965--60118010	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
60118489--60118574	31	2.9	31	85	11	101	32	13	23	30	1.93
60118489--60118562	31	2.5	31	87	10	102	31	13	25	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60140540--60140598	26	2.3	26	82	5	66	35	18	15	30	1.92
60142270--60142522	56	4.6	56	88	3	341	37	21	13	27	1.91
60142270--60142522	110	2.3	111	85	4	341	37	21	13	27	1.91
60145676--60145847	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
60145669--60145844	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
60150042--60150079	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
60152738--60152887	41	3.6	41	75	10	153	23	22	27	27	1.99
60152718--60152887	41	4.2	40	73	18	152	22	22	27	27	1.99
60164978--60165052	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
60165036--60165109	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
60172850--60172924	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
60172908--60172981	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
60181255--60181336	29	2.8	29	98	0	155	29	14	30	25	1.95
60189162--60189243	29	2.8	29	98	0	155	29	14	30	25	1.95
60193799--60193870	26	2.7	26	86	4	90	19	16	31	31	1.94
60193829--60193899	28	2.6	27	82	10	83	22	19	29	28	1.98
60193847--60193899	26	2.0	28	88	7	83	24	20	28	26	1.99
60194488--60194533	13	3.5	13	87	0	56	26	8	15	50	1.73
60194477--60194534	13	4.5	13	80	2	55	29	8	13	48	1.73
60194883--60194907	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
60197734--60197832	44	2.3	42	81	8	110	23	13	27	36	1.92
60200723--60200873	40	3.8	39	83	6	171	23	25	29	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60207465--60207538	31	2.5	29	85	10	89	29	25	12	32	1.92
60207464--60207567	28	3.5	29	80	6	102	29	26	12	30	1.93
60211777--60211960	40	4.6	40	87	4	239	22	24	28	23	1.99
60214666--60214934	46	5.8	46	75	11	253	23	20	26	28	1.99
60214716--60214880	47	3.5	47	80	11	212	26	19	25	29	1.99
60214663--60214927	93	2.8	93	92	0	440	24	21	26	27	1.99
60216561--60216608	20	2.3	22	82	10	57	37	10	8	43	1.69
60217379--60217424	23	2.0	23	95	0	83	17	17	32	32	1.93
60224941--60224975	17	2.1	16	89	5	52	31	25	0	42	1.55
60228823--60228930	56	1.9	55	94	1	189	40	12	8	38	1.72
60234952--60235039	28	3.1	28	63	18	65	40	11	9	38	1.73
60235173--60235222	26	1.9	26	95	0	91	52	18	2	28	1.56
60240267--60240438	46	3.7	46	80	13	208	19	21	30	27	1.98
60240259--60240431	93	1.9	93	95	0	310	20	22	30	26	1.98
60241739--60241952	48	4.5	48	79	8	215	28	19	26	25	1.98
60246258--60246345	41	2.1	41	95	0	158	35	25	21	18	1.95
60246527--60246623	49	2.0	46	88	5	140	30	4	24	40	1.74
60247169--60247213	14	3.2	14	83	0	63	26	0	24	48	1.51
60247310--60247359	6	8.3	6	95	0	91	30	0	2	68	1.01
60247557--60247595	10	3.9	10	83	9	53	76	0	10	12	1.01
60250530--60250554	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
60250616--60250655	20	2.0	20	100	0	80	40	5	40	15	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60254183--60254248	32	2.1	32	94	0	114	33	13	13	39	1.84
60257235--60257442	54	4.0	51	73	12	154	42	0	30	26	1.62
60259555--60259584	15	2.0	15	93	0	51	36	0	13	50	1.42
60260331--60260589	43	6.0	43	87	4	362	27	15	26	31	1.95
60260331--60260589	128	2.0	129	87	3	371	27	15	26	31	1.95
60263430--60263785	27	13.4	27	80	7	372	42	20	18	19	1.90
60264202--60264266	34	1.9	34	90	0	103	29	21	21	27	1.99
60266940--60267424	80	6.0	80	84	3	490	40	20	17	20	1.91
60266940--60267427	107	4.5	107	87	4	547	40	20	18	20	1.91
60266942--60267427	27	18.1	27	86	4	488	40	20	18	20	1.91
60266940--60267423	134	3.6	135	84	5	606	40	20	17	20	1.91
60267788--60267857	34	2.1	34	86	0	95	27	20	21	31	1.98
60273246--60273396	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
60273283--60273412	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
60273245--60273412	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
60279602--60279809	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
60279603--60279809	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
60287576--60287783	40	5.2	40	84	0	236	25	22	26	25	2.00
60292972--60293173	39	5.2	39	90	0	314	23	19	32	24	1.97
60294603--60294703	29	3.5	29	88	0	148	31	16	22	28	1.96
60297383--60297452	22	3.2	22	83	4	79	45	27	17	10	1.80
60297655--60297718	22	2.9	22	75	11	60	34	21	21	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60297861--60297983	41	3.0	41	89	0	192	26	30	21	21	1.98
60298234--60298287	27	2.0	27	88	0	81	35	12	12	38	1.82
60298249--60298562	27	11.7	27	78	6	174	31	7	20	41	1.79
60298331--60298527	54	3.6	53	79	9	202	28	6	22	42	1.78
60298303--60298562	109	2.4	106	78	9	267	30	7	21	41	1.80
60298551--60298653	54	1.9	54	85	0	143	30	20	16	33	1.95
60298551--60298642	27	3.4	27	87	0	130	28	19	17	34	1.94
60300881--60301145	39	6.8	38	79	7	250	30	25	21	22	1.98
60300939--60301145	114	1.8	114	92	0	351	30	25	20	23	1.98
60306810--60306842	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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