genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25213889--25214310	136	3.1	136	97	0	772	24	18	24	31	1.97
25223478--25223561	25	3.4	25	77	11	82	17	17	28	35	1.93
25226508--25226545	14	2.7	14	84	8	51	42	0	0	57	0.98
25232655--25232695	21	2.0	21	90	0	64	19	29	12	39	1.88
25232654--25232692	18	2.2	18	85	0	51	20	28	12	38	1.89
25234535--25234578	20	2.2	20	84	8	54	47	4	2	45	1.35
25242246--25242272	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
25249285--25249322	17	2.3	17	86	4	51	63	2	0	34	1.09
25249347--25249468	19	6.6	18	70	11	68	62	4	2	31	1.27
25261853--25261983	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
25269968--25270098	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
25272541--25272655	28	4.1	28	82	6	117	27	14	15	41	1.87
25279013--25279062	24	2.1	24	100	0	100	24	24	0	52	1.48
25281317--25281353	14	2.7	14	88	12	51	59	13	8	18	1.58
25286101--25286246	27	5.4	27	89	0	175	27	21	9	41	1.84
25286101--25286246	54	2.7	53	86	2	202	27	21	9	41	1.84
25286238--25286377	27	5.2	27	75	8	115	38	22	10	28	1.87
25286236--25286377	54	2.6	54	80	5	155	38	21	10	28	1.87
25286245--25286400	81	1.9	81	83	5	199	41	19	9	28	1.83
25286278--25286401	27	4.6	27	84	6	144	43	21	6	28	1.77
25286278--25286458	54	3.3	54	82	3	175	42	19	7	30	1.78
25286379--25286464	27	3.1	27	76	17	95	39	16	9	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25286505--25286578	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
25286518--25286582	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
25287392--25287461	25	2.8	25	93	0	113	27	24	22	25	2.00
25287391--25287474	25	3.4	24	83	8	98	29	21	22	26	1.99
25287392--25287486	50	1.9	50	80	8	113	28	23	23	25	1.99
25287609--25287699	41	2.2	42	96	2	166	27	12	20	39	1.88
25289696--25289841	27	5.4	27	87	0	184	27	21	8	41	1.83
25289833--25289971	27	5.2	26	71	8	91	36	20	12	30	1.89
25289840--25289995	81	1.9	81	83	5	199	40	18	10	30	1.85
25289873--25289996	27	4.6	27	81	2	124	41	20	8	29	1.81
25289893--25290074	54	3.3	54	76	7	170	40	17	9	32	1.82
25289898--25290059	27	5.9	27	74	12	98	40	17	9	32	1.82
25290100--25290173	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
25290113--25290177	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
25291032--25291123	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
25293117--25293262	27	5.4	27	81	6	170	27	21	8	41	1.83
25293117--25293262	54	2.7	54	82	4	197	27	21	8	41	1.83
25293254--25293417	27	6.1	26	74	13	111	40	21	9	28	1.84
25293233--25293418	54	3.5	53	72	8	153	39	20	8	30	1.83
25293429--25293480	27	1.9	28	88	7	81	42	13	9	34	1.77
25294408--25294502	25	3.8	25	87	0	136	25	22	24	28	1.99
25294408--25294515	25	4.4	25	75	15	100	27	20	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25294432--25294537	50	2.1	50	81	10	119	30	17	24	27	1.98
25294649--25294740	42	2.2	42	94	0	157	28	11	21	38	1.89
25298878--25298915	18	2.1	19	90	5	60	15	23	0	60	1.35
25300475--25300658	48	3.8	48	88	0	251	30	17	23	28	1.97
25303760--25304023	26	9.8	27	72	12	109	28	22	16	32	1.96
25306000--25306025	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
25310585--25310632	17	2.8	18	76	17	57	60	2	20	16	1.46
25311061--25311104	21	2.1	21	83	8	54	47	2	47	2	1.27
25311061--25311102	20	2.0	21	86	4	59	47	2	47	2	1.28
25311590--25311621	15	2.3	15	89	10	50	6	21	40	31	1.78
25327797--25328061	72	3.7	72	90	2	390	24	5	15	54	1.62
25331314--25331449	29	4.7	29	84	3	148	25	30	14	29	1.95
25331260--25331448	58	3.3	58	76	4	168	24	33	15	26	1.95
25332094--25332391	143	2.1	143	99	0	587	38	29	10	21	1.86
25335503--25335538	3	12.0	3	87	0	54	30	2	36	30	1.72
25338492--25338534	13	3.2	13	90	3	68	88	0	0	11	0.52
25338495--25338535	5	9.0	5	84	15	54	85	0	0	14	0.60
25343637--25343687	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
25343875--25343914	19	2.2	18	95	4	71	47	5	0	47	1.24
25348007--25348081	28	2.7	28	82	0	96	34	10	24	30	1.89
25348492--25348532	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
25352366--25352485	40	3.0	40	79	7	109	15	15	27	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25352505--25352731	110	2.1	107	84	4	285	25	17	25	31	1.97
25353413--25353660	128	1.9	129	91	0	408	36	19	16	27	1.93
25356263--25356720	175	2.6	174	83	5	496	23	22	20	33	1.97
25356447--25356665	44	5.0	44	64	14	123	23	23	20	32	1.97
25356269--25356720	87	5.2	87	80	8	436	23	21	20	33	1.97
25364637--25364676	21	1.9	21	85	10	55	15	30	12	42	1.83
25368285--25368532	128	1.9	129	90	0	390	36	18	16	27	1.93
25371519--25371575	30	1.9	30	85	7	80	19	35	33	12	1.89
25376557--25376588	16	1.9	17	93	6	57	18	6	0	75	1.01
25378226--25378271	6	7.5	6	87	4	65	19	2	2	76	1.00
25378226--25378271	19	2.5	19	89	3	67	19	2	2	76	1.00
25378233--25378281	25	2.0	25	83	0	62	20	4	2	73	1.10
25380025--25380083	30	2.0	30	90	6	93	18	37	32	11	1.87
25383059--25383100	13	2.9	14	80	13	50	45	2	0	52	1.13
25391760--25391874	41	2.8	41	81	5	126	40	20	21	17	1.92
25391809--25391966	41	3.9	41	86	3	194	31	21	24	22	1.98
25392303--25392346	7	6.3	7	82	10	54	15	0	38	45	1.47
25392321--25392405	14	5.9	14	68	20	59	22	3	30	43	1.70
25392266--25392372	21	5.0	21	68	15	67	18	0	34	45	1.56
25397179--25397664	241	2.0	240	96	0	891	34	17	14	33	1.90
25397844--25398010	9	17.6	9	76	10	145	47	20	0	31	1.55
25397855--25398011	48	3.3	47	79	3	170	46	21	0	31	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25397861--25397977	39	3.0	39	97	0	216	47	21	0	31	1.51
25397844--25398008	57	2.9	57	82	7	183	47	21	0	30	1.55
25397844--25397995	39	4.1	37	89	6	193	47	21	0	30	1.56
25403540--25403579	20	2.0	20	100	0	80	30	15	55	0	1.41
25403878--25404039	43	3.7	43	89	3	227	22	21	25	30	1.99
25405739--25405974	116	2.0	116	91	0	382	19	19	20	39	1.92
25418494--25418533	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
25419492--25419520	13	2.1	14	93	6	51	65	0	6	27	1.18
25423937--25423976	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
25424038--25424152	27	4.3	26	84	5	131	36	21	24	17	1.94
25424040--25424152	54	2.1	54	86	3	156	37	20	24	17	1.94
25425769--25425903	26	5.2	26	97	0	227	36	24	5	34	1.78
25429755--25429793	21	2.0	21	85	10	55	33	46	2	17	1.62
25429855--25429969	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
25429855--25429969	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
25431575--25431709	26	5.2	26	97	0	227	36	24	5	34	1.78
25432537--25432580	10	4.1	10	78	16	52	54	29	4	11	1.56
25432734--25432779	23	2.0	22	83	4	56	50	30	2	17	1.58
25433326--25433435	42	2.6	42	85	4	141	30	27	18	23	1.97
25433327--25433476	43	3.5	42	82	8	153	30	27	17	24	1.97
25440782--25440825	16	2.6	18	75	14	56	34	22	0	43	1.54
25440996--25441076	43	1.9	42	85	12	112	34	23	16	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25441006--25441149	44	3.4	42	79	9	105	33	22	17	27	1.96
25449679--25449709	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
25455952--25456094	42	3.3	43	82	6	157	26	17	23	32	1.97
25455947--25456075	44	3.0	43	86	4	170	24	16	25	34	1.95
25456284--25456322	19	2.0	20	85	14	55	46	0	15	38	1.46
25456465--25456501	18	2.1	18	94	0	65	51	13	5	29	1.63
25458119--25458147	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
25475467--25475510	23	1.9	23	81	9	54	31	27	9	31	1.88
25478726--25478780	21	2.6	22	81	13	62	38	18	1	41	1.61
25483071--25483112	21	2.0	22	81	13	52	47	28	7	16	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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