genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74084759--74084829	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
74084797--74084936	54	2.6	53	85	5	138	40	20	7	31	1.80
74084813--74084936	27	4.6	27	82	4	162	41	19	7	31	1.78
74084863--74084978	26	4.4	27	80	4	103	41	14	12	31	1.84
74085598--74085694	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
74091855--74092021	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
74091855--74092021	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
74092846--74092891	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
74099861--74100027	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
74099861--74100027	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
74100851--74100896	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
74108992--74109158	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
74108992--74109158	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
74109983--74110028	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
74111394--74111507	45	2.6	45	83	8	128	25	27	23	23	2.00
74111835--74111989	43	3.6	43	94	0	274	30	33	24	10	1.90
74111987--74112060	38	2.0	37	89	2	112	32	27	18	21	1.97
74115046--74115094	20	2.4	21	82	3	64	2	34	4	59	1.28
74115045--74115111	28	2.4	28	73	14	66	1	35	4	58	1.28
74116424--74116563	40	3.5	40	74	5	131	22	21	21	34	1.97
74116458--74116516	20	3.0	20	79	0	64	23	22	22	32	1.98
74116505--74116604	40	2.5	40	85	1	121	26	20	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74117248--74117652	27	14.9	27	74	12	298	26	14	19	39	1.90
74117248--74117652	54	7.5	54	77	11	344	26	14	19	39	1.90
74117248--74117546	132	2.3	133	86	5	419	28	14	17	39	1.89
74117725--74117755	7	4.4	7	95	0	53	25	16	25	32	1.96
74117989--74118042	18	3.0	18	86	5	74	22	18	12	46	1.83
74121943--74122051	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
74121943--74122051	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
74126311--74126357	6	7.8	6	88	9	69	17	19	12	51	1.77
74128932--74129172	27	9.0	27	85	5	294	41	22	17	18	1.90
74129109--74129438	160	2.1	160	78	6	355	30	14	18	36	1.91
74129188--74129481	133	2.2	135	81	6	346	28	13	18	39	1.88
74129160--74129500	27	12.8	27	78	5	295	26	13	19	40	1.89
74129163--74129476	160	2.0	160	84	5	411	28	13	17	40	1.88
74146833--74146984	43	3.5	42	78	8	121	24	19	25	30	1.98
74149006--74149066	32	1.9	32	96	0	113	32	31	16	19	1.94
74149033--74149167	46	2.9	47	78	13	179	28	29	20	20	1.98
74151599--74151638	15	2.7	15	88	0	62	60	10	17	12	1.59
74151561--74151638	38	2.1	38	85	4	104	60	11	16	11	1.59
74151600--74151647	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
74158006--74158083	37	2.1	37	85	0	102	39	29	12	17	1.87
74159208--74159247	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
74159213--74159255	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74164583--74164616	17	2.0	17	88	0	50	20	5	29	44	1.75
74167813--74168005	29	6.7	29	92	0	314	30	21	14	33	1.93
74167813--74168032	87	2.5	87	87	1	316	29	24	14	31	1.95
74167813--74168032	58	3.8	58	90	1	307	29	24	14	31	1.95
74168133--74168177	15	2.8	17	77	12	51	42	24	0	33	1.55
74175262--74175454	29	6.7	29	92	0	314	30	21	14	33	1.93
74175262--74175481	87	2.5	87	87	1	316	29	24	14	31	1.95
74175262--74175481	58	3.8	58	90	1	307	29	24	14	31	1.95
74178747--74178908	42	3.8	42	76	6	157	27	22	16	34	1.95
74180533--74180592	23	2.5	23	91	5	93	33	5	16	45	1.69
74186341--74186401	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
74189656--74189863	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
74189656--74189862	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
74197709--74197916	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
74197709--74197915	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
74200128--74200157	15	1.9	16	93	6	53	36	20	0	43	1.52
74202074--74202134	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
74203449--74203535	30	2.9	30	84	6	97	41	27	12	18	1.87
74203649--74203812	54	3.0	54	86	0	220	23	21	15	39	1.92
74217119--74217259	66	2.1	65	84	5	176	30	16	16	36	1.91
74218126--74218172	21	2.2	21	85	7	60	21	4	29	44	1.71
74218797--74218918	7	15.8	8	74	14	55	58	6	1	33	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74218824--74218918	7	13.1	7	79	9	66	57	6	2	33	1.35
74224685--74224756	35	2.1	35	82	10	85	38	0	2	58	1.13
74226039--74226255	47	4.7	44	75	11	138	22	29	20	28	1.98
74234086--74234270	40	4.7	40	83	6	216	25	27	22	24	2.00
74234086--74234270	79	2.3	80	78	8	198	25	27	22	24	2.00
74238556--74238706	40	3.8	40	75	13	132	27	23	27	21	1.99
74238555--74238738	40	4.6	39	74	6	129	27	23	27	22	1.99
74248931--74249060	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
74248947--74249098	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
74248947--74249096	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
74258161--74258303	39	3.6	40	90	2	193	20	22	27	30	1.98
74259263--74259317	16	3.5	15	87	9	74	36	7	27	29	1.84
74259302--74259390	44	2.0	44	84	8	117	30	8	28	32	1.88
74259488--74259663	63	2.9	61	86	7	207	53	2	2	41	1.28
74273195--74273276	30	2.7	29	73	3	74	41	24	14	19	1.89
74273394--74273532	53	2.7	53	85	5	185	23	24	15	36	1.93
74282525--74282630	27	3.9	27	78	8	108	31	24	11	33	1.91
74282671--74282910	81	3.0	82	78	4	229	25	21	15	37	1.93
74282671--74283011	27	12.8	28	74	11	186	26	20	15	36	1.93
74282936--74282985	26	1.9	26	87	0	73	32	20	12	36	1.89
74284913--74285105	29	6.7	29	93	0	323	33	13	21	31	1.93
74286961--74287003	14	3.1	14	86	3	61	39	11	13	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74287763--74287801	8	4.6	8	81	12	51	69	2	5	23	1.21
74293746--74293875	40	3.2	40	74	8	131	23	26	23	25	2.00
74293762--74293913	40	3.8	40	76	6	139	22	25	23	28	1.99
74293764--74293911	80	1.9	80	83	8	194	22	25	23	28	1.99
74296843--74297016	24	7.3	24	80	11	198	45	2	13	37	1.57
74296833--74297018	93	2.0	93	100	0	372	45	3	15	36	1.62
74296847--74297007	69	2.3	71	74	15	188	46	1	14	37	1.55
74297469--74297525	20	2.8	20	89	0	78	21	35	26	17	1.95
74302705--74302865	51	3.2	51	95	0	268	29	22	15	32	1.95
74318144--74318204	32	1.9	32	100	0	122	31	6	24	37	1.81
74319680--74319732	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
74326182--74326246	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
74327724--74327776	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
74331600--74331730	24	5.4	24	77	12	117	25	24	16	32	1.96
74331900--74331963	19	3.3	19	78	8	58	28	4	25	42	1.75
74333120--74333152	16	2.0	17	94	5	59	42	0	24	33	1.55
74336585--74336686	29	3.5	29	75	2	89	20	16	33	29	1.95
74344514--74344616	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
74347079--74347118	17	2.2	17	86	8	53	47	0	10	42	1.37
74354109--74354170	24	2.6	24	79	5	63	27	19	14	38	1.90
74354163--74354220	23	2.4	25	85	8	75	27	24	20	27	1.99
74354917--74354944	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74357549--74357614	18	3.7	18	74	11	64	34	16	25	22	1.95
74357956--74358018	27	2.3	27	91	0	99	22	20	17	39	1.92
74358010--74358136	27	4.7	26	80	5	137	38	14	12	34	1.84
74361970--74362202	27	8.7	27	81	2	245	25	23	15	35	1.94
74365573--74365614	19	2.2	19	91	0	66	54	2	11	30	1.49
74373034--74373095	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
74373078--74373163	27	3.2	26	77	6	75	29	5	20	44	1.75
74373142--74373458	54	5.9	54	88	1	422	40	9	22	28	1.84
74373143--74373458	80	3.9	81	87	2	404	40	9	21	28	1.84
74373142--74373458	27	11.8	27	84	1	377	40	9	22	28	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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