genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86117168--86117194	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
86117139--86117187	25	2.0	25	84	8	64	53	0	4	42	1.20
86117187--86117326	57	2.4	58	79	7	140	54	3	0	41	1.23
86117289--86117337	21	2.3	21	86	10	64	63	2	0	34	1.06
86119136--86119280	70	2.1	70	96	0	263	31	18	15	35	1.92
86122332--86122378	20	2.4	20	85	3	69	51	8	6	34	1.58
86127230--86127268	12	3.2	12	85	0	60	48	15	12	23	1.79
86127219--86127280	24	2.6	24	85	10	90	50	14	9	25	1.73
86129173--86129237	28	2.3	29	81	7	71	30	23	3	43	1.69
86133301--86133659	196	1.8	196	87	2	533	37	15	15	31	1.90
86136312--86136362	20	2.4	21	81	15	61	60	7	0	31	1.25
86141759--86141867	43	2.5	44	83	1	130	26	23	28	21	1.99
86145453--86145498	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
86146546--86146586	20	2.0	20	86	9	57	48	12	9	29	1.72
86147631--86147666	15	2.3	15	90	9	54	69	0	0	30	0.89
86161350--86161379	15	2.0	15	100	0	60	40	6	40	13	1.71
86161919--86161962	19	2.2	20	80	11	56	52	4	9	34	1.54
86163718--86164568	94	9.1	94	85	2	1048	27	20	19	32	1.96
86163824--86164359	50	11.3	49	64	23	175	28	20	19	31	1.97
86163771--86164568	282	2.8	282	93	1	1332	28	20	19	31	1.97
86165049--86165093	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
86167267--86167483	46	4.7	46	91	1	310	40	15	23	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86168168--86168435	94	2.9	94	82	2	297	30	21	17	30	1.96
86177076--86177192	3	39.0	3	69	14	64	60	3	4	31	1.32
86177115--86177179	19	3.4	19	76	19	64	56	3	6	33	1.39
86178661--86178715	25	2.2	25	77	6	58	32	1	7	58	1.36
86187644--86187702	27	2.2	27	81	3	66	45	0	1	52	1.10
86191838--86191870	6	5.5	6	96	0	57	15	18	0	66	1.25
86191838--86191876	18	2.2	18	86	4	53	12	20	0	66	1.24
86195131--86195195	32	2.0	32	96	0	121	27	9	23	40	1.85
86203277--86203319	3	14.3	3	100	0	86	34	0	0	65	0.93
86210325--86210380	14	4.0	14	78	0	67	35	17	17	28	1.93
86210669--86210740	37	1.9	37	85	0	99	34	19	23	22	1.96
86218377--86218401	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
86229198--86229232	18	1.9	18	100	0	70	42	5	17	34	1.73
86234992--86235035	20	2.3	19	84	11	54	45	0	2	52	1.13
86234994--86235067	30	2.5	31	79	14	84	40	0	4	55	1.19
86236407--86236457	23	2.2	24	82	13	70	39	27	0	33	1.57
86236414--86236461	23	2.0	24	96	4	89	45	20	0	33	1.52
86241896--86242061	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
86241896--86242066	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
86249393--86249558	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
86249393--86249563	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
86251925--86251982	27	2.1	27	84	6	73	48	5	20	25	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86253210--86253286	18	4.3	18	81	1	84	40	16	9	33	1.81
86253310--86253344	18	1.9	18	100	0	70	34	17	14	34	1.90
86253525--86253549	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
86253525--86253662	45	2.9	48	81	10	158	41	20	19	18	1.91
86253751--86253807	22	2.5	24	72	16	57	29	19	3	47	1.66
86254766--86254804	12	3.2	12	82	10	53	38	10	0	51	1.36
86255365--86255399	17	2.0	18	94	5	63	17	8	0	74	1.06
86255374--86255415	22	1.9	22	85	9	59	19	7	0	73	1.05
86255517--86255554	16	2.4	16	82	4	51	52	0	0	47	1.00
86261859--86261895	6	6.2	6	93	0	65	2	48	0	48	1.15
86264260--86264291	14	2.3	14	100	0	64	56	0	0	43	0.99
86266186--86266231	23	2.0	23	100	0	92	30	13	21	34	1.91
86268376--86268538	40	4.1	40	90	3	213	22	25	27	24	2.00
86270288--86270386	28	3.5	28	92	0	144	25	34	16	24	1.95
86270584--86270615	16	2.0	16	93	0	55	6	15	25	53	1.65
86271960--86272242	69	4.0	71	78	4	306	22	21	25	30	1.99
86271970--86272242	140	2.0	140	84	0	366	22	21	25	30	1.99
86273956--86274036	24	3.4	24	88	5	110	37	25	16	20	1.93
86274061--86274110	24	2.1	24	92	0	82	32	28	12	28	1.92
86274066--86274441	94	4.0	94	96	0	671	39	19	10	30	1.85
86281889--86281950	24	2.6	24	87	7	83	33	29	16	20	1.94
86281980--86282355	94	4.0	94	97	0	707	39	19	10	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86286994--86287113	47	2.6	47	86	0	150	34	29	14	22	1.93
86289166--86289223	26	2.2	25	85	11	73	18	1	12	67	1.31
86289729--86289768	19	2.1	19	90	0	62	32	12	0	55	1.38
86291471--86291593	46	2.7	45	84	5	149	28	21	30	20	1.98
86291559--86291736	48	3.8	48	76	13	163	24	19	29	26	1.98
86294383--86294414	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
86297874--86297984	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
86297988--86298169	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
86300862--86300971	40	2.8	40	78	8	107	24	27	21	26	1.99
86301637--86301902	40	6.7	40	94	0	426	25	28	21	24	1.99
86304459--86304569	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
86304573--86304754	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
86311175--86311238	32	2.0	32	96	0	119	32	15	26	25	1.95
86315454--86315492	12	3.3	12	85	3	53	82	0	10	7	0.86
86316602--86316772	35	4.9	35	80	0	171	21	12	28	38	1.89
86319643--86319674	9	3.7	9	95	4	57	43	12	31	12	1.80
86330537--86330602	34	2.0	33	84	3	87	25	7	21	45	1.78
86336057--86336164	40	2.7	40	85	8	148	22	17	27	32	1.96
86342125--86342179	25	2.2	26	93	3	94	52	9	3	34	1.50
86342642--86342682	15	2.7	15	85	11	57	75	0	0	24	0.80
86342640--86342682	7	5.9	7	81	10	50	72	0	0	27	0.85
86346118--86346188	32	2.2	32	82	0	79	18	32	29	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86346191--86346242	24	2.2	24	89	0	77	34	32	15	17	1.91
86354143--86354189	23	2.0	23	83	0	58	53	2	2	42	1.25
86354677--86354718	22	1.9	22	90	0	66	64	7	7	21	1.43
86354676--86354725	22	2.2	22	82	3	64	58	10	10	22	1.60
86360249--86360297	19	2.5	19	78	15	55	30	8	4	57	1.47
86363786--86364037	131	1.9	132	80	4	294	34	16	20	28	1.94
86366720--86367828	44	25.2	45	87	2	1316	25	30	14	29	1.95
86368582--86369051	45	10.6	45	64	9	169	26	24	18	30	1.98
86368030--86369208	132	9.0	132	86	3	1399	26	24	18	29	1.98
86373005--86373050	23	2.0	24	95	4	85	41	15	21	21	1.90
86373005--86373048	14	3.5	14	71	28	53	43	15	20	20	1.88
86373019--86373056	19	2.0	19	94	0	67	42	13	21	23	1.88
86374592--86374953	131	2.8	131	78	3	318	33	17	19	28	1.95
86376604--86376714	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
86383859--86383969	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
86385221--86385245	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
86389363--86389407	22	2.0	22	87	8	65	35	33	0	31	1.58
86389620--86389695	37	2.0	38	94	2	136	51	0	14	34	1.43
86393842--86393866	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
86394134--86394172	10	3.8	10	83	6	51	41	0	0	58	0.98
86394358--86394403	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
86398038--86398086	18	2.6	19	81	15	57	6	20	2	71	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86401966--86401996	5	6.2	5	100	0	62	61	0	0	38	0.96
86403343--86403419	40	1.9	40	81	5	93	33	32	18	15	1.92
86404222--86404280	29	2.0	29	93	0	100	33	27	15	23	1.95
86405990--86406039	18	2.8	18	79	11	57	58	2	6	34	1.34
86406027--86406079	19	2.9	18	81	10	63	60	9	0	30	1.28
86406036--86406080	19	2.5	19	89	7	67	57	13	0	28	1.36
86406101--86406152	18	3.1	17	78	10	54	63	0	3	32	1.12
86406101--86406150	21	2.4	21	79	0	64	64	0	4	32	1.12
86406214--86406277	23	2.7	22	79	11	56	60	6	4	28	1.41
86406272--86406310	9	4.1	9	86	6	51	56	7	0	35	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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