genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  227  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68103948--68103982	16	2.2	16	90	10	54	11	22	17	48	1.79
68109312--68109833	47	11.1	47	91	0	794	34	11	28	26	1.91
68109390--68109461	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
68109621--68109743	22	5.3	22	66	24	74	31	12	30	26	1.92
68109807--68109925	46	2.6	46	94	0	211	34	10	31	24	1.88
68111569--68111679	28	4.0	28	85	3	143	26	30	15	27	1.96
68111575--68111681	56	1.9	56	88	3	162	25	31	14	28	1.95
68114906--68115013	39	2.8	40	81	4	130	24	25	24	26	2.00
68122754--68122863	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
68129200--68129329	60	2.2	59	82	8	147	25	25	20	28	1.99
68129322--68129367	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
68131731--68131767	19	2.0	19	89	5	58	21	2	10	64	1.37
68131887--68131961	37	2.0	37	100	0	150	54	10	5	29	1.57
68142979--68143094	27	4.3	26	82	5	115	39	20	22	17	1.92
68142979--68143094	54	2.2	53	82	4	135	39	20	22	17	1.92
68144492--68144592	24	4.2	24	94	0	175	22	41	2	32	1.69
68145972--68146169	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
68146038--68146155	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
68146006--68146169	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
68153521--68153718	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
68153587--68153704	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
68153555--68153718	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68156532--68156697	40	4.2	38	79	11	165	26	22	27	23	2.00
68156532--68156681	78	1.9	79	84	5	205	26	23	27	22	2.00
68164549--68164715	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
68166734--68166903	46	3.7	46	78	12	197	22	20	28	28	1.99
68179088--68179238	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
68179125--68179254	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
68182570--68182742	46	3.7	46	80	10	217	21	21	27	28	1.99
68182567--68182737	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
68191822--68191933	28	4.0	27	75	11	100	26	33	14	25	1.94
68191828--68191935	57	1.9	57	83	9	141	26	34	12	25	1.93
68193411--68193446	16	2.2	17	90	5	56	16	5	25	52	1.65
68203369--68203634	40	6.7	40	87	5	301	25	25	21	27	1.99
68203369--68203634	80	3.3	80	85	6	335	25	25	21	27	1.99
68203369--68203634	120	2.2	120	82	7	360	25	25	21	27	1.99
68205622--68205806	40	4.7	40	79	4	176	25	27	21	25	2.00
68205666--68205842	79	2.2	80	84	4	232	23	26	22	27	1.99
68207812--68207839	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
68210799--68210983	40	4.6	39	83	4	208	28	22	24	23	1.99
68210798--68211004	80	2.6	80	83	4	238	27	22	25	25	2.00
68210797--68211004	40	5.2	40	83	4	204	27	22	25	25	2.00
68212844--68212946	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
68219827--68219929	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68222113--68222221	43	2.5	43	90	3	173	26	27	22	23	1.99
68236114--68236223	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
68238439--68238463	10	2.5	10	100	0	50	60	20	0	20	1.37
68239118--68239233	43	2.7	42	77	5	126	31	25	18	24	1.97
68244790--68244878	33	2.7	33	91	0	142	28	29	22	20	1.98
68249581--68249795	39	5.5	39	87	2	272	26	26	24	22	2.00
68256674--68256849	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
68256671--68256842	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
68264249--68264378	46	2.8	48	79	14	164	22	20	27	30	1.98
68264344--68264413	35	2.0	35	91	0	113	18	22	27	31	1.97
68265910--68266126	39	5.5	39	90	2	294	28	29	23	18	1.98
68265893--68266121	116	2.0	117	85	4	311	27	30	23	17	1.97
68274221--68274293	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
68298413--68298508	33	2.9	33	89	3	140	27	26	23	22	2.00
68302985--68303022	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
68303251--68303418	92	1.8	90	91	2	273	29	27	20	22	1.98
68303246--68303420	46	3.8	46	77	7	196	29	27	20	22	1.98
68303845--68303908	27	2.4	27	84	2	76	26	25	10	37	1.89
68304820--68304862	17	2.5	17	100	0	86	34	30	9	25	1.87
68308654--68308782	40	3.2	40	83	6	154	24	22	27	25	2.00
68310879--68310904	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
68311608--68311822	40	5.5	39	86	7	278	24	23	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68311604--68311822	79	2.8	79	84	6	288	25	23	27	23	2.00
68317146--68317183	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
68317412--68317582	93	1.8	93	91	0	279	29	27	20	22	1.98
68317407--68317576	46	3.7	46	73	13	159	30	27	19	22	1.98
68321734--68321786	23	2.3	23	80	0	61	33	16	20	28	1.95
68328114--68328301	40	4.7	40	83	1	198	23	28	22	25	2.00
68328094--68328301	80	2.6	78	81	6	229	25	27	22	25	2.00
68336249--68336398	40	3.8	40	87	0	201	22	28	23	26	1.99
68336233--68336425	40	4.8	40	81	3	183	24	27	22	24	2.00
68336233--68336436	80	2.5	79	80	3	228	24	28	23	24	2.00
68340148--68340208	31	2.0	31	86	0	86	26	27	14	31	1.95
68340402--68340570	24	7.0	24	89	4	252	27	20	21	30	1.98
68340619--68340665	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
68340700--68340748	25	2.0	25	91	0	80	26	18	24	30	1.98
68348597--68348756	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
68350477--68350530	25	2.2	25	100	0	108	22	38	22	16	1.93
68357234--68357266	16	2.1	16	94	0	57	51	15	24	9	1.72
68357894--68358030	60	2.3	60	84	6	170	29	19	24	26	1.99
68362899--68362951	28	1.9	27	88	3	79	24	16	26	32	1.97
68366962--68367150	50	3.8	49	82	2	225	29	26	17	25	1.97
68367384--68367437	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
68372796--68372985	49	3.8	49	80	2	191	28	25	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68372810--68372993	101	1.8	99	83	2	242	28	26	17	27	1.98
68373218--68373271	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
68375303--68375340	20	1.9	20	84	10	51	15	13	21	50	1.78
68377866--68377924	19	3.0	20	80	19	70	71	0	22	6	1.09
68377895--68377991	15	6.7	15	71	15	62	71	2	21	5	1.16
68377889--68377992	6	16.0	6	67	21	50	72	1	21	4	1.13
68377901--68377996	45	2.1	44	79	9	104	69	2	21	6	1.21
68387619--68387703	43	2.0	43	84	9	111	27	29	17	25	1.98
68390831--68390916	27	3.2	26	83	8	102	18	24	22	34	1.96
68393606--68393636	14	2.2	14	100	0	62	6	25	25	41	1.79
68394460--68394520	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
68396188--68396322	70	1.9	70	90	0	216	31	13	19	36	1.90
68399218--68399384	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
68399218--68399384	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
68400210--68400255	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
68407219--68407381	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
68413872--68414035	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
68416234--68416444	97	2.2	96	92	1	343	13	17	16	52	1.75
68416391--68416459	15	4.6	15	79	0	75	10	17	13	59	1.60
68421694--68421874	40	4.5	40	82	7	206	25	23	25	24	2.00
68421697--68421874	80	2.2	81	84	3	234	25	23	26	24	2.00
68421817--68421900	40	2.1	40	84	4	107	27	27	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68421730--68421914	80	2.3	80	78	4	185	28	23	24	23	1.99
68424270--68424391	39	3.1	39	97	0	226	41	4	24	28	1.75
68425324--68425366	15	2.9	15	85	0	59	13	18	9	58	1.62
68425263--68425474	97	2.2	97	93	0	363	13	16	16	52	1.74
68425421--68425500	15	5.4	15	77	7	83	8	16	13	61	1.56
68427893--68428068	46	3.8	45	75	14	171	22	19	27	30	1.98
68427889--68428060	93	1.8	93	88	2	265	23	19	27	29	1.98
68430911--68430944	16	2.1	16	94	0	59	26	26	20	26	1.99
68438674--68438703	15	2.0	15	100	0	60	40	13	20	26	1.89
68443000--68443086	43	2.0	43	82	12	108	24	19	29	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328