genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63327037--63327211	54	3.3	53	82	2	190	40	21	7	31	1.81
63327043--63327210	27	6.3	27	75	5	135	41	20	7	30	1.80
63327189--63327926	27	27.3	27	78	6	490	32	22	8	36	1.84
63327419--63327490	28	2.6	27	82	8	92	41	22	6	29	1.79
63327743--63327815	28	2.6	28	84	2	103	42	20	8	28	1.81
63327117--63327930	324	2.5	325	91	1	972	33	21	8	36	1.84
63327117--63328048	324	2.9	324	85	4	875	34	21	9	34	1.85
63327935--63328326	27	14.5	27	85	3	457	36	19	18	25	1.95
63328590--63328641	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
63328576--63328724	67	2.2	67	100	0	298	18	29	22	30	1.97
63328657--63328708	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
63328826--63328947	6	19.8	6	74	14	106	18	18	13	49	1.80
63328829--63328893	25	2.6	25	92	0	103	16	20	15	47	1.82
63328826--63328936	31	3.6	31	74	13	111	18	18	14	48	1.81
63328854--63328942	37	2.4	37	88	0	133	16	19	15	48	1.82
63328826--63328947	19	6.6	18	73	15	106	18	18	13	49	1.80
63328914--63328956	12	3.6	12	81	12	52	20	13	13	51	1.76
63328911--63328972	24	2.6	24	84	0	70	22	12	12	51	1.74
63331427--63331507	26	3.1	26	89	0	117	38	23	18	19	1.93
63332436--63332518	31	2.7	31	94	3	143	27	25	16	30	1.97
63332738--63332807	25	2.8	25	93	0	113	25	21	24	28	1.99
63333734--63333841	27	3.9	27	78	13	103	31	9	18	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63333731--63333900	54	3.1	54	81	5	157	32	10	18	39	1.84
63333783--63333953	27	6.3	27	75	11	129	28	8	20	42	1.82
63333796--63333953	54	2.9	54	81	7	153	27	8	20	42	1.82
63333952--63334044	27	3.4	27	78	1	105	40	7	21	30	1.81
63333932--63334066	54	2.5	53	74	9	128	36	8	20	34	1.84
63335081--63335154	26	2.8	26	91	2	112	28	13	22	35	1.92
63340651--63340899	50	5.0	50	83	3	277	29	11	18	40	1.86
63345927--63346184	129	2.0	129	96	0	471	32	15	19	32	1.93
63346273--63346309	17	2.2	17	100	0	74	29	8	27	35	1.85
63348513--63348778	50	5.3	50	79	5	259	29	11	18	39	1.86
63350399--63350500	43	2.4	43	85	3	125	29	13	21	35	1.92
63352908--63352933	7	3.7	7	100	0	52	46	15	11	26	1.80
63365275--63365319	22	2.0	22	91	8	74	17	26	33	22	1.96
63366347--63366509	45	3.6	45	92	0	254	26	28	23	21	1.99
63373416--63373575	85	1.9	83	87	7	234	26	27	22	23	1.99
63373416--63373609	45	4.5	44	83	10	224	26	28	22	22	1.99
63377953--63378003	22	2.3	23	83	10	61	27	21	17	33	1.96
63377903--63378003	24	4.3	22	74	18	64	31	17	21	28	1.96
63378736--63378821	43	2.0	43	93	0	145	40	23	10	25	1.86
63390133--63390272	40	3.5	41	92	4	225	26	26	23	23	2.00
63391852--63391980	40	3.2	40	77	10	131	23	27	24	24	2.00
63399841--63400007	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63399857--63400005	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
63402996--63403093	28	3.5	28	84	5	101	29	14	26	29	1.95
63403025--63403093	26	2.6	27	88	4	95	30	14	26	28	1.95
63410937--63411037	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
63416517--63416571	26	2.1	26	89	0	83	36	21	18	23	1.95
63416523--63416624	26	3.9	26	76	1	87	39	18	20	21	1.93
63417150--63417176	8	3.4	8	100	0	54	0	22	22	55	1.44
63420140--63420187	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
63420235--63420290	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
63420224--63420290	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
63420339--63420506	47	3.6	48	87	4	254	30	20	19	29	1.97
63420340--63420527	23	8.0	24	81	6	224	29	20	20	28	1.98
63425165--63425222	21	2.8	20	79	7	53	20	8	18	51	1.72
63433661--63433927	27	9.9	27	90	0	419	28	22	8	40	1.83
63433661--63434025	54	6.6	54	84	8	453	29	21	8	40	1.83
63433661--63434025	81	4.4	81	82	8	462	29	21	8	40	1.83
63433890--63433965	38	2.0	38	94	5	136	27	15	13	43	1.84
63433836--63434016	92	2.0	92	91	0	290	28	20	8	41	1.83
63433809--63434025	119	1.8	119	91	0	362	29	20	8	40	1.83
63433928--63434026	27	3.7	27	87	2	128	30	20	8	41	1.81
63433784--63434067	146	1.9	146	83	1	363	31	20	8	39	1.82
63434018--63434251	27	8.7	27	77	4	177	40	20	9	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63434018--63434195	54	3.3	54	83	0	203	41	19	8	30	1.82
63434018--63434170	81	1.9	81	86	2	218	41	21	7	28	1.81
63434018--63434253	54	4.4	54	77	3	199	40	20	9	30	1.84
63434214--63434455	27	9.0	27	86	1	310	35	19	20	24	1.96
63434658--63434727	25	2.8	25	88	0	95	28	24	21	25	1.99
63443913--63443961	23	2.2	22	85	3	62	26	53	2	18	1.56
63451105--63451249	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
63460073--63460153	37	2.2	37	90	0	126	24	33	22	19	1.97
63460312--63460437	48	2.6	48	89	0	189	30	25	7	36	1.84
63464246--63464507	40	6.6	40	84	0	301	25	29	23	22	1.99
63464246--63464507	80	3.3	80	86	1	348	25	29	23	22	1.99
63464253--63464507	120	2.1	119	85	2	339	25	28	23	22	1.99
63466706--63466873	40	4.2	40	83	3	196	26	27	21	23	1.99
63466706--63466873	80	2.1	80	86	2	230	26	27	21	23	1.99
63466830--63467055	124	1.8	125	85	0	319	32	24	11	31	1.90
63469384--63469486	29	3.6	28	81	7	118	30	15	26	28	1.96
63472729--63472936	40	5.2	40	82	2	220	25	26	22	25	2.00
63476440--63476520	37	2.2	37	93	0	135	24	32	22	20	1.98
63476677--63476802	48	2.6	48	89	0	189	30	25	7	36	1.84
63480066--63480210	40	3.6	40	86	6	195	25	24	26	23	2.00
63481840--63481990	43	3.5	43	88	0	212	31	22	16	29	1.96
63487258--63487360	28	3.7	28	86	0	134	25	13	33	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63489857--63489994	40	3.4	40	87	5	188	25	25	26	22	2.00
63495769--63495826	29	2.0	29	96	0	107	39	10	5	44	1.61
63498740--63498819	26	3.1	26	85	1	117	20	23	23	32	1.98
63501763--63501984	29	7.7	29	88	2	329	29	24	14	31	1.95
63501763--63502011	87	2.9	87	92	1	365	28	26	14	29	1.95
63501764--63502011	29	8.6	29	86	2	230	28	27	14	29	1.96
63508582--63508747	39	4.2	40	83	7	198	26	27	22	23	1.99
63508582--63508747	79	2.1	79	85	6	221	26	27	22	23	1.99
63518470--63518620	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
63518471--63518620	80	1.9	80	84	5	205	26	24	27	21	1.99
63518949--63520046	549	2.0	549	99	0	2178	30	13	23	32	1.93
63521331--63521516	40	4.7	40	88	5	243	26	27	20	24	1.99
63524666--63524844	40	4.5	40	89	3	265	26	25	22	24	2.00
63524666--63524844	79	2.3	80	88	3	265	26	25	22	24	2.00
63527106--63527140	16	2.2	16	89	0	52	51	14	20	14	1.76
63527373--63527429	29	2.0	28	93	3	96	26	14	31	28	1.94
63529565--63530066	40	12.6	40	95	0	833	25	26	21	26	2.00
63532345--63532433	46	2.0	45	88	2	133	28	29	7	34	1.85
63532407--63532669	47	5.6	47	96	0	454	26	31	12	30	1.92
63532438--63532724	141	2.1	138	83	7	348	29	28	10	30	1.91
63534880--63534934	20	2.8	20	75	25	55	30	18	40	10	1.85
63535476--63535501	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63538278--63538312	16	2.2	16	89	0	52	51	20	20	8	1.73
63538529--63538619	28	3.2	29	82	11	109	24	14	32	28	1.94
63545561--63545701	46	3.0	47	80	8	160	34	15	24	24	1.95
63545845--63545870	12	2.2	12	100	0	52	42	0	42	15	1.47
63558758--63558803	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
63568071--63568114	22	2.0	22	90	0	70	34	31	4	29	1.78
63569921--63570096	46	3.8	46	77	14	182	22	21	27	29	1.99
63569917--63570087	93	1.8	93	93	2	299	22	21	28	28	1.99
63574035--63574181	43	3.4	43	80	3	163	33	23	14	29	1.94
63575773--63575797	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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