genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30325542--30325593	24	2.2	24	85	0	68	40	1	5	51	1.37
30336799--30336868	31	2.3	31	82	5	79	52	4	12	30	1.58
30336818--30336882	31	2.1	31	97	0	121	53	4	7	33	1.50
30340695--30340758	26	2.5	26	87	7	87	35	4	1	57	1.29
30340944--30341008	17	3.9	16	78	11	69	27	7	0	64	1.20
30341218--30341261	20	2.1	21	83	4	54	25	2	18	54	1.55
30342269--30342384	20	5.7	21	71	18	77	37	2	4	55	1.34
30342268--30342306	19	2.1	19	85	0	51	41	0	2	56	1.13
30345337--30345376	13	3.1	13	85	0	62	20	35	27	17	1.95
30359015--30359049	18	1.9	18	94	0	61	45	11	14	28	1.79
30366211--30366360	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
30366235--30366418	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
30367503--30367531	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
30370660--30370809	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
30370684--30370867	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
30376715--30376884	86	2.0	86	96	0	313	48	16	4	30	1.67
30381269--30381353	43	2.0	43	100	0	170	37	18	9	34	1.83
30382674--30382785	57	2.0	57	96	0	206	37	28	9	24	1.87
30387130--30387234	36	2.9	36	88	0	165	35	20	15	29	1.93
30395859--30395884	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
30409583--30409662	20	4.1	19	81	9	83	37	10	18	33	1.84
30409591--30409677	40	2.2	40	89	4	131	37	12	19	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30409607--30409677	20	3.5	20	86	0	97	39	14	18	28	1.89
30409726--30409798	26	2.9	25	93	4	128	26	27	21	24	2.00
30409850--30409930	39	2.1	39	81	9	94	17	13	37	32	1.89
30413155--30413188	14	2.4	14	95	0	59	50	23	5	20	1.70
30426121--30426459	166	2.0	167	97	0	635	33	21	6	38	1.80
30427124--30427190	23	2.9	23	80	6	73	29	11	13	44	1.79
30429868--30429921	21	2.6	22	94	5	87	9	0	33	57	1.31
30429888--30430020	28	4.5	28	70	17	97	18	0	31	48	1.54
30430009--30430063	22	2.6	21	85	8	67	18	1	27	52	1.55
30430577--30430662	40	2.2	40	86	0	127	37	18	22	22	1.94
30432657--30432703	23	2.1	23	88	4	69	21	12	12	53	1.72
30433587--30433629	18	2.4	18	96	0	77	51	4	16	27	1.64
30433781--30433865	21	4.4	20	66	22	65	45	16	0	37	1.47
30433774--30433932	9	17.4	9	75	13	112	46	18	0	34	1.50
30433774--30433932	56	2.8	56	90	4	237	46	18	0	34	1.50
30433801--30433932	65	2.1	61	86	8	176	46	20	0	32	1.51
30438513--30438600	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
30438513--30438591	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
30438524--30438600	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
30443536--30443623	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
30443536--30443614	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
30443547--30443623	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30453912--30453961	26	1.9	26	83	0	64	40	22	2	36	1.65
30453892--30453961	13	5.3	13	68	1	50	35	24	4	35	1.75
30454049--30454271	46	4.8	46	88	1	295	22	22	14	40	1.90
30454649--30454697	23	2.1	23	84	3	62	34	26	22	16	1.95
30454662--30454777	23	5.0	23	69	14	76	31	23	28	17	1.97
30456601--30456639	17	2.2	19	90	9	64	0	23	0	76	0.78
30456857--30456905	21	2.5	18	73	20	53	48	4	0	46	1.20
30458408--30458436	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
30458873--30458922	21	2.4	21	86	0	64	36	16	44	4	1.66
30459260--30459503	43	5.8	43	73	8	187	30	16	21	31	1.95
30459803--30459919	56	2.1	56	98	0	225	51	21	5	21	1.69
30462062--30462093	17	2.0	17	88	11	50	50	3	9	37	1.51
30463495--30463552	28	2.1	27	84	9	73	24	3	1	70	1.12
30463495--30463544	22	2.2	23	85	7	66	26	4	2	68	1.18
30467214--30467247	14	2.3	15	90	5	52	17	5	5	70	1.28
30468001--30468095	49	1.9	49	86	0	136	51	12	12	23	1.74
30469643--30469669	11	2.5	11	100	0	54	22	18	14	44	1.86
30472480--30472529	15	3.3	15	80	0	64	54	14	32	0	1.40
30472480--30472613	30	4.4	30	79	10	146	55	13	29	0	1.43
30472495--30472610	15	7.5	15	73	9	90	57	13	27	0	1.42
30472495--30472632	63	2.2	63	84	2	179	57	11	30	0	1.39
30474588--30474643	27	2.2	25	78	12	62	55	0	1	42	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30476377--30476428	27	2.0	25	81	7	59	30	7	1	59	1.36
30476940--30476967	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
30484986--30485046	29	2.1	30	96	3	115	36	13	16	34	1.87
30486437--30486480	21	2.1	21	91	8	72	72	2	0	25	0.96
30486437--30486491	20	2.8	20	86	5	67	70	1	0	27	0.97
30489789--30489860	31	2.3	31	80	0	81	25	11	18	45	1.81
30501061--30501112	27	1.9	27	100	0	104	13	28	11	46	1.78
30501063--30501122	27	2.2	27	90	0	93	13	28	8	50	1.70
30506590--30506618	14	2.0	15	93	6	51	44	6	27	20	1.77
30511193--30511252	30	2.0	30	100	0	120	33	23	6	36	1.81
30512267--30512321	22	2.4	24	82	11	71	36	0	0	63	0.95
30519345--30519399	28	2.0	28	82	7	67	60	16	1	21	1.45
30519979--30520238	45	5.8	45	81	2	245	40	17	19	23	1.91
30520163--30520282	45	2.7	45	81	0	132	43	17	20	19	1.88
30520111--30520280	90	1.9	89	80	7	200	44	16	18	20	1.87
30523445--30523491	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
30526027--30526074	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
30527585--30528017	145	3.1	139	81	8	462	49	10	14	25	1.74
30532960--30533009	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
30537730--30538032	47	6.5	48	74	13	249	27	20	29	22	1.98
30546513--30546592	40	2.0	40	87	0	115	45	22	18	13	1.85
30546670--30546718	25	1.9	26	87	4	73	75	2	8	14	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30551427--30551553	48	2.6	49	78	7	134	29	15	23	30	1.96
30560220--30560282	5	12.2	5	86	9	83	80	0	1	17	0.78
30560220--30560280	6	10.5	6	81	15	67	81	0	1	16	0.76
30569349--30569466	59	2.0	59	100	0	236	27	27	23	22	1.99
30570620--30570765	43	3.4	43	79	7	163	33	25	14	26	1.94
30591251--30591404	43	3.6	42	79	3	173	33	24	16	26	1.96
30594902--30594945	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
30595764--30595793	14	2.1	14	93	0	51	0	0	13	86	0.57
30595984--30596049	33	2.0	33	85	5	89	42	7	18	31	1.78
30596237--30596484	124	2.0	125	86	1	345	37	9	11	41	1.74
30597139--30597165	13	2.1	13	100	0	54	48	22	14	14	1.81
30597416--30597457	21	2.0	21	100	0	84	42	0	4	52	1.22
30598783--30598870	44	2.0	44	95	0	158	35	11	18	35	1.86
30601852--30602012	33	4.9	33	72	8	112	20	20	14	44	1.86
30601870--30602008	66	2.1	66	80	7	158	20	19	13	46	1.84
30604589--30604627	10	3.9	10	93	0	69	17	12	0	69	1.19
30608211--30608267	30	1.9	28	83	16	71	52	0	5	42	1.24
30614546--30614626	33	2.5	32	80	9	92	28	13	41	16	1.86
30616683--30616713	15	2.1	15	100	0	62	54	6	0	38	1.26
30616754--30617188	115	3.8	115	87	5	584	51	14	0	32	1.49
30616754--30617188	229	1.9	227	87	4	635	51	14	0	32	1.49
30616754--30617188	114	3.8	115	88	5	602	51	14	0	32	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30617386--30617420	3	11.3	3	87	6	52	0	37	0	62	0.95
30617388--30617419	16	2.0	16	93	0	55	0	40	0	59	0.97
30617386--30617424	19	2.1	18	90	4	60	0	38	0	61	0.96
30623939--30623972	18	1.9	17	94	5	59	47	5	2	44	1.42
30624682--30624715	9	3.7	9	88	4	50	8	2	0	88	0.62
30624844--30624937	20	4.7	20	71	19	70	63	3	1	31	1.17
30624844--30624892	19	2.4	21	86	6	66	63	4	0	32	1.13
30625110--30625161	27	1.9	27	92	0	86	25	23	13	38	1.91
30628500--30628534	16	2.2	16	100	0	70	60	0	5	34	1.21
30631894--30631978	35	2.4	35	100	0	170	48	14	12	24	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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