genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5188894--5188924	15	2.1	15	93	0	53	45	0	3	51	1.17
5189826--5189879	27	2.0	27	81	0	63	18	24	27	29	1.98
5190179--5190311	60	2.2	62	89	4	200	56	11	0	32	1.35
5191858--5191885	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
5193831--5193855	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
5193874--5193918	22	2.0	23	83	12	58	60	4	6	28	1.42
5194084--5194189	3	36.7	3	66	14	53	61	2	4	31	1.31
5194147--5194189	15	2.9	15	89	3	61	67	2	2	27	1.15
5197658--5197863	88	2.3	85	86	7	270	22	19	21	35	1.96
5197708--5197854	44	3.3	44	70	11	147	23	19	21	35	1.96
5197697--5197863	88	1.9	88	94	0	298	23	20	20	34	1.96
5198457--5198498	19	2.3	18	80	12	50	57	0	0	42	0.99
5198465--5198516	18	2.8	18	80	16	54	57	0	1	40	1.10
5198699--5198762	31	2.1	31	85	5	85	45	14	3	37	1.60
5198819--5198888	29	2.3	31	82	7	90	24	14	7	54	1.65
5199603--5199646	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
5199670--5199705	15	2.3	16	85	9	56	61	0	0	38	0.96
5199724--5199793	15	4.6	15	72	17	56	50	0	0	50	1.00
5199740--5199776	19	1.9	19	88	0	56	48	0	0	51	1.00
5205410--5205457	22	2.2	21	85	14	62	64	4	2	29	1.23
5213807--5213840	18	1.9	18	94	5	61	55	0	5	38	1.24
5228562--5228594	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5232180--5232241	21	3.0	21	90	4	99	0	51	20	27	1.48
5232653--5232681	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
5237892--5238081	9	20.6	9	72	11	107	37	1	13	47	1.52
5237892--5238054	71	2.3	69	84	4	202	38	1	12	47	1.50
5237868--5238081	114	1.9	114	84	5	290	38	1	13	47	1.51
5237928--5238112	87	2.1	87	84	7	234	38	2	12	47	1.54
5238186--5238241	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
5239199--5239227	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
5239684--5239713	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
5241422--5241451	16	1.9	16	93	6	53	43	26	10	20	1.83
5243433--5243467	17	2.2	17	90	10	56	71	5	0	22	1.07
5243580--5243628	16	2.9	16	79	11	53	46	6	8	38	1.58
5243786--5243922	73	1.9	72	83	1	175	40	32	2	24	1.68
5244154--5244219	18	3.8	18	80	8	73	46	27	3	22	1.66
5244895--5244993	41	2.5	40	78	9	103	25	21	19	34	1.96
5245055--5245164	41	2.7	40	78	10	116	28	25	20	25	1.99
5244938--5245284	154	2.3	155	86	1	464	28	24	19	28	1.98
5252214--5252278	20	3.2	21	68	24	66	43	16	15	24	1.87
5252201--5252280	40	2.0	40	100	0	160	45	15	17	22	1.85
5253082--5253135	20	2.7	19	77	8	54	33	0	1	64	1.04
5253002--5253119	60	2.0	59	86	5	166	44	0	0	55	0.99
5262763--5262792	6	5.0	6	100	0	60	66	16	16	0	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5265725--5265763	19	2.1	19	100	0	78	25	25	10	38	1.87
5267098--5267131	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
5270580--5270625	23	2.0	23	88	12	69	47	10	4	36	1.58
5270586--5270638	23	2.2	24	83	9	65	43	15	5	35	1.70
5275450--5275478	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
5276377--5276613	130	1.8	130	83	9	299	29	17	17	35	1.93
5277546--5277704	43	3.7	43	77	10	173	30	26	18	24	1.98
5278943--5279071	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
5283759--5283932	92	1.9	92	89	0	267	43	18	9	28	1.80
5295453--5295483	16	1.9	16	93	0	53	9	41	3	45	1.53
5308355--5308413	30	2.0	30	100	0	118	44	6	22	27	1.78
5314830--5314863	6	5.7	6	85	0	50	64	11	0	23	1.26
5317054--5317366	103	3.0	103	98	0	599	23	18	16	41	1.90
5318516--5318559	22	2.0	22	81	0	52	43	0	2	54	1.12
5323423--5323488	22	3.0	22	81	0	69	33	18	15	33	1.92
5325384--5325439	22	2.6	21	80	2	58	50	3	14	32	1.60
5327353--5327519	35	4.6	35	83	7	192	32	25	11	31	1.91
5327349--5327519	75	2.4	74	82	7	208	32	24	11	31	1.91
5343395--5343535	9	14.6	9	69	19	72	64	1	1	32	1.11
5343467--5343545	19	4.3	17	76	20	63	67	3	1	27	1.16
5343455--5343532	20	3.9	22	77	19	89	66	2	1	29	1.13
5343719--5343926	10	22.1	9	68	20	72	31	3	1	63	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5343748--5343850	9	10.9	10	73	20	62	27	5	0	66	1.21
5343724--5343802	37	2.1	38	83	6	99	27	6	2	63	1.32
5343800--5343861	19	3.3	18	80	17	65	24	4	0	70	1.06
5343839--5343906	28	2.4	28	77	20	70	33	0	1	64	1.02
5343856--5343908	27	2.0	27	85	7	72	35	0	1	62	1.06
5343884--5343928	18	2.5	18	85	7	56	42	0	0	57	0.98
5348798--5348851	21	2.6	21	82	11	58	25	1	29	42	1.66
5353748--5353778	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
5356899--5357060	79	2.1	79	100	0	324	37	13	9	39	1.78
5359820--5359854	8	4.1	9	89	10	56	0	8	0	91	0.42
5359820--5359854	17	2.1	16	94	5	61	0	8	0	91	0.42
5366792--5366887	33	2.9	33	73	17	92	51	2	0	46	1.12
5367277--5367305	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
5368226--5368254	12	2.3	13	94	5	51	89	10	0	0	0.48
5372182--5372229	22	2.2	22	96	0	87	12	10	4	72	1.24
5378717--5378747	13	2.4	13	94	0	53	67	12	9	9	1.41
5395200--5395258	31	1.9	31	89	6	93	33	3	3	59	1.31
5395252--5395312	25	2.4	25	83	5	77	47	0	1	50	1.10
5395276--5395322	19	2.4	20	82	13	62	42	2	4	51	1.33
5396404--5396429	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
5397265--5397346	39	2.1	40	86	6	114	36	1	8	53	1.39
5402959--5402997	9	4.3	9	83	0	51	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5409273--5409303	15	2.1	15	100	0	62	25	0	38	35	1.56
5421098--5421122	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
5423413--5423460	21	2.2	21	82	10	53	37	0	6	56	1.25
5430137--5430175	20	1.9	21	84	5	53	48	10	12	28	1.74
5432645--5432713	35	2.0	35	94	0	120	42	0	11	46	1.40
5440821--5440854	11	3.0	11	87	8	50	35	2	61	0	1.11
5441675--5441709	18	1.9	18	88	0	52	5	5	8	80	1.03
5443822--5443864	21	2.0	21	100	0	86	53	13	0	32	1.41
5447336--5447422	43	2.0	43	100	0	174	32	10	20	36	1.87
5451047--5451073	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
5464833--5464863	3	10.3	3	92	0	53	0	35	0	64	0.94
5473052--5473268	46	4.7	46	89	1	292	39	14	23	21	1.91
5473006--5473268	138	2.0	130	85	7	348	39	14	23	22	1.91
5477826--5477952	42	3.0	42	86	6	170	29	26	14	29	1.95
5477911--5478036	46	2.7	46	85	3	155	30	26	15	26	1.96
5478058--5478237	31	5.8	31	89	0	270	27	26	18	28	1.98
5482962--5482994	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
5484682--5484725	17	2.5	18	82	13	56	43	0	6	50	1.29
5485268--5485310	22	1.9	23	90	4	70	30	2	0	67	1.03
5485801--5485853	21	2.5	21	87	6	72	22	1	0	75	0.90
5487615--5487659	18	2.4	18	85	7	54	44	2	0	53	1.13
5489504--5489539	3	12.0	3	100	0	72	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5491634--5491686	27	2.0	27	85	7	72	32	1	1	64	1.15
5499122--5499154	2	16.5	2	93	0	57	51	3	45	0	1.16
5499392--5499432	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
5499609--5499645	19	2.0	19	89	5	58	51	2	0	45	1.15
5505497--5505523	14	1.9	14	100	0	54	88	3	7	0	0.61
5509869--5509970	52	1.9	53	86	2	143	59	15	10	13	1.60
5510651--5510718	26	2.5	28	83	11	88	50	1	2	45	1.26
5520510--5520550	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
5522069--5522239	93	1.8	93	96	0	315	26	29	22	21	1.99
5522061--5522241	46	3.9	46	81	7	231	27	29	21	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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