genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23431985--23432108	63	2.0	64	95	1	223	33	12	20	33	1.90
23436988--23437012	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23437703--23437757	27	2.0	27	100	0	110	56	18	14	10	1.67
23440093--23440156	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
23440364--23440538	24	7.4	24	88	4	266	29	21	20	28	1.98
23440371--23440539	47	3.6	47	95	0	293	30	20	20	28	1.98
23440371--23440537	23	7.1	23	89	3	253	30	20	20	28	1.98
23440596--23440652	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
23440584--23440654	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
23440589--23440643	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
23440691--23440738	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
23441896--23441973	27	2.9	26	72	14	68	24	20	19	35	1.95
23441991--23442243	27	9.3	27	76	4	159	30	9	20	38	1.85
23442222--23442497	27	9.8	27	79	8	237	38	7	25	28	1.83
23442096--23442351	81	3.2	80	79	4	210	34	8	21	35	1.84
23442222--23442497	81	3.3	81	77	10	282	38	7	25	28	1.83
23442266--23442449	92	2.0	92	85	0	251	38	7	27	27	1.82
23442311--23442392	38	2.2	38	84	0	101	37	6	31	24	1.80
23442230--23442476	119	2.1	119	84	0	314	39	8	25	27	1.83
23457933--23458091	43	3.7	43	84	5	198	30	24	18	26	1.98
23457933--23458093	86	1.9	85	84	8	220	31	24	18	26	1.97
23464251--23464284	18	1.9	17	94	5	59	47	29	11	11	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23468482--23468610	42	3.0	43	78	6	154	34	27	16	21	1.95
23469852--23469904	26	2.0	26	100	0	106	33	22	0	43	1.54
23474414--23474593	46	3.9	47	78	9	174	22	29	18	29	1.97
23474183--23474593	94	4.3	96	72	14	293	24	29	18	27	1.98
23474931--23474987	30	1.9	30	96	0	105	35	28	7	29	1.83
23480557--23480615	2	29.5	2	96	0	109	1	0	47	50	1.11
23480698--23480802	52	2.0	53	96	1	194	37	21	12	28	1.90
23483577--23483624	21	2.2	23	85	7	64	25	33	31	10	1.89
23484398--23484440	20	2.2	20	87	8	61	74	2	6	16	1.14
23493499--23493606	26	4.2	26	96	0	198	37	26	5	30	1.79
23497070--23497156	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
23497527--23497584	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
23498854--23498885	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
23505181--23505228	23	2.1	23	85	11	64	37	2	8	52	1.44
23505987--23506046	18	3.4	18	74	4	50	63	0	0	36	0.95
23509024--23509064	21	2.0	21	85	4	57	36	2	19	41	1.65
23512218--23512252	18	1.9	18	88	0	52	37	20	8	34	1.83
23516013--23516094	36	2.3	36	84	0	101	34	24	21	19	1.97
23516768--23516864	51	1.9	51	95	4	178	32	18	4	44	1.69
23520178--23520215	20	2.0	20	89	5	60	26	28	0	44	1.54
23520112--23520287	74	2.4	73	86	7	239	28	30	0	40	1.61
23520179--23520227	20	2.5	20	83	3	55	28	26	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23521752--23521781	5	6.0	5	100	0	60	0	60	0	40	0.97
23524354--23524394	17	2.4	17	79	4	55	60	0	0	39	0.96
23525401--23525461	29	2.1	29	84	0	77	63	3	3	29	1.26
23526083--23526126	22	2.0	22	86	4	61	75	2	0	22	0.92
23526539--23526577	15	2.6	15	87	0	60	61	0	35	2	1.10
23526539--23526582	21	2.1	21	86	0	61	59	0	36	4	1.18
23526984--23527109	63	2.0	63	98	1	245	27	3	15	53	1.58
23527289--23527509	114	2.0	112	86	6	315	34	4	5	55	1.45
23528689--23528717	14	2.1	14	100	0	58	41	6	6	44	1.58
23529363--23529394	12	2.7	12	95	0	55	31	31	34	3	1.73
23529551--23529642	33	2.8	33	84	0	103	21	40	13	25	1.89
23536739--23536764	10	2.6	10	100	0	52	19	0	11	69	1.18
23541248--23541299	27	1.9	27	92	0	86	42	15	1	40	1.58
23541249--23541306	27	2.1	27	83	0	71	44	12	1	41	1.51
23542697--23542736	21	1.9	21	85	10	55	37	12	0	50	1.41
23545715--23545743	15	1.9	15	100	0	58	41	0	10	48	1.37
23547398--23547432	16	2.2	16	89	0	52	74	2	17	5	1.14
23550492--23550529	18	2.1	19	85	5	51	31	21	0	47	1.51
23551242--23551496	55	4.8	53	81	7	227	21	24	17	36	1.94
23551289--23551489	108	1.8	110	88	4	309	22	25	17	33	1.96
23561202--23561260	17	3.2	17	69	17	55	18	28	38	13	1.89
23565953--23566120	84	2.0	84	100	0	336	25	21	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23566968--23567037	30	2.3	30	85	4	97	28	31	17	22	1.96
23568094--23568189	48	2.0	48	95	0	174	27	25	20	27	1.99
23574502--23574564	25	2.5	26	84	2	83	38	7	17	36	1.79
23574502--23574564	13	4.9	13	84	3	83	38	7	17	36	1.79
23580127--23580183	3	18.7	3	96	3	105	35	0	0	64	0.93
23580278--23580310	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
23580408--23580450	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
23580554--23580585	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
23580585--23580719	3	44.7	3	75	12	107	34	5	1	58	1.31
23580597--23580628	13	2.6	13	90	9	50	25	6	3	65	1.31
23580674--23580742	9	7.7	9	85	0	57	31	5	1	60	1.29
23580514--23580765	12	19.6	12	68	22	86	31	9	2	55	1.47
23580914--23580946	17	1.9	17	88	11	50	27	6	3	63	1.32
23584247--23584385	27	5.2	28	88	7	175	35	23	23	17	1.96
23584247--23584385	53	2.6	55	88	3	194	35	23	23	17	1.96
23586000--23586108	26	4.2	26	96	1	184	36	24	4	33	1.76
23590079--23590218	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
23591829--23591964	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
23593743--23593773	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
23601691--23602682	205	4.9	205	95	1	1717	29	18	23	29	1.98
23603010--23603034	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
23603754--23603795	3	13.7	3	95	5	75	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23603889--23603939	3	17.0	3	91	0	84	31	0	1	66	1.03
23604039--23604081	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
23604186--23604217	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
23604229--23604260	13	2.6	13	90	9	50	25	6	3	65	1.31
23604433--23604493	22	2.8	22	80	2	61	18	6	6	68	1.33
23604217--23604448	3	78.3	3	70	13	124	31	6	2	59	1.36
23604541--23604573	17	1.9	17	88	11	50	27	6	3	63	1.32
23611492--23611737	3	80.3	3	70	15	130	29	8	2	60	1.38
23612065--23612116	14	3.8	14	75	12	54	19	7	3	69	1.29
23614210--23614265	27	2.1	27	86	0	76	53	1	3	41	1.29
23615120--23615165	23	2.0	22	83	4	56	32	8	8	50	1.64
23615182--23615333	75	2.0	75	100	0	304	43	11	13	31	1.80
23617284--23617329	16	2.6	17	80	19	51	45	0	32	21	1.52
23617656--23617692	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
23617742--23617774	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
23617742--23617776	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
23623786--23623833	20	2.3	21	78	3	53	62	2	4	31	1.26
23627513--23627681	46	3.7	46	76	10	152	23	28	20	27	1.99
23627516--23627774	47	5.6	45	73	12	150	22	28	20	27	1.99
23627601--23627771	94	1.8	92	86	5	245	23	27	20	28	1.99
23631459--23631640	47	3.9	46	79	9	192	32	28	18	20	1.97
23639471--23639820	174	2.0	174	98	0	673	29	13	19	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23641493--23641533	22	1.9	22	85	5	57	31	7	14	46	1.72
23644227--23644275	26	1.9	25	87	4	71	67	0	4	28	1.09
23644229--23644270	19	2.3	18	88	8	59	69	0	4	26	1.08
23644229--23644271	18	2.4	17	81	11	50	67	0	4	27	1.10
23644258--23644290	15	2.3	15	89	5	50	75	0	3	21	0.93
23647161--23647239	41	1.9	42	87	7	117	36	24	13	25	1.92
23647401--23647690	43	6.7	43	81	4	316	28	23	20	27	1.99
23647418--23647690	86	3.2	85	88	2	359	30	23	20	26	1.99
23647401--23647684	129	2.2	128	84	4	354	28	23	20	27	1.99
23651354--23651436	26	3.2	25	93	5	139	34	4	24	36	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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