genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77216166--77216337	93	1.8	93	88	2	265	22	20	27	29	1.99
77217906--77218023	50	2.3	51	92	1	193	37	13	16	33	1.87
77218044--77218129	39	2.2	39	89	0	127	45	13	9	31	1.76
77222522--77222694	46	3.7	46	78	10	199	23	19	27	30	1.98
77222519--77222689	93	1.8	93	92	0	288	22	19	28	29	1.98
77222918--77222955	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
77226376--77226560	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
77226377--77226568	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
77226376--77226593	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
77234452--77234590	39	3.5	39	81	8	149	25	24	28	21	1.99
77234399--77234615	79	2.7	78	78	9	174	25	23	27	23	2.00
77242500--77242562	27	2.2	28	80	8	74	58	4	4	31	1.39
77242521--77242561	15	2.9	15	75	17	52	60	2	7	29	1.36
77242600--77242646	19	2.5	19	86	3	60	53	2	10	34	1.48
77244193--77244373	45	4.1	44	65	17	106	27	28	16	27	1.97
77243946--77244747	131	6.1	131	91	1	1279	27	26	17	28	1.98
77244769--77244892	64	1.9	64	85	6	171	38	13	14	33	1.86
77248787--77249963	587	2.0	587	95	0	2140	29	21	18	29	1.97
77250714--77251179	132	3.5	129	75	7	393	35	17	19	27	1.95
77251900--77251928	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
77252221--77252261	15	2.9	15	75	17	52	60	2	7	29	1.36
77252297--77252346	19	2.7	19	78	3	57	58	2	8	32	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77261395--77261434	20	2.0	20	85	0	53	30	7	20	42	1.79
77267538--77267563	11	2.4	11	100	0	52	38	0	7	53	1.30
77273266--77273367	42	2.4	43	81	6	118	29	22	18	29	1.97
77289983--77290044	31	2.0	31	87	0	88	40	12	25	20	1.89
77290549--77290662	31	3.5	33	80	5	110	50	4	4	40	1.42
77292147--77292333	93	2.0	93	98	0	365	28	10	18	42	1.83
77294681--77294791	36	2.8	41	78	13	133	45	6	26	22	1.76
77302078--77302555	243	2.0	243	92	0	803	24	21	19	34	1.96
77306038--77306273	49	4.8	49	81	5	287	30	26	17	26	1.97
77306050--77306274	99	2.3	98	85	3	292	30	27	16	25	1.97
77310593--77310759	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
77310593--77310759	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
77311585--77311630	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
77317886--77318052	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
77317886--77318052	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
77318878--77318923	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
77331712--77331812	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
77339653--77339753	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
77345139--77345215	38	2.0	38	100	0	154	51	12	2	32	1.54
77346060--77346176	25	4.7	25	74	6	112	31	20	21	26	1.98
77349124--77349171	17	2.9	17	81	3	62	47	10	18	22	1.79
77367561--77367711	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77367597--77367727	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
77369548--77369709	40	4.1	40	92	4	256	24	29	22	24	1.99
77372787--77372821	18	1.9	18	100	0	70	45	28	5	20	1.73
77375571--77375616	22	2.1	22	100	0	92	41	8	8	41	1.67
77378046--77378160	25	4.6	25	76	2	115	30	19	21	28	1.97
77384058--77384099	20	2.0	20	90	4	66	16	4	0	78	0.91
77384067--77384107	20	2.0	20	90	0	64	17	4	2	75	1.08
77385480--77385936	182	2.6	171	83	7	558	24	28	23	23	2.00
77387212--77387353	24	5.8	24	75	9	110	29	20	24	25	1.99
77389375--77389492	36	3.3	35	77	7	121	49	24	7	18	1.74
77413457--77413501	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
77416104--77416391	47	6.1	47	89	0	423	32	10	29	26	1.90
77416133--77416204	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
77416178--77416253	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
77416595--77416703	37	2.9	37	93	0	182	22	18	31	27	1.97
77417973--77418244	40	6.8	40	93	0	427	25	20	28	25	1.99
77422137--77422322	47	4.0	47	91	0	282	32	11	29	26	1.91
77422166--77422237	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
77422211--77422286	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
77422484--77422592	37	2.9	37	88	0	164	22	18	30	28	1.97
77424427--77424496	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
77432284--77432353	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77434222--77434256	18	2.1	17	89	10	54	28	14	0	57	1.38
77435135--77435207	29	2.5	29	100	0	146	27	28	15	28	1.96
77443056--77443128	29	2.5	29	100	0	146	27	28	15	28	1.96
77445218--77445301	43	1.9	44	90	2	134	25	21	29	23	1.99
77445582--77445854	38	7.1	38	91	4	404	21	23	25	29	1.99
77445860--77445982	45	2.8	44	84	7	146	23	21	29	26	1.99
77451324--77451672	38	9.1	38	89	1	500	22	22	24	30	1.99
77451324--77451672	116	3.0	115	88	1	529	22	22	24	30	1.99
77451669--77451800	45	3.0	45	81	11	150	25	21	27	25	2.00
77453437--77453502	32	2.1	32	100	0	132	43	18	9	28	1.80
77454270--77454323	16	3.8	16	70	27	57	48	3	9	38	1.53
77454511--77454547	14	2.6	14	91	4	56	37	27	0	35	1.57
77454540--77454767	14	16.4	14	66	15	98	46	31	0	22	1.52
77454540--77454602	7	9.0	7	80	13	58	44	38	0	17	1.49
77454527--77454587	22	2.9	22	79	18	67	42	37	0	19	1.52
77454538--77454630	29	2.9	34	81	12	90	44	36	0	19	1.51
77454575--77454767	7	26.9	7	71	5	107	47	29	0	23	1.52
77454681--77454765	22	4.0	21	76	4	71	48	25	0	25	1.52
77455313--77455407	40	2.4	40	87	0	127	29	21	21	28	1.98
77455077--77455374	114	2.6	113	82	3	346	32	18	21	27	1.97
77455366--77455615	97	2.5	100	83	5	301	30	21	21	27	1.98
77455570--77455694	40	3.1	39	80	7	126	24	21	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77460776--77460822	21	2.2	21	81	7	60	40	0	2	57	1.11
77460776--77460821	22	2.1	22	88	8	67	39	0	2	58	1.10
77461216--77461240	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
77461204--77461281	30	2.7	28	79	13	77	38	2	1	57	1.20
77461214--77461284	20	3.6	19	76	16	65	39	2	1	56	1.23
77463564--77463667	43	2.4	43	79	4	113	23	16	28	31	1.96
77469342--77469411	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
77477277--77477346	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
77492536--77492607	29	2.5	29	88	6	103	31	30	11	26	1.91
77495518--77496018	27	18.5	27	79	4	323	38	20	9	31	1.84
77495881--77495994	55	2.1	54	83	1	138	42	23	6	27	1.77
77496019--77496203	27	6.9	27	92	0	307	34	20	21	23	1.96
77496648--77496712	22	3.0	22	84	8	87	20	21	23	35	1.96
77496870--77496972	27	3.8	27	83	5	100	21	23	19	35	1.96
77497109--77497250	31	4.5	31	89	0	194	21	16	13	49	1.79
77497141--77497259	6	19.3	6	69	20	77	20	16	14	48	1.80
77501167--77501211	23	2.0	23	82	8	56	28	17	22	31	1.97
77504141--77504199	22	2.5	24	82	12	70	40	16	22	20	1.91
77504162--77504207	24	1.9	24	90	0	74	41	15	21	21	1.90
77505465--77505525	21	3.0	21	90	2	88	22	24	39	13	1.90
77506796--77507017	46	4.7	49	83	9	207	21	27	20	29	1.98
77506755--77507022	95	2.8	93	79	12	271	22	27	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77511038--77511081	23	2.0	22	86	4	61	22	11	11	54	1.68
77517340--77517389	19	2.6	19	83	0	73	16	26	42	16	1.88
77518116--77518194	22	3.4	23	78	13	74	35	16	22	25	1.95
77523207--77523251	20	2.3	20	92	3	74	28	24	33	13	1.93
77539722--77539867	40	3.7	40	82	7	156	26	25	21	27	1.99
77542531--77542585	22	2.5	23	82	8	60	21	1	9	67	1.28
77545284--77545378	25	3.8	25	87	0	136	23	21	20	35	1.96
77553793--77553939	52	2.9	51	88	7	203	27	29	12	29	1.93
77555099--77555174	30	2.5	30	97	0	143	32	5	26	35	1.79
77555532--77555662	46	2.8	46	87	4	174	29	19	29	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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