genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79496520--79496565	22	2.1	22	88	4	67	21	0	2	76	0.90
79499504--79499542	17	2.2	18	86	4	53	0	23	2	74	0.94
79500913--79500968	26	2.2	26	83	0	67	21	3	10	64	1.40
79503344--79503432	5	17.2	5	71	17	58	17	5	2	74	1.12
79503340--79503432	13	7.2	13	72	16	68	18	5	2	74	1.11
79503333--79503432	21	4.1	24	68	23	66	19	5	2	74	1.11
79511534--79511604	31	2.2	32	92	2	117	64	7	4	23	1.36
79512598--79512628	14	2.2	14	94	0	53	35	0	0	64	0.94
79517535--79517690	42	3.7	42	82	6	147	32	25	16	26	1.96
79517543--79517698	86	1.8	84	83	5	206	33	24	16	26	1.95
79528866--79529030	43	3.9	42	77	9	154	24	16	26	32	1.96
79535080--79535107	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
79535137--79535184	24	2.0	25	87	4	71	47	2	0	50	1.12
79535162--79535225	18	3.3	19	77	18	53	42	0	3	54	1.16
79535170--79535219	18	2.7	18	82	14	66	42	0	4	54	1.19
79535734--79535823	44	2.0	47	82	6	114	41	2	14	42	1.58
79535922--79536096	61	2.9	60	77	14	182	53	3	1	41	1.28
79548713--79548775	19	3.4	19	78	10	67	65	0	3	31	1.09
79549516--79549565	22	2.4	21	81	18	61	52	2	2	44	1.24
79554487--79554521	18	1.9	18	94	0	61	17	45	22	14	1.84
79556253--79556306	27	2.0	27	82	7	65	29	16	24	29	1.97
79563444--79563539	27	3.6	27	91	0	165	30	12	26	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79563444--79563551	54	2.0	54	89	3	164	30	13	24	31	1.94
79569271--79569305	15	2.3	15	85	0	52	34	34	11	20	1.88
79571321--79571374	21	2.5	22	84	3	65	16	35	33	14	1.90
79573167--79573206	20	2.0	20	85	4	55	40	15	0	45	1.46
79575757--79575872	43	2.7	42	75	16	121	25	13	25	35	1.93
79578902--79579657	389	1.9	388	81	6	915	36	8	18	37	1.81
79580546--79580662	43	2.7	44	75	11	107	27	17	22	33	1.96
79580591--79580695	43	2.4	43	82	3	113	29	17	22	30	1.96
79581823--79581862	21	1.9	21	89	0	62	27	5	25	42	1.75
79583286--79583451	43	3.9	45	76	9	159	27	12	25	34	1.92
79589878--79589958	42	1.9	42	82	5	101	25	35	19	18	1.95
79590733--79591006	46	6.0	46	90	0	406	20	22	14	41	1.89
79594736--79594885	40	3.8	39	80	3	140	23	28	22	26	1.99
79602672--79602838	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
79602688--79602838	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
79609348--79609555	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
79609349--79609555	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
79613138--79613229	41	2.2	41	96	0	166	32	23	19	23	1.97
79613462--79613506	23	2.0	23	82	8	56	20	11	0	68	1.19
79614743--79615048	45	6.8	45	84	5	368	45	15	17	21	1.86
79614759--79615005	91	2.7	91	86	5	356	45	15	17	21	1.85
79614743--79615048	136	2.2	136	84	5	388	45	15	17	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79615224--79615290	26	2.6	26	76	4	73	44	2	19	32	1.66
79616099--79616147	24	2.0	24	92	0	80	26	22	14	36	1.92
79620454--79620618	43	3.8	43	75	6	154	31	26	14	27	1.95
79624646--79624670	7	3.6	7	100	0	50	28	28	16	28	1.97
79628862--79628910	18	2.7	18	81	6	55	63	4	0	32	1.13
79629032--79629068	19	1.9	19	89	10	58	32	5	2	59	1.34
79629100--79629137	19	2.0	20	89	5	60	28	0	2	68	1.03
79629100--79629137	10	3.9	10	86	6	51	28	0	2	68	1.03
79629195--79629239	24	1.9	23	82	13	56	24	4	4	66	1.29
79631406--79631450	3	15.0	3	80	0	54	26	2	6	64	1.30
79638582--79638628	23	2.0	24	87	4	69	68	4	0	27	1.08
79647610--79647686	27	2.8	28	82	7	95	53	0	1	45	1.08
79648213--79648259	22	2.1	22	84	0	58	55	6	17	21	1.64
79652297--79652414	62	2.0	62	83	8	154	43	5	4	47	1.45
79655826--79655873	24	2.0	24	91	0	78	35	6	16	41	1.74
79659854--79659894	20	2.0	20	100	0	82	4	24	14	56	1.58
79661901--79661932	12	2.6	12	95	5	55	78	0	0	21	0.76
79666195--79666354	58	2.8	58	79	0	167	23	33	16	27	1.95
79666224--79666355	29	4.6	29	89	0	156	23	31	15	29	1.96
79674014--79674173	58	2.8	58	79	0	167	23	33	16	27	1.95
79674043--79674174	29	4.6	29	89	0	156	23	31	15	29	1.96
79677793--79677919	25	5.3	23	80	10	107	28	19	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79677793--79677895	23	4.5	22	80	12	109	27	20	18	33	1.96
79677792--79677919	47	2.7	47	80	10	127	28	19	17	33	1.95
79681007--79681057	25	2.0	25	100	0	102	15	11	35	37	1.84
79685356--79685490	23	5.7	23	78	14	134	27	22	18	31	1.97
79687861--79687901	21	2.0	21	100	0	82	29	9	17	43	1.80
79697500--79697546	23	1.9	25	87	12	71	38	6	19	36	1.77
79704172--79704304	49	2.6	51	82	2	162	29	24	19	26	1.99
79716556--79716707	40	3.8	40	78	8	152	23	25	22	28	1.99
79724490--79724658	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
79730696--79730739	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
79735708--79735748	20	2.0	20	85	9	55	26	2	21	48	1.63
79736380--79736516	43	3.2	43	84	4	125	32	14	25	27	1.95
79736437--79736527	43	2.1	43	83	4	112	32	13	28	25	1.93
79741460--79741607	32	4.6	32	78	4	118	29	22	12	35	1.91
79743511--79743626	43	2.7	43	84	5	137	27	16	25	31	1.96
79749187--79749239	24	2.2	24	96	0	97	49	7	3	39	1.49
79760213--79760238	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
79762634--79762699	34	1.9	34	96	0	123	31	13	21	33	1.92
79763037--79763190	43	3.6	43	91	1	238	24	18	32	24	1.97
79763037--79763213	43	4.1	42	84	5	203	24	20	29	24	1.99
79764243--79764281	16	2.4	16	82	0	51	53	0	10	35	1.35
79769204--79769331	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79769204--79769331	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
79769453--79770366	240	3.8	241	97	0	1697	33	14	18	33	1.91
79772060--79772094	18	1.9	18	100	0	70	45	17	8	28	1.77
79773520--79773569	11	4.4	11	80	9	64	38	14	8	40	1.75
79773948--79773983	18	1.9	19	88	5	56	22	25	2	50	1.63
79774581--79774666	41	2.1	41	85	6	113	24	19	15	40	1.90
79775639--79775724	43	2.0	43	84	4	113	38	26	6	27	1.82
79775910--79775970	21	2.9	21	82	2	59	29	0	19	50	1.48
79776271--79776510	41	5.9	41	90	1	313	26	15	23	34	1.95
79782511--79782694	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
79782551--79782739	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
79790640--79790823	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
79790680--79790868	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
79795689--79795722	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
79797973--79798029	9	6.4	9	79	4	53	47	17	10	24	1.79
79798037--79798171	17	7.4	17	63	14	63	48	15	4	31	1.65
79798029--79798117	17	4.8	20	68	13	73	47	15	5	31	1.69
79798028--79798176	37	4.0	37	93	0	262	46	16	5	32	1.69
79802064--79802101	20	1.9	20	88	0	58	21	2	10	65	1.35
79805356--79805391	14	2.4	16	78	21	51	63	0	0	36	0.94
79810061--79810098	15	2.5	15	87	8	51	13	2	47	36	1.56
79811457--79811544	35	2.5	35	81	5	115	36	22	18	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79813740--79813808	27	2.6	27	75	11	63	47	2	2	46	1.32
79824084--79824136	21	2.5	22	79	11	67	50	1	0	47	1.12
79824318--79824362	22	2.0	22	100	0	90	17	42	17	22	1.89
79827771--79827815	22	2.0	22	100	0	90	22	17	31	28	1.97
79827842--79827867	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
79836723--79836804	32	2.5	31	80	11	83	70	1	25	2	1.06
79836737--79836802	20	3.2	20	82	6	69	69	0	28	1	0.97
79836965--79836996	15	2.1	15	100	0	64	0	18	0	81	0.70
79837323--79837384	29	2.1	31	87	6	92	46	6	14	32	1.70
79839152--79839198	24	1.9	24	82	4	58	36	14	8	40	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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